戊戌政變後，慈禧太后為代表的「後黨」立即聚集起來，開始對光緒帝的變法政策進行清算。期間，發生了慈禧太后三次審訊光緒帝的鬧劇。
第一次是在光緒二十四年八月初六日，政變當天。史料記載，前一天，光緒帝還在宮內接見日本首相伊籐博文，可這時慈禧就在幕後監視，光緒帝已經失去了自由。蕭一山《清代通史》記載：「因是日有召見伊籐博文事，後在幕後監視，故未即發作。」隨後，光緒帝便被控制起來。慈禧太后召集奕劻等頑固守舊的王公大臣，對光緒帝開始了第一次審訊。據蘇繼祖《清廷戊戌朝變記》記載，當時，慈禧儼然太上皇一樣，高坐於朝堂，光緒帝則跪在地上，並設置了竹杖。然後，慈禧大發雷霆，歷數光緒帝的「罪狀」。光緒帝能怎麼辦呢？蕭一山《清代通史》記載：「帝戰慄俯伏，惟有涕泣。」第一次審訊結束。
第二次是八月初七日，政變第二天。對光緒帝的審訊緊鑼密鼓。這次審訊是逼迫光緒帝表態，承認康有為等為亂臣賊子，並下旨捉拿。這真的是如刀割心，康有為等是自己一手提拔起來的維新志士，讓自己否定他們，再親自下旨捉拿，光緒帝如何能做到！但是，面對強大的慈禧集團，光緒帝沒有別的選擇。資料《驛捨探幽錄》記載：「呈與皇上，皇上轉呈太后閱畢，仍遞交皇上。皇上持此旨目視軍機諸臣子，躊躇久之，始發下。」從這段描述中，我們看到慈禧的霸道，光緒的無奈。
第三次是八月初八日，政變第三天。這一次是慈禧太后要求光緒帝認罪。她找了很多證據，包括從光緒帝住處搜查到的資料。慈禧太后要讓光緒帝心服口服，逐條指認。光緒帝仍然是以沉默對抗，他能說什麼呢？總之是欲加之罪。自己變法圖強，為的是國家和民族的復興，為的是大清國的強大，何罪之有！但是，他也只有沉默，一切話都是多餘的。
慈禧太后認為，光緒帝不說，就是認罪了。既然犯了這麼大的罪行，也只有自己出山了，這才是她的真正目的。於是，慈禧做出了最終 「裁判」：
1. 太后重新垂簾訓政。慈禧太后朝臣，以光緒帝的名義，下發太后訓政諭旨：「慈禧端佑康頤昭豫莊誠壽恭欽獻崇熙皇太后兩次垂簾聽政，辦理朝政，宏濟時艱，無不盡美盡善。因念宗社為重，再三吁懇，慈恩訓政。仰蒙俯如所請，此乃天下臣民之福。由今日始，在便殿辦事。本月初八日，朕率王大臣在勤政殿行禮，一切應行禮節，著各該衙門敬謹預備。」慈禧就這樣，粉墨登場，重新把持了朝政。
2. 囚禁光緒帝。慈禧接著對光緒帝採取了措施。她命人大造輿論：「以帝疾作，宣示中外。」就是說，對外宣稱光緒帝得了很嚴重的疾病，不能再處理政務了。於是，光緒帝被押往瀛台，完全與世隔絕，真正是「欲飛五羽翼，欲渡無舟楫」。直到光緒三十四年去世，光緒帝在這裡度過了長達10年的囚帝生涯。