讚揚和反對是雙胞胎，他們一起拉著手來到了人間，在有讚揚的地方，就會有反對的聲音。
雜交水稻作為一個新生事物，雖然其明顯的增產效果令很多稻農歡欣雀躍，但同時也出現了不和諧的反對聲音。袁隆平作為一個公眾人物，他的一言一行自然受到了更多人的關注。一次普通的車展，一張他和奔馳車的合影，竟都成了公眾的話題。
作為一輩子都和糧食打交道的科學家，轉基因是個繞不過去的話題，袁隆平又是如何評價轉基因的呢？
袁隆平的雜交水稻自問世以來，爭議就伴隨著雜交水稻的增產之路一直未斷，擾攘不休。
2011年4月27日，「三農」問題學者李昌平在《南方農村報》的評論版發表了致「雜交水稻之父」袁隆平先生的一封公開信——《給農民留幾粒真正的種子》。李昌平在信中希望袁老在有生之年，放棄雜交水稻研究，轉向培育常規水稻品種，並佐之六大理由，呼籲還給農民自由選擇種子的權利。
可是現在種植雜交水稻已成大勢所趨，不僅在中國有大面積的種植，在世界上的種植面積也在逐年增加。這就說明了一個問題，雜交水稻是個好東西，它是受世界人民歡迎的，它不僅解決了很多人餓肚子的問題，也使很多稻農的錢袋子一點點地鼓了起來。
後來，袁隆平在央視的《新聞1+1》中做了如下的回答：我認為(放棄雜交稻，研製常規水稻)這是讓我倒退，你知道嗎？這個雜交水稻，是利用雜種優勢來提高產量，雜種優勢是一種普遍現象，普遍規律，叫我放棄雜交稻，那是不可能的。
袁隆平被稱為「雜交水稻之父」，又是世界馳名的科學家，他的一舉一動，自然受到了媒體的關注。
20世紀80年代起，袁隆平到實驗田去做實驗，騎的是自行車，後來條件改善後，他騎的自行車又改成了摩托車。2001年底，袁隆平在朋友們的勸說下，買了一輛賽歐牌家用汽車。這輛小汽車載著他無數次去過實驗田。袁老的駕駛證不是考來的，而是交警大隊的書記親自送來的一本榮譽駕駛證，上面寫著「袁隆平院士惠存」七個字，而且終身免檢。但擁有榮譽駕駛證的袁隆平卻告訴記者：「我從來不開到大馬路上去，就是從家裡開到我的實驗田，其餘哪裡都沒有去過。」
2008年7月19日上午，袁隆平領著一家人出現在了「2008湖南車展」上。在場的記者拍下了一組袁隆平和豪車合影的照片。兩天後，網絡上出現了袁隆平逛車展的配圖新聞。報道裡說，袁院士家裡已經有六七輛車，還被一輛奔馳敞篷車吸引。
這張照片裡，袁老參觀的這種敞篷的奔馳車型號為SLK200K，是奔馳的一款跑車，市場售價為68.8萬元。此帖一出，慣於「仇富」的網民卻並沒有譴責袁隆平的「奢華」，而是表現了與以往不同的態度。對於袁隆平看高檔車，網民們表現了極大的寬容和支持。「仇富」不仇袁隆平，網友力挺袁隆平買車，認為袁隆平買中國最貴的車都無可厚非。甚至更有網友稱，袁老就是買七八架私人小飛機也是應該的。
2008年7月28日，袁隆平的秘書接受媒體採訪時澄清，當天袁隆平並沒有購買奔馳車的計劃，僅是多看了兩眼奔馳車，網絡上就直接將該車劃到了袁老名下。其實當天，袁老一家人看上的只是一款普通的國產兩廂車。
為什麼有的人購置豪華車，便會在網絡上招致一片罵聲，而袁隆平如果「買」奔馳車，反而會獲得廣大的網友的理解和讚譽？原因只有一個，袁隆平的錢，每一分都來得光明正大。這就說明了一個社會貢獻的問題，也就是你為社會都做了什麼。如果人人都像袁隆平一樣，用乾乾淨淨的手段賺錢，然後回報社會，熱心公益，那麼其豪車消費也會得到廣大網民和社會的理解。
2008年6月3日，奧運聖火開始在湖南嶽陽傳遞，袁隆平在岳陽樓前，從北京奧運官員手中接過了熊熊燃燒的奧運火炬。在現場觀眾高呼「北京加油，奧運加油」的口號聲中，這位擁有無數榮耀的78歲老科學家對這短短的一百米路程顯得十分珍惜，他緩緩跑過岳陽樓前的石板路，傳遞了湖南的第一棒奧運火炬。
范仲淹在他的《岳陽樓記》中曾經寫道：先天下之憂而憂，後天下之樂而樂。而袁隆平心憂天下，無私奉獻，故此，他成為湖南第一位傳遞奧運聖火的人選當之無愧。
2009年11月，在中國政府頒發了兩種轉基因水稻的安全證書之後，轉基因所涉及的食品安全、種子安全、糧食安全和經濟利益之爭等一系列問題，引發了持久性的大討論。
贊成派說：「轉基因是今後發展的方向，這種科學大潮，誰也阻擋不了！」
反對派說：「轉基因抗病抗蟲的功能來自於毒蛋白基因，蟲吃了是要死的，人吃了會不會威脅健康？」
贊成派這時拿出了蟲子吃了轉基因食物會死的原因調查——昆蟲的死亡，是因為氣孔閉塞了，但這跟人的消化道完全是兩碼事。
反對派又會問：「你說轉基因食品是安全的，那麼奧運會、世博會為什麼供給國外人員的食物，沒有轉基因食物？」
對於這個爭論得很凶的問題，袁隆平自稱是「中間派」。他認為：「從科學的角度看，轉基因是否是發展方向，不能一概而論。現在我們正在把玉米的基因轉到水稻上來，提高水稻的光合效應，這樣的轉基因有什麼問題？一點問題都沒有。」
袁隆平坦言：「人民不是小白鼠，不能用那麼多人的健康和生命安全做實驗，來冒險。」他還說「我願意吃轉基因食品，來親自做這個實驗，但是問題是，我已經沒有生育能力了，轉基因對性能力和遺傳性的影響，是需要實驗證明的。如果有年輕人自願做實驗，吃轉基因食品在兩年以上，不影響生育和下一代的健康，那才安全。」
袁隆平認為，在沒有實驗結果作為根據的前提下，將轉基因用於主糧生產是「要慎重的……他們贊成轉基因的，是用小白鼠做的實驗，可是小白鼠和人能一樣嗎？他們有人類食用轉基因的實驗結果嗎？」
袁隆平一直篤信一句話：沒有調查就沒有發言權。沒有親自實驗過，也就沒有發言權，所以不要輕易地肯定或否定，也不要猜測和推論，要用事實說話。
2012年「兩會」召開前，袁隆平、厲以寧、鍾南山等國內著名的院士曾集體發出倡議——成立「中國生命科學學會」。這個學會，是一個匯聚了眾多領域頂級專家的「智庫」，主要目標是為國家的重大決策提供科學依據與智力支撐。
袁隆平最後表示：「怎麼保證人民的健康和生命安全？怎麼控制人口的增長？怎麼處理好經濟發展和環境保護之間的關係？我們需要多領域的專家，好好坐在一起商量出個對策，並且遞交給中央，為國家出力。」
袁隆平談論最多的，就是國家和老百姓，他從不為自己考慮。有人勸他說，直言不諱會「得罪人」。袁隆平說：「我怕什麼，我這麼大把年紀了，還不能說幾句實話？憋死人咯！」