征服蔑兒乞惕人後，鐵木真的勢力開始壯大起來。他依附於扎木合，伺機發展。他們倆人嚴格來說還可以稱得上是遠方的親戚，同屬於乞彥部。同祖的根源，再加上小時候的童年友誼，讓他們堅定了共同統一草原的夢想。不過，在群雄爭霸草原的年代，鐵木真和扎木合之間不可能有長久的友誼，更不可能有共同成事的基礎。因為正所謂「一山不容二虎」。
他們各自也都知道共同統一草原的夢想在他們兩人之間是不可能實現的。所以之後的大戰自然是不可避免的了。這個和平的氛圍倒是年齡稍長的扎木合首先打破的。
鐵木真和扎木合在一起生活了大約一年半，一天，扎木合對鐵木真說：「依山居住，牧馬的人可得帳房住;靠水居住，放羊的人可得飲食吃。」鐵木真當時並不清楚扎木合的真正意思。回去後把這件事告訴了妻子孛兒帖，精明的孛兒帖很自然的理解扎木合不願再和鐵木真一起的含義。於是，鐵木真連夜離開了扎木合。
鐵木真一路前行，願意追隨他的人陸續地從扎木合那裡加入到了他的隊伍。其實，本來在扎木合的隊伍中就有一半左右是鐵木真父親的舊部，當鐵木真父親死後就歸順到了扎木合部。這次重投舊東家，恰恰說明了鐵木真此時的威望和實力是處在上升的階段，也是被大家所公認的。這為他日後的稱汗打下了很好的基礎。相反，這也同時突出了此時扎木合內部已經開始分裂，人心思動的想法在開始蔓延。
在後來變化不定的混亂中，鐵木真慷慨、英武的聲譽越傳越遠，漸漸地有其他部族集合到他的帳前。鐵木真於公元1183年成為蒙古乞顏部的可汗。他即汗位以後首先做的事，就是克服舊式聯盟那種互不統屬、易於分裂的弱點，建立一套有利於汗權的制度，這使他得到了一支精悍的護衛軍。
這時鐵木真深知憑借此時自己的力量還不是強大王汗的對手，同時也要照顧到仍具有實力的扎木合，避免成為眾矢之的。所以他稱汗之後，立即派使者報告了自己仍然必須依靠的「王汗」。同時，派人向扎木合通告了他稱汗的情況。儘管扎木合對鐵木真稱汗一事無可奈何，但他不甘心就此失敗，他暗地蓄積力量，準備討伐鐵木真這位昔日的安答。
機會終於來了，沒有多久，扎木合的弟弟由於搶掠鐵木真的馬群被蒙古部人殺了，這是當時草原上時有發生的常事，扎木合以此為借口，糾集他所屬的13部共3萬人準備向鐵木真發起進攻。此時，鐵木真對扎木合的進攻渾然不覺，幸虧每每在關鍵的時刻都有貴人相助。扎木合有個部下因他兒子在鐵木真處效力，就將扎木合興兵的消息向鐵木真報告了。
鐵木真於是把自己的3萬士兵分成十三翼迎戰扎木合。雙方在克魯倫河畔的答蘭巴勒主惕展開了一場大戰。這就是蒙古歷史上著名的「十三翼之戰」。鐵木真這一次面對扎木合併沒有取勝。他的營盤被扎木合軍隊所衝擊，他只好且戰且走，向斡難河流域之哲列捏峽退去。扎木合便把仇恨發洩到被他抓獲的鐵木真的支持者們身上。他的這種舉動激起了多數人的不滿，扎木合這次雖然在軍事上取得了勝利，但在道義上和政治上卻遭到了失敗。
而鐵木真的高明之處在於善於籠絡人心，十三翼之戰後不久，對扎木合心懷不滿的族人就前來投靠鐵木真，鐵木真的威望得到進一步提高，勢力更加壯大了。也正是這次戰爭之後，鐵木真才真正獨立的在漠北草原站穩了腳跟。
到了公元1201年，與扎木合結盟的各部也終於意識到鐵木真的日益強大將威脅到他們，於是，扎木合組織了一個真正的部落聯盟，想憑此同鐵木真和王汗聯盟一爭高低。扎木合組織的這個部落聯盟包括了除投奔鐵木真的部落以外的大多數蒙古部落。
此外，參加這個聯盟的還有：下克魯倫河流域的塔塔兒人;下色楞格河流域的篾兒乞惕人;下斡難河流域的泰亦赤兀惕人;貝加爾湖西岸的斡亦剌惕森林狩獵人;與這些部落親善的許多小部落，也參加了扎木合的聯盟。最具戲劇性的還包括了鐵木真岳父岳母所在的部落。
該聯盟各部在刊河和額爾古納河匯合處公推扎木合為汗，尊為「古兒汗」。緊接著，他們按薩滿教禮儀書舉行宗教儀式並相誓為盟說：「吾等之中，若有私洩機謀，陰懷異志者，將如此頹土斷木般下場！」誓畢，共舉足踏岸，使土崩於河水之中;揮刀斬木，使木斷葉落於地。然後即分頭行動，準備合力偷襲鐵木真。
但他們並未能保守住秘密。他們分頭準備時，豁羅剌思部的一個名叫豁裡歹的人立即去向鐵木真告密。鐵木真立即向王汗求救。王汗一聽有變，即起兵前來同鐵木真會合，鐵木真和王汗的軍馬順利來到赤忽兒忽山、扯克徹兒山和闊亦田之地。這時，扎木合的軍隊溯額爾古納河而上，也抵達了這個地區。
兩軍在第二天的黎明開始決戰。史書中被神化了的薩滿法師不亦魯黑和忽都合別乞在這時開始大顯身手。他倆端來一盆淨水，從懷中取出石子數枚，投入水中，望空禱誦，念動咒語。霎時間狂風大作，天昏地暗，雨雪從天而降。他們本想以此迷住鐵木真和王汗的人馬，然後乘勢掩殺過去，不期老天有眼，驀然間風勢一轉，雨雪隨飛，反向扎木合的軍馬襲來。
鐵木真和王汗大喜，便趁此天昏地暗、日月無光之機揮軍衝殺過來。扎木合的軍隊頓時亂了陣腳，慌忙奔逃，自相踐踏，黑暗中不識路徑，跌入深澗者無數。兵敗如山倒，扎木合的聯軍就此分崩離析，活下來的人四散逃命。扎木合返回其額爾古納河流域營地。扎木合在撤退時毫不猶豫地趁盟軍遭難之機，大肆搶掠這些曾公推他為古兒汗的盟軍。這種失去理智的瘋狂行徑使他失去了最後的支持者，他剛登上不久的汗位也因此而崩潰了。
鐵木真在這次征戰中被箭射傷，後來射箭人見取勝無望就來投靠，並承認是射傷他的人。鐵木真見他不僅箭法好，人品也好，就免他一死，並賜名「哲別」——箭簇的意思。這個人就是金庸筆下著名的射鵰能手哲別的真實原型。在以後的西征中哲別是最重要的將領之一，為鐵木真立下了汗馬功勞。
乃蠻部是扎木合的最後絕唱。鐵木真靠著有序的軍事組織打敗了遊牧在阿爾泰山和杭愛山之間的乃蠻部，收拾了各部族散落的殘部。戰爭後，扎木合再無處可投，之後，被他的5個隨從押送給鐵木真。鐵木真念他們年少時的友誼，又念扎木合在強大時也沒有謀殺自己，他願與扎木合修好，但扎木合拒絕了，他說：「天下已非汝莫屬，友伴有如我者，於汝又有何益哉？我二人之間，已不可復為友矣」。對於扎木合的死有一說法是他裹著毯子被駱駝踏死。而那5個隨從則被鐵木真作為叛徒斬首。
鐵木真和扎木合作為多年恩怨的競爭者，最後以鐵木真的勝出而宣告結束。在這一角逐中，鐵木真具有的優勢則是：性格頑強、政治敏銳，以及具有把正義掌握在自己手中的藝術，並且在開始時得到了王汗的堅決支持。
扎木合似乎也很卓越，如果說他在內聚力上缺乏的話，但其活躍的思維和戰術的運用是不遜於鐵木真的。然而，如果有關鐵木真的史書是可信的話，扎木合在做人方面是一位不可靠的朋友，他會毫不猶豫地掠奪自己陣營中的部落。而對於忠實於自己的部落來說，鐵木真則是堅定、忠實的保護者。
另外，在他們兩者之間，王汗也是一位關鍵人物。他始終支持鐵木真，與他一起在闊亦田不顧斡亦剌惕部和乃蠻部巫師興風作雨，迫使扎木合退到額爾古納河下游。可以說對鐵木真無論是實力還是心理上都給予了決定性的支持。