玄奘經過了去年的大病，氣力不復如前，每每感到力不從心。而且他住在洛陽皇宮，各種世俗的雜事甚多，每日的譯經工作頻頻被打斷。由是，他遂生厭離京洛、入山修禪之心。顯慶二年（公元657年）九月二十日，玄奘上表，請求歸隱少林寺。他在表中自述，自己年事已高且多病衰弱，不願意再冒受皇恩。希望能畢命山林，成就禪觀，以報國恩。同時，在禪修之餘繼續翻譯佛經。
玄奘的上表措辭婉轉，態度懇切，讀之令人心動。高宗皇帝讀後，第二天親筆回復，信中雖多用褒獎之詞，但最後筆鋒一轉，十分堅決地拒絕了他的要求。
入山之志既不得酬，無可奈何的玄奘不得不強撐老弱之軀，在積翠宮繼續譯經。因住在皇宮，俗事繁雜，能帶進來的助手又少，佛經翻譯的進度很不理想。玄奘著急，只能大幅度壓縮自己的睡眠與休息時間。可是，欲速不達，他因勞累過度，又一次積氣成疾。玄奘自忖，這次病重如油盡燈枯，斷無生機。他怕驚動皇上，悄悄離開積翠宮，到皇宮外的一座寺院等死。
佛菩薩保佑，再加上弟子們延醫診治，他再次活了過來。病情好轉之後，玄奘休養幾日，回積翠宮繼續譯經。
顯慶三年（公元658年）正月，玄奘隨駕自東都返回西京。七月，奉敕入住西明寺。
之後，大唐宮廷鬥爭達到了白熱化。玄奘一個世外之人，十分厭惡充斥著陰謀的政治，早就想逃離京城。可是，不管是唐高宗，還是武則天，都想利用他在民間的崇高威望來為自己增色，所以遲遲不肯放他歸山。現在玄奘在西明寺，每日前來拜訪者絡繹不絕。他還需要協助朝廷處理外交事務，與史官們編纂《西域圖志》。糾纏不清的俗務，翻譯佛經的迫切，讓分身無術的玄奘只能盡力擠搾自己的精力與體力，於是再次勞累成疾。
玄奘早已看破了生老病死，所以疾病的痛苦與死亡的威脅都不能讓他動心，但是，譯經的大願未了，讓他不能不為之揪心。於是玄奘再次申請離開長安。這次，高宗終於批准他離開京師，前往玉華寺譯經。玉華寺，就是原來的玉華宮。
顯慶四年（公元659年）十月，玄奘像掙脫樊籠的大鵬，與譯經場的成員離開紛紛擾擾的京城，來到了玉華寺，入住肅成院。譯經的場所，則設在了玉華殿。
說來也巧，玉華寺所在的大川，在唐代稱為鳳凰谷。玄奘出生的地方叫鳳凰谷，而今所在的地方也叫鳳凰谷，這究竟是機緣巧合、妙趣天成，還是冥冥之中有著某種預示？
從某種程度上說，玄奘是為了專心翻譯《大般若經》才來到玉華寺。從顯慶五年（公元660年）至臨終，玄奘的譯經工作就是以翻譯《大般若經》為中心的。
《大般若經》全稱《大般若波羅蜜多經》，是佛教大乘空宗的主要經典，卷帙浩瀚，梵本共二十萬頌（640萬字）。當玄奘應弟子們的請求，著手翻譯《大般若經》時，已年屆花甲。多年的操勞，消耗了他大量的精力，身體已相當衰弱了。但他考慮到翻出此經，可以使瑜伽行派學說從理論上溯源到般若，能調和、會通大乘空、有二宗的分歧，故而毅然決定動手進行這項浩大的翻譯工程。
玄奘從印度帶回了三種《大般若經》梵文版本，為了力求精確無誤，他們每翻譯一句話，都要對照三個版本，進度很慢。再加上這部經的篇幅太大，真不知何年何月才能大功告成。弟子們看到玄奘年邁體弱，生怕他過分勞累，建議刪略一部分內容。因中國人尚簡捷，所以許多經論在無傷主旨的情況下，於翻譯過程中有刪繁就簡的情況。玄奘順從了大家的意願，除繁去重，翻譯進度大大加快。
……不知怎麼回事，玄奘暈暈乎乎，被一股陰風吹了起來，飄飄蕩蕩地來到了雪山叢中，被扔在了萬仞之高的雪峰之上。雪峰頂上寒風勁吹，冰涼的雪糝打在臉上，像刀割一樣。漫天的寒氣化作一條條冰蛇，從腳底、從脖領、從身體的四面八方鑽入他的骨縫，嚙咬他的神經。可是，他一動也不敢動，因為雪山之巔僅容得下他雙腳站立，四周都是刀削一般的懸崖峭壁，稍稍走神，就會墜入萬丈深淵！嚴寒刺骨，風雪狂虐，玄奘被凍得瑟瑟直抖。而面前深不可測的崖壑，更讓他膽戰心驚！他真真切切地體會到了什麼叫如臨深淵，如履薄冰。忽然，一陣強勁的寒風從背後刮來，他站立不穩，腳下一滑，跌下山崖……
玄奘驚叫一聲，從睡夢中醒來，渾身早已被冷汗浸濕了。此後連續幾個晚上，他總是噩夢連連：或墜入雪坑，掙扎不出；或深陷險境，孤獨無助；或被猛虎追逐，不能脫身……他常常被恐怖的夢境嚇醒，汗流浹背，驚魂落魄。
玄奘是一個畢生追求至真至善的人，由於近幾日的翻譯沒有完全忠於原著，所以在他內心深處留下了不安的陰影，造成夜間噩夢不斷。他認真思考之後，說服弟子們，回復廣譯不刪略的方法，一字不漏地翻出全本。果然，當晚玄奘就夢見諸菩薩眉間放光，照耀自己，身心有一種說不出的舒暢。他又夢見自己持著鮮花、香燈供養諸佛，登上高高的法座為大眾講經說法，受到大家的恭敬讚歎。奇妙的是，在譯《大般若經》時，除了玄奘自己頻頻見到各種瑞相之外，那些助譯的法師們也經常得到種種祥瑞的兆頭。
令人難以置信的是，在玉華寺肅成院中，有一棵原產於印度的娑羅樹。當般若經翻譯快圓滿時，忽然在不是開花的季節，這棵娑羅樹幾次開花，而且每次均開六朵，每朵開成六瓣，紅白都有，鮮艷可愛。當時大家都認為這是般若再度弘揚的先兆，六朵、六瓣象徵著“佈施、持戒、忍辱、精進、禪定、般若”六度。
或許是預感到自己來日無多，也或許是為了將前些年損失的時間彌補回來，玄奘在玉華寺的工作完全可以用狂熱來形容。雖然他在玉華寺只有短短的四年，卻共譯出佛經十四部六八二卷，佔其平生總譯經一三三五卷的一半以上。而且，這還是在他身體狀況大不如前的情況之下完成的。因而可以說，他完全是在與自己的生命時光賽跑。
玄奘不斷地激勵弟子們說：“我都六十多歲了，說不定哪一天就會在這裡回歸兜率天。這部經甚大，我常常害怕不能譯完。所以請大家更加勤奮努力，勿辭勞苦。”
在玄奘的帶動下，諸位高僧時刻不懈，至龍朔三年（公元663年）十月二十三日，終於大功告成。全經合成六百卷，稱為《大般若波羅蜜多經》。
玄奘寫完最後一個字，合下經卷，長長吁了口氣，高興地對弟子們說：“這部大經，與我中華有緣，與此地有緣。我能順利地來到玉華寺，全靠這部佛經的力量。原來在京師長安，因俗事牽扯，無盡無休。現在能夠完成，都是諸佛的加被、護持。這是鎮國之典，人天大寶，大家都應當感到歡喜榮幸。”
譯完《大般若經》，玄奘就像耗完最後一滴油的明燈，預知無常將至，自己的生命行將結束。他向弟子交代後事說：“我來玉華寺的使命就是翻譯般若經。如今經已譯完，我的生命也就要結束了。你們切記，我死之後，後事一切從簡。只要用一張粗竹蓆將我的遺體捲起來，埋在偏僻的山水邊即可。千萬不要靠近宮殿、寺院，還是讓我離這些地方遠一點好。”
玄奘希望自己死後，能與麋鹿做伴，與仙鶴為伍，融於山水間，回歸自然。
在座的弟子們聽後，大吃一驚。大家都不相信，異口同聲地說：“奘師，您的身體比剛入山時還好，氣色也和從前一樣紅潤，為什麼要說這些不吉利的話呢？”
玄奘淡淡一笑：“你們不必安慰我，我知道是時候了，該走了。”
辯機、玄覺等弟子知道，像師父這樣的高僧，對於自己的壽命一清二楚，能預知死期。自從知道了師父即將圓寂，他們就像一群將要失去慈母愛憐的孩子，惶惶不可終日。同時，他們也知道，若是有繼續住世的機緣，這些來去自由的高僧們往往能多活幾年。為了挽留師父，聰明的辯機出了一個好主意：大家共同請師父開始翻譯一部大部頭的佛經。這樣，三五年之內，師父就無法撒手回歸兜率天了。於是，他們從師父帶回的經夾中，找出了一部篇幅浩瀚的《大寶積經》，請他開譯。玄奘搖搖頭，沒有答應。
麟德元年（公元664年）大年初一，所有的譯經大德與玉華寺僧眾身穿莊嚴的袈裟，手持拜具，一同來到玄奘面前，五體投地，大展三拜，慇勤啟請他主譯《大寶積經》。玄奘從來不願意拂逆大眾的精誠，只好接受他們的請求。大家高高興興地簇擁著玄奘來到玉華殿，便開始翻譯《大寶積經》。玄奘勉強升座，他提筆翻譯了幾行，便感到力不從心，於是收拾梵本，擱下筆對大家說道：“非常抱歉，這部經的卷數與《大般若經》相近，我反覆衡量自己的氣力，無論如何也無法譯完這部大經了。”
玄奘又說：“我知道你們挽留我住世的好意。可是，有生就有死，人生如夢幻泡影，如何能不滅？我今年六十五歲了，自知沒有多少時間了，很快就會死在玉華寺。你們若在經論上有什麼不明白之處，抓緊時間問吧。”
弟子們非常傷心，黯然流淚。玄奘自己反而十分平靜，說：“今天是春節。春陽既浮，萌者將動；陽和啟蟄，萬象更新。新的一年開始了，你們應該高興才對。現在，我要到寺後的石窟拜佛。大家都出去走走吧。”
從此，玄奘絕筆不再翻譯經書，在玉華寺專精行道——禮佛、誦經、打坐。
正月初八晚上，追隨玄奘已三十多年的高昌籍弟子玄覺，夢見一座高大莊嚴的佛塔突然崩塌了！他驚醒之後，不知這夢預示著什麼，就請教師父。玄奘慈藹地看著這位從高昌就跟隨自己穿越西域、周遊印度，又來到中國的弟子，五味雜陳地說：“這不關你的事，是我將要辭世的預兆。”
第二天傍晚，玄奘在跨越一條小水溝時，不慎跌倒，摔傷了小腿。
玄奘這位曾經將萬丈雪山踩在腳下、隻身穿越千里沙漠、徒步十萬八千里的偉大行者，而今連一道小小的溝坎也邁不過去了。嗚呼，一何悲？
正月十三日，玄奘的病情漸漸加重，氣息微弱，沉沉睡去。直至十六日，他若大夢初醒，說他眼前出現了一朵頗大的白蓮花，芬芳鮮艷，世間少有。十七日，他又夢見成百上千相貌堂堂、身穿錦衣華服的天人來到玉華寺。他們先用美妙的天花、奇異的珍寶裝飾玄奘的寮房，接著又在譯經院內外和後山的森林裡豎起了五彩繽紛的幢幡。同時，天樂奏鳴，梵音繚繞。外形魁偉、相貌莊嚴的天人將各種各樣的珍奇異果獻給玄奘……
玄奘醒來，對住持慧德法師感慨道：“佛教說的因果，半點也不虛。”接著，他吩咐說：“嘉尚，你把我所譯的經論抄錄拿來，看看有多少部？多少卷？”
嘉尚回答道：“總共七十五部，一千三百三十五卷。”
玄奘自貞觀十九年首開譯場，至今已經整整十九年。十九，又是十九。玄奘十九歲離開自己的故鄉洛陽，開始雲遊參學；出家後的第十九個年頭，開始西行取經；他貞觀初年西出玉門關，直至貞觀十九年歸來，首尾又是十九個年頭；而今，歸國之後恰巧又是十九年……
二十二日，玄奘告訴弟子們：“我的無常已經來到，請你們把大家召集過來。”玄奘將自己所有的僧衣、所有的物品，全部贈給了大家。第二天，又用零星財物設齋，供養了大眾。至此，他將生前所有的東西佈施一空，然後向大眾辭別：“我一生應該做的事，都已經做完了。我希望把所修的福慧全部回施給眾生，普願天下所有的眾生往生兜率天彌勒內院。等到將來彌勒尊佛下生之時，隨他再來婆娑世界，廣作佛事，成就無上菩提。”
那幾日，玉華寺似乎總是花香氤氳，仙樂飄飄。很多人曾看到空中飄飛著車輪般大小的白色蓮花，花瓣三重，光淨鮮潔。玄奘默然靜坐到二月四日夜，就像當初佛陀涅槃時一樣，右脅而臥，不再說話，也不再翻身。
初五子時，弟子普光輕輕問：“奘師一定能往生到彌勒內院嗎？”
玄奘十分肯定地回答：“得生。”
說完，他的呼吸逐漸微弱，靜靜地圓寂了。時為公元664年3月8日凌晨零時，終年六十五歲。
玄奘捨報入滅之時，因為他的神態太平靜、面色太安詳了，所以人們並沒有馬上察覺。等到想起應該為他換件僧衣時，才發現他早已回歸兜率天。他的腳雖然已經冷了，但頂骨卻是暖的，而且臉色紅潤，面帶微笑，宛若恬然入夢。
不僅如此，直到七天後大殮，玄奘的容顏毫無改變。其實，像玄奘這樣的高僧，因終身勤修戒、定、慧，許多境界往往不可思議。
當玄奘圓寂的消息傳到京城，高宗皇帝萬分哀慟，含悲哽咽說：“朕失國寶，朕失國寶！”
玄奘的靈柩運回長安大慈恩寺，安放在他生前譯經的殿堂。每天前來憑弔的人成千上萬，絡繹不絕。
出殯當天，長安五百里之內的許多民眾自發到來，前去送葬的人達一百多萬，遠遠超出了京城的居民人數。民眾自發地用絹帛製作了一輛華麗精美的靈車，請求將玄奘的簡易靈柩放在這輛車上。弟子們婉言拒絕了，只是將皇帝賜予的物品放在上面，向白鹿原進發。沿途觀禮祭拜的人看到此種情形，無不感歎，欷歔落淚。
當夜，留在墓地徹夜為玄奘守靈的人達三萬有餘。
唐僧玄奘用自己的雙足，開創了一條從中國經西域到印度全境的文化之路，用理想與信念鑄就了那個時代的靈魂，譜寫了一曲蕩氣迴腸的民族之歌。他是中國佛教文化迅速發展的推動者，也是盛唐燦爛文明的創造者。
玄奘一生所翻譯的經典成為中國佛教文化中最重要的組成部分，為以後佛教的發展奠定了堅實的基礎。後起的華嚴宗、禪宗，都從中汲取了有益的養分。
他將後半生的全部精力都投入了佛典的翻譯之中，因而耽誤了個人的修行證悟，但這恰恰是他的偉大之處——大乘菩薩的根本精神——不為自己求解脫，甘為他人做馬牛。