據說當年朱元璋下葬後，明孝陵內每到夜裡就會傳出一個女人的哭聲，當地老百姓說這是朱元璋老婆馬皇后在哭，馬皇后為什麼死後不得安息還要哭著鬧事？
這得從謎一般的朱元璋的死亡時間及墓葬所在地說起。現在，關於朱元璋的死亡時間，史學界有各種說法，一是洪武三十一年（1398年）閏五月初九，一說是閏五月初五，一說是閏五月十七日等。為什麼會有這麼多種說法，表面的原因是史書上記載多模糊，如《明史惠帝紀》：“恭閩惠皇帝諱允蚊，大祖孫，懿文太子第；子也。三十一年閏五月太祖崩”，只是說明朱元璋閏五月死的，而哪一天沒有說。但對於下葬時間倒說得很具體，“（朱允炆）辛卯即皇帝位，大赦天下，以明年為建文元年。是日，葬高皇帝於孝陵，詔行三年喪。”“辛卯”，現在可以確定了，就是洪武三十一年閏五月十六日。
從這裡推算，朱元璋下葬是他死後的第七天，那麼死時間就是當年的閏五月初九。對於朱元璋到底是哪天死的？按說這是很清楚的事情，為什麼史書上要寫得模糊？這與朱允炆給朱元璋選擇下葬時間不當，“嫌其太速，事理有不盡然者”，為掩人耳目啊，故意混淆是非。
確實，如果根據《明皇大政記》等史書的記載，堂堂一位開國之君，死後幾天即下葬了，那麼多分封在外地的王子都沒有趕回來啊！這正常麼？所以，朱棣在聽說侄兒把他老子匆匆埋了後，十分惱火。談遷的《國榷》記載，“燕王入臨，將至淮安”，以為父親奔喪為名，要找朱允炆討說法，這為以後篡位找到了第一理由。《明皇大政記》記載，“故燕王移檄，亦有此句，且指以為罪。則葬之的據甚明。”">
而正是考慮下葬時間上有讓人說出話的地方，朱允炆到底是哪一天把祖父葬了的說法很多，明人朱國楨在《皇明大政記》稱，“高皇帝之葬，《吾學編》、《明書》：‘辛卯皇太孫即位。是日，葬孝陵。”而他書多不敢及，疑之也。於是有六月初一之說。夫即位，必先告幾筵，以明授受繼體之正。建文即位，實在三十一年閏五月十六辛卯日，去高皇崩僅七日，即於是日完葬事。’”">
《明史本紀》稱“五月辛卯葬孝陵之下。”，而《通紀》及《建文朝野類編》都記載是“六月甲辰”，現在查一下，是閏五月二十九日。又有說，不是死後七天下葬的，而是七個月後，如徐乾學《讀禮通考》稱，“乾學謹案，明代諸栽紀，皆言大祖崩七日而葬。惟吳樸《龍飛紀略》逾七月而葬。”這種說法的理由是，朱允炆是很講禮制的皇帝，不應那麼快就把祖父給葬了。
現在史學界大多認為，朱允炆確實是“速葬”了朱元璋。那朱允炆為什麼敢冒天下之大不韙？有史書上稱，這是朱元璋自己選擇的時間，“故即位而葬，同日並舉，皆高皇遺命，正以速葬消諸。”而秘史更稱，朱允炆實際上在即位的前一天，即閏五月十五日把朱元璋給下葬了。這是“領命於地下”。這裡說明朱元璋擔心自己死後出亂子，留下遺言要朱允炆從速辦自己喪事的。
朱允炆為什麼要這樣，除了“遵旨”，還有原因嗎？急於即位？《皇明大政記》稱，“並初虞致祭，不啻數壇，尚稱皇太孫。寧有大葬無嗣皇帝主祭之理？”這裡說的很明瞭了，也有道理，就是朱元璋剛死時，為他辦事的朱允炆身份還是皇孫，這與禮制不符，老皇帝死了，怎麼能沒有新皇帝繼位？國不可一日無君啊。
而從天氣的角度考慮，速葬朱元璋也不無道理。南京素有“火爐”之稱，閏五月時已是夏天了，很熱了。不早早埋了，還想發臭？
朱玩璋到底是哪天死的哪天葬的，下葬前到底發生了什麼？根據上面的文字和相關史料可以歸結如下，大概是朱允炆在朱元璋一閉眼，就想著即位的事情，而為了不讓朱棣諸王回南京找事，壞了自己的皇帝大夢，就把朱元璋從速埋了，然後從速上位，並給各王發遺詔，不得回京奔喪。等等。
那決定下葬後又發生了什麼？這同樣是一個謎團。
在南京民間，連小孩子都知道這樣的傳說，朱元璋下葬那天出現了“迷魂陣”，就是南京的十三個城門同時出殯。此說法史書有記載，朱國楨的《皇明大政記》稱，朱元璋下葬那天“而發引，各門下葬”。為什麼要這樣？在民間，有錢的大戶人家，為了干擾視聽，防止有人盜墓，有意隱藏先人埋葬地點，而一個皇帝如此這般，實在令人不解。在元朝，帝王無陵寢，搞搞迷魂陣倒是很合乎情理，既然朱元璋生前都為自己的歸宿找好了地方，選擇紫金山陽的地塊築陵，誰不知道他葬在那裡？有必要擺迷魂陣，大造假象嗎？
原來，在葬後不久即傳出，朱元璋不是葬在孝陵，而獨葬朝天宮。就是今天南京王府大街向南千米右手旁邊的朝天宮，具體地點是“世傳三清殿下為明祖真葬處”。在前人的文字中同樣可以找出這方面的記載，清代浙東學派代表人物全祖望的《從朝天宮謁孝陵》稱，“鍾阜衣冠是與非，朝天弓劍更傳疑。難尋玉匣珠襦地，但見神功聖德碑。開國諒無慚漢祖，嗣孫底是學曹丕。當年可笑山陵使，亂命何人為弼違（自注云：世傳高皇帝龍蛻在是宮，不在陵也）。”這裡說的很清楚了，明孝陵僅是朱元璋的衣冠塚，而真正陰間“睡覺”的地方在“宮”（朝天宮）。
除此之外，民間還有一個說法，來驗明這個觀點。據說當年孝陵內每到夜裡就傳出一個婦人的哭聲，原來這是馬皇后的哭聲，後來大搞法事才沒有了哭聲。馬皇后為什麼要哭？說是一人空守一座孤墳，悲傷所致啊，“後來孝陵傳夜哭，應緣馬後悲孤獨”，即是這個說法。
朝天宮，宋代時為天慶觀，元代叫元妙觀、永壽宮，朱元璋定都南京後，改為朝天宮，那時“百僚朝賀習儀於此”。葬在朝天宮這種說法，倒是給朱允炆“速葬”朱元璋、大擺迷魂陣、十三城門出殯找到了合理的解釋和可能性，朝天宮在城裡，速葬起來很方便的；如果葬在孝陵內，就沒有必要搞假象。但後世好多學者都不信。
清代文人甘熙就不認可，其所著的《白下瑣言》稱，朱元璋花了幾百萬的銀子，造了十幾年（洪武九年即1376年，朱元璋決定在此建造自己的陵寢），總不應該為馬皇后一個人造的吧。而且，朱允炆是很講孝道的一個仁義皇帝，也不忍心把朱元璋葬在陵外的地方啊。
後來又傳出，朱元璋不是葬在孝陵、也非朝天宮，離開了南京城，選葬在北京的萬歲山。清人趙執信《萬歲殿》稱，“明祖手持一杯酒，布衣劉季真吾友（太祖祭歷代帝王廟，惟漢高祖前加酒一杯，理由是只有劉邦和他一樣，是從個平民老百姓當上皇帝的，即‘惟公與我起布衣而有天下’一說）煤山萬壽聳崢嶸，猶是因依萬歲名。”">
後經考證，這是以訛傳訛，不可信。甘熙即說，“萬歲山在燕京，其時方以會葬不從，興師靖難，焉有奉移梓宮不遠數千里而往之事？”我也這樣認為，如果真是這樣，朱棣造反第一理由又從哪來？
但朱元璋到底是否真的葬在孝陵內，現在並沒有學者能說“一定”二字。我曾向原在孝陵博物館工作的中山陵園管理局文物處副處長廖錦漢先生請教過此事，廖稱，在明孝陵“申遺”之前，中山陵園管理局曾專門請南京大學等相關的技術、史學專家，經數年科學探測、考古，證明明孝陵地宮未曾被盜，完好無損。後來我再從相關專家處瞭解到，1998年開始，江蘇省地震局地震工程研究院的專家在寶城內，採用無損磁測法（GPM技術），已經明確發現在寶頂地下深處有一個面積達數千平方米的建築空間，而且還找到了進入這個空間長達百米的通道（墓道）走向和入口，無疑寶頂下存在的這個巨大建築空間只能是明孝陵的地宮，而地宮的入口就在明樓東側十幾米處現呈下沉錯位、有裂口的寶城城牆下面。
但這並不能證明朱元璋的屍骨就在地宮中，真相恐怕只有等到開挖明孝陵的哪一天才能最終揭開！但這個日子恐怕如開挖始皇陵一樣，目前還不可能，很遙遠，這也是說，朱元璋到底葬在哪，在相當長的時間內，仍將是一個謎！