玄奘入住弘福寺後，開始了佛經翻譯的準備工作。翻譯佛經，是一項規模龐大的系統工程，他首先要做的是從全國範圍內挑選合適的譯經人員。很快，玄奘在長安佛教界高僧大德的幫助下，遴選了二十多位年富力強的高僧，然後由房玄齡奏請唐太宗，徵召其齊集長安弘福寺。
譯經的順序是，先由譯場的譯主——奘師，依照梵文文本口譯成漢語，由筆受[14]記錄下來，然後由精通梵文的高僧對照過目；無訛之後，交由證義的高僧審查；不違佛經原義，再請大德將文字潤色，最後交人抄寫。
由於唐太宗對佛經翻譯的支持力度遠遠遜色於後秦姚興，所以玄奘的譯經場人員配備，不及鳩摩羅什的十分之一。不過，由於玄奘思維縝密，充分發揮每個人的所長，分工合作，流水作業，所以效率極高，譯經數量反而超越了鳩摩羅什的譯場。
同時，佛經翻譯是一項影響千古的工程，必須慎之又慎。所以，在最初的一年時間裡，玄奘先是小心翼翼地挑選了一些篇幅短小、文意相對淺顯的經論來熱身、練兵，以磨合隊伍、尋找規律、積累經驗。
玄奘選拔來的這些高僧，個個都是精通大小二乘的碩德，為當代佛門所推崇，又有獻身佛教的滿腔熱忱，所以很快就熟悉了翻譯的分工與流程，譯文質量日新月異。於是，貞觀二十年（公元646年）二月，玄奘決定創譯印度大乘有宗最重要的論著——《瑜伽師地論》。
《瑜伽師地論》是玄奘當初取經最重要的目標，也是他在那爛陀寺跟隨戒賢大師學習時間最長的一部經典，更是他西行十九年最大的收穫。《瑜伽師地論》共一百卷，是瑜伽行派的基本論書，主要論述了人們思想產生的過程，包括其中最細微的變化和原因。通過解讀，可對如何認識事物的本質有一個徹底的瞭解，最終獲得覺悟。
當譯經數量達到一定規模之後，玄奘進表唐太宗，報告譯經的經過，並請皇帝賜序。然而，他的上表如泥牛入海，沒有任何消息。於是，在譯經的同時，玄奘加快了《大唐西域記》的撰寫。
晚上，當一天緊張的譯經工作結束之後，夜幕輕輕籠罩著弘福寺後院的一間不起眼的寮房。疲憊不堪的玄奘斜倚在禪床上，半閉著眼睛，一邊回顧著十九年中自己走過的那些國家，經歷的山川風貌，接觸的各族民眾，看到的千奇百怪的風俗，一邊娓娓道來——
床前一張書桌上，在昏黃的油燈下，文采出眾的辯機法師奮筆疾書，將玄奘口述的西行遊歷整理成文。遇到不清楚的地方，辯機會停下筆來，詢問幾句。玄奘便重複一些片段，然後兩人繼續一同跋涉在他如夢如幻的回憶中……
碧落靜無雲，夜空明有月；自玉門關外傳來悠悠的駝鈴聲，從凌山之巔飄來紛揚的白雪；憶往昔崢嶸歲月，所有的苦難都化成了甘醇的音樂。
竹影醉婆娑，清風來不歇；遙遠的恆河岸邊迴盪著潮水的低吟，中印的摩揭陀飄來片片的菩提葉；起伏的潮音匯成清涼的旋律，飛舞的光影再現智慧的佛國……
玄奘心中非常清楚唐太宗讓自己撰寫此書的目的，大唐皇帝的目標是要建立中國歷史上最強盛的帝國，所以必然要經略西域。而玄奘，可以說是中國最瞭解西域的人。所以，唐太宗需要的絕不僅僅是一本佛國遊記。玄奘在《大唐西域記》中，綜述了自己自貞觀元年至貞觀十九年的西行見聞，記述了他所親歷的一百一十個國家以及聽聞的二十八個國家的基本概況。內容有政治、經濟、貨幣、疆域、氣候、山川、風土、語言、宗教、佛寺以及大量的歷史典故、神話傳說等。
在皇權至上的社會裡，君王的個人價值取向，往往決定著宗教、文化的命運。玄奘從他十九年的遊歷之中，從印度、西域的佛教興衰史上，深切感悟到：離開國主的支持，佛法的弘揚只能是一種夢想。他明白，雄才大略的李世民極富主見，他認定的道理很難被別人說服。太宗皇帝本來對佛教一直採取抑制的態度，若想讓他轉變觀念、取得他的支持，絕不是一朝一夕的事情。為了盡快滿足唐太宗的心願，玄奘不辭辛勞，僅僅用了十四個月，就完成了《大唐西域記》的撰寫。從書名就可以看到玄奘的良苦用心：他所遊歷的國家，遠遠超出了大唐的疆域，可是為了滿足唐太宗的萬丈雄心，他在西域之前冠以“大唐”的名號，好像大唐王朝的勢力範圍早已遍及中亞、南亞一樣。同時，他在文中更是淋漓盡致地歌頌著自己的祖國——大唐。當然，玄奘也十分巧妙地在書中融進了許多佛教聖跡與佛本生故事，意在讓閱讀者在不知不覺裡認識到佛教的靈妙，在潛移默化中影響他們的心靈。
貞觀二十年七月的一個晚上，處理完朝政的唐太宗李世民回到寐殿，打開玄奘剛剛呈獻的《大唐西域記》，津津有味地讀了起來。
僅僅讀了一段序文，唐太宗就感到辭美、景美、情更美，可謂字字珠璣，滿紙生香。於是他忘記了勞累一天的疲憊，忘了夜深人靜的聲聲更漏，忘了後宮三千佳麗的等待，全部心神都專注在了《大唐西域記》之中。
他一邊閱讀，一邊為玄奘精練而形象的語言文字拍案喝彩。玄奘對大部分國家的描述，只用三兩百字，但其基本情況躍然紙上。於是，唐太宗通過書上活靈活現的文字，跟隨著玄奘的腳步，宛若親自行走在遼闊的西域，跋涉在東西南北中五印度，恰似親手觸摸著那些國家的歷史、地理、文化、政治……
太宗皇帝一口氣讀完了十二萬言的《大唐西域記》，不知東方之既白。一夜未睡，他卻依然感到興奮異常，又伏案親筆寫信，對玄奘和他的《大唐西域記》大肆褒獎。
第二天，玄奘接到大唐皇帝的親筆賀信後，在給太宗的謝表中，再次請他為譯經賜序。
太宗皇帝與玄奘一樣心照不宣，都非常清楚皇帝御筆的份量。如果有了皇帝的親筆序文，不但對玄奘新譯佛經的推廣大有裨益，而且可以大大提高佛教的政治地位。這樣一來，人們就會知道皇帝支持佛教，上行下效，佛教就會興盛起來。多年來，為了彰顯自己的正統地位，李唐皇族形成了根深蒂固的崇道傳統，所以太宗皇帝在回信中再次委婉拒絕了玄奘的請求。
唐太宗李世民雖然出於政治考量，一直抑制佛教，卻非常器重玄奘。的確，因為深入修學，佛法的光輝使得玄奘具備了一種十分獨特的人格魅力。無論是西突厥信奉拜火教的葉護可汗，也不管是原來就信佛的中印度戒日王，還是尊道的大唐皇帝李世民，都發自內心地尊重玄奘，將他視為知心朋友。
隨著時間的推移，唐太宗李世民原來叱吒風雲、呼嘯江河的英雄氣概，漸漸被歲月消磨得差不多了，他的心境也慢慢發生了微妙變化。原先，他崇尚儒家修身、齊家、治國、平天下的道理，他也的確將大唐治理得井井有條，空前強盛；然而，他不但無法在社會上實現儒家的仁愛與倫理秩序，甚至連在自己的家裡也做不到。更叫他感到異常悲涼的是，他與同胞兄弟之間同根相煎、手足相殘的玄武門之變的悲劇，很有可能再次發生在自己的兒子們之間！李世民有十二個兒子，有的無能軟弱，有的玩物喪志，有的窮凶極惡，有的精明過度。為了爭奪皇位，他們在家裡鉤心鬥角，在朝廷拉幫結派。
治國容易，治心難。英雄如唐太宗者，每每想到這些總覺得心力交瘁，便生起一種無可奈何的淒涼悲愴之感。他環顧左右，親朋舊臣一個個凋零故去，沒死的也垂垂老矣。自然而然，他對未知的死亡產生了莫大的恐懼。其實，他之所以尊道，除了政治上的原因外，在他的內心深處還有借助道教的養生之術益壽延年、長生不老的期望。自然，那些八面玲瓏的道士們很會投其所好，進貢了許許多多據說靈妙無比的丹藥。可是，他服用之後，除了短暫的興奮之外，反倒是汞鉛中毒的症狀越來越明顯。道士們的長生不老之術沒法驗證，神仙丹藥的效果也讓他大失所望。心靈多次掙扎之後，正應了那句老話所說：“英雄到老皆皈佛”，唐太宗不得不開始從佛教中尋找心靈的慰藉。
貞觀二十二年（公元648年）夏，唐太宗駕幸玉華宮。六月，太宗皇帝下令，召正在弘福寺譯經的玄奘前來伴駕。
玄奘馬不停蹄，連續趕了三天的路，風塵僕僕來到玉華宮。一見面，太宗皇帝非常高興地說：“我在這裡避暑、處理政務之餘，非常想念你。讓你趕了這麼遠的路來和我相見，辛苦你了。”
玄奘趕緊說道：“大唐的百姓仰仗著您才過上富裕安康的日子，您若稍有不安，則天下恓惶。像我這樣一個無足輕重的世外之人，能得到皇上的召見，深感榮幸，談不上什麼辛苦。”
兩人一如既往，談得非常投機。於是，唐太宗又想逼勸玄奘歸俗，將他網羅在自己左右，共謀朝政。
此時，已進入貞觀朝後期，早年跟隨唐太宗打天下的那些謀臣良將很多都已去世，一些治國能臣也因為廢立太子之爭失去了皇帝的信任，連一代名臣房玄齡也臥病在床，看情況很難康復。因此，國家急需補充人才。同時，為了彌合朝中的派系鬥爭，唐太宗也急需一位公平中正、能力出眾、威望超群的人來制衡各方面的勢力。而玄奘，無疑是最佳的人選。
玄奘再次委婉拒絕了唐太宗的勸請，他說：“玄奘自幼出家，弘揚佛法是我畢生的心願。萬望陛下大發慈悲，不奪我志。”
太宗畢竟是一位開明的皇帝，再次遭到玄奘的拒絕，他不但不生氣，反而對玄奘更加敬佩。唐太宗心中暗暗驚奇：佛教究竟有著怎樣的魅力，居然使得玄奘這樣一個集天地之靈氣的人物，死心塌地地追隨其中，連高官厚祿、富貴榮華都不能動其心、撼其志！
於是，兩人轉換了話題。太宗問：“法師正在翻譯哪部經論呢？”
玄奘回答：“五月十五日剛剛譯完《瑜伽師地論》，共一百卷。”
太宗皇帝頗為驚訝地說：“哦，一百卷？此論甚大。但不知是何聖所說，主要內容都說些什麼？”
“這部大論是彌勒菩薩所說，是一部討論修行成道的書，把人生修行的歷程劃分為十七個階段。故而也稱作《十七地論》。”
《瑜伽師地論》的法理玄妙而深奧，講識論思，體系龐大，術語甚多，玄奘只能舉綱提目，陳列大義。不過，大論中也有一些通俗易懂的內容，比如“攝抉擇分”的第六十一卷，主要分析了君王的種種過失、功德、衰損等。若君王避免失誤、修習功德、遠離衰損、掌握領導技巧，就能達到國家長治久安的目的。於是，玄奘著重給太宗皇帝講解這一章節的內容。
李世民一生忙於軍事和政治，雖然與僧人有過一些來往，但多限於禮節，且從心裡輕視佛教，所以他剛開始聽時，很是有點不以為然。可是，當玄奘講到大論中所說的君王常犯的十大過失時，他的神情專注了起來。
“君王若出現這樣的過失，雖然有雄厚的財力，有賢良的臣輔，有強大的軍隊，依然不可能得到人民的擁護，且危機重重，國家也將難以維繫。”
大唐貞觀盛世的出現，最重要的前提就是唐太宗李世民的勵精圖治、從不放逸，任人唯賢、遠離邪佞，從善如流、賞罰分明，避免了佛經之中所列舉的那些失誤。因此，他現在聽來深有體會，倍感親切，頻頻頷首稱是。
玄奘見狀，知道太宗認同了《瑜伽師地論》中的這些精闢分析，於是又講了君王的五種領導技巧：第一，善於觀察、統御群臣，充分發揮每一個人的特長；第二，廣行恩德，寬以待人；第三，專注政務，不放縱自己；第四，遠離奢靡，勤儉建國；第五，遵守綱紀，專修善行。
李世民心中暗暗吃驚。大唐的基本國策是儒治為主，諸教並容。因為他一直認為，佛教是遁世的學說，於百姓無補，於國家無益。沒想到，《瑜伽師地論》的政治理想，與他的治國之術有異曲同工之妙。他立刻派人騎快馬回長安，去把《瑜伽師地論》取來。
唐太宗詳覽《瑜伽師地論》，見其詞義宏達、聞所未聞，情不自禁地對身邊的大臣說：“朕觀佛經，猶瞻天俯海，莫測高深。玄奘法師能於異國他鄉取得這樣的妙法，真是奇跡。朕原來忙於軍政，沒有認真研究過佛教。儒家、道教以及其他九流的經典與之相比，就像小池塘與渤海。人們都說三教齊致，真是妄談。”
從來沒有認真讀過佛經的唐太宗，一覽《瑜伽師地論》便歎為觀止。他下令秘書省將玄奘新譯的佛經手寫九部，分發於九州流通廣佈。這是唐朝早期官方寫經流通規模最大的一次。
七月十三日，唐太宗李世民在玉華殿舉行了一個莊嚴的儀式，賜給玄奘一領袈裟。這件袈裟是後宮費時數年之久的精心之作，用金縷織成，根本看不出縫合的痕跡，美其名曰“天衣無縫”。多年來，太宗皇帝一直在觀察全國的高僧，為其尋找最合適的主人。現在他知道了，只有玄奘才配得上這件佛門重寶。於是，他親自將金縷袈裟披在了玄奘的身上。
七月，在玉華宮還發生了兩件讓太宗皇帝黯然神傷的喪事：一代名相房玄齡與宋國公蕭瑀在這裡先後去世。李世民眼睜睜地看著這些與自己出生入死的老臣一個個撒手歸西，倍感生命的無常，因而對佛教興趣大增，精神上更加依賴玄奘，幾乎將其當成了自己的心靈導師，一直讓他陪伴在自己身邊。兩人相得益彰，太宗完全放下了皇帝的架子，對待玄奘如同親人一般。
這樣，當玄奘再次請求太宗皇帝為自己的新譯佛經寫序時，他欣然同意了。八月，太宗親筆撰寫了《大唐三藏聖教序》，並在玉華宮慶福殿舉行了宣序儀式：唐太宗尊玄奘為上座，太子李治，重臣長孫無忌、褚遂良、許敬宗等人肅立兩側，令弘文館學士上官儀當庭宣讀。
唐太宗在序文中一反初衷，把佛教譽為“聖教”，並用華麗的言辭對佛教和玄奘大加讚賞。這些都遠遠超出了玄奘的預料，所以他喜出望外。太宗對他個人的溢美之詞，他固然歡欣，更重要的是，有了太宗這篇熱情洋溢、霞煥錦繡、褒揚之至的序文，對於他所翻譯的佛經流傳天下，大有益處。
太宗李世民年輕時期，恰逢隋末戰亂，他以卓越的軍事才能北征東伐，為大唐創立了不朽的勳業。與一般冷血帝王不同的是，他的內心世界極為豐富，情感細膩、敏銳。一方面，他覺得以戰終戰、以殺止殺，勢在必行；另一方面，他良心發現，自知殺業太重，感到非常後悔。到晚年，這種發自內心的懺悔讓他坐臥不寧。而玄武門事變中，兄長李建成與弟弟李元吉的慘死，在太宗的心靈深處留下更深的暗影。多年來，這件說不出口的往事，在胸中累積成了一個大疙瘩，無形的壓力與恐懼時時刻刻跟隨著他。他內心的苦楚以及尋求解脫的緊迫感，唯有佛教的因果之說和樹立福田的辦法才能解決。所以，他開始相信佛教，與玄奘幾乎形影不離。為了時時能與他相見，太宗專門在玉華宮為玄奘增設了譯經院。
晚年的太宗皇帝，自從遠征遼東以來，精氣神大不如前。再加上前期服用道士丹藥的副作用，健康狀況急劇惡化。自從六月聽從玄奘的勸告，摒棄“長生不老”的靈丹妙藥之後，反而神清氣爽，體力有所恢復。他理所當然地將之歸結為結緣佛教、親近高僧玄奘的效果，因此對佛法更加虔誠懇切了。十月初的一天，他問玄奘：“作什麼功德，利益最大？”
玄奘回答道：“眾生迷惑，沒有智慧不足以啟發，而培植慧根最好的方法就是弘揚佛法。住持正法，仰仗的是寺院僧人，所以度僧的功德最大。”
太宗李世民聽了很高興，隨即下詔：“京城及諸州各寺，各度五人，弘福寺度五十人。”當時，大唐各地共有官寺3716所，共度僧尼18500餘人。在此之前，因遭到隋末戰亂的摧殘，國內寺院凋殘，僧尼散失。有了這次大規模的度僧，佛教開始再次興盛起來。此後，尊崇佛教很快成為民間風尚，建寺院、開石窟、造佛像、修佛塔，中唐之後漸成繁盛氣象。
皇太子李治每逢陰天下雨，手心即痛。他因此想起自己年幼時，常常看到娘親腹痛。當時不解，如今自己長大成人了，感同身受，非常思念亡母。於是李治效仿老爹，為報答母親文德皇后的養育慈恩，在隋代無漏寺的故址上興建大慈恩寺。
十二月間，寺院落成，皇太子親自拈香，拜佛像幡華，度三百僧，別請五十大德，迎請玄奘為上座。且於寺的西北部築造翻經院，安置玄奘所攜回的經像舍利，隨後玄奘在這裡繼續譯經事業。
玄奘遷居慈恩寺之後，除了譯經事業之外，又增添了許多寺務管理工作，超常繁忙，所以沒有時間陪伴太宗皇帝。在此期間，大臣王玄策從印度帶回了一位婆羅門外道。為迎合皇帝祈求長生的心理，把他獻給了李世民。這個印度外道吹噓自己已兩百多歲，有長生不老之術。唐太宗信以為真，將他安置在金飆門客館為自己煉製丹藥。然而，印度外道的長生不老之藥與中國道士的仙丹一樣，服用之後不但毫無作用，反而大大加深了汞鉛中毒的症狀，令唐太宗頭痛不止！
貞觀二十三年（公元649年）四月，太宗皇帝的身體每況愈下，不得不到終南山翠微宮休養。此時的太宗，已經預感到自己來日無多。他幾乎每天晚上都做噩夢，夢中形形色色的敵人向他索命。顯然，病情日重、中毒已深的太宗皇帝，其心難安。
空前絕後的千古一帝，英勇蓋世，智超群倫，一生戎馬，征服四方，到臨終之時才發現，最難征服的居然是自己的心！然而，他明白得太晚了，已經沒有修心的時間與精力了。為了尋求心靈的慰藉，他請玄奘前來，不讓他離開左右。唯有玄奘以佛法疏導，才能減輕他心中的痛苦與不安。
無可奈何，玄奘只好將譯場搬到翠微宮的安喜殿。白天，太宗處理政務時，玄奘譯經。其餘時間，兩人像親密無間的老朋友一樣，談經論道。此時的太宗皇帝，對自己早年未能修學佛法而後悔，對玄奘說：“朕與法師相見恨晚，不得廣興佛事。”太宗所說，當是肺腑之言。正如曾子所說：“鳥之將死，其鳴也哀；人之將死，其言也善。”
五月二十四日，太宗皇帝頭痛消失，精神大好。然而，心明眼亮的玄奘知道，這不過是迴光返照。於是，他將陪伴自己度過了許多苦厄的《心經》，誦給唐太宗聽：
觀自在菩薩，行深般若波羅蜜多時，照見五蘊皆空，度一切苦厄……無掛礙故，無有恐怖，遠離顛倒夢想，究竟涅槃。三世諸佛，依般若波羅蜜多故，得阿耨多羅三藐三菩提……
太宗皇帝心性異常通靈，明白了自己因為牽掛太多，所以心生怖畏。由是，他不再想世俗的煩惱，忘記什麼功過是非，不再惦記必將屬於他人的江山社稷。放下一切之後，他感受到的是空空明明的清涼。
五月二十六日，中國歷史上最傑出的帝王李世民，耳邊徐徐迴盪著玄奘低沉、舒緩、平靜的誦經聲，在翠微宮安詳而逝。