萬曆九年，居正五十七歲。酷熱的天氣，將近六十的年齡，重大的責任，在這一年夏天居正病倒了。居正有時也想退休，但是環境不容許，他只能拖著沉重的步伐，向前面掙扎。九年夏間，他有信給王之誥說起：
賤日猥辱垂念，貺以厚儀，不敢例辭，輒用登領，謝謝。年來賤體，日就衰憊，望六之齡，理固宜爾。兼之力微任重，譬馬力已竭，強策鞭於修途，誠不知其所終矣。緬懷高蹈逸蹤，豈勝歎羨。老母仗庇粗安，雖時有小疾，療攝旋愈，但日夜念歸，每談及太老夫人，福履遐齡，庭闈樂聚，嘖嘖欣慕，恨僕不如公之孝養深篤也。賤眷小兒，四月抵都，小孫重潤，近覺稍壯，但力弱，尚未能行立耳。遠辱垂念，深荷雅情，使旋，附謝。(1)
重潤是居正四子簡修之子，王之誥的外孫，所以居正特別提出。
居正記得當初的大政方針吧！他昌言不諱地承認他的目標只是富國強兵。為什麼要富國？富國就是在當時歷史條件下給強兵建立一個良好的經濟基礎。為什麼要強兵？強兵才可以抵抗外侮。居正成長在嘉靖年間，他親眼看見北京幾度戒嚴，四圍的韃靼武士，和洶湧的怒濤一樣，正在併力吞噬這一座孤島。居正掌握政權以後，他期望為國家解除威脅，這是居正一生的大事因緣。經過十年以來的努力，整個的局勢轉變了。領導韃靼向北邊進攻的俺答，現在領導他們向朝廷投誠。青台吉的弟弟滿五大向北邊進犯，青台吉自認處罰，但是居正利用俺答的領導地位，要和他商量，這是九年上半年的事。居正屢次在信中說起：
辱示夷情，具悉。青酋既自認罰處，因而收之，甚善。但順義亦宜與之會議，蓋彼為諸部之長，雖老，而眾心歸之。若彼以我為外之，從而陰陽其間，或至差池。但密許青酋以收其心，而仍令歸結，則兩得之矣。(2)
馬王大二酋橫索事，(3)前偶有聞，即以奉詢，茲承示，始知其詳。中言自甘處罰云云，此不服順義、青酋鈐束也。然青酋乃一枝之長，順義又諸部之長；青酋則兄弟，順義親則叔也，尊則王也，可不受命乎？朝廷馭下，以大制小，以尊臨卑，若與其卑小者交關行事，則尊大者無權，不能領眾，天下日益多事，而朝廷體統，亦甚褻矣。華、夷一體，寧可亂乎？願公熟計之。(4)
承詢各酋貢馬，既陸續俱至，即宜照節年事例進貢。□□(5)一枝，須候順義罰處明白，請旨赦宥，然後許其補貢，庶不失中國之體。番僧原無貢馬事例，貢市既完，量行賞賚，以示羈縻，出自特恩，未可遂為年例也。擺酋另敕，事理亦可從者。上谷夷情，與雲中稍異。蓋虜款之初，西部求貢甚懇，惟老把都陰持兩端，其妻哈屯主事，其子青把都為長，當事者不免委曲遷就，以成貢事，偏手之說，信有之也。時□酋(6)尚幼，不與其事，今見其兄獨專厚利，故比例橫索耳。然今昔異時，我所以應之，亦當隨機觀變。昔貢市未定，虜情叵測，用間投餌，有不得不然者。今勢已大定，又當謹守韜鈐，為長久計，不宜苟幸目前而已。承示謂訓練鎮兵，振揚聲勢，最為自治長策。昔環洲(7)在鎮時，僕即以此告之，不意至今尚未成軍也。願公乘暇留神，疆場幸甚。(8)
居正對於俺答，只是一味羈縻，但是決不曲從。萬曆九年，俺答築城，請求朝廷給與人夫、車輛、物料。本來韃靼的威力，全在遷徙無常，追蹤不易，所以隨時採取攻勢，沒有被圍的可能，因此常處有利的局勢。現在俺答築城，便是一個失著。居正說起：「在稱虜之難制者，以其遷徙鳥舉，居處飲食，不與人同也。今乃服吾服，食吾食，城郭以居，是自敝之道也。」(9)這裡透露居正的高興；對於俺答的請求，他斷然地說道：「夫、車決不可從，或量助以物料，以稍慰其意可也。」事實上他對於俺答，有時不免有些幸災樂禍的意境。在居正的眼光裡，俺答只是他對付韃靼的一項工具。
居正對於遼東，還是不斷地籌劃邊防。九年三月，遼陽副總兵曹簠在長安堡打了一個敗仗，部下死亡三百十七人。敗報奏聞以後，曹簠獄。四月吳兌由兵部左侍郎改薊遼總督，居正和他說：
辱示虜情，一一領悉。遼左黠夷橫索，法不可縱，須熟計而審圖之。昔年王杲事，動出萬全，故至今虜眾帖服。昨得周巡撫(10)書，其言迂緩而無當，幸密投李帥計處。前遼陽事，損吾士馬甚眾，今亟宜措畫以備秋防，若曹簠之輕躁寡謀，免死為幸，亦宜重懲，勿事姑息也。(11)
王杲被殺是萬曆二年的事。萬曆元年建州都指揮王杲寇邊，一個韃靼的羈縻官，反覆無常，本來不是意外。遼東總兵李成梁隨即出兵討伐，經過一年有餘的戰爭，王杲失敗，逃匿阿哈納寨，恰巧曹簠時為參將，勒兵追擊，最後王杲被執斬首。居正提起這件事，觸動了吳兌的心事。他正在佈置局面相同的一幕。
中樞方面，萬曆八年以後，沒有什麼更動。內閣除了居正以外，還是張四維、申時行。六部一概照舊，只有禮部尚書潘晟在八年十二月致仕，由刑部侍郎徐學謨繼任，禮部尚書久已成為翰林官進身之階，學謨偏偏不是翰林，當時不免引起一些驚訝，不久也平息下去。九年四月兵部尚書方逢時致仕，由薊遼總督梁夢龍繼任，遵守本兵、邊鎮互調的原則。
不幸在各方協調的中間，居正病了。這是萬曆九年九月的事。神宗聽到，特遣御醫診視。居正上疏謝恩，並請給假調理。他說：
臣自入夏以來，因體弱過勞，內傷氣血，外冒盛暑，以致積熱伏於腸胃，流為下部熱症，又多服涼藥，反令脾胃受傷，飲食減少，四肢無力，立秋以後，轉更增劇。自以身當重任，一向勉強支持，又恐驚動聖心，未敢具奏調理，乃蒙宸衷曲軫，特遣御醫診視，傳奉溫綸，飲以良劑。念臣狗馬微軀，不自愛慎，以上貽君父之憂，沐此鴻恩，捐糜難報。但臣自察病原，似非藥餌能療，惟澄心息慮，謝事靜攝，庶或可痊，仍乞聖慈垂憫，特賜旬月假限，暫解閣務，俾得專意調理。倘獲就痊，臣即勉赴供職，不敢久曠，臣不勝感激懇祈之至。(12)
神宗得疏以後，一面派文書官太監孫斌，到居正私宅視疾，並賜鮮豬一口，鮮羊一腔，甜醬瓜、茄、白米二石，酒十瓶：一面又下聖旨：「宜慎加調攝，不妨兼理閣務，痊可即出，副朕眷懷。」所謂「不妨兼理閣務」，指在宅辦公而言，居正這一次小病，固是如此，後來大病的時候，還是如此。直到居正昏沉的當中，他始終沒有放棄政權。
居正病勢稍退，皇上的手諭到了：
諭張少師：朕數日不見先生，聞調理將痊可，茲賜銀八十兩、蟒衣一襲，用示眷念，先生其欽承之。月初新涼，可進閣矣。(13)
居正復疏自言：「仰惟天光薦被，宸眷郅隆，非臣捐軀隕首，所能報答，亦非敝楮殫毫，所能宣謝，唯有鏤之肺腑，傳之子孫，期世為犬馬，圖效驅馳而已。」經過幾天調攝以後，居正還沒有銷假，神宗再派文書官邱得用視疾，促其進見，又賜銀八寶四十兩，甜食、幹點心各一盒。居正續假五六日，又說：「臣養痾旅邸，倏已再旬，雖違遠天顏，曠離官守，而犬馬依戀之心，無時無刻，不在皇上左右。」(14)
居正對於神宗，固然在奏疏中，充滿依戀的感情，但是居正委實願意退休，五十七歲的人了，體力逐日衰耗，國事已經到了可以放手的階段，為什麼要戀位？居正也曾論到趙廣漢、蓋寬饒、韓延壽、楊惲這一群人的命運：
趙、蓋、韓、楊之死，史以為漢宣寡恩，然四子實有取禍之道。蓋坤道貴順，文王有庇民之大德，有事君之小心，故曰：「為人臣，止於敬也。」四臣者，論其行能，可為絕異，而皆剛傲無禮，好氣凌上，使人主積不能堪，殺身之禍，實其自取。以伯鯀之才，惟傲狠方命，雖舜之至德，亦不能容，況漢宣乎？易曰：「坤道其順乎。」承天而時行，畢志竭力，以濟公家之事，而不敢有一毫矜己德上之心，順也。險夷閒劇，惟上之命，而不敢有一毫揀擇趨避之意，順也。內有轉移之巧，而外無匡救之名，順也。怨任之於己，美名歸之於上，順也。功蓋宇宙，而下節愈恭，順也。身都寵極，而執卑自牧，順也。然是道也，事明主易，事中主難；事長君易，事幼君難。(15)
居正《雜著》隱指時事的不止一篇，這是指的什麼？是指他自己麼？居正事君當然不是趙、蓋、韓、楊的剛狠，但是居正威權震主，也不是趙、蓋、韓、楊可以同日而語。趙、蓋、韓、楊不過是態度的不遜，居正便是權勢的衝突。坤道其順，居正列舉六端，相信自己已經做到，但是「事中主難」，「事幼君難」，居正對於自己的困難，又何嘗不清楚？從萬曆八年起，他決定致仕，但是當時的環境，不容致仕。最痛心的，是造成這個環境的，只是居正自己。「人之生也，固若是芒乎！」(16)這才是人生的悲劇。
在書牘中，居正也留下幾封信，透露他的心境：
賤體入夏即病，荏苒數月，殊覺委頓。今雖眠食稍復，然病根未除，緣弱質譾才，久負重任，筋力既竭，而鞭策不已，遂致顛蹶耳。頃欲借此乞骸，而主上先覺此意，頻遣中使，薦賜寵問，又促令早出視事，使僕無所啟齒。不得已，黽勉趨朝，擬俟來年皇儲誕慶，當果此願耳。(17)
賤體以勞致病，入夏至今，尚未全愈，乞歸不得，益覺委頓，擬來歲皇儲誕後，當決計乞骸，或得與公相從於衡湘煙水間也。(18)
賤體近日，始覺稍愈。十年之間，晝作夜思，從少至今，所為食聚貯積者，日張施於外，遂成貧子。要欲及今齒發尚健，早棄人間事，從吾初服，非自愛幻軀，蓋盈虛消息，天道固宜爾也。(19)
萬曆九年十月，居正歷官一品，除去在京守制的日期，已經十二年，考滿，照例自陳，請求解職。神宗詔令復職，隨遣司禮監太監張誠恭頒手敕，賜銀二百兩，坐蟒、蟒衣各一襲，歲加祿米二百石。除此以外，神宗又著吏部、禮部，議擬恩例，在兩部復疏以後，神宗傳旨：
卿等說的是。元輔受先帝遺命，輔朕十年，精忠大功，冠於先後，茲實歷一品，已及十五年，恩數委當優異，著支伯爵祿，加上柱國、太傅，兼官照舊，給與應得誥命，還寫敕獎勵，賜宴禮部，蔭一子，與做尚寶司司丞，用見朕崇獎元勳至意。(20)
居正奉命以後，上疏再辭，第二疏詞更痛切，他說：
臣閭巷韋布之士耳，非有碩德鴻才，可以庶幾古人之萬一。幸逢英主在上，臣得以譾劣，佐下風，效啟沃，十年之間，志同道合，言聽計從，主德昭宣，聖化旁洽，伊尹之所願見者，臣親見之，其所愧恥者，臣幸無之，即千萬世而下，頌我皇上聖德神功為堯舜之主，臣亦得以竊附於堯舜之佐矣。此之榮遇，雖萬鍾之享，百朋之錫，豈足以擬之哉！故臣向者每被恩命，輒控辭而不已者，良以所慶幸者大，而爵祿非其所計也。乃若詔祿、詔爵，雖朝廷所以馭臣之典，亦宜稍加節制，而不至橫溢，乃足為勸。三公穹階，五等厚祿，上柱崇勳，在先朝名德，鹹不敢當，乃一朝悉舉而畀之於臣，所謂溢恩濫賞也。至於符節世賞，部宴大烹，臣前九年考滿，皆已冒叨，茲又豈可重領？反覆思惟，如墜淵谷，故不避煩瀆，再控於君父之前。伏望聖慈，諒臣之衷，素無矯飾，矜其愚而俞允焉。碎首隕軀，不敢忘報。(21)
神宗得疏，特准辭免伯祿、上柱國、部宴。居正晉太傅。明朝太師、太傅、太保皆為死後贈官，文臣生加三公的，自居正始，以前是沒有的。
萬曆十年的春天，寒風尚在塞外逗留的時候，這一位從嘉靖初年即向大同進攻，其後屢困北京而終於投降朝廷，接受封爵的順義王俺答死了。俺答一死，對於居正是一個憂慮。西部韃靼的領導權，屬於哪一個？會不會因為俺答之死，全部重新接受土蠻的領導，和朝廷作戰？會不會再起一次分裂？分裂也許對於朝廷有利，但是一經分裂，更易促成土蠻擴展的成功，便對於朝廷有害。居正想起俺答的後妻三娘子。十二年以前的事了，因為俺答對於三娘子的迷戀，才有把漢那吉的投降，以後引起封貢的成功，北邊的安定；飲水思源，當居正想起國家的堅強和自己的事業，他能忘去三娘子麼？三娘子是一根繩索，有了三娘子便可以約束俺答，約束韃靼。在吳兌總督宣大的時候，三娘子入關進貢，吳兌贈她八寶冠，百鳳雲衣，紅骨朵雲裙。真好看！這一套繡花的衣裙，把三娘子迷戀了；究竟還是吳太師好！以後，在朝廷和韃靼交涉的當中，朝廷的第一個友人便是三娘子。
居正在俺答身死的前後，幾次和邊鎮督、撫談起：
承示，虜王病篤，今番恐不能起矣。頃報套虜西搶者，知虜王病，亦皆洶洶；況板升之人，素依老酋為主，老酋死，把吉弱，不能撫其眾，加以荒旱，諸夷思亂，虜中自此多事矣。那吉忿老酋之分其眾，即欲西牧，其智略可知矣。此虜初降，吾撫之甚厚，今當急收之，使與哈酋同心協力，一應貢市事宜，悉如老酋在時行。黃酋病不死，必且譸張為患，公宜乘時厲兵秣馬，厚撫戰士，為自固之計。老酋若死，虜中有變，隨機應策，在我自有餘力矣。(22)
奉翰示，料度虜情，一一中的，敬服。今日之事，惟當鎮靜處之，隨機應之，勿過為張皇，輕意舉動，致令惶惑，興起事端也。昨督撫欲條議，僕即力止之。俺酋未死數年之前，僕已逆慮及此。諸公但審偵虜情，亟以見教，聖明在上，自有主斷也。虜中無主，方畏我之閉關拒絕，而敢有他變！但爭王爭印，必有一番擾亂，在我惟當沉機處靜，以俟其自定。有來控者，悉撫以好語，使人人皆以孟嘗君為親己，然後視其勝者，因而與之，不宜強自主持，致滋仇怨也。(23)
哈酋與諸部，議論不合，虜中亦須有此情狀，乃可施吾操縱之術，今且不可合解之。至於虜婦守孝三年之說，此必不能行者，俟諸酋既集，議論已定，彼一婦人，終當為強者所得耳，何能為乎？順義恤典，下部議復，仍當從旨中加厚，以示天恩。(24)
襲王之事，大都屬之黃酋，但須將今年貢市事，早早料理，以見表誠悃，而後可為之請封。諺雲，「若將容易得，便作等閒看。」務令大柄在我，使之覬望懇切，而後得之，乃可經久。然虜情多變，亦難預設。聞近日哈酋與虜婦及諸酋議論不合，頗為失歡，若果有此，且任其參差變態，乃可施吾操縱之術也。(25)
安兔吉無知，戕我旗牌，掠我頭畜，此等事在亦常有，但此虜王新歿，在我當申嚴舊約之時，而彼酋乃敢咆哮如此，不一懲之，釁端起矣。既黃酋之子，宜即責黃酋處之。彼方覬承封爵，若其子不能制，他日安能統大眾乎？此亦制馭之一端也，幸惟審圖之。(26)
居正對於韃靼方面，全是因應。俺答初死，他似有支持把漢那吉的意念。看見那吉的威望不夠，他便吩咐沿邊督撫靜以待動，對於各個候補者，分別給予應得的好感。最後黃台吉繼立的形勢已成，他不妨支持黃台吉，但是他要黃台吉對於朝廷表示恭順。冊封的權力在朝廷，要服從朝廷，才得到順義王的尊號。三娘子要守孝三年，也許是穿著百鳳雲衣的日子多了，漢化的程度加強，所以有這個主張。但是居正所期望於三娘子的，不是她的漢化，而是她的再嫁韃靼領袖，繼續替朝廷做一個控制韃靼的工具。黃台吉襲封以後，三娘子帶著部眾走了。黃台吉認定這是父親的遺產，自己當然有繼承的權利，帶著部隊向西跟逐。宣大總督認定三娘子是一個得力的工具，假如她和黃台吉脫離，失去應有的作用，對於朝廷，便是一種損害，連忙派人和三娘子說：「夫人能和順義王同居，朝廷的恩賜當然繼續不絕，否則只是塞上一個韃靼婦人，說不上恩賞了。」三娘子這才停下來，重新回到順義王的懷抱；在明朝人看來，究竟有一些詫異，但是三娘子生活在另外一個環境裡，遠談不上這些。
北邊的問題解決，東北的問題又來了。萬曆九年，土蠻和朝廷打過幾次仗，但是現在又求和了。居正只要韃靼繼續在分裂的狀態裡，決不輕易言和，所以和遼東巡撫周流說起：
承示，土酋求貢，諒無詐偽。彼蓋艷於西虜貢市之利，乘俺酋死，故申前請耳。但遼左地形、事勢，錢糧、虜情，俱與宣大不同。且俺酋自嘉靖中季，連年求貢，彼時廟謨靡定，迄未之許，至隆慶間，會有那吉來降之事，而彼又執我叛人，遵我約束，因而許之。彼既愜其素志，又啖我厚利，故奉命惟謹。今以土酋之事揆之，其情異矣，遽爾許之，和必不久，徒弛我邊備。俟一二年後，觀其事機何如，乃可處之。(27)
萬曆十年二月，居正疏請蠲除宿逋，完成一件宿願。自萬曆之初，考成法實行以來，賦稅方面，經過切實的整頓，國家財政，有了良好的基礎，現在已是休養生息的時候了。事先，應天巡撫孫光祜上疏請求蠲除，居正覆信說：「蠲除宿逋，責完新賦，僕久有此意，擬俟皇儲大慶，罩恩海內，今皇女生，則事不果矣。大疏即屬所司議處，亦可推之各省也。」(28)這時居正只準備從各省推行，還沒有整個的計劃。十年之初，陝西巡撫蕭廩具函居正，再請豁免帶徵，居正覆信說：「承示，帶徵逋賦，苦累有司，僕亦久知之，目下方欲面奏，請恩蠲豁，不必具疏矣。」(29)二月間，居正疏稱：
竊聞致理之要，惟在於安民，安民之道，在察其疾苦而已。邇年以來，仰荷聖慈，軫念元元，加意周恤，查驛傳，減徭編，省冗員，懲貪墨：頃又特下明詔，清丈田畝，查革冒免，海內欣欣，如獲更生矣。然尚有一事為民病者，帶徵錢糧是也。所謂帶徵者，將累年拖欠，搭配分數，與同見年錢糧，一併催征也。夫百姓財力有限，即一歲豐收，一年之所入，僅足以供當年之數，不幸遇荒歉之歲，父母凍餓，妻子流離，見年錢糧尚不能辦，豈復有餘力完累歲之積逋哉！有司規避罪責，往往將見年所征，那作帶徵之數，名為完舊欠，實則減新收也。今歲之所減，即為明年之拖欠，見在之所欠，又是將來之帶徵。如此連年，誅求無已，杼軸空而民不堪命矣。況頭緒繁多，年分混雜，征票四出，呼役沓至，愚民竭脂膏以供輸，未知結新舊之課，里胥指交納以欺瞞，適足增溪壑之欲；甚至不才官吏，因而獵取侵漁者，亦往往有之。夫與其敲扑窮民，朘其膏血，以實奸貪之囊橐，孰若施曠蕩之恩，蠲與小民，而使其皆戴上之仁哉？昨查戶部，自隆慶元年起，至萬曆七年止，各直省未完帶徵錢糧一百餘萬，兵、工二部，馬價、料價等項不與焉。而蘇、松兩府，拖欠至七十餘萬，蓋以彼處稅糧原重，故逋負獨多，其間固有豪右奸猾，恃頑不納者，然窮民小戶，不能辦者亦有之，而有司之令但能行於小民，不能行於豪右，故催科之苦，小民獨當之。昨該應天巡撫孫光祜具奏請用，戶部以干係國計，未敢擅便議復。臣等竊謂布德施惠，當出自朝廷，若令地方官請而得之，則恩歸於下，怨歸於上矣。臣等愚見，合無特諭戶部，會同兵、工二部，查萬曆七年以前，節年逋負幾何，除金花銀兩，系供上用，例不議免外，其餘悉行蠲免：止將見年正供之數，責令盡數完納，有仍前拖欠者，將管糧官員，比舊例倍加降罰。夫以當年之所入，完當年之所供，在百姓易於辦納，在有司易於催征，閭閻免誅求之煩，貪吏省侵漁之弊，是官民兩利也。況今考成法行，公私積貯，頗有盈餘，即蠲此積逋，於國賦初無所損，而令膏澤洽乎黎庶，頌聲溢於寰宇，民心固結，邦本輯寧，久安長治之道，計無便於此者，伏乞聖裁施行。(30)
居正《蠲除積逋疏》，使人悠悠地想起萬曆初年的情勢。萬曆四五年間戶科都給事中蕭彥疏稱：「察吏之道，不宜視催科為殿最。昨隆慶五年，詔徵賦不及八分者，停有司俸；至萬曆四年，則又以九分為及格，仍令帶徵宿負二分，是民歲輸十分以上也。有司憚考成，必重以敲扑，民力不勝，則流亡隨之。」(31)主張歲輸十分以上的是居正，疏請蠲除積逋的也是居正。是自相矛盾，還是心理變化？其實居正只是一貫的居正，在國家財政基礎尚未穩定以前，當然嚴追舊欠；到了已經穩定以後，不妨蠲除積逋。量出為入，正是居正在財政方面的作風。這裡還得看到支出的情形。在整頓國防，安定民生的項下，國家增加支出，人民增加負擔，本來無可逃避。及至韃靼的威脅已經解除，黃河、運河的工程已經完成，乃至驛遞已經整頓，冗官已經廢除，人民的負擔便應當減輕，所以居正隨即疏請減輕。這是萬曆十年的一件好事。不久以後，居正死了，國庫逐漸空虛，商稅、礦稅，加征、加派，從此財政擾亂，成為明朝覆亡的主因。
萬曆十年二月間，浙江發生兵變。事情是這樣的：浙江巡撫吳善言奉詔裁減東、西二營兵士月餉，兵士鬧起來了，馬文英、劉廷用為首，捉住巡撫痛打一頓。居正看定只有張佳胤可以平定這次的變故，佳胤已經內調兵部右侍郎，隨即奏請改調浙江巡撫。匆匆中佳胤到浙江去了，在路上又聽到杭州「民變」的消滅。佳胤和來人說：
「變兵和變民已經聯合嗎？」
「還沒有。」來人說。
「趕快走，」佳胤欣然說，「也許還來得及把他們分開。」
匆忙的當中，新任巡撫不動聲色地到了杭州。「亂民」正在城中放火搶掠，入夜以後，火光照滿全城。佳胤吩咐游擊將軍徐景星和東、西二營說：「要贖罪，便先把『亂民』平下來。」兵士們痛打吳巡撫以後，心緒惶惶的，不曉得張巡撫來怎樣處治。得到這個消息，他們高興極了，營門一開，刀槍齊舉，烏合的群眾，哪裡是他們的對手，一共捉了一百五十人，送到巡撫衙門。佳胤下令殺去三分之一，一面召馬文英、劉廷用等領賞。他們來了一共九個，都是上次「事變」的首領，這次「平亂」的功臣。文英們高興地來了，不提防徐景星把他們捉住，一刀一個，頃刻之間，「民變」「兵變」完全解決，張佳胤不動聲色地把浙江鎮壓下來。這是佳胤的辣手，也是統治者居正的要求。
遼東方面的關係更大了。三月間泰寧部長速把亥和兄弟炒花、兒子卜言免，率領部下進攻義州。二十年來，速把亥是遼東的禍魁，有時單獨進攻，有時糾合土蠻進攻，在朝廷軍隊進討的時候，他跑走了，但是朝廷軍隊回營以後，他又不斷地犯邊。這次遼東總兵李成梁率領軍隊在鎮夷堡伺候他。速把亥領導部下殺上來了，參將李平胡伏兵半途，一枝箭射過去，恰巧射中速把亥。撲答一聲，速把亥掉在地下，護著脅間的創傷。李平胡的家奴李有名搶步上前，舉刀一砍，進犯遼東的首領割下。韃靼武士退卻了。朝廷一共殺去一百餘人，連帶一個速把亥。炒花慟哭一場，結束這一次的戰局。
萬曆十年二月中，居正病了，最初只覺得委頓，但是斷不定是什麼病，後來才認定是痔，從割治方面著手。居正在書牘和奏疏中都有記載：
賤恙實痔也，一向不以痔治之，蹉跎至今。近得貴府醫官趙裕治之，果拔其根。但衰老之人，痔根雖去，元氣大損，脾胃虛弱，不能飲食，幾於不起。日來漸次平復，今秋定為乞骸計矣。門牆夙愛，敢告嚮往。(32)
臣自去秋，患下部熱病，仰荷聖慈垂憫，賜假調理，雖標症少減，而病根未除，纏綿至今，醫藥罔效。近訪得一醫人，自家鄉來，自言能療此疾，屢經試驗，其術頗精，但須靜養半月、二十日，乃得除根。臣伏自念，年迫衰遲，久嬰疾患，比者恭侍講讀，皇上見臣肌體羸瘦，詢問左右，察臣所苦，是犬馬賤軀，蓋未嘗不仰廑聖念也。今幸得此醫人，專意療治，竊冀痊復有日，足以仰慰君父眷念之懷，故敢不避煩瀆，仰祈聖慈，俯賜寬假二旬、一月，暫免朝參、侍講，至於閣中事務、票擬、題奏等項，容臣於私寓辦理，免其出入趨走之勞，庶幾醫藥靜專，奏效可覬。痊可之日，即趨走闕庭供事，不敢久曠也。臣誠怙恃恩眷，仰瀆宸嚴，不勝惶驚戰慄之至。(33)
在家居養病的當中，居正想起徐階來了。隆慶六年秋間徐階七十歲，居正曾有一篇《少師存齋徐相公壽序》(34)，作文的時候，高拱已經去位，居正當國，序中曾經說起：「後來者遵公約束，庶幾畫一之治，竊比於宋元祐耆碩者，公何啻君實，顧余於呂晦叔何如耳。」元祐時代，司馬光以國事交付呂公著；隆慶時代，徐階以國事交付自己。居正在十年前，原有很大的抱負，現在他知道抱負不但已經一一實現，而且在許多方面，超過當日的預期。「這總算對得起老師了。」居正想。他知道老師的生日在九月二十日，時期還早，但是準備總得早一點。居正上疏請求優禮耆碩，派遣行人存問，量加賞賚，他稱述徐階的功勞道：
臣等看得原任少師大學士徐階，當世宗時，承嚴氏亂政之後，能矯枉以正，澄濁為清，懲貪墨以安民生，定經制以核邊費，扶植公論，獎引才賢，一時朝政修明，官常振肅，海宇稱為治平，皆其力也。(35)
神宗得疏以後，隨即派行人存問，仍賜銀五十兩、大紅紵絲蟒衣一襲、綵緞四表裡，繼去敕諭一道，略言：
卿才優王佐，學擅儒宗，早馳譽於清華，歷試功於盤錯。簡知皇祖，晉院台司，履忠順以事一人，持廉靖而先百辟。當檢壬之既黜，更治化以維新，懲貪墨而仕路肅清，獎忠直而真才匯進。申明典制，多安邊裕國之籌，默運樞機，有尊主庇民之略。定邦本於危疑之際，宣上德於彌留之中。翼我先皇，嗣基圖而撫方夏，保予沖子，升儲貳以奉宗祧。方倚重於黃扉，遂乞閒於綠野。後先多績，朝廷資其典刑，終始完名，寰宇想其風采。(36)
定邦本兩句，上聯指徐階擁立裕王，下聯指世宗遺詔，說得非常得體。郭璞、高拱認為徐階擅傳遺詔，現在由神宗給他們一個具體的答覆。這道敕諭，大致唯有居正，才能擬得如此真切。
徐階的生日近了，居正吩咐懋修請吏部侍郎許國代擬壽序。序成以後，居正不滿意，在病中掙扎著自己做一篇。他說：
居正嘗謂士君子所為尊主庇民，定經制，安社稷，有自以其身致之者，有不必身親為之，而其道自行於天下，其澤自被於蒼生者。竊以為此兩者，唯吾師兼焉。當嘉靖季年，墨臣柄國，吾師所為矯枉以正，激濁而清者，幸及耳目，其概載在國史，志在搢紳，里巷耇長，尚能道焉，此以身致治者也。比成功而歸老也，則摯其生平所為經綸蓄積者，盡以屬之居正。居正讀書中秘時，既熟吾師教指，茲受成畫，服行惟謹。萬曆以來，主聖時清，吏治廉勤，民生康阜，紀綱振肅，風俗樸淳，粒陳於庾，貫朽於府，煙火萬里，露積相望，嶺海之間，氛廓波恬，漠北驕虜，來享來王，鹹願保塞，永為外臣，一時海內，號稱熙洽。人鹹謂居正能，而不知蓋有所受之也。此不必身親為之者也。故此兩者，唯吾師兼焉。(37)
徐階做壽的時候，讀到這篇壽序，應當慶幸當日認識正確，付託得人吧，但是當他想起這個學生，他知道已經沒有見面的可能了。短短的幾個月，在人生的道途上，劃下不可逾越的界限！
十年三月以後，居正請假在宅票擬。痔根割去了，但是精神還是委頓。長子敬修不在面前，隨侍的只有嗣修、懋修、簡修。允修已回江陵，準備鄉試，靜修還小。居正病勢不算嚴重，但是用藥敷治，不能行動。神宗屢次派太監慰問；一次是司禮太監張鯨，一次是文書官吳忠；賞賜也不斷地頒下，白銀、銀八寶、蟒衣、甜食、幹點心、燒割，一切都有。據說有一次神宗因為居正久病，甚至掉下眼淚，飯都不想吃。居正只有申述病況，再請給假。他說：
緣臣宿患雖除，而血氣大損，數日以來，脾胃虛弱，不思飲食，四肢無力，寸步難移，須再假二十餘日，息靜休攝，庶可望痊，蓋文書官所親見，非敢托故也。(38)
從血氣虧損，轉到脾胃衰弱，居正病狀，日漸沉重。神宗正在盼望他從速銷假；居正何嘗不願入閣辦事？可是期望愈急，病勢愈重。矇矓中，居正夢見神宗派遣自己往祀女神。女神是誰啊？他連忙派兒子往泰山祀神，一面和山東巡撫說起：
賤恙一向不以痔治，遷延十有餘年，故病日深。近訪得一明醫，仰蒙聖恩，賜假治療，乃得拔去病根。今病雖除，而血氣虧損已甚，脾胃虛弱，不思飲食，四肢無力，寸步難移，按之生理，尚屬艱難。前夢皇上使僕持雙節往祀一女神，蓋欲吁神以祈祐雲。竊思女神之貴者，莫如泰安之仙妃，今遣小兒繼香帛往祀焉。恐執事不知其由，敢敬以聞。(39)
三四月的天氣漸漸回暖，陽光照滿北京的郊野，前去泰安的人回來了，但是居正的病勢日見沉重。仙妃的保祐，只是一個幻夢，剩給居正的是重大的負擔和纏綿的病軀。內閣中還有張四維、申時行，但是稍為重要的公事，四維不敢專擬，一切送到居正病榻面前，聽候處分。
六月初一日食，初四以後，彗星在天空出現，蒼白的光芒，像一匹練，由西北直指五車星座。居正本來準備秋間退休，現在決定退休了，疏稱：
臣自思病以來，靜攝調治，日望平復，乃今三月，元氣愈覺虛弱，臥起皆賴人扶，肌體羸疲，僅存皮骨，傍人見之，亦皆為臣悲悼，及今若不早求休退，必然不得生還！且古有災異，則策免三公，今廷臣之中，無居三公之位者，獨臣叨竊此官。頃者蒼彗出於西方，日食午陽之旦。(40)伏思厥咎，惟在於臣，正宜罷免以應天變。伏望慈聖垂憫，諒臣素無矯飾，知臣情非獲已，早賜骸骨，生還鄉里，倘不即填溝壑，猶可效用於將來。臣不勝哀鳴懇切，戰慄隕越之至。(41)
神宗見疏，下詔慰留：
朕久不見卿，朝夕殊念，方計日待出，如何遽有此奏！朕覽之，惕然不寧，仍准給假調理。卿宜安心靜攝，痊可即出輔理，用慰朕懷。(42)
在上諭慰留中，居正病勢毫無起色，他只是一意請求退休。十二日，遼東鎮夷堡大捷，勘實復奏，上諭分別論功，進居正太師，加歲祿二百石，一子由錦衣衛指揮僉事進為世襲同知。以前遇到恩賜，居正照例三辭、四辭，認定人臣有先功後祿之義，同時也因為位高身危，究竟是一個可以戒懼驚惕的情勢。現在他已經昏沉了，他說不敢接受，但是他也沒有堅辭，不久以後，神宗的手敕來了，恭捧聖諭的司禮太監帶來許多賞賜：銀八寶四十兩、甜食二盒、幹點心二盒、燒割一分。手敕說：
諭太師張太岳，朕自沖齡登極，賴先生啟沃佐理，心無所不盡，迄今十載，四海昇平，朕垂拱受成，先生真足以光先帝遺命，朕方切倚賴，先生乃屢以疾辭，忍離朕耶！朕知先生竭力國事，致此勞瘁，然不妨在京調理，閣務且總大綱，著次輔等辦理。先生專養精神，省思慮，自然康復，庶慰朕朝夕惓惓之意。(43)
居正復疏只稱：「臣病困之餘，不能措辭，感謝之悰，言不能悉。」
十二日以後，居正病勢更重，他勉強作一次掙扎，上疏再懇生還，說起：
縷縷之哀，未回天聽，憂愁抑鬱，病勢轉增。竊謂人之欲有為於世，全賴精神鼓舞，今日精力已竭，強留於此，不過行屍走肉耳，將焉用之！有如一旦溘先朝露，將令臣有客死之痛，而皇上亦虧保終之仁，此臣之所以局蹐哀鳴而不能已於言也。伏望皇上憐臣十年拮据盡瘁之苦，早賜骸骨，生還鄉里，如不即死，將來效用尚有日也。(44)
垂死的哀鳴，沒有打動神宗的心坎。上諭只說：
卿受皇考顧命，夙夜勤勞，朕方虛己仰承，眷倚甚切。卿何忍遽欲捨朕而去，又有此奏，覽之動心。宜遵前旨，專心靜攝，以俟痊日輔理，慎勿再有所陳。(45)
從此以後，居正說不到退休，說不到生還，更說不到效用有日。六月十八日，神宗派司禮太監責手敕慰問居正。敕言「聞先生糜飲不進，朕心憂慮，國家大事，當為朕一一言之。」昏沉的當中，居正疏薦前禮部尚書潘晟，吏部左侍郎余有丁，神宗隨即令潘晟為禮部尚書兼武英殿大學士，余有丁為禮部尚書兼文淵閣大學士。以後，居正再薦戶部尚書張學顏、兵部尚書梁夢龍、禮部尚書徐學謨、工部尚書曾省吾，及侍郎許國、陳經邦、王篆，才可大用。人才太多了，內閣一時容不下，神宗把人名粘在御屏上，以備召用。居正昏迷了，大家眼見得這是唯一的機會，不肯放手。潘晟是馮保的老師，馮保勉強居正推薦；梁夢龍、曾省吾是居正的門生；王篆是居正長子敬修的親家；徐學謨在居正歸葬的時候，是撫治鄖襄都御史，以後居正再三提拔，現在也名列御屏了。有能力的固當推舉以備國家棟樑之選，有關係的也在這個庇蔭之下，同時列名。居正昏迷之中，只得由他們去了。
六月十九日，居正病勢已經非常嚴重。神宗再派太監慰問，便中詢問身後的措置。在昏瞶迷惑的當中，居正說了幾句不明不白的話。
第二天，六月二十日，居正捨棄十六年始終不放的政權、十年以來竭誠擁戴的皇帝，和六千餘萬中國的人民，(46)死在北京的寓所，遺下七十餘歲的母親、三十餘年的伴侶，和六個兒子、六個孫子。神宗不曾和他說過嗎？「先生功大，朕無可為酬，只是看顧先生的子孫便了。」居正已經把他的生命貢獻國家，在臨死的時候，他用不到顧慮自己的子孫。
神宗得到居正病歿的消息，下詔罷朝數日。兩宮皇太后、皇上，和皇弟潞王，賜賻銀一千餘兩，司禮太監張誠監護喪事。一切飾終的典禮都完備了：贈上柱國、賜謚文忠、予一子尚寶司丞、賜祭十六壇。居正靈樞將發的時候，內閣張四維、申時行、余有丁疏請派員護送，隨即派定太僕少卿於鯨，錦衣衛指揮僉事曹應奎護送回南。趙太夫人也在同時南回江陵，護送的是司禮太監陳政。江陵的山水無恙吧！三十六年以前，看到一位少年入京會試，成為新科的進士；三十六年以後，又看到這位進士回來，成為功業彪炳的張文忠公。
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