清光緒34年10月21日，也就是公元1908年11月14日，清光緒皇帝死於北京中南海的瀛台涵元殿，時年僅38歲。 次日午後，慈禧太后在北京紫禁城儀鸞殿病逝，終年73歲。
光緒皇帝之死是清末最大的一樁歷史疑案。多種文字資料記載認為，光緒是被人害死的，而且還是服用超量砒霜中毒致死;更多的人們議論認為，害死光緒皇帝的人就是慈禧太后。
據史料記載，光緒四歲進入宮中後，就受到慈禧太后的撫養與管教。慈禧太后的專制和威嚴，使光緒自小到大在精神和思想上一直處於緊張和壓抑之中。當光緒長大成人當上皇帝親政之時，又時時處處受到慈禧太后的轄制與掣肘，心情自然很少舒暢。
戊戌變法失敗後，光緒被慈禧太后禁閉於瀛台，生活的不如意，加上珍妃的慘死，種種精神上的折磨和打擊，更增添了思想上的愁悶。
光緒34年初，光緒皇帝患病幾經調治不見效果，但種種的跡象表明，光緒皇帝的病情還不至於不治而亡。在光緒在去世的前一天，還曾經發佈諭旨，令全國各地督撫遍尋名醫靈方，從速推薦進京為其治病。由此說明了病中的光緒皇帝此時神智還非常清醒，對治好病依然很有信心。
慈禧葬禮光緒34年10月20日，也就是光緒皇帝去世的前一天，清廷還以光緒皇帝的名義發佈了兩道諭旨：其一，命醇親王載灃之子溥儀，在宮內教養，並在上書房讀書。其二，任命載灃為攝政王。
這兩道諭旨字裡行間的意思是很明確的。此時的溥儀雖然未被清廷確立為大阿哥，但事實上已成為未來的清室皇位繼承人。
清廷的這兩道諭旨很顯然並不是光緒皇帝所發，甚至恐怕光緒本人也根本不知道有這兩道諭旨下發。由於大清朝政完全掌握在慈禧太后一個人的手中，光緒皇帝不過是慈禧太后手中的一件玩偶而已。因而決定皇位繼承人這等重大問題，慈禧是絕對不許光緒染指的，更不可能讓他獨自作主。很顯然也很清楚了，這兩道諭旨完全是按照慈禧太后的個人意志所頒布的。
此時此刻，慈禧太后的生命也已經到了最後的關頭，她自己非常清醒地意識到了這一點。
在頒布諭旨之時，慈禧已經決定，她要看著光緒死去。如果光緒死在了慈禧太后的後面，那麼，令溥儀進宮及載灃為攝政王的諭旨很可能就是一紙空文。因為在慈禧太后死後，光緒肯定要改變這個並非出於他本意，甚至在他完全不知道的情況下做出的政治安排。
對於此事，慈禧太后比任何人都清楚都明白。解決的辦法也只有一個，那就是叫可能改變這個決定的人，死在做決定的人的前面。其實，老謀深算的慈禧太后早就打算這麼做了。
「戊戌政變」之後，慈禧太后非常痛恨光緒曾要發兵圍頤和園，甚至還要將她囚禁。但是光緒畢竟是大清皇帝，同一般的政敵不一樣。政變後，光緒剛剛從政治舞台上消失，就立刻引起朝野內外，以至國際上的強烈反響。如果恰在此時皇帝又突然去世，勢必要引發更大的社會動亂。此後慈禧又多次想方設法廢掉光緒的帝位，但依然受到來自各方面阻力而未果。
眼下，慈禧太后年邁的身體已經病入膏肓，已經沒有什麼再可顧慮的了。這位實際統治具有四萬萬人口的中國近半個世紀的女人，臨終前最不希望的，就是因自己生命的結束，而給了政敵光緒以勝利的機會，使他得以重掌朝政，改弦更張。如果是這樣，慈禧太后將死不瞑目。
在頒布令溥儀進宮諭旨的第二天，光緒去世。溥儀受命繼承大統，為宣統皇帝。其父攝政王載灃，出任監國。次日，已經奄奄一息的慈禧太后，終於做出了她一生中的最後一個決定：嗣後，一切軍國政事，均由監國攝政王裁定。這也就是說，按照慈禧太后的的最終旨意，從今以後，大清國的皇帝都是任由攝政王擺佈的傀儡，只有皇帝的名份，沒有皇帝的權力，大清王朝的一切軍國政事概由攝政王說了算。
慈禧太后臨終前所做的這一政治安排，或許是出於清王朝江山社稷的名義和借口，但也直接地反映了她本人獨裁專制的主觀意志，更把她那自私、陰險、固執、刻薄等個性和作風表現的淋漓盡致。於是，在慈禧太后臨終前所做的這一政治安排下，大清王朝這架風雨飄搖、支離破碎的馬車再一次沿著老佛爺臨終前所預定的軌道行駛，距離覆亡已經為期不遠了。