常言道：樹大招風。當馬化騰將騰訊這個小企鵝變成了一隻碩大無朋的「帝企鵝」之後，「風」也就來了。
隨著QQ用戶的不斷增多，騰訊漸漸被一些活躍在網絡上的犯罪分子盯上了，結果小企鵝成為了網絡犯罪的最大受害者之一。馬化騰表示，他最擔心的就是安全問題。在騰訊2006年的年報中，提升用戶安全被列為最優先處理的項目。
根據對2007年各類網絡詐騙案件的情況分析，案值少的是百餘元，多的達到了幾千元。受騙者一半以上是20歲到30歲的年輕人，其中以公司職員和學生居多。通常，這些詐騙分子是通過QQ等即時聊天工具，以一些知名公司或網站的名義發佈虛假中獎信息，然後利用一些人貪小便宜的心理，以高額獎金和筆記本電腦或其他數碼獎品為誘餌，打著「公證費」「手續費」「保險費」等名目騙取網民的錢財。
曾經有用戶在上網時，看到自己的QQ彈出一條「騰訊QQ系統中獎信息」，說他中了幾萬元獎金和一台筆記本電腦，隨後這位用戶撥打了網頁上留下的客服電話，過了兩個小時，他苦苦攢下的6000多塊錢就匯入了騙子的腰包。而在2008年汶川地震之後，甚至還有假冒騰訊網慈善頻道的網站，打著「公益」的幌子進行詐騙。
2005年12月，馬化騰在接受《中國新聞週刊》的採訪時說：「我覺得，從互聯網整個的環境來看，整個社區肯定有好有壞。我們做了大量努力，但是像現實社會一樣，還是會發生很多利用人性的弱點的案例，比如獲得信任之後去行騙。這不是技術的問題，而是人與人之間溝通的問題，反映了一個真實社會所會有的情況。」
事實正是如此，即時通訊只不過是一個通訊平台。這就像可能有犯罪分子利用電話來犯罪，但這不是電話運營商能完全負擔責任的。馬化騰只是為廣大網民們提供了一個工具和平台而已，好比那些提供郵件服務的運營商，郵件的內容是無法直接進行監管的，只能用採取某些技術手段，對群發的郵件、垃圾郵件進行適當的限制。
儘管馬化騰難以對所有內容進行監控，但騰訊還是不遺餘力地對網民進行防騙的教育工作。在QQ的界面和對話框的顯著位置，經常會有提醒網民謹防上當的警示語。此外，馬化騰還通過一系列的技術升級與服務優化，進一步增強了QQ的安全性。
2007年3月，馬化騰在「網絡與知識產權刑法保護」研討會上說：「計算機及網絡領域的新型犯罪也接踵而來。現在我們所接觸到的一些網絡犯罪行為，多以竊取用戶『互聯網服務使用賬號』等手段來達到侵權目的，這些行為擾亂正常的網絡秩序，給廣大人民群眾的現實生活帶來諸多負面影響。然而，我們能明顯地感受到這類違法犯罪事件頻繁發生卻難以控制，除了該類行為具有隱蔽性強等特徵之外，還有社會環境、法律體系、技術、管理、教育等多方面的原因。例如，當前的法律對許多網絡不法行為還難以定罪或者量刑過輕，起不到應有的懲戒與震懾作用。同時，網絡道德標準沒有確立，缺乏正確的教育引導，一些實施網絡侵權行為的不法分子，如黑客、病毒製作者等反而被當成『技術天才』，使我們的社會評價體系發生了不應有的傾斜。」
事實上，網絡違法犯罪行為給現實社會的穩定帶來了極大的破壞力，也給互聯網世界的健康發展帶來了嚴峻的挑戰。所以對很多互聯網企業而言，充分運用法律手段，加強網絡管理，有效維護網絡秩序是必然選擇。
2007年1月8日，為遏制網絡盜竊行為，馬化騰聯合網易、金山、盛大、九城等4家知名網絡服務商，共同發表成立「反網絡盜竊聯盟」的聲明，希望對網絡盜竊予以嚴厲的懲罰和打擊，幫助用戶維護其網絡財產的安全。馬化騰也表示，希望和其他同行一起以積極的態度和創新的精神，同這種齷齪的盜竊行為堅決鬥爭，將互聯網建設好、利用好並管理好。
目前，騰訊在公司的運營方面已經將重點放在了關注安全、穩定和網絡質量三個方面，其中重中之重就是安全問題。為此，馬化騰一直和金山等國內一流的防病毒廠商開展深度合作，共建QQ的安全中心，此外還不忘和國家有關部門聯合起來，共同打擊對用戶利益侵害嚴重的非法掛機網站以及一些惡意廣告網站。在穩定性維護方面，馬化騰還將計劃對後台系統進行軟硬件方面的優化，從而保證服務質量的可靠性，此外還建立了24小時值班中心，一旦發現異常現象馬上做出反應。
為了滿足用戶使用QQ時的安全需求，幫助指導用戶更專業地使用QQ安全防護措施，馬化騰還十分具有開創性地設置了「QQ安全自習課」。所謂的「QQ安全自習課」其實是一個在線學習課程的虛擬課堂，它將網絡上比較典型的案例拿出來，結合多種安全領域提供個性化在線學習課程，還加入了幽默直白的漫畫講述了與QQ有關的各安全領域的問題及處理方法。
在用戶看來，上一堂QQ安全自習課，不僅能學會如何防止被騙和防止病毒，還能從中瞭解到騰訊在保護QQ安全方面採取了什麼樣的措施，非常值得一看。特別是對那些初學上網的人，通過視頻能夠學到相關的網絡知識來保護自己，大有裨益。