整個20世紀50年代，乃至60年代，外省人占台灣地區人口的一成半，但是台灣當局、軍隊、國民黨中央、大型公營企業幾乎每個高級職位，全給外省人佔了。在地方上，外省人的主導地位一樣無所不在。例如，1963年全島二十四個縣市警察局局長，沒有一個本省人，一百二十個分局長當中，只有五個本省人。 [1]
本省籍人士除了國民黨之外，找不到其他政治組織可以依附。安全管控嚴峻實質上使得民間連溫和表示反對都不敢。「警備總部」找不到太多對像需要鎮壓或甚至嚴重「警告」。可是，還是有五千名左右台灣本省人被當作政治犯拘押，作為對有心反政府人士的活教材。 [2]
可是，國民黨維持法律與秩序不單是靠高壓震懾，它在多數台灣農民、商人群中享有程度不等的支持，因為他們不僅是經濟政策的受益人，也是國民黨推動政治穩定的受惠者。民間企業主有八成是本省人。1949年台灣農民約三分之二是佃農；到了60年代初期，已有三分之二農人自己擁有耕地。這些新地主社會地位和自尊大幅提升，產生榮譽感和責任心。結果之一是，他們以選民乃至候選人的身份積極參與國民黨掌控的地方選舉。 [3] 然而，一般認為，如果允許出現活躍、自由的在野反對勢力，農人、商人對國民黨的支持很快就會消逝。
有些黨外政治領袖，如台北市前任市長高玉樹等，希望美國能支持他們以黨外身份在有限的地方政治與選舉中摻一腳。可是在60年代中期，高玉樹等人很痛苦，因為他們覺得縱使他們有心合作，並沒有得到外省人善意回應，也沒有得到美方理解。不過他們還是繼續在蔣家父子所允許的有限度之參政體系內努力。華府並沒有對台灣直接施加壓力以放鬆此一限制，但是美方與台灣境內對這個問題的態度逐漸起了變化。
少數本省人開始在政府及國民黨內受到重用，蔣經國拔擢台籍人士徐慶鍾出任國民黨中央黨部副秘書長，徐氏回過頭來提拔他一位台籍學生、農業專家李登輝。李登輝成為學界、官場一個非正式組織「農經派」成員。20世紀60年代農經派的主幹人物是中美農村復興聯合委員會秘書長蔣彥士——一位擁有美國明尼蘇達大學農業博士學歷的浙江老鄉。
蔣彥士由美國回國後，在農復會裡晉陞極快。20世紀50年代初期蔣介石指示高級助理，要注意物色青年才俊，提供給經國儲才養士。有一天蔣彥士突然奉召晉見蔣介石，稍後即接到經國的電話；又隔不久，經國就來拜訪他。 [4] 蔣彥士在1961年升任農復會委員；多年下來，他與蔣經國發展出深厚的公私情誼。外界謠傳，他們倆交情好原因之一是，蔣彥士也喜歡夜裡出遊，與女人廝混。
蔣彥士官位上升，也提拔李登輝。蔣彥士和台灣島內都不知道李登輝還在台灣大學農業經濟系唸書時，曾秘密加入共產黨外圍組織。
根據有些報道的說法，李登輝成為中共黨員或候補黨員。但是他不久就得到結論：共產主義與他的基督徒信仰有太多衝突，因此在1947年「二二八」事件之前就正式向他所屬小組申請退黨。在「二二八」事變當中，知道李登輝加入中共外圍的人，不是被殺就是逃到大陸，李登輝的身份沒有曝光。1965年，李登輝得到洛克菲勒獎學金到康奈爾大學唸書。蔣彥士把李的博士論文《台灣經濟發展過程中農工部門間之資本流動》介紹給蔣經國注意。雖然這篇論文題目不動人，但經國顯然對內容相當欣賞。李登輝1969年回到台北，被派任為農復會農村經濟組組長。1970年，在蔣彥士和徐慶鍾促請下，李登輝加入國民黨。李遂和經國一樣，先為中共黨員或候補黨員，然後再加入國民黨（蔣經國則是恢復國民黨黨籍）。
台北的經濟技術官僚和國際開發總署（Agency for International Development）合作，擬訂一套十九項基本改革方案，加快經濟發展，把台灣推動到可以不再需要美援的地步。許多國民黨元老依然矢口歌頌公營事業，不喜歡私人資本（包括日本與美國來台投資在內），也強烈反對改革。 [5] 經國雖然傾向支持公營事業，卻沒有介入此一政策辯論。陳誠及主要的經濟規劃官員都大力推動改革計劃，蔣介石立即表態支持他們。
根據中央情報局的資料，20世紀50年代末期起，北京好幾次通過種種秘密管道試圖與台北領導人接觸。1937年陪蔣經國坐火車橫跨西伯利亞的康生，在黨內聲勢上升，他可能是發送訊息的人士之一。中共表示，中國統一之後蔣介石可以居榮譽職，台灣可以自治，也將大赦「戰犯」。雖然中國大陸送出秋波，但沒有得到台北回應，經國也不曾向克萊恩透露北京派人傳話、接觸。美方與北京有自己的雙邊接觸，經國也希望維持一條秘密管道，以備他日再發生類似1958年金門危機事件時可以派上用場。
儘管有秘密管道互通款曲，蔣經國手下情報單位對大陸局勢的評估，依然非常政治化。例如，蔣經國的分析人員就沒有察覺到中、蘇關係之間快速的動態變化。在1961年他們依然堅稱北京、莫斯科交惡是要讓自由世界失去提防意識的奸計。不過，經國本人對底下分析人員提出來帶有宣傳意味的情報起了疑心。為了取得比較平衡的觀點，他在「國防部」內成立一個特別單位，聘請文職學者擔任研究分析人員。後來這個單位演變成獨立的智庫「國際關係研究所」，逐漸由留美回台學人主導。（譯按：「國際關係研究所」20世紀60年代末期由「立法委員」仲肇湘主持，後由吳俊才接棒，與政治大學合作，改組成為「國際關係研究中心」，遷至木柵現址迄今。）
從美國人的觀點來看，與經國合作的秘密情報作業，還是在通信攔截及空中偵察這兩方面最成功，兩者都由美方緊密控制。從1958年起由國民黨軍飛行員駕駛的U-2間諜機，就中國大陸快速發展的核武器及導彈計劃，提供了非常獨到的情報。國民黨軍U-2偵察機多年來共有三架遭中共擊落，第一架被擊落發生在1962年8月。國民黨軍隊高級飛行員不滿中央情報局掌控住U-2的勤務，但台灣當局與美國繼續維持此一分工方式。由於這是以台灣為基地進行的秘密活動最成功的兩個項目之一，中央情報局根本不願放棄對U-2的掌控權。
吁求民主的聲音並不只限於台灣本省人，20世紀50年代有個外省人雷震讓國民黨非常頭痛。雷震主持的《自由中國》半月刊，主張軍隊國家化、開放地方自治、實施內閣制等改革措施。支持蔣介石的保守派人士開始懷疑陳誠秘密鼓動雷震等知識分子，以增加自己的接班機會。經國和他父親寬容雷震的批評，一則是為了表示開放，一則是因為《自由中國》與留居美國的著名學人胡適有關係。（譯按：胡適之掛名《自由中國》半月刊發行人。照出版法，雜誌文章責任要由發行人負責。） 此外，雷震堅定的「反共」立場，主張「一個中國」，也使政府很難鎮壓他。雷震主張只有通過和平方式——把台灣轉化為繁榮的民主楷模，才是「光復大陸」的不二法門。就知性上而言，這個論點可能讓經國心有慼慼焉，因為日後他本人就採行這個方式。
雷震後來由理論、知性的論述轉向組織工作，就遊走在許可的邊緣。1960年他開始計劃籌組新黨「中國民主黨」。成立有競爭力的政黨，就是對政權的直接挑戰；但是國民黨內現在對於如何回應意見分歧。「副總統」陳誠，更重要的是他身邊的人，希望在本省人當中建立支持的基礎，主張寬容。陳誠公開聲明，反對黨只要不是「軍閥、地痞、流氓的政黨」就可以成立，讓政治觀察家嚇了一跳。這番話被解讀成——雷震得到綠燈，可以通行。 [6]
蔣經國則採取強硬立場，反對雷震組黨。他跟若干美國觀察家有同感，認為「如果一個有效的政治反對黨可以成立，它無可避免會變成一個台灣本省人的組織，把國民黨勾畫成是外省人主導的政黨……在乾淨的選舉中，國民黨幾乎注定必敗無疑」。 [7] 韓國強人李承晚1960年在一次選舉舞弊後被主張民主運動的學生推翻，使得蔣介石父子對於讓任何反對勢力在台灣抬頭，戒心很高。可是美國的政策走向也讓他們極為關切。杜勒斯1958年10月底對蔣介石的一席話，其跡象年復一年更加明顯——美國——不分共和黨、民主黨，基於美國的利益和理想，都傾向「兩個中國」政策。同一時期，冷戰已經轉為爭取第三世界民心向背的鬥爭，美國開始對本身及盟國的人權也持較高標準。1960年秋天，民主黨提名的總統候選人肯尼迪強調美國的道德領導。經國和他父親認為，一旦反對黨在台灣出現，美國人會全力推動它的發展。最好的辦法是別讓這毒蛇猛獸進來，但是得留個印象：來日不見得沒有機會。
陳誠針對反對黨發表溫和談話後不久，島內安全單位就奉蔣經國核准，鎮壓「中國民主黨」。通過威脅利誘手段，新黨一名領袖離開台灣，兩名領袖遭到不明人士毆打，還有若干人營業執照被吊銷。9月間，安全單位逮捕雷震及一位助手。陳誠由報上獲知雷震被捕。
雷震以「涉及共黨陰謀推翻蔣介石」的罪名，被軍事法庭判處十年有期徒刑。艾森豪威爾政府起先對雷震案大為光火。國務院電報打到台北給莊萊德，關切雷案是否「具有政治動機」，「任何凍結政治現狀的政策，將與美國長期以來的政策目標——朝向負責任的代議政府努力，俾能吸引台灣人民更加支持——直接產生衝突」。這份電報甚至建議：「提出美國對導致李承晚垮台事件的態度……或許可以間接表示，美國希望……不要犯下同樣的致命錯誤。」
莊萊德立刻建請華府當局不可造次。他回報說，由於雷震堅定要籌組反對黨，蔣經國的確力主逮捕雷震。莊萊德說，華府可以十拿九穩不必猜測，因為蔣家父子鐵定會採取他們認為的一切必要方法來「維繫政治控制，包括運用武力」。他認為，美國若是試圖改變情況，一定沒有用，因為蔣氏「已預備好抗拒美國的干預」。莊萊德宣稱，美國若想在台灣推動超越蔣家父子認為明智的民主改革，並不符合美國利益，並舉出自由選舉會使國民黨敗選這個嚴峻事實。他又舉出一個頗有爭辯餘地的結論——他提出警告，由於「台灣人大多是沒有原則的機會主義者」，若是美國堅持開放民主，國民黨垮台，就會引起局勢不安定，「對美國利益是個大災害」。華府自此不再就雷案對蔣介石父子有進一步的施壓。
到了肯尼迪宣誓就職美國總統時，中國實施「大躍進」政策卻釀出大亂的相關消息頻頻傳出。每人平均稻穀量由1957年的二百零五公斤，驟降至1961年的一百五十四公斤。很明顯，營養失衡已經遍及各個層面。農村地區，包括蔣氏老家溪口，到處可以看到肚子脹腫的人。不久，難民成千上萬由廣東湧進香港。
自從1949年以來，這是第一次「反攻大陸」的希望乍現！但是蔣介石跟過去一樣，除非大陸內部接近崩潰或爆發內戰，他不願孤注一擲，採取大動作。1961年和1962年大陸狀況並未符合這些條件。但是，鑒於大陸經濟大亂、難民大量逃出、中印（度）爭端上升，北京與莫斯科交惡也不再是秘密，蔣介石必須表現已經按捺不住、要發動反攻的姿勢。他的領導地位、國民黨的統治、美國強大的親台遊說團體，乃至海外華人的殷望，在在逼得他必須表態。何況，通常蔣介石疾言厲色要求對大陸採取軍事行動，都會導致美國多給些軍事設備來安撫盟友的效果。
因此，蔣介石在1961年初指示經國，開始秘密規劃突襲中國大陸。 [8] 「參謀總長」彭孟緝提出兩套劇本：一是由緬甸反攻進去，一是直接跨越台灣海峽進攻。蔣介石比較偏向由緬甸出兵的方案。 [9] 過去兩年，經國奉父親命令，業已運送數千名精銳的特種部隊士兵進入緬甸北部地區。這支精銳雄師與1953、1954年「撤離」之後留在緬甸的五千五百多名游擊隊及其眷屬會合。兩軍會合後，開始跨越邊境進入大陸，對大陸進行新的試探性突擊。1961年1月初，經國派出「國防部」參二情報次長賴名湯到緬甸視察反攻的前景。
仰光和北京對於這些國民黨游擊部隊在得到生力軍支援後的騷擾動作煩不勝煩，雙方達成秘密協議，聯合針對國民黨在孟帕遼（Mong Pa Liao）的基地發動作戰。孟帕遼是民航公司飛機由台灣起飛、取道泰國進來的主要起降基地。緬甸及解放軍部隊發動攻擊，佔領此一基地，國民黨的部隊退入老撾。緬甸軍在佔領的基地發現有美國最近出廠的武器，還有五噸美制彈藥。（肯尼迪總統的）國務卿臘斯克大為震怒，台北1953、1954年曾明確保證會與滇緬邊區游擊隊切斷一切關係，現在已經違背此一保證。臘斯克訓令莊萊德「大使」以罕見的嚴厲詞句指責蔣介石行動「魯莽」，並要求所有的國民黨軍隊完全撤離此一地區。莊萊德沒有直接去見蔣介石表達華府的立場，他另通過克萊恩請蔣經國代為轉達。國務院替白宮起草了一份備忘錄，它指出美國不宜針對這個議題，或其他議題，對蔣介石施加重壓，因為「台灣在我們圍堵中國共產黨擴張主義壓力的戰略作為上，扮演極重要角色」。這些戰略作為包括「由台灣出發或在台灣島上進行的各種情報作業」，它們要靠台灣當局的合作。
不過，在華府強烈反應及部隊在緬甸失利的情勢下，蔣家父子只能再次同意撤出軍隊。4月間，台灣宣佈已撤回四千兩百人，但是不承認對滯留在老撾以及緬北山區的六千名游擊隊和眷屬有任何責任。不到幾個月，據報道中央情報局開始僱用這些國民黨宣稱管不到的孤軍擔任傭兵，在老撾西北部替美國的秘密活動效命。
蔣經國的部隊由緬甸撤回的同一個月，中央情報局在古巴豬灣事件的慘敗，凸顯出認為流亡部隊小規模兵力反攻、就會掀起大眾「高擎義幟」起來反抗強大的共產政權，有多麼愚蠢。蔣介石父子曉得，肯尼迪入主白宮，可比艾森豪威爾政府更會排斥「反攻大陸」的念頭。可是，1961年6月，中央情報局台北站報告，蔣介石又在規劃跨越台灣海峽的「反攻計劃」。蔣經國告知克萊恩，台北將在8月1日開始動員，定於1962年1月或2月發動作戰。蔣經國告訴克萊恩，蔣介石已經向「三軍總司令」說明，不能期待美方在計劃反攻之前就來支持，「但是一旦國民黨軍隊在大陸任何地方建立橋頭堡，美國人一定就會提供一切必要援助」。
克萊恩在呈報給華府當局的報告中，並沒有表達出懷疑蔣介石會放手一搏，賭定了美國一定伸出援手的魯莽。一旦國民黨軍隊「反攻大陸」失敗，中共進擊台灣，台灣抵抗又失利，這項計劃已規劃好，蔣介石和其他一小群政府領導人「將由台灣疏散到某一安全地點」。後面這一點明顯意在讓美國人心裡有數，反攻一旦失敗，台灣有可能丟掉。7月間，克萊恩回到華府述職時，他向肯尼迪總統的國家安全事務特別助理麥克喬治·彭岱（McGeorge Bundy）提出警告，台灣當局對於美國的政策方向十分不安，他們有可能真正執行起自殺性的反攻登陸作戰。克萊恩主張，為了安撫蔣介石，美國應該和他聯手「對大陸進行某種偵察任務」。在克萊恩不懈的推動下，肯尼迪總統批准了蔣經國特戰中心幕僚擬定的一項計劃，空投六支由二十人組成的突擊隊進入華南。幾個月之後，兩支突擊隊空降進入華南，但是不旋踵，隊員不是被殺，就是被捕。
彭岱對克萊恩有了深刻印象。10月間，在彭岱的授意下，沒有告知莊萊德「大使」或駐華府的葉公超，克萊恩與蔣經國就處理蒙古加入聯合國問題達成協議。台北原本誓言一定否決蒙古入會，即使因此失掉在聯合國中攸關重大的支持亦在所不惜。蔣家父子與克萊恩折衝交涉時，同意了台北不會否決蒙古加入聯合國，但是台北方面這項「讓步」，換來肯尼迪保證，如有必要，美國將動用否決權，否決北京加入聯合國。蔣介石果然再次以不利的動作要挾，爭取到美方重大承諾。
1962年1月，中國大陸動盪不安的消息頻傳，蔣介石父子再度背著莊萊德「大使」，與克萊恩秘談。蔣先生告訴克萊恩，他希望瞭解肯尼迪總統是否覺得時機合宜，可以就台灣「介入大陸的條件是否可行、必要，或至少由自由世界戰略觀點而言是可取的」來交換意見。蔣介石表示，他在做任何動作之前，肯定會跟美國咨商，但是「他希望能得到美國的同情與支持，即使國際因素或許使美國對於同情保持緘默」。蔣先生現在熱切地接受中蘇分裂的事實，宣稱蘇聯人不會干預。2月間，彭岱訪問台北，蔣先生再次爭取至少「默契同意」他「反攻大陸」，或許亦秘密提供後勤支援。彭岱含糊其辭，不置可否。莊萊德「大使」和克萊恩都列席這項談話；莊力促華府不要斷然回絕掉蔣介石的懇求。他警告說，否則，蔣先生可能被激怒，鋌而走險。
雖然克萊恩已贏得彭岱的信賴，肯尼迪總統的遠東事務助理國務卿哈理曼（Averell Harriman）卻對莊萊德「大使」產生偏見，認為他已被國民黨掌握，太過傾向接受台北當局的立場。莊萊德在台北駐節四年之後，奉調離開；過後不久，哈理曼飛到台北與蔣介石會晤。蔣介石告訴哈理曼，「反攻大陸」的時機已經成熟，他若沒有動作，「可能會失去控制」。哈理曼答說，他不怕蔣先生會失去控制，他強調要忍耐，對大陸情勢需要有更好的情報。哈理曼離開台北幾周，蔣介石要求克萊恩轉達另一個口信給肯尼迪總統，如果當局不能呼應民意壓力，盡早有行動對付大陸，會有喪失「對台灣領導及控制」的風險。蔣經國本人也提醒克萊恩，萬一蔣介石下台，可能會爆發軍事政變，或許就爆發「反美運動」。
蔣經國表示，過去空投進入大陸的突擊隊一隊二十人，規模太小。如果要保持成功的希望，空降的突擊隊每隊至少兩百人，比較有勝算。他要求美方提供五架電子定位的C-123飛機，來執行這些秘密任務。克萊恩回到華府，力陳蔣介石所說，如果台灣當局所請被駁回，他可能被迫下野，不是沒有道理。一旦蔣介石被趕下台，台灣必然陷入不安定的亂局，各種針對北京的聯合情報任務就會發生危險。克萊恩在國家安全會議開會時，當著肯尼迪總統的面，大力促銷蔣經國的最新方案。臘斯克國務卿指責這是「愚蠢」，但是哈理曼贊成再以一些動作安撫蔣介石。肯尼迪同意可以開始聯合訓練與規劃兩百人一隊的空降部隊，但是他強調，在雙方同意條件成熟之前，不得有空投的動作。他也表示，可以撥給兩架經國所要求的（五架）特殊C-123型飛機。可是，這次會議中最有趣的一項決定是：彭岱「很堅定地」訓令克萊恩，要他告訴蔣經國，新任美國「大使」履任之時，「大使」將接管過去由中情局所扮演的特殊政治角色。
新任「駐華大使」是由海軍上將退役的柯克（Alan G. Kirk），他在1944年6月盟軍諾曼底登陸戰之役，擔任美國海軍艦隊司令。柯克與蔣介石是同一世代的人，又是傑出將領，可以很權威地告訴蔣先生，針對裝備良好、陣地堅強的敵軍進行兩棲作戰其可行性究竟如何。但是柯克直到7月才到任。這段時間，蔣經國加緊在山區秘密進行軍事訓練，並在金門、馬祖增加兵力部署。克萊恩回到台北，他、經國和美軍成立一個作戰規劃小組，稱之為四二○小組，評估台灣空降最少兩百人一隊的計劃。同一時期，他們同意與經國的特戰中心合作，再空投九支二十人一隊的突擊隊，試圖與地下反抗組織取得聯繫。蔣介石又提出一份清單，要求美方提供十六架B-57轟炸機和二十至二十五艘登陸艦艇。
中央情報局非常滿意克萊恩在台北的工作表現，調他回華府擔任主管情報分析的副局長。兩蔣也很高興，因為克萊恩現在陞官了，居於更能影響政策的重要職位。他也果然劍及履及，運用身為負責全面情報分析的中情局高級主管地位，推動蔣氏父子對大陸局勢的研判意見及應對方略。克萊恩在5月17日的會議中向肯尼迪總統報告，大陸局勢的控制「正在崩潰中」，蔣介石很難把軍事行動推遲到10月以後。克萊恩力促肯尼迪提供B-57，因為要壓制中國的伊留申IL-28型轟炸機有必要動用，而且台灣的兩棲作戰部隊也需要登陸艦艇。這次會議後幾天，蔣經國交給中情局台北站一份計劃大綱：擬派出遊擊隊發動及支援福建及廣東的「反抗運動」，然後搶攻登陸台灣對岸四個地方。克萊恩不屈不撓爭取到中央情報局局長麥科恩（McCone）的支持，麥科恩力促臘斯克和肯尼迪批准美軍開始準備空戰及兩棲作戰器材，以便隨時支援國民黨「反攻大陸」。
毛澤東顯然對於肯尼迪要派一個諾曼底登陸戰的海軍宿將到台北當「大使」，有他自己一套解讀：在國民黨軍隊一旦反攻時，柯克可以對國民黨提供專業意見。因此，人民解放軍沿著華東海岸大幅加強兵力部署。這時候，肯尼迪和身邊顧問認為，日本式的歌舞伎（kabuki）已經演得差不多了。6月23日，美方代表在華沙會談上告訴中國方面，表示美國將在言行上與國民黨軍隊「反攻大陸」劃分界線，如果台灣真的反攻，美國會尋求恢復和平。肯尼迪接著針對這個議題，發表一份更含糊其辭的公開聲明。
柯克終於到達台北履新，晉見蔣介石。柯克的意見是，沒有美國大規模的海、空、後勤支援，蔣介石的計劃肯定要失敗。他說，美國不能支持台灣「反攻大陸」，也不會暗助台灣跨海進攻大陸。台灣若有「反攻大陸」的行動，勢必嚴重擾亂區域之穩定。他又告訴蔣介石，肯尼迪已經裁定目前的狀況還不宜提供B-57轟炸機及登陸艦艇給台灣。9月份這次會談之後，蔣介石不肯再接見柯克。 [10]
10月間爆發古巴導彈危機，使得美國人在考量動用核武器時更是顧慮良多，同時也促成美蘇想要設法防止意外發生戰爭，要控制住核武器的擴散。這一來又使中蘇爭執猶如火上加油。就在古巴導彈危機十天的對峙期間，中共在喜馬拉雅山區對印度發動大型攻擊。中方把印度打得頭破血流後，退回原先的防線。毛澤東顯然借這個動作教訓印度及蘇聯別招惹中共。中央情報局針對局勢發展，開始執行另一輪「解救西藏人」的秘密行動之緊急應變措施；中情局此舉幾可確定是與蔣經國的特戰部隊合作，也可能與印度政府合作。這段時間，原先已與中情局協議好的聯合行動展開了，九支二十人一組的國民黨軍游擊隊空降進入中國大陸。中共安全單位再度捕殺這些滲透隊伍。北京也指控美國助長整個行動。
柯克旋即因心臟病辭職，新「大使」賴特（Jerauld Wright）又是一位退役海軍將領，對「反攻大陸」同樣帶來負面訊息。儘管有這些挫折，蔣介石公開談話依然宣稱要「光復大陸」，私底下亦不斷拿出新計劃纏住美國人不放。1963年3月，蔣介石再度修書給肯尼迪，聲稱中國大陸動亂急劇升高，台灣不能再不理會人民要求迅速採取行動的心聲。可是這時候，台灣當局的高級官員，包括「國防部長」在內，已經私底下告訴美國外交官，別拿蔣先生的話當真。 [11] 1963年5月，新任中央情報局台北站站長提出與克萊恩一年前的報告大相逕庭的評估報告，認為台灣當局「可能也不預期目前共產中國的局勢，或目前的國際局勢，有利於……反攻成功」。台灣當局「甚至在規劃針對大陸的小型作業時，已展現審慎小心及缺乏整體計劃」。
1963年6月，中國共產黨發表長文，分二十五點，抨擊蘇聯的意識形態路線。赫魯曉夫建議兩黨在莫斯科秘密會談。鄧小平率領中共代表團與會，會談歷時兩個星期，沒有得到共識。三個月之後，蔣經國到達華府與美方會談。他帶著蔣介石提議進攻大陸的一封信。這項計劃代號「秘龍」（Secret Dragon），國民黨軍隊預備海、空並進，空降許多支一百至三百人為一隊的游擊隊，以及由海面潛入多支三百至五百人為一隊的部隊。它的目標還是與往常一樣，意圖引發大陸「革命抗暴」。
蔣經國9月10日與國家安全事務特別助理彭岱會談，會談中他對此一計劃低調處理，表示削弱及推翻共產政權的方法應該是「政治多於軍事」，他強調台灣並沒有計劃大規模進攻大陸。不過，他力促美國和台灣合作，設法摧毀中國共產黨的導彈基地及核設施。翌日，蔣經國見到肯尼迪總統，努力說明「秘龍」計劃將是在華南佔領一兩個省的第一步，不是大規模的進攻。他要求美方提供五架C-130運輸機（美方答應提供五架C-123，其中四架已經送達）。答覆肯尼迪的問題時，經國表示有把握可以把三百至五百人的特種部隊空降到中共核設施附近。肯尼迪再次強調，必須對中國大陸內部情勢掌握更充分的資訊。
進攻中共核設施是蔣經國9月14日與中央情報局局長麥科恩會談的焦點。兩人會談的結論是：雙方要研究增進「打擊中國共產黨政權的能力」，譬如，是否針對大陸核設施等戰略目標進行破壞行動或攻擊。但是會談備忘錄再次強調，執行這類行動必須雙方取得協議，應該「避免有引爆世界衝突風險的行動，或者行動一旦失敗將傷害到雙方共同利益的動作」。
蔣經國提議針對大陸核設施下手，有可能是刻意呼應中央情報局最近提出的方案。照克萊恩的說法，根據U-2偵察機取得的資料研判，中情局預料北京將在一年內試爆第一顆原子彈，因此向肯尼迪總統建議了幾項對策。譬如，向赫魯曉夫提議，美蘇聯手攻擊中國核設施；或是由台灣發動突擊隊，炸毀這些設施。肯尼迪業已考量和蘇聯聯手「限制或防止中國核發展」的可能性。然而，接下來幾個月，美國政府研判得到結論：中國的核能力不大，只會產生邊際的戰略及政治衝擊。於是乎，借重國民黨軍隊突擊隊針對深處中國內地核設施攻擊的構想，就此擱置。
蔣經國第二次訪問華府之後，幾乎不再有任何美國領袖擔心他的意識形態、思想立場。反倒是，兩蔣開始擔心美方是否靠得住。經國回到台北後不久，西貢爆發軍事政變，推翻南越總統吳庭艷，處死了吳庭艷和他擔任秘密警察頭子的弟弟吳庭儒。蔣經國1960年曾在台北接待過吳庭艷，並應越方之請，派遣王昇到西貢，就南越軍隊成立政工制度提供顧問意見。1963年政變不久，各方紛傳美國政府在背後支持以楊文明將軍為首的政變領袖。西貢政變讓蔣氏父子更堅決認定有必要維持甚至加強國民黨軍隊的政治監督制度。三周之後，消息傳到台北——肯尼迪總統遇刺身亡。蔣經國是第一個趕到美國「大使館」致哀的台灣當局官員。
在這個多事之秋，陳誠生病，後來診斷出來得了肝癌。1963年11月，中國國民黨第九屆全國代表大會拔擢多位高級情治首長出任「中央委員」，如「總政戰部主任」、「國防部情報局局長」、「警備總司令」紛紛入圍。陳誠對這些變化非常懊惱、失望。12月，蔣介石接受陳誠「副總統」辭去「行政院長」的兼職，出人意外地挑選技術官僚「財政部長」嚴家淦出任「行政院長」。一般公認嚴家淦幹練、聰明、清廉，但是政治上「軟弱」，不可能挑戰經國的權力。嚴家淦與蔣夫人的關係深，得到國民黨內所有元老的支持和接受。由於他過去專注建設開發，台灣本省人也喜歡他。
台灣的經濟蓬勃發展，成績傲人。在這一年告一段落的第三期四年經濟建設計劃把國民生產毛額提升百分之三十五，每人平均所得提升百分之十九，工業生產增加百分之七十二，成績格外亮麗。然而，政治上這一年卻似乎流年不利。戴高樂總統承認北京政權，關閉法國駐台北「大使館」。中國在劉少奇、鄧小平帶領下，似乎由1959年至1962年的經濟混亂中逐步復原。
同樣在1964年，接替蔣緯國出任裝甲兵第一師師長的趙志華將軍，發動一場幾近鬧劇的政變失敗後，蔣緯國的政治前途可謂就此斷送。1948年底的徐蚌會戰（淮海戰役）中，趙志華是緯國的副手，被俘後逃出。蔣經國的政工人員對這類軍官通常都保持高度戒心，可是緯國力保趙志華。此後十四年，趙一直忠心耿耿追隨他。可是1964年1月21日，他召集全師官兵、裝甲車集合，通過麥克風宣佈要開往台北，接管政府，理由是蔣介石未能堅強有力領導「反共」。
數千名官兵嚇了一跳。一位高級政工高喊支持，跑上講台，此君不是向趙敬禮，而是伺機把他制伏在地。政變歷時兩分鐘就落幕。蔣介石對緯國長期支持趙志華大為震怒，這個兵變事件使緯國的事業前程蒙上陰影。
著名的本省知識分子彭明敏也逐步走向和蔣氏政權對抗。彭明敏私底下與少數思想相近的學生討論政治局勢。蔣經國的特務密切監視這些集會，1964年初「警備總部」逮捕了印製主張「台獨」傳單的彭明敏和兩位學生。接下來的審判過程吸引了海外極大注意，尤其是加拿大和美國特別關切。經國決定輕判，只判決彭明敏有期徒刑八年。坐牢七個月後，彭明敏簽署一份由情治人員起稿的悔過書，得到蔣介石特赦，出獄回家。
蔣經國也繼續允許高玉樹等本省籍政治人物有一些活動空間。1964年台北市長選舉，在蔣經國點頭下，選務機關准許高玉樹可以舉薦監票員——他對全市三百六十個投開票所，派出五百名監票員。雖然國民黨對市長選舉投下極大資源，還秘密支持另外一位「無黨無派」候選人分散高玉樹票源，但高玉樹仍險勝；另外，無黨無派候選人在台南市和基隆市亦當選市長。（譯按：台北市有五位候選人，國民黨周百煉，以及高玉樹、陳逸松、李鉎源、李建興；台南當選人葉廷珪，基隆當選人林番王。）
註釋：
[1] 田弘茂《不確定的未來：台灣的政治》（Uncertain Future: Politics in Taiwan），收於歐士南（Robert B. Oxnam）和卜睿哲（Richard C. Bush）編：《中國摘要：一九八○》（China Briefing: 1980 ）（1981年科羅拉多州包爾德市西景出版社出版）第69頁。原書注1。（譯按：台北、高雄兩市在1963年還未升格為「院轄市」，全台只有二十一個縣市，當時新竹市、嘉義市也沒有升格為「省轄市」，何來二十四個警局？除非把鐵路、公路、工礦警察局等列入，或是作者弄錯，還是田弘茂先生原作另有所本？）
[2] 1968年2月4日《紐約時報》。原書注2。
[3] 見1963年3月22日台北「美國大使館」第A734號電報，《台灣的異議聲音及造反的可能性》（Taiwanese Dissidence and the Prospects for Insurrection），收於美國國家檔案館RG59，國務院文卷，第3669盒。本書作者當年供職駐台北「美國大使館」，與柯姆（Peter Colm）共同起草這份報告。原書注3。
[4] 蔣彥士1995年8月29日在台北接受本書作者訪談時所說。原書注5。
[5] 李國鼎Economic Transformation of Taiwan, ROC （倫敦，1988年版），第111頁。原書注9。
[6] 見1960年6月4日《紐約時報》。原書注13。
[7] 說這句話的人不是蔣經國，而是莊萊德「大使」分析局勢之語；不過經國必然大有同感。台北「美國大使館」1960年10月7日電文，收於《美國外交關係文件》第十九卷第725—726頁。原書注14。
[8] 中央情報局1961年6月27日由台北發出的報告。原書注22。
[9] 錢復當年是陳誠的英文秘書，這是他1995年8月29日接受本書作者訪談時所說。原書注23。
[10] 柯克在1962年9月6日晉見蔣介石，高立夫在1995年11月30日接受本書作者訪談時敘述這段經過；高立夫曾負責替約翰遜副總統起草背景文件。原書注48、49、50。
[11] 台北「美國大使館」1963年2月22日第A649號電報；1963年3月23日第A757號電報。不把蔣介石的吁求當一回事的人士裡頭有「國防部長」俞大維，及蔣介石的老朋友——「總統府秘書長」張群等人。原書注54。