即便是在清潔的環境中，空氣中也有4000個／立方米左右的細菌。因此一旦飲水機受到污染，飲用水再純淨也沒有用。而飲水機進水口周圍往往存有少量積水，易感染病菌。出水口開關被飲水者“共摸”，污染的機會可想而知。而人口少的家庭，一桶水使用時間過長也增加了衛生隱患。 對策：飲水機必須定期清洗消毒，夏季一般1-2次／月。每次消毒時，飲水機的“聰明座”、“聰明頭”及冷熱水嘴，都要用消毒液進行擦拭，並浸泡內膽及管道系統。
