清代皇帝的后妃雖然有太監和宮女整天伺候著，但終日禁錮在深宮之中，大多過得並不幸福，尤其身為一國之母的正宮皇后，看似地位很高，但上面還有太后，加上皇帝妃嬪成群，處理不好各方面的關係，動輒得咎，被皇帝廢除甚至處死，都是有極可能的。其中有五位正宮皇后的死，仍然迷霧重重，迄無定論。
一是入關第一帝——順治皇帝的第一位皇后博爾濟吉特氏
順治的第一位皇后博爾濟吉特氏，是順治皇帝生母孝莊文皇后的親侄女，與順治皇帝是典型的姑舅成親，順當皇帝對他的這位表妹一開始就不看好，但母親孝莊和攝政王多爾滾從穩定後方的大局出發，都主張他迎取出自蒙古科爾沁的博爾濟吉特氏為皇后。順治八年(1651)八月十三日，順治與表妹在紫錦城舉行了結婚大典。
但僅僅兩年，16歲的順治皇帝就提出廢除皇后博爾濟吉特氏，雖然群臣激烈反對，但最終也沒有扭過桀驁不遜的順治皇帝，皇后博爾濟吉特氏被廢除，降為靜妃，改居側宮。皇后被廢除的原因，用順治帝自己的話說，一是她嫉妒心太強並且心腸狠毒，看到比自己漂亮的妃嬪，就非常憎恨，必欲置之死地而後快;二是非常奢侈，吃飯的用具必須是金製的，穿戴所用的金銀首飾也特別講究。
後來這位被廢的皇后怎麼死的，埋在什麼地方，都沒有人知曉。順治皇帝的后妃都葬在了清東陵，且都有姓名記錄，但唯獨沒有這位廢後。也有人說她被降為靜妃後，被趕回了娘家，並且當時已經懷孕，後來還生了一個男孩。是否果真如此，則只有天知道了。
說來也怪，後來所立的皇后——孝惠皇后，卻是廢後的親侄女，而且順治的兩位妃子——悼妃和淑惠妃，分別是廢後博爾濟吉特氏的堂姐妹和孝惠皇后的親姐妹，清朝初期皇帝的婚姻關係就是這麼亂。
二是雍正皇帝的生母烏雅氏
雍正皇帝的生母烏雅氏自幼入宮，服侍康熙皇帝，生育雍正後，被封為德嬪，後來又晉陞為德妃。其實康熙皇帝生前，她是沒有當過皇后的，康熙皇帝死後，兒子當了皇帝，她就被尊為皇太后，這也是清朝的慣例。
但就在康熙死後半年時間，被尊為皇太后不久的烏雅氏也去世了。《清會典事例》說她的死因是「哀慟過甚，體常違豫，及送梓宮至陵，事畢回京，積哀莫解」，也就是說她是因為康熙去世哀傷過度而死。
但據傳說，這位烏雅氏不是正常死亡，而是自己撞死的。因為雍正繼位後，與自己的同母兄弟、康熙皇帝的十四子允禵關係搞得很僵，被奪去兵權的允禵從西北被召回京後，烏雅氏想見自己的小兒子一面，雍正皇帝不但不答應，還非常生氣，皇太后就氣得撞在鐵柱子上而死。
雍正上台後，對兄弟們大開殺戒，眾兄弟被殺戮的殺戮，圈禁的圈禁，眾兄弟的黨羽們便多方造謠，說雍正殺子屠兄、弒君鴆母。至於他的母親「撞柱而死」，是別人給他造的謠，還是確實有其事，也只能永遠是一個謎了。
三是道光皇帝的第三位皇后、咸豐皇帝的生母孝全成皇后
孝全成皇后鈕祜祿氏，是繼道光皇帝的兩位皇后——孝穆成皇后和孝慎成皇后死後確立的第三位皇后，她比道光皇帝小26歲，是乾清門二等侍衛、一等男(爵位)頤齡的女兒。據說她跟隨父親在蘇州長大，非常聰明，曾模仿七巧板，用木塊製作並排成「六和同春」四字，作為宮中新年的玩具，且宮中過節時的蘇造糕、蘇造醬等，也都是因她親自仿製而得名。她被確立為皇后之後，也極受道光皇帝的寵愛。但道光二十年(1840)正月十一日，皇后鈕祜祿氏卻突然死亡，年僅33歲。
對她的死也是眾說紛紜，有一種傳說稱，她為了讓自己的兒子奕詝——即後來的咸豐皇帝將來能夠繼承大統，就在自己的宮中擺下毒魚宴，想把別的皇子一塊毒死，為兒子繼承帝位掃清障礙。奕詝比較忠厚，不忍心兄弟們被害，就暗示他們也不要吃魚，孝全的陰謀沒能得逞。陰謀敗露後，皇太后大怒，賜她立即自盡。孝全皇后死時還很年輕，死得又比較突然，野史中所傳也許並非空穴來風。
四是與慈禧一同垂簾聽政的慈安皇太后
慈安是咸豐皇帝的第二位皇后，第一位皇后是孝德皇后薩克達氏，實際這位薩克達氏一天皇后也沒有當過，她是於道光二十七年二月，由道光皇帝指配給皇四子奕詝為嫡福晉的，可惜她紅顏薄命，婚後一年就死了，一個月之後，奕詝登基，就是咸豐皇帝，第二天就追封她為孝德皇后。
慈安於咸豐二年(1852)二月被封為貞嬪，五月晉陞為貞貴妃，十月被立為皇后，當時才16歲。咸豐十一年十月，咸豐帝死在熱河避暑山莊，年僅六歲的同治皇帝即位，她和懿貴妃那拉氏同時被尊封為皇太后，因為二人分別居於東宮的鍾粹宮和西宮的儲秀宮，所以被稱為慈安東太后和慈禧西太后。
咸豐皇帝死後，兩位太后聯合在京的小叔子——恭親王奕發動辛酉政變，打敗了顧命八大臣，開始了兩宮皇太后的垂簾聽政。當了十三年皇帝、年僅19歲的同治帝死後，慈禧讓年僅3歲的載湉繼承帝位，這就是光緒皇帝，慈安和慈禧兩位太后開始二度垂簾。光緒七年(1881)三月十一日，正當盛年的慈安太后猝死於鍾粹宮，終年45歲。
關於慈安的死，傳說是被慈禧害的。據傳，咸豐帝臨死前，曾留一道密旨給忠厚老實的慈安，以約束慈禧。慈禧趁慈安患病之機，通過割手臂上的肉入藥給慈安熬湯喝，使慈安大為感動，就把先帝留給自己的密旨拿出來，當著慈禧的面燒燬。密旨燒燬後，慈禧更加肆無懼憚，最終用點心把慈安毒死，並不許王公大臣瞻仰慈安的遺容。
慈安太后到底怎麼死的，看來也只能永遠是一個謎了，實事求是地講，慈安的才能與慈禧相差甚遠，所謂兩宮垂簾聽政，實際上做主的主要是西太后慈禧。傳說歸傳說，假如慈禧太后想毒死慈安，有沒有那道密旨又有什麼關係呢？
五是同治皇帝的皇后阿魯特氏
阿魯特皇后是清代少有的滿人狀元——崇綺的女兒。同治皇帝於同治十三年十二月初五死去，皇后阿魯特氏被兩宮皇太后封為「嘉順皇后」，第二年，也就是光緒元年的二月二十日，嘉順皇后死在了儲秀宮，年僅22歲，距同治皇帝的死才75天。
當初，選阿魯特氏入宮立為皇后，也是慈安太后的意思，而慈禧看中的卻是慧妃富察氏。最終讓同治帝做出選擇時，他還是與慈安站在了一邊，選擇了阿魯特氏。雖然慈禧是同治帝的生母，但據說小皇帝跟親生母親的關係大不如跟慈安太后的關係好，這也可以理解，因為慈禧的權力慾太強，在處理政務上與皇帝發生衝突是在所難免的。
在日常生活中，慈禧太后對皇后阿魯特氏也很不好，經常對其進行刁難，這除了富察氏沒有按自己的意思被選為皇后外，也有政治上的原因。阿魯特氏的外祖父端華是咸豐臨終前選定的「贊襄政務八大臣」之一，在「辛酉政變」中被慈禧打倒並賜在家自盡。事情雖然已經過去十年，但無論慈禧也好，皇后阿魯特也好，都不可能把此事忘掉。據說皇后阿魯特氏是一個非常有主見的人，身邊的太監宮女也曾勸她多順著慈禧，但她說自己是奉天地祖宗之命從大清門抬進來的，誰也不能把自己怎麼樣。這話正剌中了慈禧的痛處，就對她恨得咬牙切齒，因為只有迎娶皇后才能走大清門，而慈禧入宮時才是貴人，在宮中級別較低。
同治皇帝死後，慈禧立了與同治帝同輩的載湉為皇帝，而光緒帝載湉的生母就是慈禧的親妹妹，同治與光緒既是叔伯弟兄，又是兩姨弟兄。這樣阿魯特氏在宮中就成了新皇帝的皇嫂，地位非常尷尬，最後只能選擇去死，追隨同治皇帝於地下。
關於她的死，也是撲朔迷離，有說她是吞金而死的，有說她是絕食而死的。《老太監的回憶》中這樣記載：「同治駕崩，光緒繼位，同治皇后以弟繼兄位，感覺自己在宮中無位置，遣太監問計於父親。其父崇綺進一加封食盒，開啟之後乃是空盒，於是同治皇后絕食殉節。」而《清代野史》中卻說皇后「以片紙請命於父親崇綺，父批一'死』字，殉節之志遂決。」怎麼殉的節卻沒有說。兩宮皇太后當天給內閣的諭旨說她「痛經大行皇帝龍馭上賓，毀傷過甚，遂抱沉痾，遽於本日寅刻崩逝。」至於怎麼死的，更是諱莫如深。
不管怎麼樣，阿魯特皇后是死了，慈禧總算掃除了自己繼續垂簾聽政道路上的障礙，因為若立小字輩的為帝，那垂簾聽政的應該是太后阿魯特氏，而不是太皇太后慈禧和慈安了。