岳飛小朝廷把農民反抗鬥爭看作比金軍入侵還更危險。在金兵暫時撤退、宋金形式發生急劇變化以後，高宗立即把南宋領兵抵禦金軍的大將韓世忠、劉光世、張俊、岳飛等從抗金前線調離，分頭去鎮壓各地的農民起義。建炎四年（1130），江南東路信州地區農民不堪王琰潰軍的劫掠騷擾，在王宗石領導下，二十萬農民奮起反抗。高宗派遣以畏避金軍聞名的劉光世前去鎮壓，結果這二十萬起義群眾被這支對外如綿羊、對內如虎豹的「官軍」殘酷屠戮殆盡。同年七月，福建建州爆發了以范汝為首的群眾起義，人數迅速擴大到十萬以上。紹興元年，高宗調遣韓世忠為福建、江西、荊湖南北路宣撫使，前去鎮壓。起義群眾堅守建州城，終於不敵擁有精良武器、訓練有素的韓世忠軍隊猛烈進攻、最後遭到血腥鎮壓。岳飛歸隸張俊，被調往鎮壓江西虔（江西贛縣）、吉（江西吉安）農民起義。
建炎四年初，南侵金軍窮追逃向虔州的隆佑太后時，沿路焚燒搶掠，給虔吉一帶造成極大的破壞；而護送隆佑太后的衛軍也沿途明搶暗奪，行同強盜，激起群眾的反抗。陳辛率領數萬憤怒的群眾向住在景德寺的孟太后申訴。孟太后居然指使衛軍殺出景德寺，"縱火肆掠」。虔州城幾乎被焚燒殆盡。官逼民反，從1130年至 1136年江西農民起義的烈火一直在延燒。建炎四年十二月十五日，虔化縣原虔州鄉貢進士李敦仁與其弟李世雄等招集本縣六鄉數萬人在羅源起事，攻佔石城縣等四縣，又轉攻福建汀州寧化縣、清流縣。南宋政府用剿撫兩手予以鎮壓。歷時一年之久，於紹興元年十二月，為江東路安撫大使司統制官郝政、顏孝恭所「剿戮盡淨 」。吉州的彭鐵大、李動天，虔州陳喁、羅閒十等領導的農民起義軍擁兵十餘萬結寨五百餘處，互相連結，互為呼應，聲威擴及江西、福建、廣東三省。
紹興三年暮春三月，神武副軍都統制岳飛奉詔前去鎮壓，但軍事費用尚無著落。堅持「不打擄」的岳飛不得不向朝廷請求支撥給養裝備。因為是平定「內亂」，高宗立即下詔，命令諸路漕臣督辦軍馬錢糧、戶部撥給岳飛做春裝的綢一萬五千匹、吉州榷貨務轉賜行軍費三萬緡。當時岳飛軍將士二萬四千餘人。彭鐵大聽說承宣使岳飛帶兵來征討，宣言道：「人言岳承宣智勇為天下第一，我今破之。岳承宣且敗，他人若何？」岳飛聽後一笑置之，為爭取避免流血，又先派了兩名「辯士」到彭鐵大營寨去勸降，農民領袖彭鐵大回答說：「為我語岳承宣使，吾寧敗不肯降！」這時岳飛已掌握了起義軍的虛實情況，遂發動了進攻。起義軍經過艱苦的抗擊，最後失敗，彭鐵大在馬背上被岳飛生擒；二萬多老弱被俘，後被岳飛放回老家。逃散的起義軍戰士又聚集起來，轉移到重要的據點──固石洞堅守。岳飛屯大軍於瑞金縣，
自己率領千餘騎趕至固石洞。他又派辯士對李動天勸降說：「汝誠眾且險，能保不敗耶？」勸降無效，又進行脅降：「敗而後降，吾不汝貰！」
但勸誘、威脅都不能使起義軍屈服。岳飛對起義軍奈何不得，遂率大軍列陣山下，缺乏陣地戰經驗的農民起義軍，又被岳飛用計打敗了。許多起義者寧死不屈，紛紛投崖壯烈犧牲。官軍攻上山後岳飛傳令軍中：「毋殺一人！」岳飛沒有傷害被包圍的起義群眾。如果是別的將帥，對這些寧死不屈的農民起義軍戰士必會勃然大怒，毫不猶豫地下令誅殺。而岳飛畢竟是農民出身，知道農民的痛苦。毅然地說：「此輩雖凶頑，然本愚民耳，殺之何益？」岳飛挑選了其中一部分勇銳精壯的起義軍戰士，編入軍中，其餘統放歸田里，並令地方官吏「使各安業耕種」。
棘手的事還在後頭。高宗傳下密旨給岳飛，要他血洗虔城，為隆佑太后在虔城受「震驚」洩憤。岳飛接到密旨，認為無辜之民又有何罪？他拒不執行，上書高宗：「請誅首惡，而赦脅從。」高宗惡狠狠地批復：「不許！」岳飛再次上書，高宗置之不理。岳飛繼續上書，堅持己見，高宗不得已讓岳飛自己裁決。岳飛把彭鐵大、李動天等農民起義領袖殺害了，但保住了虔城居民不受屠戮。贛州人民為感念岳飛拒旨屠城的恩德，繪岳飛像掛在家中以作紀念。八年後，岳飛被害，每逢他的忌日，當地人民則為他施捨錢、飯給寺廟，請和尚為岳飛超度。
七月中旬，平定了吉、虔的農民起義後和，岳飛被高宗催促「赴行在」。岳飛同長子岳雲從九江出發，九月九日到達杭州，十三日岳飛第一次覲見皇帝。高宗賜給岳飛金線戰袍、金帶手刀、銀纏槍，一匹戰馬外配海皮鞍，還有衣甲、弓箭、馬鎧各一副。還特賜岳飛一面繡著高宗手書「精忠岳飛」四字的旗子，令岳飛在行軍時務必樹起。這既是對岳飛數年來所立戰功的嘉獎，也是對岳飛尚有抗旨行為，未能完全盡忠於高宗的鞭策。岳飛的官銜轉為鎮南軍承宣使、江西沿江制置使。不久遷為江南西路舒蘄州制置使，在江州置司，獨立建置帥府。劃歸岳飛軍事防守的範圍擴大了，跨越長江北岸，自舒州至蘄州，直聯中原腹地，方圓數百里。而地位升高、職權擴大的岳飛從杭州返回九江的路上卻悶悶不樂。對他來說，安定為了攘外，他所念念不忘的是收復失地、滅金虜。途徑新淦時，岳飛於蕭寺壁奮筆提詩道：
雄氣堂堂貫鬥牛，誓將直節報君仇。
斬除頑惡還車駕，不問登壇萬戶侯。
這才是岳飛內心的底蘊。
即使對待洞庭湖楊麼領導的農民起義軍，岳飛也是採取盡量招安、少流血原則的策略。當時參政席益就對岳飛的做法產生了嚴重懷疑，並對張浚說：「岳侯得無有他意，故玩此寇？」張浚瞭解岳飛的用心，故而笑答說：「岳侯忠孝人也，足下何獨不知用兵有深機，胡可易測？」這次被俘的農民起義軍近二十萬人。魯莽的牛皋主張「略行洗蕩，使後人知所怕懼」。岳飛堅決不同意，他說：楊麼之徒，本是村民，先被鍾相以妖怪誑惑，次又緣程吏部（昌宇）懷鼎江劫虜之辱，不復存恤，須要殺盡，以雪前恥，致養得賊勢張大。其實只是苟全性命，聚眾逃生。今既諸寨出降，又渠魁楊麼已被顯誅，其餘徒黨，並是國家赤子，殺之豈不傷恩，有何利益？況不戰屈人之兵，而全軍為上，自是兵家所貴。若屠戮斬馘，不是好事。但得大事已了，仰副朝廷好生之意，上寬聖君賢相之憂，則自家門不負重責，於職事亦自無慚也！岳飛說罷，連聲喊道：「不得殺！不得殺！」 牛皋心悅誠服。
岳飛挑選了好幾萬精壯的起義軍戰士編入軍隊中，大大增強了部隊的戰鬥力，加強了抗金的力量。十幾萬老弱，按照他們自己的意願，「給米糧」，歸田就業。