「戊戌變法」失敗以後，慈禧太后以光緒帝的名義發佈諭旨，宣佈光緒帝因為疾病不能理政，自己將再度「訓政」。她的這次訓政取消了之前「垂簾聽政」的形式，直接與皇帝並坐，來面對群臣的上朝聽證，可以說此時的她完全獨攬了朝廷的大權。
在群臣奏對的時候，光緒帝不能說任何話，只有在慈禧示意皇帝可以作答的時候，光緒帝才能勉強點頭應答幾句，但也絕不敢提半點意見。從此以後，光緒帝成為了真正的傀儡皇帝，囚徒天子。每次退朝之後，光緒帝就會被帶到瀛台，囚禁在這座「水牢」當中，在侍衛的貼身監視下過著萬般無奈的囚徒生活。
慈禧在選擇囚禁光緒帝的地點上，其實是很有顧慮的，因為清朝歷史上還沒有過專門為皇帝安排軟禁的地方。雖然曾經有過「冷宮」，但那是專門關禁嬪妃和皇子的地方，而光緒帝是在位的一國皇帝，慈禧既要選擇一個與他身份相符，又要能限制他人身自由的地方。於是，位於西苑南海中的瀛台便成為了這個理想之地。
瀛台全景瀛台又稱為南台，始建於明朝。清朝順治、康熙年間曾兩次修建，是帝王、后妃的聽政、避暑和居住地。因其四面臨水，襯以亭台樓閣，像座海中仙島，故名瀛台。從清朝順治、康熙帝起，各朝清帝均喜居住於此。瀛台湖光山色，風景秀麗，亭台樓閣的琉璃瓦掩映在碧樹濃蔭之中，會讓人有恍若置身於蓬萊仙境的感覺。每年皇帝祭社稷壇，禮成後都要到瀛台這裡更衣;上元佳節皇族也會到瀛台來觀賞煙火;康熙帝和乾隆帝也都先後在此聽證，賜宴。
光緒帝被幽禁的歲月是淒涼，無聊的，在戊戌政變失敗後，慈禧把曾經侍奉過光緒帝的貼身太監們全部處死或發落從軍，讓總管太監李蓮英親自挑選了20名太監來侍奉光緒帝，說是聽從光緒帝的差遣，其實就在監視著光緒帝的一舉一動，以便回報給慈禧太后。後來為了更加便於看管，慈禧還下令拆除了瀛台與岸上唯一連通的板橋，只有在每天清晨皇帝被拉去陪慈禧上朝的時候才會重新搭上。
據記載，某年的冬天，北京天氣出奇的寒冷，南海水面結了冰，一天，光緒帝微服出行，可是沒走多遠，便被崔玉貴等太監發現，趕緊把皇帝扯拉回殿。慈禧太后知道後，命人把水面的冰鑿開，以防光緒帝借水面結冰的機會逃走，並且將陪同光緒帝南海遊行的六名太監立斃杖下。此後，為了防止光緒帝的逃跑，瀛台岸邊每日都不厭其煩的鑿著冰。
涵元殿的窗戶紙破了，也沒有人給補一補，光緒帝在寒風中凍的渾身發抖，他找來內務府的大臣，大臣見狀趕緊謝罪，理科派人裱糊好了窗戶。慈禧知道此事後，第二天召集內務府大臣進行賞賜，所有大臣都有荷包，那位辦了事的大臣也高高興興的來領賞，可是慈禧卻賞賜他一隻小狗，這個被羞辱的大臣還得向小狗叩謝聖恩。
從此，內務府再沒人敢關心皇帝的生活。可憐的光緒帝不僅被剝奪了政治權利，也完全失去了人身自由，他自己稱自己連漢獻帝都不如。
瀛台的生活是乏味的，每天散朝以後，光緒帝會回到瀛台的屋子裡呆著，他每天只有吃飯、讀書、睡覺。無聊的時候就拿紙畫上烏龜，在烏龜的背上寫上袁世凱的名字，然後把紙粘貼在涵元殿的牆上，當做射擊的靶子，用竹籤向其射擊，不一會紙就被射成了篩子狀，光緒在取下來撕成碎片，拋灑在空中。在此後十多年的囚禁日子裡，光緒帝始終詛咒著因出賣維新黨而獲得重用的袁世凱。
在沒有禮儀活動需要他充門面的時候，光緒帝就在涵元殿讀書。在被幽禁的十年間他閱讀了大量的書籍，來打發這漫長的時光。在光緒二十九年(1903年)，慈禧太后召清政府駐法、美等公使裕庚的女兒德齡入宮，德齡除了做慈禧身邊的女官，還負責每天教光緒一個小時的英文，有時候德齡還會教光緒帝兩人一起跳上一段西洋的舞蹈。
德齡公主德齡在宮中陪伴了慈禧兩年，這期間，德齡和光緒帝亦師亦友的關係，也使光緒帝的幽禁生活增添了一些色彩和溫暖，後來德齡還以她在清宮中的所見所聞用英文寫成了《清宮二年記》、《瀛台泣血記》、《御香飄渺記》。