馮國璋剛到京時，馮段的關係表現得十分融洽。段祺瑞對馮國璋說，歡迎「四哥」進京當總統，並願意隨時就近向大哥請教。馮國璋趕忙說，哪裡，哪裡，今後府院是一家，上下是一致，內外是一心。覺得這麼說還不夠近乎，他又緊緊拉住段祺瑞的手說：「以後咱們再也沒有府院之爭了。」
接著，馮段又相攜拜訪王士珍。王士珍參與了復辟，並在復辟時出任議政大臣兼參謀大臣，段祺瑞平定復辟之後，他自覺無顏見人，已準備回原籍隱居。
馮國璋很懇切地挽留王士珍與之共事，繼續擔任新政府中的參謀總長。他還對王、段說：「今後的事情是咱們三兄弟共同來幹，不要分什麼總統、總理、總長。」
「北洋三傑」自此共掌中樞。在段祺瑞和王士珍面前，馮國璋這位大哥不但沒有總統架子，而且表現得極其親熱，相互之間真有個「精誠無間」的模樣。
隨後馮國璋入主總統府。在他之前，總統府似乎還沒怎麼遇到過好事。原來袁世凱的辦公地點設在居仁堂的東間，等到黎元洪繼任，他嫌那間屋子不吉利，改在了居仁堂的西間。由於同樣的原因，這次馮國璋入主總統府，乾脆就棄掉居仁堂，將春耦齋選定為新的辦公地點。
雖無法奢望像段祺瑞所擔保的那樣做一輩子總統，但馮國璋還是認為離前任們的霉運已經越來越遠。那個時候，無論是他還是段祺瑞，都對此深信不疑。
支票請收回
作為北上的首要先決條件，馮國璋向段祺瑞提出，國務院秘書長的人選，除了徐樹錚以外，任何人都可以同意。
段祺瑞也明白馮國璋內心忌諱什麼，於是表示完全贊同，國務院秘書長一職遂由段幕中的張志潭擔任。每天下午4點，張志潭照例要來到總統府，由馮幕成員、代理總統府秘書長職務的惲寶惠陪同，到春耦齋請馮國璋蓋印。
蓋印時，馮國璋、張志潭和惲寶惠分別坐在一張辦公桌的三個方向，首先由張志潭把國務院的命令一件一件地遞給馮看。馮看過之後，就照樣遞給惲寶惠，由惲寶惠拿著一寸見方，用白玉製成的「大總統印」，一個一個地往命令上蓋。蓋完了，再交給張志潭。
府院之爭的喧囂沒有了，有的只是大家週而復始地重複蓋印手續，場景極其和諧。自此以後，政府內的事情也都變得流暢順利多了。
段祺瑞在成功地阻止張勳復辟，再執國政的時候，「一戰」形勢更為緊張迫切，對德宣戰已刻不容緩，協約國駐華公使以及日本也再度催促中國政府盡快做出相關決定。與此同時，德國人則試圖勸說段祺瑞，讓他不要對德宣戰。
德國公使特地來段公府拜會段祺瑞。他先牽連舊情，談到「貴總理三十年前在敝國軍事學校讀書，又在克虜伯炮廠實習，對我國素抱親善宗旨」，隨後便轉入正題，請求段祺瑞在「國際大戰方酣，勝負未定」的情況下，繼續過去對德的一貫親善精神，縱然一時絕交，也不要再宣戰。他還說，如果段祺瑞能夠這樣做，對中德兩國均有利益，云云。
德國害怕中國宣戰，從而加速其失敗的命運，德國公使代表政府出此言行完全可以理解，讓段祺瑞感到氣憤的是，對方還有接下來的一出。
只見德國公使突然讓隨行的德華銀行經理取出支票一張，上面已填寫了百萬巨款。他一邊把支票放到茶几上，一邊說道：「貴國政府同貴總理現在需用款項之處甚多，區區之數，略申敬意。」
在北洋系中，段祺瑞是個與眾不同的人物。他為政廉潔，有「六不總理」之稱，即「不抽、不喝、不嫖、不賭、不貪、不佔」。馮國璋的「民元公債票」，他是絕不會從中沾染半點的。
段祺瑞自認高潔之名聲播中外，沒想到德國人情急之下，居然還把他作為賄賂的對象，這無異於對其人格人品的一種侮辱。當下他便板起臉，大聲答覆道：「貴公使適才一段話，站在貴公使立場，我不能說你的話不應該說，但是你的做法是荒唐的！」
接著，段祺瑞又針對公使話中的破綻進行了反駁：「我過去在貴國留學，那是個人的事，素抱親善也是過去的政策。這次釀成全世界大戰，是貴國皇帝窮兵黷武，有吞併全世界的野心，是犯眾怒的狂舉。」
在說明德國乃咎由自取後，他斬釘截鐵地告訴對方，作為中國的總理，從中國的利害關係出發，他堅決主張加入協約國，「不唯絕交，即日將對貴國宣戰」。至於公使對他的賄賂——「饋贈恕不能接受，支票請收回。」
段祺瑞義正詞嚴，德國公使被駁得面紅耳赤，只得拿著他的支票唯唯而退。
送客之後，段祺瑞猶有餘怒。鑒於復辟期間國會議員星散，已不足法定人數，他迅速以國務會議通過總理負責的方式，推出了對德宣戰案。1917年8月14日，馮國璋以總統令的形式予以公佈，中國正式對德宣戰。
一個月後，協約國公使團對中國的參戰做出回應，同意德奧庚子賠款永遠撤銷，協約國方面的庚子賠款停付五年，停付期內不加利息。這對長久以來飽受庚子賠款拖累的中國財政而言，無疑意義重大。
按照與協約國的協約，中國最初直接派往歐洲的不是軍隊，而是華工。華工對於協約國來說也絕不是可有可無，「一戰」猶如是歐洲人口的割草機，還沒打上幾年，各參戰國後方就出現了勞動力奇缺的情況，特別是法國需要更為迫切。
早在中國對德宣戰前，以梁士詒、葉恭綽為首的交通系就以將來提高國際地位為名，組織惠民公司，分別在華北、華東、華南招募華工赴歐。宣戰後，招募華工赴歐參戰正式上升為政府行為，英法兩國與中國政府商定的華工數目，英國是十萬，法國是五萬，最後都招足了。這些華工的薪水以及本人衣食住行所需的各項費用物資，全部由英法政府提供。
華工招募後即分批赴歐，其中在威海衛招募了兩千多人。赴歐途中，華工們歷經千辛萬苦，也親身領略到了世界大戰的殘酷可怕——有一天，船頭警戒的威海衛華工突然發現海面上出現了一個個可疑的「小點子」，船方一面鳴炮示警，一面下令船上的所有人都捆上救生帶。
他們的運氣還算不錯，經護衛艦施放深水炸彈，警報隨後解除，但在到達法國三個月後，有人從報上看到，那艘搭乘他們的大輪船還是被德國潛水艇的魚雷給炸沉了。
「先生」
協約上本來說好華工不直接上前線，但許多華工到歐洲後卻被要求在前線挖戰壕。威海衛方面的華工就面臨著這一境遇，而且他們挖戰壕的地方已在敵軍步槍射程之內，有些地方與敵方戰壕的距離甚至不超過五十碼，實際就在最前線。
挖戰壕非常辛苦，壕不挖到一定深度和寬度，工人就不能出來。尤其是遇到雨雪天氣，壕內泥漿沒膝，輪班睡覺時只能站著睡。相比之下，在前線負責打仗的英國士兵只須在挖好的戰壕裡守護陣地，軍官和機關鎗手更輕鬆，可以在後面蓋好頂棚的戰壕中或坐或臥，有些還能玩撲克、講笑話。
初上前線時，英國人還吹牛說他們發明的坦克厲害無比，德國則沒有，等英軍的坦克車多了，就要對德軍發動大規模進攻。誰知在聖誕前夕，德軍也有了坦克，而且一開上來就是一長串。華工發現後找監工的英軍，英軍卻統統不見了蹤影。眾人只得倉皇后撤，一氣跑了三十多里路，才撤到分區司令部。
到了分區司令部一看，幾名英國軍官連住處都找好了，正在讓勤務兵給他們鋪床哩。由於未能及時得到通知和保護，華工中僅工頭就有四人受傷，大家對此非常生氣，便集體向司令部告狀。
英國人自知理虧，第三天便安排華工到後方去轉運糧食和軍需。後方的危險性雖然不及前線，可是勞動量並未降低，更令人無法忍受的是，英國監工和管理人員把中國人當牛當馬，在工人們已完成計劃中安排的工作後，既不准他們提早散工，也不允許休息。華工但凡提出一點正當要求，都會遭到打罵乃至懲罰。
有一名華工以前做過教書先生，大家都稱呼他為「先生」。「先生」不僅有正義感，而且擅長中國武術，在他面前，連身材高大、自稱精通拳術的洋人都占不得分毫便宜，因此大家都很敬重「先生」。
見受到欺負的工友們個個氣憤難平，「先生」告訴眾人先不要輕舉妄動：「鬧儘管鬧，可是在沒有計劃好的情況下萬勿動手，因為英國人顯然想打我們一個下馬威。」
「威海衛華工營」的營長是個英國軍官，名叫李笛亞迪，此人是個貴族出身的大學畢業生，受過短期軍訓，平時很會擺架子，但實際上卻非常膽小，遇到形勢嚴重時，會立即改變方向。「先生」摸透了李笛亞迪的性格脾氣，就決定從他身上打開缺口。
第二天一早，在「先生」的策劃下，華工拒絕接受分派的工作，同時齊聲高喊：「吃不飽，做不動，要減少工作。」李笛亞迪先是不以為然，答覆說：「英國食品營養好，肚子沒裝滿也不致缺乏營養，而且英國工頭也是一樣吃法。」
工友們早就料到他會如此敷衍，馬上質問道：「我們也做英國工頭那樣的輕微勞動，行不行？」
李笛亞迪一看情況不妙，趕緊改口：「不要亂，不要亂，好好上工去，我去同司令部商量再說。」
工人們這才答應開工，但是當他們中午回營時，卻發現營房外排列了許多荷槍實彈的英國兵，進營房後，又見到一位工友被華工營的英國大隊長以造謠生事為由打得週身青紫。
眾人目眥盡裂，發一聲喊「大家打」，大隊長立即被拖到操場上，起初是拳打腳踢，後來就用他打人的那根棍子，朝他全身亂抽，而且邊打邊數落他的罪狀。洋鬼子吃痛不過，只得磕頭求饒，答應永不再犯，工友們這才撂下他去吃午飯。
英國佬素來欺軟怕硬，包括李笛亞迪在內，在同伴挨打的時候，全都躲得遠遠的，不敢露面，直到華工去吃飯，幾個英國工頭才不聲不響地把大隊長送去醫院。
吃過中飯，工友們有的洗衣，有的下棋，有的整理房間，有的拉胡琴，就是沒有一個人肯開工。李笛亞迪把中方翻譯叫過去，問華工們準備怎麼辦。翻譯告訴他：「不撤兵，不加口糧，就不開工。」李笛亞迪用可憐巴巴的語調說：「這些事不是我能做主的呀！」
恰巧此時前線急需運送給養，連同下午耽誤的，共須裝七十輛車。李笛亞迪急得滿頭大汗，趕緊又請翻譯過來商談。翻譯說：「工人都是講情講理的，只要合情合理，事情沒有什麼難辦，錯就錯在大隊長不該打人。」
見事情似乎還有迴旋的餘地，李笛亞迪提起了精神：「你這個話有把握嗎？」翻譯說：「我是中國人嘛。中國人把情理二字看得非常重，不講情理就會拚命，我怎麼會不知道呢？」
李笛亞迪答應到司令部去報告。不到半個小時，營外的英國兵果然全都撤走了。李笛亞迪又返回對翻譯說：「口糧沒有問題，要緊的是今晚要裝出七十輛車的給養去。」他還說，「司令部怕大家太辛苦，預備派一百個英國兵來幫忙。」
李笛亞迪已經意識到，這場中國人的「騷亂」背後一定有帶頭人，但他不知道是誰。問翻譯，翻譯矢口否認：「沒有帶頭人，是大家的公憤。」
其實「先生」就是帶頭人和工友們的主心骨。在聽翻譯說完經過後，「先生」說：「該收帆了，我們也該露一手給他們看看。」
暴發戶
「先生」讓翻譯代表華工答應李笛亞迪的條件，但同時也提出了維護華工尊嚴的幾個條件。李笛亞迪全都應承下來。
當晚，華工們不僅把活幹得又快又好，還創造了一些裝卸貨品的新方法。天還沒亮，他們已裝齊六十四車，而那一百名英國兵也裝了六車，圓滿完成任務。
由於任務完成得很漂亮，李笛亞迪也因此受到司令部的嘉獎。他十分高興，特地把翻譯叫過去，對華工們表示了衷心感謝。接著他又去倉庫，詢問管倉的英國人：「中國工人做得怎樣？」
那位管倉員說：「昨晚做得還好。」李笛亞迪當即拉下臉來：「為什麼說還好？我的中國工人幹得比誰都好。他們昨夜的工作效率，比英兵要高出一倍，你沒有算過賬嗎？」
英國人對華工的態度從此大變，華工在異國的境遇也有了很大改善。後來當他們回國時，不少華工還與附近的法國女子結了婚，並帶回了中國。
赴歐參戰的華工中有很多人卻沒有這麼幸運。「威海衛華工營」那次從前線撤退傷亡尚不算大，但其他營傷亡不小。據說英國從青島招募的十萬華工，共死了三千人，他們大部分都是在撤退過程中被德軍的炮彈給炸死的。
重出江湖後的段祺瑞除了著力推動對德宣戰外，所關切的另外一件大事是獲得外界的援助和支持。雖然中國政府通過對德宣戰，取消了德奧庚子賠款，加上停付協約國方面的庚子賠款，使得國內財政困頓的情況有所緩解，但那也只是「出」的少了，「入」的仍然不多。
對這筆賬最清楚的，莫過於在新內閣中出任交通總長兼財政總長的曹汝霖。在他履任時，北京政府依舊入不敷出：軍政費用每月約需兩千萬元，而財政部的可靠收入合計還不足一千二百萬元，缺口達到八百萬元之巨。
如何維持生計，再次成為讓段政府頭疼的大事，而到了這時候，老段又開始盯上了鄰國日本那鼓鼓囊囊的口袋。
日本本來也不是個富國。甲午戰爭前，為了跟中國進行軍備競賽，日本天皇還要帶頭捐款，每年擠出皇室經費用於海軍建設。甲午戰爭後，中國的巨額賠款讓它發了筆財，要不然恐怕連後面的日俄戰爭都打不起。
日俄戰爭打完，日本又沒什麼錢了，但是隨後爆發的「一戰」卻意外地令其大發橫財，真正成了暴發戶——歐洲各國埋頭苦鬥，等於把賺取高利潤發大財的機會拱手送給了置身於歐洲之外的日本。「一戰」期間，日本的對外貿易大大出超，金融實力得到顯著增強，由於國內貨幣過剩，甚至還出現了通貨膨脹現象。
日本有錢，也曾在「中日親善」的旗號下，打算借錢給中國，但在撥出第一筆交通銀行借款後不久，北京政局即因參戰之爭發生混亂，段祺瑞也避走天津。鑒於當時局勢極不明朗，日本寺內內閣決定中止經濟援華政策，同時標榜不干涉中國內政。外務省和時任日本駐華公使的林權助也持全然不干涉態度，作為段派成員的曹汝霖等人曾想策動林權助支持段祺瑞，但都未能達到目的。
西原的見解則完全相反。經過幾次訪華，他對段祺瑞非常看重，認為段一定可以繼袁世凱之後掌握中國的政權，即便暫時被免職，也不妨礙其日後東山再起。為此，他再次向寺內提出要前往中國援助段祺瑞。
寺內很信任西原，可他還是認為此行要冒許多風險，所以未同意西原的主張。西原是個極有個性的日本人，就算是老闆不答應，只要他認為應該做的事，照做不誤。其間他曾四度來華對段祺瑞表示支持，與以往實質上受寺內指派不同，這四次來華完全是西原自作主張的個人行動，而非官方意見。
直到張勳復辟，寺內內閣對公開援段仍感躊躇。後來見討逆軍兵臨北京城下，張勳大勢已去，寺內才同意幫助段祺瑞平定復辟之亂。
復辟既平，段祺瑞也在為新政府的外交政策定調。這時，曹汝霖提出了一個新見解。他認為，「遠交近攻」是強國才能採取的策略，中國只是一個弱國，作為弱國，既不適宜於「遠交近攻」，也不能單純地「一律看待」，而只能採取「近交」、「善鄰」的政策，說白了，也就是必須採取親日政策。
曹汝霖的這一見解，博得了段祺瑞的讚賞。他在送此前一直在天津活動的西原回國時，特地請西原向寺內轉達自己的意向：「中國的政局幾經變化後，我再度出任總理。將來一切施政，當按預定方針進行。」
得到西原帶回的這一重要訊息，寺內內閣做出決定：「對段內閣給予相當友好的援助。」至此，日本政府終於明確了全力援段的政策。
攻湘
雖然順利完成了重新出山前未完成的兩件大事，但段祺瑞也面臨著入主中樞以來從未遇到過的一件棘手難題，這就是南方勢力的挑戰。
張勳復辟前，強迫黎元洪解散了國會，失去飯碗的國民黨議員們即紛紛南下，以孫中山為中心發起護法運動。
孫氏「護法」，固然有捍衛民國、維護約法的政治追求，但亦有爭奪中央控制權的實際考慮。他的直接訴求是要求北京政府恢復「舊國會」（即被解散的這屆國會），因為「舊國會」中國民黨議員佔絕對優勢，控制國會也就控制了中央控制權中的相當一部分。
孫中山有政治聲望和影響力，也有國民黨作為政治支撐，但自「二次革命」失敗後，國民黨就失去了自己的武裝，必須依賴於西南軍人。
這裡所說的西南主要包括雲南、貴州、四川、廣東和廣西五省，其中勢力最大的是桂系陸榮廷和滇系唐繼堯。從袁世凱時代開始，西南軍人便與孫中山的國民黨系、長江下游的馮國璋系互通聲氣，形成了一種或明或暗的盟友關係，藉以增強本繫在中央的份量。
在張勳復辟前後，西南各省一面參與「護法」，一面宣告獨立，其目的無非是鞏固和擴展自己的勢力。應該指出的是，這些西南諸侯不僅反對張勳，也同樣反對段祺瑞。當段祺瑞根據黎元洪的命令復任總理，準備舉旗討逆時，唐繼堯曾通電反對，其邏輯是復辟乃段祺瑞一手釀成，豈可再安居總理之位。
復辟被平定後，根據唐繼堯的這一邏輯，西南各省不僅仍然沒有取消獨立，而且指段為復辟的罪魁禍首，要予以堅持反對和討伐。段祺瑞早就看西南軍人不順眼，現在這幫人又要對他進行討伐，並實際形成了南北分立的局面，他當然不肯示弱。
西南各省的地理位置都較為偏遠，中央不宜用兵，這是連袁世凱當政時期都難以解決的一大難題。段祺瑞在總結袁世凱的一些策略辦法的基礎上，制訂全盤的戰略計劃，即「入川以進攻雲貴，攻湘以佔有兩廣」，也就是以四川、湖南為樞紐，逐步削平西南諸侯。
圍繞入川，段幕設計了一個周密的方案，即利用川、黔、滇三方面的矛盾，先使其互鬥，再尋機取而代之。1917年8月初，川、黔、滇三軍果然發生大混戰，段祺瑞立即任命吳光新為長江上游總司令兼四川查辦使，率六個旅入川查辦四川問題，其目的是首先督促川軍驅逐滇黔軍，然後再拿下四川和控制滇黔。
與「入川」相比，「攻湘」更為困難和複雜。湖南省長兼督軍譚延闓本傾向於西南，對北京政府只是表面敷衍。段祺瑞就以吳光新代之，但譚延闓在湖南甚得民望，湖南人以「湘人治湘」為口號，反對北方勢力侵入湖南。
針對這一情勢，段祺瑞採取了一個將計就計的辦法，他決定派湖南籍的傅良佐去湖南，這樣既可以堵住湖南人的嘴，又可以執行自己的計劃。
可是段祺瑞的提議卻遭到了馮國璋的極力反對。
馮國璋剛來京時，曾經很大度地說現政府既實行責任內閣制，那麼他作為總統就應該「人事不參加」。比如陸軍次長出缺，幕僚們建議讓師景雲幹一下，他們對馮國璋說：「嵐峰（師景雲的字）伺候您這麼多年了，現在陸軍次長出了缺，是否可以提拔他一下？」
師景雲乃馮幕首席，深得馮國璋的信任，其地位相當於徐樹錚之於段祺瑞，但是馮國璋聽後不同意，他對其中的一個幕僚說：「嵐峰要去，我看還不如你去。可是我覺得你也不去的好，內閣裡，咱們還是不加入為是。」
如果馮國璋能夠始終如一地不過問人事和其他政府要務，馮段之間自然就不會有什麼不同意見，然而事實上他卻做不到這一點。
馮國璋後來追述他在北京當總統的這段經歷時，曾經說：「以我老大哥的地位，以段向來對我唯命是聽的那樣態度，為了北洋的大局，當時我認為，我是可以說服段，做到府院合作的。」
其實僅此一句話，就足以說明馮國璋和他的前任一樣，絕不甘心於只做一個責任內閣制下的「蓋印總統」。
爆發
馮國璋就任總統不久，就提議要按照袁世凱設置陸海軍大元帥統率辦事處的成例，在總統府成立一個「統率辦公處」，以王士珍為處長。
段祺瑞一聽馬上意識到自己的軍權有被分割的危險：王士珍身兼參謀總長，一旦府院遇到不同意見，馮國璋和府方就可以坐擁三分之二的多數。
得知段祺瑞不同意設立「統率辦公處」，馮國璋又提議在總統府內設立「參陸辦公處」，由參謀總長王士珍和兼有陸軍總長職務的段祺瑞共同負責。他還托人帶話給段祺瑞說：「請芝泉無須多心，總統作為軍隊的統帥，對軍事不聞不問畢竟是失職嘛。」
段祺瑞聞言不便再拒絕，終於同意設立這樣一個組織，但又堅持「參陸辦公處」必須附在責任內閣裡面才算合法。他這一手的高明之處在於，不僅使得馮國璋實際無法分享國務院的軍權，而且還把參謀本部變成了國務院的附屬機構，從而最大程度地限制了馮國璋聯王抑段的可能性。
這些情況被一些老北洋人看在眼裡，令他們早早就看到今後的府院關係存在某種隱憂。時任黑龍江省督軍鮑貴卿在小站練兵時期即為管帶，他在進京謁見馮國璋後，特地去秘書廳找惲寶惠攀談。二人先談了一會黎段相爭的情況，接著鮑貴卿便說：「他們老兄弟倆（指馮段）這還有什麼說的，當然不會再鬧像以前的那些個事……」
說到這裡，鮑貴卿欲言又止，隨後才用沉重的語調繼續說道：「不過，他們老二位的性情各有不同。我和他們相處多年，可以說是相知有素了，希望你和遠伯（張志潭的字）設法給他們從中調和彌縫，使得他們不至於鬧出任何意見來，那就最好了！」
惲寶惠把這些話分別告訴了馮國璋和張志潭，張志潭又轉告段祺瑞。大家都覺得鮑貴卿語重心長，意見很好，也都在口頭上表示要引以為戒。無奈這世上的事，往往是你越怕什麼就越會來什麼——在度過短暫的蜜月期後，府院終於還是又回到了攏不到一塊兒的狀態，第二次府院之爭很快就在傅良佐督湘這個問題上集中爆發出來。
馮國璋雖為北洋大將，但很早就與西南軍人有密切聯繫。唐繼堯曾是馮國璋的學生，早在馮住北京的時候，他和李烈鈞從南方來京，即留住於馮宅。後來馮國璋到南京，又通過梁啟超的關係，和陸榮廷、唐繼堯建立了通信往來。那段時間，馮國璋、陸榮廷甚至還拜把子做了兄弟。
馮國璋能在地方上成為一大勢力，連袁世凱在世時都不敢輕視，除了擁有地方兵權外，和西南軍人的相互呼應也為其一大法寶。當年在袁世凱稱帝時期，馮國璋領銜發出的「五將軍密電」，更是幾乎要了老袁的半條命。
西南軍人反段擁馮，馮國璋和陸榮廷等人一直保持著秘密盟友關係。對西南軍人完全不同的感情，決定了段馮在這方面的政見存在著根本分歧。概言之，段祺瑞主張武力統一，而馮國璋則力倡和平統一——雖然聽上去都是要追求統一，但段祺瑞是真的要統一南北，馮國璋所謂的統一卻只是個形式。退一步說，即便西南各省仍然保持獨立或半獨立的狀態，可只要對馮國璋這個總統沒有異議，他也可以容忍。
知道段祺瑞打湖南的主意，乃是為了動兩廣，馮國璋如何能夠不予過問。他反對撤換譚延闓，其直接理由是譚延闓在湖南可以作為南北雙方的橋樑，換了別人起不到這樣的作用。
有一天，國務院秘書長張志潭循例來府蓋印。在把需要蓋印的命令一件件遞給馮國璋的時候，他特地提到了傅良佐督湘的問題，並轉述段祺瑞的意見：傅良佐是湖南人，又和湖南省內的軍界人物有聯繫，所以由其督湘一定能夠勝任。
馮國璋聽後，一邊把他已經看過的命令一件一件遞給惲寶惠，一邊對張志潭說：「恐怕不見得吧！你還是回去跟總理商量商量。」
馮段二人的年紀都比較大了，不像年輕時候那麼喜歡到處走動。段祺瑞到總統府的次數不多，馮國璋也一樣，就算他不認同段祺瑞的意見，都不肯去找段當面商談解決，而是直接乾脆地予以否決。
馮國璋無疑給段祺瑞出了道難題。傅良佐的父親與段祺瑞是盟兄弟，傅良佐則是段祺瑞的學生，有著這兩重關係，使得他對段祺瑞極為恭順，見面總稱段為「老伯」。同時，傅良佐不僅自日本士官學校讀書起就成績優良，而且本人還有很好的中文根底，寫作俱佳，自然而然更得段祺瑞的賞識和提攜。
世誼兼學生，親信兼幕僚，允文允武，還正好是湖南人，人地相宜，段祺瑞就算是打破腦袋，也想不出再到哪裡去找這樣合適的人選。
可是馮國璋不同意怎麼辦？這時候段祺瑞想到了另一個人。
險途
傅良佐自日本留學歸國後不久，曾作為借用人才，由袁世凱介紹給時任東三省總督的徐世昌。徐世昌發現傅良佐頗有文才，對他也很賞識，以後見其辦事認真負責，又升了他的官。
因為有這段經歷，段祺瑞便不對傅良佐直接任用，而是請徐世昌出頭推薦。徐世昌的資歷比段、馮都高，徐世昌親自出面薦人，馮國璋沒法駁他的面子，同時段祺瑞也免去了任用私人的嫌疑，可謂一舉兩得。
於是，張志潭在蓋印的時候便又以徐世昌推薦的名義舊事重提，並且轉達了段祺瑞讓步後的新提議，即不讓傅良佐兼任湖南省的軍政長官，而是只專任督軍。可是馮國璋仍然變著法地加以拒絕：「我原來是準備讓譚延闓……」
段讓步，馮寸步不讓，照這樣子，馮段真的有可能鬧僵了，張志潭很著急，只得用眼睛示意一旁的總統府代理秘書長惲寶惠，意思是要惲寶惠幫他說幾句話。
惲寶惠回看了張志潭一眼，忙緊扣著馮國璋的話說：「我們就是任命譚延闓為湖南督軍，他也未必肯就。現在既是內閣提出傅良佐來，依我看也沒有什麼不可以吧！」
馮國璋一聽，知道惲寶惠在調和氣氛，加上礙於徐世昌的老面子，這才沒有再說什麼反對的意見，事情就這麼定了下來。
傅良佐督湘的消息傳出，同事朋友奔走相告，都來給他道喜。傅的好友陳文運聞訊也到傅家造訪。
當陳文運趕到傅良佐家中時，賀客已經散去。見周圍沒有熟人，陳文運開門見山地對傅良佐說：「別人都來給你道喜，我卻勸你別去。」
傅良佐聽了很詫異，忙問為什麼。陳文運說：「大家都知道你是段老師的學生，又是湖南人、日本留學生。你到湖南去，只許做好，不許做壞。」
陳文運給傅良佐分析了他此去所要面臨的嚴峻形勢：西南方面正在搞獨立，湖南內部也不一致，情況如此複雜，非一般人所能應付。
除了這些，還有的東西陳文運不便明言，那就是傅良佐雖然辦事認真負責，但辦事的能力卻不足，尤其缺乏應變之才。
民國建立後，傅良佐一度擔任多倫鎮守使，其間突然發生叛亂。儘管叛軍離多倫還有二百多里地，但是傅良佐仍然手忙腳亂，慌成一團。因為發現傅良佐能力短絀，難以應付事變，後來袁世凱就將他內調到統率辦事處去了。
在處理例行公事方面，不擅應變的傅良佐倒能夠應付自如，這才使得他能夠成為段幕中的重要角色，直至升為陸軍部次長——當然有時也會露出馬腳，比如由他做主策劃的「公民團請願事件」，就幾乎把段祺瑞推入絕境。
同為段幕中的重要角色，徐樹錚、傅良佐都是段公館的常客。徐樹錚脾氣大，又好挑毛病，見著誰都是惡狼惡虎似的，家人們只要一看到他，便都躲得遠遠的。可是另一方面，眾人又都不得不佩服徐樹錚確實是個人尖兒，經常說的一句話是：「這是人家有才。你想，老頭子能不喜歡嗎？」
與徐樹錚的「有才」相比，傅良佐差遠了。可為什麼「老頭子」不但看不出來，還要委以重任呢？段府家人私下的解釋別出心裁：靠打牌。
徐樹錚到段公館不談私事，只談公事，而且三言兩語，從不耽擱。同時他也很少參加公館的宴會，不陪老段打牌，來來去去，總是一副公事公辦的嚴肅面孔。傅良佐則不同，他常陪老段打牌，雙方一個「老伯」一個「世侄」地叫，就跟一家人一樣。
聽說傅良佐被派去督湘，段府家人就在背後偷偷地議論：「傅良佐打牌打出來一個督軍。」
段祺瑞當然不至於糊塗到靠打牌選督軍，但段府家人的意見也不能說沒有一點道理，他們雖說不懂政治，可是來來往往的能人見得多了，反而更能鑒別出誰是真厲害，誰只是銀樣鑞槍頭。
陳文運深知傅良佐不是做湖南督軍的材料，弄得不好，下場會很慘，為此他誠懇地向好友發出忠告：「我看你還是不去湖南為妙，不如繼續在北京做你的次長吧！」
傅良佐聽了之後眉頭微微一皺，似乎思索了一下，可是很快就答覆道：「總統已經有明令了，我哪能不去呢？」
陳文運見他官興正濃，也不便深談下去，更不能再說你不是那塊材料之類的話，只好說：「咱們交情很厚，我不得不說，請你考慮考慮吧。」
傅良佐表面上連連稱謝，感謝好朋友直言相告，但陳文運還是看出他內心有怪自己多管閒事的意思。
話不投機，陳文運匆匆告辭而去，傅良佐也就此踏上了一條他本不能勝任的險途。
隔閡
不出陳文運所料，傅良佐督湘的明令一發表，立即招致湖南和西南各省的反對。他們認為傅良佐雖然是湘籍，但自幼便隨父隨宦在外，無論過去的出生之地，還是現在的做事方式，都只能被歸入北人之列，不符合「湘人治湘」的要求。
陸榮廷出面給馮國璋發來一份電報，要求收回成命，並主張劃湖南為南北軍的緩衝地帶，繼續維持湖南現狀。
馮國璋由於已同意段祺瑞派傅良佐督湘，故而難以作答，只得把陸榮廷的這份電報交給段祺瑞。段祺瑞以國務院名義答覆陸榮廷，把更換湘督說成是「為事擇人」，拒絕了對方的要求。
1917年8月下旬，傅良佐以「衣錦歸鄉」的姿態，辭別段馮，離京前往湖南就職。
段祺瑞在發表任命時，曾表示傅良佐雖督湘，但不帶北軍入湘。可是面對各界如此強烈的反對，如果真的讓傅良佐一個光桿司令入湘，段祺瑞自己也不放心，為此他在傅良佐赴任的同時，就派了兩個師的北洋軍開往湖南。
譚延闓內心不是不想抵抗，但原本答應援湘的桂滇軍還沒行動，北軍已經大兵壓境。至於湘軍，只有兩個裝備較差的師，而且譚延闓還只能控制其中的半數，自然無法抵禦北軍。
在此情況下，譚延闓只得放棄抵抗。有人問他是否願意留任省長，譚延闓說：「當慣了婆婆，如何能做媳婦？」
傅良佐到長沙後，譚延闓一俟辦完交接手續，馬上借口回籍省親，離開長沙到上海去了。
譚延闓絕非俗輩，當年曾與譚嗣同等人並稱為「湖湘三公子」。離職之前，他在與西南各省加強聯絡的同時，派原零陵鎮守使望雲亭赴京迎接傅良佐，望雲亭的職務則由劉建藩署理。
譚延闓的舉動表面看上去似乎是對北京政府的服從，其實暗藏機鋒——望雲亭是段祺瑞留在湖南的一個內線，把他調走乃為調虎離山之計；繼任的劉建藩參加過「二次革命」，讓他鎮守零陵，無異於埋下了一顆反對傅良佐的定時炸彈。
傅良佐在就職的第四天也發現了譚延闓所佈的這著棋，於是下令撤換劉建藩。劉建藩早有準備，不僅拒絕從命，而且通電全國，宣佈獨立。
消息傳到長沙，傅良佐立刻慌了手腳，一面宣佈長沙戒嚴，一面派兵前往討伐。不料派去的本省軍隊全是軟腳蟹，沒幾下就紛紛潰敗。
傅良佐再命隨其南下的那兩個北洋師出戰。北洋軍久經沙場，炮火又相當猛烈，非劉建藩等所指揮的湘南軍隊所能抵禦。在湖南地方的屢次請求下，10月中旬，西南方面組織湘、粵、桂聯軍，分路向北洋軍發起反攻，湖南問題迅速演變為南北戰爭。
與南北戰爭相伴隨的，是第二次府院之爭的正式浮出水面。自傅良佐督湘事件以後，馮段就產生了隔閡，而且從此一天天地加深。
段馮本來當面接觸的機會就不多，這時候越發少了。難得有一次，馮國璋突然打電話給段祺瑞，請他到府裡來談談。段祺瑞接了電話說：「一定是四哥想打麻將了！」說完便高高興興地帶了兩百元現鈔趕去總統府。
段祺瑞喜歡打麻將，但一般都在晚上下班之後。這次他上班也要打麻將當然不是純粹為了玩，而是希望利用打麻將的機會重新加強二人的私人聯繫，沖淡彼此感情上的不愉快。
可是馮國璋在和他談完公事之後，卻並沒有談到打麻將的話。段祺瑞也不便提出，只得乘興而去，敗興而歸。
馮國璋本人其實不愛打麻將了，他也知道段祺瑞的癖好，但就是不肯迎合對方打上那麼幾圈。這也使得段祺瑞不能不懷疑「四哥」是在擺他的總統架子。
後來又有一次，段祺瑞主動去拜訪馮國璋。當時恰巧府內有一處木橋壞了，段祺瑞的汽車無法通過。有了打麻將的尷尬經歷，段祺瑞自然而然地認為馮國璋仍在故意擺陣勢，不準備和他見面，於是當即就命令車伕掉轉車頭，憤然打道回府。
戰而不宣
馮段之間越鬧越僵，馮國璋也開始像他的前任黎元洪那樣，頻頻對院方動用否決權。
劉建藩等人宣佈獨立後，段祺瑞以國務院的名義下令予以討伐。可是命令送到總統府蓋印時，馮國璋卻以大事化小、小事化了為由拒絕蓋印。
馮國璋不蓋印，段祺瑞也沒辦法，結果湖南那邊已經打得昏天黑地，這邊北京政府的討伐令仍未頒布，段內閣也因此被外界譏刺為「對外宣而不戰，對內戰而不宣」。
及至南北戰爭爆發，段內閣下令罷免以兩廣巡閱使陸榮廷為首的西南三軍頭，馮國璋又拒絕蓋印，理由還是原來大事化小的那一套。
馮國璋鬧起彆扭，比黎元洪更麻煩，因為「泥菩薩」其實沒有什麼強硬資本，馮國璋卻有著不小的本錢，這就是從北洋系中逐漸分化出來的直系。
北洋系形成於小站練兵時期，還在其發展擴張過程中，內部就因權力之爭而初步形成派系，只是在袁世凱的統馭下，派系現象受到了壓制。後來袁氏稱帝，儘管北洋系中的相當一部分軍人已不完全聽命於袁，但仍不至於公開分裂。
北洋系的加速分化是從袁世凱暴斃以後開始的，最終形成了直皖兩大系統——馮國璋出生於直隸省（今河北省），以他為首的北洋軍人集團稱為直系；段祺瑞出生於安徽省，以他為首的北洋軍人集團便稱為皖系。
當時的江蘇督軍李純、江西督軍陳光遠、湖北督軍王占元號稱「長江三督」，三人皆為直系的骨幹分子，他們在長江下游聯成一氣，成為馮國璋在京的有力後盾。
南方聯軍誓師出征的當天，「長江三督」就聯合提出解決南北問題的四項意見，不僅主張停止湖南戰爭、撤換傅良佐，而且還要求改組內閣、整理皖系倪嗣沖等部。
「長江三督」的意見一發表，即遭到皖系的強烈反彈。一部分皖系激進派以硬對硬，甚至醞釀要發動政變，以對付站在幕後的馮國璋。從1917年10月下旬起，北京謠言四起，都說在京的北洋軍人要軟禁總統。
畢竟自己身處京城，這樣的跡象和謠言不免令馮國璋感到害怕。他這才做出讓步，勉強同意罷免廣東督軍陳炳焜，但仍將罷免陸榮廷等其他二人的命令留下不發。
罷免陸榮廷本是段內閣罷免令的重點，馮國璋卻來了個避重就輕，段祺瑞對此很不滿。他又重新擬令，將陸榮廷調職來京，並催促馮國璋蓋印。
見段祺瑞緊盯不放，馮國璋只好將命令交印鑄局蓋印後予以發表。可是到了晚上，他又後悔做出了這一決定，派人把命令從印鑄局追了回來。
第二天，段祺瑞未見到總統命令發表，一問才知道馮國璋居然將命令追了回去，不由大為光火，當即聲色俱厲地對馮國璋進行質問：為什麼講好發表的命令還要變卦？總統豈能出爾反爾？
馮國璋被問得理屈詞窮，啞口無言，待段祺瑞走後，就無可奈何地把命令重新送至印鑄局。
此時南北兩軍正在湘南交戰，北軍略佔優勢，已先後攻下衡山等地；而在四川境內，川軍劉存厚部也在段祺瑞的支持下，擊敗了入川的黔軍、滇軍。段祺瑞不斷收到捷報，自認為拿下西南已指日可待，於是便決定接受梁啟超的建議，援引「臨時約法」中的有關條例成立臨時參議院。
臨時參議院為代立法機關，有權修改「國會組織法」及「兩院議員選舉法」，並根據新法召集新國會。馮國璋是舊國會選舉出來的總統，如果是新國會進行選舉，變數就增大了許多。
親段勢力本身也有要推倒馮國璋的意圖，他們內部有兩種意見，「政變倒馮」是其中之一，但段祺瑞並不同意這麼做。除了「政變倒馮」，另一種意見就是「合法驅馮」，成立臨時參議院無疑為「合法驅馮」提供了一條便捷之路，這讓馮國璋大感威脅。
俗語說得好，狗急了就要跳牆。馮國璋在北洋三傑中又被喻為「狗」，在此內外交困之際，他也想到了一招。
幸災樂禍
1917年11月14日，正在湖南指揮作戰的兩位北洋軍師長王汝賢、范國璋突然在前線發出主張停戰議和的通電，提出他們不願為「政客利用」。通電發出的當天，二人即率部撤出戰鬥，由衡山向長沙方向退卻。
王汝賢、范國璋是直隸人，其所部官兵也多出於直隸，他們雖沒有正式歸入直系，但和直系淵源很深，王、范平時也多看馮國璋臉色行事。二人做此驚人之舉，當然不像通電中所說的那麼簡單，事實上，他們恰恰樂於被「政客利用」，只不過利用他們的「政客」不是段，而是馮罷了——秘密指使他們停戰的，正是馮國璋的女婿陳之驥。
傅良佐是個缺乏應變能力的人，一看到前線通電便手足無措，當晚就和新任湖南省長攜帶印信，乘坐輪船一同倉皇逃出了長沙。在此之前，段祺瑞為了支持傅良佐督湘，還從山西調來商震一個混成旅赴湘作戰。由於商震和王、范沒有直接聯絡，傅良佐又不通知，所以導致晉軍要撤的時候都撤不下來，最後近乎全軍覆沒。
王、范通電到京後，馮國璋表現得幸災樂禍，連聲說：「快快送院，快快送院。」別人問他：「湖南問題鬧大了怎麼辦？」馮國璋沒好氣地答道：「我有什麼辦法？有責任內閣。」又有人問：「王汝賢、范國璋擅自通電停戰，此風殊不可長，總統以為如何？」馮國璋仍然是那句話：「問責任內閣。」
這些話傳到段祺瑞耳朵裡，他氣呼呼地說：「問我，我只有一個辦法，辭職！」
段祺瑞說到做到，當即遞上辭呈。第二天，他又發出了一份言辭痛切的電報，稱為「銑電」。在「銑電」中，段祺瑞認為北洋系是如今中國的正統勢力，無北洋即無中國，與此同時，他責備直系軍人不顧大局，「啟鬩牆之爭」，使西南「收漁人之利」，而西南卻正好施離間計來破壞北洋團結，即「始以北方攻北方，繼以南方攻北方，終至於滅國亡種而後快」。
對於「銑電」，馮國璋倒也沒什麼感覺，按他本意，最好是立馬批准辭呈，讓對方滾蛋了事。可就在段祺瑞發出「銑電」的當天，總統府的日籍軍事顧問青木宣純即奉命來訪，轉達寺內內閣的意向，說：「歐戰在緊張進行，中國內閣不宜有所變更。」日本駐華公使林權助也警告說：「倘因中國內閣變動引起糾紛，日本難以坐視。」
即便在北洋系內部，馮國璋也面臨著不小阻力。身處北洋元老地位的徐世昌就認為，「銑電」說的不是沒有道理，段祺瑞於此時辭職，一定會引起北洋分裂，切不可行。
處於內外壓力之下，馮國璋只得暫時放棄立即罷免段祺瑞的念頭。他一面對段祺瑞進行再三挽留，一面裝模作樣地通電申斥王汝賢、范國璋，說這兩個人「不顧羞恥」，把「軍人面皮喪盡」。
段祺瑞隨後收回辭呈，通電各省督軍表示願意繼續任事。正當眾人都以為府院之爭已暫告平息時，在馮國璋的秘示下，「長江三督」又掀起更大風浪，他們聯名要求撤兵停戰，與西南方面和平解決問題，並聲明願做調停人。
「長江三督」的聯名通電對段祺瑞的政治主張和威望造成了很大打擊。為爭取主動，段祺瑞立即下令免除傅良佐督軍一職，其職務由王汝賢代行，所有長沙地方治安也均由王汝賢、范國璋完全負責。
王、范擅自在前線撤兵停戰，不僅沒有受到軍紀國法的處分，反而還要加官晉爵，這在段祺瑞的帶兵史上是從來沒有過的，可是為了穩定湖南局勢，他又不得不做出違心之舉。
儘管如此，馮國璋還是沒有要善罷甘休的意思。他除了趁機解除段祺瑞陸軍總長的兼職，由王士珍繼任其遺缺外，還要求嚴懲傅良佐。段祺瑞雖然有意袒護傅良佐，但在自己也深陷困境的情況下，也不敢公開包庇，只得同意將傅良佐交付軍法會審。
不過段祺瑞隨後又提出一項意見，指出傅良佐名義上是湖南督軍，其實只是個光桿司令，軍權操於王汝賢、范國璋之手——王、范公然發表通電主張議和，又擅自撤兵，傅良佐赤手空拳，焉能在長沙繼續坐鎮下去，除了逃走還能有什麼辦法？
段祺瑞的結論是，傅良佐擅離職守，固然應當懲辦；但追根溯源，王、范應負更大的責任，必須徹底追究。
心照不宣
段祺瑞長年在政治場上摸爬滾打，豈是可以任人揉捏的。沿著他所提出的意見，就會涉及很多極為複雜的內幕。比如王、范通電議和究竟是自作主張還是奉有政府的命令？若是前者，王、范作為軍人，在發電之前就應該知道後果有多嚴重，所以這種可能性並不大；若是後者，到底是誰代表政府下的命令？
負責傅案的人初步查了一下。段祺瑞是國務總理兼陸軍總長，但國務院和陸軍部可以斷言沒有下過命令，這樣頒發命令的人就只可能是馮國璋了。
按照法律，一旦確證馮國璋曾向王、范下達過明令，那麼不僅王、范可以不負責任，傅良佐也能夠得以完全脫罪。退一步說，即便搜集不到馮下達明令的確切證據，作為總統，他最低限度也應該出席軍事法庭作證。
不管是哪一種結果，對段祺瑞而言都是有利的。可真要徹查下去，傷及國家體面不說，在南北分裂的形勢下，北京政府估計也存在不了幾天了，所以不到萬不得已，段祺瑞不會走到這一步，馮國璋更是避之唯恐不及。
馮段心照不宣，誰都不再提及軍法會審傅良佐的事了。具體經辦的人見狀，自然也不敢繼續深入。於是乎，這樁公案就遵循北京官僚圈子裡的「潛規則」，先是雷聲大，雨點小，「只聽樓梯響，不見人下來」，接著就不了了之了。
段祺瑞罷免傅良佐，容忍王汝賢、范國璋，為的是讓後面這二位能夠將功折罪，賣把力氣將南方聯軍逐出湖南。可是王、范自恃有馮國璋撐腰，對此並不領情，只是一味想與南軍談和；更有意思的是，南軍對王、范的談和請求也不領情，上來照舊是一頓猛揍。
王、范慌忙抵擋，但他們麾下的北洋軍早就因談和而失去了鬥志，稍一開仗便紛紛潰散。王、范見勢不妙，也只好雙雙逃走。不久，南軍便長驅直入，控制了長沙。
面對被直系攪得一團亂麻的湖南局勢，作為負全責的總理，段祺瑞自感責無旁貸。這天，國務院秘書長張志潭到總統府蓋印，蓋印的時候便轉述段祺瑞的話，說段祺瑞深悔用人不當，準備「引咎辭職」。馮國璋聽後，只是簡簡單單地回答了一個「噢」字，沒有絲毫慰留的表示。
非但如此，過了三五天之後，張志潭又來蓋印，馮國璋竟然問他：「總理還不辭職嗎？」此語一出，連一旁的惲寶惠都感到總統問得實在有些冒昧。因為不管馮段之間有什麼仇什麼怨，段祺瑞畢竟還是一個責任內閣的總理，在總統還沒有找到繼任人選之前，怎麼能夠任由總理遞交辭呈呢？
惲寶惠怕張志潭感到難堪，但從段祺瑞到張志潭，顯然對馮國璋的態度都早有準備。當著馮國璋的面，張志潭表情嚴肅地回答道：「辭呈就上來！」
辭呈果然很快就送了過來。這時馮國璋才意識到段祺瑞的替代人選還空缺著，於是加緊物色。
他首先想到的新總理是職業外交家陸徵祥，為此親自坐著汽車前去拜訪，請陸徵祥出面組閣，但卻遭到了拒絕。
接下來，馮國璋又請熊希齡和王士珍一同來府商談組閣問題。熊希齡在袁世凱時代曾出任總理，可他也無心再續前緣，並且鄭重聲明：「我是決不做馮婦的！」王士珍跟著開了句玩笑：「你不做馮婦，我倒可以做馮道！」
熊希齡馬上笑容滿面地說：「聘老（王士珍字聘卿）既然願意做馮道，這件事還不好辦嗎？」
王士珍發現對方誤會了自己的意思，急忙微笑著一再向熊拱手作揖，表示只是玩笑話，沒有做總理的打算。
此後，馮國璋單獨對王士珍進行勸說，請他顧念多年交情，勉強出面組閣。王士珍則說自己和段祺瑞也是幾十年的交情，怎好賣友？
不管馮國璋如何苦口婆心，王士珍始終予以婉拒。事實上，為了顧及和段祺瑞的那「幾十年的交情」，他甚至連陸軍總長一職也稱病不肯就任。
一圈人問過來，最後馮國璋找到了外交總長汪大燮。汪大燮正在生病，也不太願意跳此火坑，為了擺脫馮國璋的苦求，他便在病榻上提出了一個就任條件：只做幾天總理，只簽署兩個公文。
汪大燮以為這樣古怪無比的條件會令對方死心，未料馮國璋一口答應下來。
馮國璋的這些情況都傳到了國務院。看到「四哥」逐走自己的心情竟然比原來的黎元洪還要急切，段祺瑞的臉上無論如何都掛不住了。他馬上趕到總統府面請辭職，馮國璋又假意請他薦賢。段祺瑞推薦的也是汪大燮，並表示願意親往勸駕。
1917年11月22日，馮國璋下令准予段祺瑞辭職，派汪大燮代理國務總理。
操盤手
汪大燮只肯做一個星期的過渡總理，在這一個星期裡天天催請馮國璋發表繼任人選。
馮國璋不能自食其言，只好再請王士珍出來相助。王士珍還是不肯，但答應幫他物色人選，問題是王士珍所物色的人選都是馮曾經請過的人，自然依舊是竹籃打水一場空。
馮國璋急了，對王士珍說：「總理問題且先放下，請看我的老面子，先就任陸軍總長吧！」
王士珍一聽這話，就像要殺了他似的，頭搖得更厲害了。
已經辭職的段祺瑞得知情況後，為免馮國璋下不了台，遂登門拜訪王士珍，請他以北洋團體為重，先就任陸軍總長。王士珍不肯就職，擔心的就是老段有想法，現在老段已經表了態，他也就答應先到陸軍部看幾天大門再說。
馮國璋這邊趁熱打鐵，把王士珍單獨請到家裡，要他以陸軍總長的名義兼署國務總理，並且對他說：「老聘（馮國璋對王士珍的愛稱），你還能看我的笑話嗎？」
王士珍見馮國璋實在沒有別的人好請，也只好勉為其難地應承下來。
王士珍兼署國務總理後，府院倒是異常和諧，因為主意全是馮國璋拿，他說要和平統一就和平統一，要交好西南就交好西南。唯一一次鬧得不愉快，是馮國璋派人去聯繫陸榮廷，可是又讓國務院負責報銷這筆「交際費」。
王士珍認為馮國璋太過吝嗇，為此難得地大光其火，說：「這件事（指出任總理）還不為的是他，我又不貪圖什麼！我一天到晚狗顛屁股垂兒似的，我為的是誰？這一點錢，他還不往外拿？」
後來有人提醒說鹽務署有一筆按月送來的機密費，可以用於報銷，王士珍也就不再和馮國璋計較了。
王士珍如此遷就馮國璋，是抱定了給老朋友幫忙的態度，但馮國璋的逐段之舉卻大大惹惱了另一個老朋友的部下，這個人就是徐樹錚。
徐樹錚一生死忠於段祺瑞，段祺瑞辭去國務總理，他馬上也跟著辭去了陸軍次長一職，之後便成為皖繫在幕後行動的主要操盤手。
日本政府因在華利益與段內閣息息相關，所以對段祺瑞辭職一事極為關切。日方代表特地詢問徐樹錚：為什麼段辭職，各省沒有進行挽留？
如果照實說，寺內內閣和西原很可能會對段的實力感到疑慮，進而放棄對他的援助。徐樹錚回答得很巧妙：「這是以退為進。」
日方疑慮頓消，並表示寺內內閣對華方針不變，仍認定段祺瑞、徐世昌「為中國政局之中心，遇事力盡友誼援助」。為此，日本政府停止或減少了對西南軍事力量和其他勢力的援助，集中財力、物力，對段祺瑞及其皖系予以全力支持。
實際上，徐樹錚對「各省沒有進行挽留」的真實原因非常清楚。馮國璋、王士珍、段祺瑞同被稱為「北洋三傑」，王士珍的政治傾向基本上與馮國璋一致，也就是說，三傑裡面有兩個人主張「和平」，只有段祺瑞一個人要求使用「武力」，再加上傅良佐事件和「長江三督」的影響，這才導致各省督軍無法在擁段上形成一致的步調。
總結前一階段的得失，顯然段祺瑞在聲譽和威望上已經失分不少。徐樹錚接下來採取的做法，和現代社會中西方政客們競選期間的伎倆相仿，那就是開動輿論機器，不遺餘力地對段的競爭對手進行攻擊和醜化，以期把對方的形象分打壓下去，至少不能居於段之上。
徐樹錚在北京城內和各省安插了許多眼線，隨時收集掌握馮、王的言論行動，同時集合段派的謀臣策士，如曾毓雋、葉恭綽等人，在天津租界裡終日開會，針對這些言論行動展開攻擊。
雖然民國報界並非娛樂至死，但花邊新聞同樣為當時的讀者所喜聞樂見，政客們若運用得當，其火力和殺傷力甚至遠超正規的社論報道。徐樹錚便經常親自操刀，寫一些這樣的東西，然後在報紙上發表。
在「徐氏花邊」中，王士珍被指為「認賊作父」，裡面抖的自然都是他忠於清室以及與張勳復辟有染的料。這還不算猛的，相比之下，最讓人噴飯的是「總統賣魚」。
反擊
馮國璋愛財，乃是北京政治圈內眾所周知的一件事。據說他有一次飯後散步，看到中南海的池塘裡養著很多漂亮的魚，就問隨從：「這都是些什麼魚啊？」
隨從回答說什麼魚都有，最近放進去的是袁世凱執政時期，由河南進貢的黃河大鯉魚。這些魚全部為珍稀品種，最令人稱奇的是，自明朝嘉靖年間開始，明清兩代的帝王后妃搞放生活動，被放生的魚的魚鰭上都拴有作為標誌的金牌、銀牌或銅環。
馮國璋聽了不由脫口而出：「嗯，不錯，把這些魚賣了肯定能得不少錢吧！」
隨從以為他只是開玩笑。不料這位總統真的動了賣魚的念頭，過後即開價十萬出賣中南海的捕撈權，最後以八萬元成交。一時間，北京的飯館裡都開始出現並競賣「總統魚」。
徐樹錚將「認賊作父」、「總統賣魚」等直接作為文章標題，並放大成頭號字在報上刊登，在吸引讀者眼球的同時，對馮、王的聲譽進行極力貶損。
除了馮國璋、王士珍，被徐樹錚列入黑名單的還有「長江三督」中的江蘇督軍李純，因其對馮國璋跟得最緊，「和平統一」的調子也唱得最高最響。
徐樹錚在報紙上把李純罵得狗血噴頭，甚至說李純是北洋的叛徒。有一次李純要召集各省議會代表到南京開會，以「協商和平」，徐樹錚便讓京師警察廳具呈，以違法為由請求取締，同時通知各省督軍不許參議會派代表前往參加。
在報上損人固然帶勁，但更有效的顯然還是讓北洋軍人們直接站隊發言。北洋以雜牌居多，皖系或親皖軍人又主要集中於雜牌，如安徽督軍倪嗣沖、浙江督軍楊善德等。這些雜牌督軍早已響應段的號召主戰，可是他們在實力和聲勢上仍遠不及那些嫡系將領。
當時的北洋嫡系部隊一共有六個師，這六個師實際都是由清末的北洋六鎮演化而來。第一師原為「京旗鎮」，駐於北京，既然段已下台，當然就指望不上了。第二、第四、第六師的師長即「長江三督」，徐樹錚判斷第四師師長陳光遠、第六師師長李純都是鐵桿直系，無法拉攏，只有第二師師長王占元因身在湖北，如果被南軍逼緊了，出於自身利益考慮，倒還可能轉過頭來跟皖系一道主戰。
剩下來的兩個師中，第六師師長曹錕身兼直隸督軍，本身屬於直系，不過徐樹錚認為可以拉也應該拉。原因是曹錕與皖系也一直保持著良好關係，號稱直、皖二系的兩棲督軍。另一方面，第六師近在直隸，兵力又最多，可以隨時威脅中央。若把這部分力量用上，讓他們到前線去攻城略地，勝了，皖系沾光；敗了，反正不是皖系的嫡系部隊，對皖系而言，也不至於傷筋動骨。
為了拉住曹錕，徐樹錚親自跑到天津對其進行遊說。他先對曹錕許諾，說明只要曹錕肯站在主戰派一方，不久召集新國會時，一定想辦法捧他為副總統。接著又舉反證，指出如果曹錕想站到主和派一邊，則不會再有出風頭的運氣，因為「長江三督」以李純為首，早就在主和上拔了頭籌。如果南北和平真的實現，李純的政治地位必然提高，而曹錕卻必然一無所得。
曹錕聽後大為動心，於是立即單獨發表「馬電」，主張以南軍首先退出長沙作為南北議和的條件。
六個師中的第五師師長張懷芝駐於山東，雖然該師戰鬥力並不強，但是資格老，而且聽從段祺瑞，讓他跟著走沒有問題。
1917年12月2日，在曹錕和張懷芝的主持下，全國七省三區的督軍和都統代表在天津舉行督軍團會議。這次會議除「長江三督」未派人到會外，幾乎囊括了北洋系所能控制的各個省區，其規模和聲勢之大，不亞於過去的徐州會議。
天津會議是主戰派的大聯合，也是皖系對馮國璋和「長江三督」的一次有力反擊，而馮國璋在這種反擊面前又幾乎找不到什麼抵禦的借口——說好要「和平統一」，可是南軍卻仍舊沒有要與北軍立即實現「和平」的跡象，不僅湖南方面的南軍已攻至岳州附近，而且入川的滇黔軍也攻克了重慶，吳光新已被迫棄城東下。
馮國璋曾責成李純與陸榮廷接洽，主張南北軍在湖南先行停戰。陸榮廷倒是答應了，但南方聯軍中的湘桂軍還想奪回岳州。岳州為湘北門戶，駐守岳州的北軍又屬湖北督軍王占元的部隊，王占元當然也不肯輕捨。
馮國璋派人攜自己的親筆信到天津，要求天津會議本著「有備無患，先禮後兵」的精神進行，然而主戰派已在會上佔據絕對優勢，一致要求組織強大兵力討伐南方。
馮國璋被南軍和主戰派夾在中間，真是苦不堪言，有一次忍不住對女婿陳之驥說：「瞧瞧我都被他們弄到這個地步了，想想黎黃陂（黎元洪），也真難為他了！」
不是總理的總理
出於形勢所迫，馮國璋只得把段祺瑞和王士珍一併請到總統府商議解決辦法。段祺瑞表示除下討伐令外，別無他法，這本在馮國璋的意料之中。他找王士珍前來，就是想一道說服段祺瑞，以抵制天津會議的壓力，可是沒想到王士珍也變得一籌莫展，乃至說出了「如須作戰，不如請芝泉（段祺瑞）出來主持為好」這樣令他大失所望的話。
這時不僅國內形勢波詭雲譎，國外的「一戰」也出現了變數。眼看德、奧將敗，原在東線與德國作戰的俄國突然爆發革命，新生的蘇維埃政權與德國單獨媾和，退出了「一戰」。這不僅意味著德國減除了來自東線的威脅，而且當時還有一種猜測認為，它很可能會從蘇俄那裡得到援助和支持。
如此一來，對於協約國方面還能不能取勝，北京政府內部又產生了新的爭論，有人認為參戰乃失策之舉，身為總統的馮國璋也有些膽戰心驚。
為了應付可能發生的與蘇俄的大規模戰爭，馮國璋決定設立參戰督辦處，並打算由段祺瑞負責。當徵詢段祺瑞的意見時，段祺瑞未有任何猶豫或為難之色。他先是讓馮國璋堅定信心：「俄國雖然撤兵回家革命，但參加協約國的已經有十九個國家，德勢已孤，寡不敵眾，結果必敗。」接著又慨然表示：「我決不推卸責任，總統不要怕，參戰督戰辦令一下，我決不推讓，立刻走馬上任。」
1917年12月18日，馮國璋任命段祺瑞為參戰督辦，段芝貴為陸軍總長。同一天，他還下達了一道手令，規定以後參戰事務均交參戰督辦處理，不必呈送府院。
馮國璋的算盤打得很精明，他是要一箭雙鵰，一方面讓段祺瑞去替他應付棘手的外戰，另一方面又要把段的權力限制在對外問題上。可是最後實際上是弄巧成拙——參戰督辦並不隸屬於內閣，段祺瑞的一切決定都可以直接發交有關各部辦理，對內可以發號施令調動軍隊，對外則可以憑借這個機構直接取得外援。
馮國璋自己要搞的參戰督辦，結果卻讓段祺瑞重新掌握了國內的軍政大權。段祺瑞雖然已辭去了本兼各職，但自此以後，凡國內重大事務特別是南北問題，他都要不斷予以過問，成了不是總理的總理。
1918年1月中旬，正在陸軍部任職的陳文遠奉命到前線視察。此前馮國璋、王士珍已讓譚延闓回任湖南督軍兼省長，希望譚能夠收拾殘局，阻止事態繼續擴大，但譚延闓卻無意回任，而湘桂聯軍更是乘勝追擊，不肯罷手。
陳文遠到湖北時，湘桂聯軍距岳州已只有幾十里路。為瞭解前線的真實情況，他冒著危險親自去了一趟岳州。可是下火車後，什麼人也找不到，於是陳文遠只好在城內草草巡視了一番，結果發現駐城部隊雖然不少，可大多為從前線潰退下來的部隊，其中既有王汝賢、范國璋的殘部，也有山西商震的一部分敗兵。這些殘兵敗將無一例外地都無精打采、狼狽萬狀。
陳文遠不敢在岳州逗留，連忙又乘車返回武昌。一見到湖北督軍王占元，他就直言相告：「我看前方軍事危急得很，而且士氣頹喪，岳州恐怕也難久守。岳州一丟，（北軍）在湖南就站不住了，戰事立刻會擴展到湖北省來。你還不趕緊想辦法嗎？」
王占元皺著眉頭對陳文遠說：「我有什麼辦法呢？我的力量單薄得很，要想守住湖北都不容易。」
見王占元尚未完全認識到事態的嚴重性，陳文遠想了一下說：「我在岳州匆匆看了一下，人心已經慌亂到了極點，地方上經過這場戰事，真是糜爛不堪了。我看再經過十年，也不容易恢復元氣吧。」
王占元一聽這才慌了，急忙請求和陳文遠聯合拍個電報到北京，申述地方危急的情形，請立即派隊伍前來，以安定人心。
王占元雖為「長江三督」之一，但正如徐樹錚所分析的那樣，火如果燒到他的家門口，就不可能再裝腔作勢地「主和」了。王占元的請求正中陳文遠下懷，他當即表示同意，並立刻擬了一份電稿，讓人發往北京。
葫蘆裡到底要賣什麼藥
陳文遠在湖北也沒有再停留，隨即就動身回京。一下車，顧不得回家休息，就先到總統府，把所見到的情況和與王占元的談話內容向馮國璋進行了詳細匯報。他結合所見所聞，極力強調湖南乃南北之樞紐，現在南軍即將完全佔領湖南，而湖北也岌岌可危，如果政府再不出兵，將來形勢恐怕很難樂觀。
馮國璋已經看過電報內容，見連王占元都要求派兵，自然不能再重複「先禮後兵」之類的托詞。只見他無奈地搖了搖頭，說：「我本來一向主張和平，不願國內再見戰事，免得生靈塗炭，但南方既然堅持用兵，那也就說不得了，只好用武力周旋周旋。」
馮國璋讓陳文遠去找段祺瑞：「請他從速佈置軍事行動吧。你告訴他，就說我說的，馬上準備派軍隊到湖南去。」
陳文遠立刻趕到段公館，向段祺瑞轉達了馮國璋的意見。段祺瑞聽後說：「早就應該如此。國家不用武力統一，各省都不聽命中央，那還成什麼國家！」
段祺瑞以為馮國璋已下定了對南方用兵的決心，但總統府依舊未能出台「討伐令」。馮國璋如此猶豫不決，是因為他知道南北全面戰爭一旦重開，直、桂兩系的聯盟勢必要被打破，而他的政治影響力也將大大降低。
幾天之後，岳州被湘軍佔領，北軍全部撤離湖南省境。消息傳來，北京政府大為震驚，馮國璋也更加心慌意亂。情急之下，他向徐世昌求教，徐世昌便出主意讓他主動邀請段祺瑞商議對策。
由於對馮國璋遲遲不肯下達「討伐令」很不滿意，在被馮國璋請到總統府後，段祺瑞只是冷冷地坐在那裡，什麼話也不說，問他意見，他也只說了句：「我沒有什麼好說的，該講的都講過了。」
馮國璋這時忽然站起身來，開始大罵南軍，說南軍欺人太甚，不把北洋派當回事，是可忍，孰不可忍之類，其態度之慷慨激烈，倒彷彿他一直「主戰」，而在座的段祺瑞、徐世昌一直「主和」，並且已經擋了他主戰的道路似的。
段、徐和馮國璋在北洋系裡共事二十多年，從來也沒見過對方這種樣子，二人頓時被弄得莫名其妙。
罵完南軍，馮國璋宣佈：「為了團結和鞏固北洋派，我決定親自出征，不挫敗南方的氣焰決不罷休！」
理由很正當，但就和不明白他為什麼要大罵南軍一樣，段、徐仍然不知道馮國璋今天的葫蘆裡到底要賣什麼藥——兵都還沒出一個，大總統就先御駕親征？
徐世昌滑頭，來了個「未置可否」，只有段祺瑞很認真地勸馮國璋不必親自出征，可是馮國璋態度固執，非要親自出征不可。
接著，馮國璋又把王士珍內閣單獨召至春耦齋，宣佈要「南巡」，不過理由又與先前有所不同：「我這次到南方去，主要是為了徵詢南方他們幾個人（即『長江三督』）對於和、戰問題的意見，往返最多不過七天。」
說完之後，他用眼神向眾人掃視了一遍，意思是徵詢一下有沒有什麼不同意見。
自總理王士珍以下，大家起先都沉默地坐著，誰也沒有什麼表示。就這麼沉默了一兩分鐘，內務總長錢能訓才說了一句：「總統還是不要輕動為好。」
當時盛傳徐樹錚已和奉天的張作霖拉上關係，準備進兵北京，發動政變。錢能訓擔心，如果奉軍真的進關「稱兵犯闕」，馮國璋出京城容易，回來可就難了。
馮國璋似乎完全沒有這些顧慮，他緊接著錢能訓的話說道：「現在非我親自走一趟不能解決。」
馮國璋的行動計劃就這麼定了下來。不過從他離京開始，「御駕親征」的說法便不攻自破——前線在兩湖，出征該走京漢線，但馮走的卻是津浦線！
馮國璋在臨行通電上為他的南下提供了另一種由頭，所謂「南行巡閱」。可是他一路上行色匆匆，既未下車巡視，也沒有檢閱軍隊，所謂「南巡」被證明根本不是事實。
不是「親征」，不是「南巡」，只剩下了他對內閣所說的理由，即徵詢「長江三督」的和、戰意見。然而若認真推敲，這種話更是欺人之談，因為誰都知道「長江三督」都是附和其意見的主和派，即便湖北督軍王占元因面臨自身地盤被奪的威脅，不得不向京城請兵，但基本政治傾向還是反對對西南用兵。
試問，大家本來就屬於同一個陣營，馮國璋還有什麼和、戰問題需要向他們徵詢呢？
此路不通
有人說，馮國璋在出發之時，不僅專門挑選了一旅精兵護衛，還攜帶子彈兩百餘箱，輜重數十車。這一傳言後來被證明不是事實，馮國璋南下，只帶了一個姨太太和很少幾個隨行人員。
縱使輕裝簡從，但在馮國璋走後，連總統府的人都紛紛議論，說這次總統到了南京之後，如果看到北方情況對他不利，他就會暫時留在南京不回來了。
總統府的人站在馮國璋的角度，僅僅認為是主戰派或奉軍可能入關的壓力，逼得馮只好逃離京城。段祺瑞分析後，則判斷馮國璋不是逃離這麼簡單，他其實是在用「南巡」的手法，繼續維護其主和政策，甚至於在脫離主戰派的包圍之後，還會宣佈總統蒙難，並以南京為臨時行轅，反過來聯合南軍對皖系進行討伐。
段祺瑞趕緊密令安徽督軍倪嗣沖予以阻止。馮國璋的專車還沒到蚌埠，倪嗣沖就命令車站將信號旗落下，鐵道岔開，使火車不得行進。等專車到達後，他又登車將馮國璋強勸下車，迎入自己的督署。
雙方坐定，倪嗣沖問馮國璋為什麼要南下。馮國璋回答說：「我離開南京已經半年，想念同人，要去慰勞他們，並與秀山（李純的字）有事相商。」
對馮國璋的這番說辭，倪嗣沖早已有備：「我已打電話給秀山了。北京是國家首都，各國使節都住在那裡，大總統不能離開北京，我勸大總統還是回去。」
馮國璋哪裡肯聽，執意要等李純來接他，而李純早就接到了馮國璋要來南京的電報，可是他打心底裡其實也不希望馮國璋來南京。
李純雖然向以馮國璋的忠實信徒自居，但如果馮國璋真的以大總統的身份長居南京，便無異於在他的旁邊安上了一個什麼事都要過問的「婆婆」。對他來說，由「媳婦」升「婆婆」比較容易接受，再由「婆婆」降為「媳婦」，那就太難熬了。
李純遂以生病為托詞，派自己的參謀長作為代表由南京趕到蚌埠，與倪嗣沖等人一道勸馮回京。
李純方面都這麼說，證明「此路不通」，馮國璋只得悵然北返。臨登車時，他氣得發牢騷說：「要論咱們北洋的資格，其實還輪不到我。誰叫你們當初把我擁戴出來呢？既然把我擁上了台，又都不聽我的，叫我怎麼辦呢？」
倪嗣沖馬上回敬道：「我們擁護你，是希望你給我們當家做主。現在你卻一點擔子也不肯擔！」
倪嗣沖說這句話的時候已經是聲色俱厲，態度很不禮貌。馮國璋下不來台，便又憤憤地說：「哼，項城（袁世凱）在世的時候，你們再也不敢這樣。」
此話不說猶可，一說倪嗣沖更加氣不打一處來。他是當年最忠於袁世凱的督軍之一，也是首先上表稱臣勸進的所謂「洪憲餘孽」。就在袁世凱最後召開御前會議，徐世昌、段祺瑞都勸袁世凱急速取消帝制的時候，倪嗣沖還堅持說：「君主政體，中國行之數千年。何物小丑，敢以取消為要挾？臣誓死掃蕩群丑而後已。」
馮國璋對袁世凱的背叛，恰恰就是導致袁世凱垮台的直接因素之一。今天馮國璋突然提起袁世凱，倪嗣沖被觸及舊恨，頓時便朝對方開起了連珠炮：「袁大總統在時他能給大家做主。可是他要做皇帝，當年若不是你帶頭反對，他的皇帝早已上當了，何至於氣死呢！話又說回來了，他要不死，大總統也輪不到你呀！」
馮國璋被數落得啞口無言，只得忍氣吞聲地回北京去了。他這一趟南下不僅沒有成功，而且還搞得威信掃地，至此，只要他一出台傾向於和談的政策便立即遭到官員們的反對。面對這一尷尬局面，連素以和事佬著稱的國務總理王士珍也一籌莫展，不知如何是好。
無奈之下，馮國璋只能向段祺瑞和主戰派做出全面妥協。1918年1月30日，他終於下達了他幾個月來曾用各種方法加以迴避的「討伐令」。曹錕、張懷芝、張敬堯等奉令率部南下，對南軍「痛予懲辦」。