1925年10月15日，中秋節剛過，孫傳芳以浙閩蘇皖贛五省聯軍總司令的名義通電討奉。接著便先發制人，假借夜間演習，率部奔襲上海。
駐於江南的東北軍本就不多，楊宇霆到南京就職還沒幾天，郭松齡不待請示張作霖，就把他的嫡系部隊、駐浦口的劉偉步兵旅調回了冀東。劉旅雖然只有一個旅，卻是東北軍的精銳部隊。劉旅一走，蘇滬地區僅剩南京的丁喜春師和上海的邢士廉師（第二次直奉戰爭後，東北軍原來的旅都已擴充成師）。
在孫傳芳通電討奉後，陳調元態度曖昧，這時有人建議楊宇霆依靠寧滬兩師，與孫軍在南京決戰。楊宇霆認為東北軍孤軍深入，如果後援切斷將非敗不可，因此決定渡江北撤。他下令邢士廉師先行，向鎮江撤退，然後再渡江到瓜州集中，丁喜春師殿後，在他本人渡江後，再向浦口集中北撤。不料邢士廉並未按照指定地點撤退，而是徑直率部由上海乘火車到南京，選擇從下關渡江，以致船隻不敷使用，互爭搶渡，亂作一團。
眼看邢師潰不成軍，上海至南京的交通又被孫軍截斷，楊宇霆急忙於深夜在南京召開軍事會議。會議進行過程中，陳調元突然闖入會場，並讓他馬上隨自己一道走時，楊宇霆才明白不僅大勢已去，自己也將在劫難逃。
好個「小諸葛」，楊宇霆立即起身，回應陳調元道：「好，讓我洗個澡馬上就走。」結果他這個澡洗了一個多鐘頭也沒出來。陳調元起了疑心，推開浴室門一看，發現裡面空無一人。原來楊宇霆早已借下水道溜出南京城，從下關渡江到了浦口。
陳調元趕緊打電報給浦口和江浦花旗營的蘇軍，下令對楊宇霆的專車予以攔截。事有湊巧，花旗營駐軍的電務員剛換了一名新手，譯電報的速度較慢，等他把整個電文譯完時，楊宇霆的專車正好駛到。駐軍立即進行攔截，專車是攔下來了，但專車前面的一輛押道車已飛駛而去，楊宇霆正在押道車中！
負責在南京殿後的丁喜春比邢士廉還沒有腦子。事發前，陳調元以幫辦的名義多次宴請丁喜春和其他東北軍高級軍官，楊宇霆剛剛過江，陳調元又再次宴請丁喜春等人，後面這批人居然還真去了。陳調元趁機對丁師實施包圍，一槍不放就把這個師全部解決掉了。
安徽的地方軍隊與陳調元一樣，也都與孫傳芳有過暗中聯絡。東北軍在安徽只有一個旅，對付不了這些皖軍，只是因為姜登選的人緣好，所以皖軍並沒有立即對他採取行動，才使他避免了全軍覆滅的下場。
事發後，姜登選安排那唯一的一個旅撤往徐州，單留自己和少數隨從人員在蚌埠唱空城計，然後召集蚌埠紳商，對他們說：「你們安徽人反對我們奉軍南下，我把奉軍全部撤回去了。我沒有拿過你們安徽一分錢，也沒有殺過一個老百姓，自信是對得起你們安徽的。現在我只等待中央派人來接替，哪一天來了接替的人，那一天我就交代。」
不久，皖軍蠢蠢欲動的消息傳來，眼看情勢已萬分危急，左右再三勸姜登選走，姜登選總是不依，急得眾人團團亂轉。最後還是張作霖命令張宗昌派來一列裝甲車，責成必須將姜登選拉走，大家這才七手八腳地把他硬拉上裝甲車。當姜登選一行離開蚌埠城時，聽見城內已經槍聲大作，眾人連呼：「真是好險呀！」
東北軍南下後，張作霖派兩位直接帶兵的大將分別掌管關內軍隊，即由郭松齡坐鎮天津，統領直魯兩省軍隊而為其保障；韓麟春坐鎮徐州，統領蘇皖兩省軍隊而為其保障。這樣南北呼應的部署從理論上來說是很牢靠的，尤其是郭松齡坐鎮天津，對大局更有舉足輕重的穩定作用。問題是東北軍的交通線拉得太長，加上事前毫無準備，臨時措手不及，所以一下子就被孫傳芳部及其蘇軍、皖軍節節截斷。沒有交通線作為依托，東北軍要打也無從打起，所有部隊都不得不倉皇北撤。
不過半年多一點的光景，奉系就又丟掉了蘇皖兩省，真是得來容易失去也不難，其命運不見得比前面的盧永祥、何豐林好到哪裡去。
楊宇霆逃出南京時，南京憲兵司令楊毓珣剛由上海回來，見情形混亂，他不敢渡江，只好一個人落荒而逃，途中又騎了農民的一匹驢以為坐騎。天快亮時，他進入一座古廟休息，還謊稱自己是迷路的老百姓。廟中和尚樂了，說：「你不必瞞我，昨天也來了一位你們同樣的人物，請你看看也許認識。」說罷就帶著楊毓珣前往相認，楊毓珣過去一瞧，原來是邢士廉師的一位旅長，名叫劉翼飛。劉翼飛身著僧衣，早已化裝為僧。於是楊毓珣也如法炮製，扮成了僧人模樣。此事後來在東北傳為笑談，謂之：「楊琪山（楊毓珣字琪山）劫毛驢，劉翼飛當和尚。」
事實上，劉翼飛也是整個蘇皖地區，唯一曾對孫傳芳組織過抵抗的東北軍將領。當他到奉天見張作霖時，張作霖對他說：「你回來了，好極啦！聽說你化裝當和尚啦。他媽的，在江南只有你跟孫傳芳打了八個鐘頭的仗，別人都是爹媽少給了一個膽，一槍沒放，全投降了！」