1939年，一群從中歐，尤其是從匈牙利流亡到美國的物理學家，包括利奧·西拉德（Leo Szilard，1898—1964）、愛德華·泰勒（Edward Teller，1908—2003）和尤金·維格納（Eugene Wigner，1902—1995）在內，試圖警告美國政府，納粹德國正在進行原子彈研究，並且有可能會贏得研製原子彈競賽的勝利。「鈾元素會變成一種重要的新能源……也可以用來製造炸彈……只要一個這種類型的炸彈，用船運出去，並且使之在港口爆炸，很可能就會把整個港口連同它周圍的一部分地區一起毀掉。」他們想借助愛因斯坦的巨大影響，給美國總統羅斯福寫封信，建議美國政府注重並直接介入核武器研究。1939年8月2日，愛因斯坦在西拉德起草的信上簽字。由於愛因斯坦的這封信，美國加入了研製原子彈的競賽，並依托其巨大的科技實力，開展了人類歷史上最偉大的「曼哈頓計劃」，成為在「二戰」中唯一成功研製出原子彈的國家。
對愛因斯坦而言，「戰爭是一種疾病」，他呼籲抵抗戰爭。他寫給羅斯福的那封信違反了他自己所支持的和平主義。在去世前一年，愛因斯坦說：「我一生中犯了一個巨大的錯誤，那就是簽署了那封要求羅斯福總統研製核武器的信。但是犯這個錯誤是有原因的——德國人研製核武器的危險是存在的。」
除了聖雄甘地，愛因斯坦還崇敬「原始森林醫生」史懷哲（Albert Schweitzer，1875—1965），認為他是「當代最純粹的道德哲學家」。他在1953年4月給出版商的信中寫道：「我與史懷哲見了兩次面，交談了很長時間。在我看來，他是西方世界唯一能與甘地媲美，對我們這一代產生了超越國家道德影響的人。正如甘地一樣，這種影響主要是通過他畢生的實際事業產生的榜樣所帶來的。」
1952年，在廣島和長崎事件發生七年後，日本人民終於看到了原子彈所造成的巨大破壞的照片。面對這些勾起戰爭回憶的圖像，他們對愛因斯坦在原子彈研製過程中所扮演的角色，以及原子彈在將來的應用前景感到困惑。為此，《改造》雜誌的編輯勝原（Katusu Hara）1952年9月15日給愛因斯坦寫了一封信，他在信中提出了四個問題：1.當看到展示原子彈巨大破壞力的照片時，您的反應是什麼？2.對於一個毀滅人類的工具，您如何看待原子彈？3.大家都預測，下一場世界大戰將是一場核戰爭。這是否意味著人類的毀滅？4.您很清楚原子彈具有巨大的毀滅力，為什麼還要參與原子彈的研製？
愛因斯坦在五天後（1952年9月20日）做出了回復。本文同年秋天在日本東京的《改造》雜誌上發表。
在原子彈研製過程中，我只參與了一件事：簽署了一封寫給羅斯福總統的信，強調有必要開展大規模實驗，來調查生產原子彈的可行性。
我很清楚，如果實驗成功，將會對人類造成可怕的威脅。但德國人正在致力於研究相同的問題，而且有可能取得成功，這迫使我採取這一步驟。我別無選擇，儘管我一直都是個堅定的和平主義者。在我看來，戰爭中殺人絲毫不比普通謀殺好多少。
但是，只要各國不打算通過共同行動來結束戰爭，並以現有法律為根據通過和平協商來解決他們的爭端和保護他們的利益，他們就不得不為戰爭做準備。他們覺得必須採取一切可能的手段，即使是最卑鄙的手段，這樣才不會在常規的軍備競賽中落後。這條道路必然導向戰爭，在當前情況下，意味著全人類的毀滅。
在這種情況下，反對製造某些特定的武器，也於事無補；唯一的解決方法是徹底廢除戰爭，消除戰爭的威脅。這才是我們應該努力為之奮鬥的目標。一切與這個目標相違背的行動，我們都必須予以堅決抵制。這對於任何一個意識到自己有賴於社會的人來說，都是一個很強烈的要求，但並不是一個不可實現的要求。
甘地，我們這個時代最偉大的政治天才，已經為我們指出了一條道路。他讓我們表明，人們一旦發現正確的道路，能夠為之付出多大犧牲。他為印度的解放所做的工作就是一個生動的例證，證明了憑借堅定的信念，人的意志要比那些看似不可戰勝的物質力量更強大。