據史書記載，成吉思汗臨終遺言有三：一是蒙古汗位繼承的問題。他反覆給自己的兒子們講多頭蛇的故事，警告兒子們要認識到團結的重要性，並直接告訴自己的兒子們要遵從他的旨意，擁立三兒子窩闊台為汗位繼承人，把帝國的權柄交給窩闊台，並且要兒子們立下文書，保證把他的決定當成肉體上的靈魂，不許惹起禍端，更不能違反他的法令。二是提出「聯宋滅金」計劃和方案。他說，金朝的精兵在潼關一線，南接連山，北靠大河，一時難以攻破取勝。只有聯合宋朝，讓宋朝舉兵唐、鄧一線，逼近大梁。金兵必然增兵潼關。金兵千里增援潼關，人馬疲憊之時，汗國再出兵一舉破金。三是指出消滅西夏的方法。他告訴自己的部眾，等他駕崩後，封鎖消息，密不發葬。等待西夏兵眾從城裡出來時，擇機將其殲滅。一代天驕的「六盤山遺囑」，最終生效，對蒙古汗國消滅西夏和金國的戰爭中得到了應驗。
長期以來，關於成吉思汗的去世地點有3種說法：寧夏六盤山、甘肅清水縣、寧夏靈武。他們的根據是：成吉思汗病逝時正值炎炎盛夏，在當時的交通條件下遺體不便於長途移動、送到遠處安葬。但這樣的觀點也沒有得到廣泛認同。成吉思汗墓地成為難解之謎與蒙古族獨特的喪葬習俗有直接關係。按習俗，蒙古「汗」的墓地都是保密的，地面無跡可尋。據史書記載，蒙古族的王公貴族死後的遺體多被裝入鑿空的粗木之中深埋地下。下葬後，人們在母駱駝的面前殺死子駱駝，然後放馬將留有子駱駝血跡的地面踏平，再派兵守護，直到地面長出青草、與周圍的土地毫無異樣之後才撤兵而去。此後如果要到墓地祭祀，則由母駱駝引路，它們悲鳴的地方就是墓地。成吉思汗墓葬地點的撲朔迷離，更給六盤山蒙上了一層神秘的色彩。
成吉思汗在寧夏南部的六盤山一帶度過了最後歲月，這一點是毋庸置疑的。成吉思汗病逝後，再到蒙哥汗即位時，將京兆(今西安)列為忽必烈的封地。忽必烈重用漢人，推行漢法，得到了關中百姓的愛戴。1253年，忽必烈駐軍六盤山，與蒙傳佛教薩迦派結成了深厚的政治和宗教關係，並多次會見八思巴，接受宗教灌頂。這一切對後來西藏納入中國的版圖和祖國的統一，都尤為重要。
1258年，蒙哥汗率軍進攻宋國，六盤山為進攻宋國的軍事基地和後勤保障的大本營，並且後續駐兵2萬於六盤山地區。是年，蒙哥汗的夫人也在六盤山病逝。蒙哥汗死後，忽必烈和弟弟阿里不哥爭奪汗位，六盤山又成了西部主戰場。後來，忽必烈的兒子忙哥剌被封為安西王，安西王府所在地是固原地區的開城，那也屬於六盤山地區。忙哥剌的兒子阿難答繼承安西王王位後，由於政治上的不成熟，將自己捲入元朝皇位之爭，最終失敗，直接導致安西王的王號被廢除。
1206年蒙古大漢建國到1368年元朝滅亡，共162年。期間，和六盤山發生政治和軍事聯繫的，斷斷續續算起來就有80餘年。蒙元政權在膠著和飄忽的162年裡，無論經歷了多少禍福興衰，六盤山地區都是歷史上有事實記載的見證地。