太平軍攻佔金陵後，迅速肅清了城內殘敵，建立起新的社會秩序。1853年3月29日，天王洪秀全進入金陵，以兩江總督衙門為天王府，並改金陵為天京，定為都城，從而正式建立起與清王朝南北對峙的太平天國農民革命政權。１
太平軍對天京的防衛工作，進行了嚴密的部署。在全城遍設望樓２，派兵日夜觀察警戒，白天和夜晚分別以旗幟和燈火為信號，一方有警，城內指揮機構能迅速得知，及時作出處置。城上分兵駐守，各段設有巡守將軍，日夜巡防。在各城門外建立營壘，營牆上開設槍眼炮門，營外挖有一至數道深壕，內豎竹籤、木柵，離營一里半左右設有警戒哨，戰士攜帶兵器、海螺守衛，並規定有口令，每日更換。
為了更好地拱衛天京，太平軍於3月下旬發兵二支：一支由指揮羅大綱、總制吳如孝率領，於3月31日佔領鎮江；一支由地官正丞相李開芳、天官副丞相林鳳祥、春官副丞相吉文元率領，於3月22日克江浦，31日占儀征，4月1日佔領揚州。鎮江、揚州等地的佔領，既屏蔽了天京的東面和北面，又切斷了南北漕運，予清王朝以嚴重威脅。太平軍占鎮江後，原擬乘勢攻取常州、蘇州等地，由於向榮已率軍追至金陵城外，乃停止東進，分軍一部回援天京。
金陵城大而堅，形勢險要。它地處江南富庶之區，供應充足，加之傍臨長江，交通便利，利於水軍活動。元末朱元璋領導的農民起義軍，就是以金陵為基地進行滅元戰爭的。太平軍勝利地佔領金陵之後，正可傚法朱元璋，據金陵以匡天下。況且太平軍在轉戰兩年多以後，不論在軍事上、政治上，都需要建立一個有利的鞏固的基地，以便繼續發展。因此，洪秀全、楊秀清等決定久據金陵，是符合當時客觀條件和主觀需要的。但過早地宣佈建都，卻未必有利於爾後革命戰爭的發展。
清廷對太平軍佔領金陵後的軍事行動，一時無法判明。它既怕太平軍東下蘇浙，佔領其財賦之區，更害怕太平軍北上豫魯，進而威脅其京畿重地。在此情況下，咸豐帝嚴令向榮、琦善率所部迅速東下，截擊、防堵太平軍。3月28日，向榮部趕至金陵城外板橋，31日繞至城東二十里之沙子岡，4月7日移營孝陵衛，建立「江南大營」，共有兵勇一萬七千餘人。3月30日，琦善的先頭部隊四千人抵達江浦，4月4日攻陷浦口。16日，琦善、陳金綬率部進至揚州城外，紮營雷塘集、帽兒墩一帶，建立「江北大營」，計有兵勇一萬七八千人。清軍建立江南、江北大營的目的，正是為了阻扼太平軍向東、向北發展，並伺機奪取金陵。
太平軍當時號稱百萬，實際上能戰之兵不過十餘萬人。以這樣一支部隊對付近在咫尺的江南、江北大營，在兵力上自然處於壓倒優勢。但與全國八九十萬清軍相比，太平軍仍處於劣勢。其次，這時清王朝仍控制著全國政權和絕大部分人力、物力與財力；而太平天國僅控制金陵附近一隅，人力、物力、財力都極其有限。因此，就全國形勢而言，敵強己弱的基本態勢並未改變，太平軍仍然處於被「圍剿」的狀態。可是，太平天國的領導者洪秀全等缺乏戰略頭腦，在面臨重大戰略轉變（即由長驅直進、流動作戰到奠都立業）的時候，過高地估計自己，過低地估計敵人，對形勢作出了錯誤的判斷，竟認為「我天王奉天伐罪，除暴救民，迅掃群魔，妖氛幾頸１，因而在政治上和軍事上都作出了一些不正確的決策，採取了一些不合時宜的措施。
一是大搞封官晉爵，加速了農民政權的封建化。太平天國的軍制官制，在起義之初就粗具輪廓，在永安期間又作了增訂。定都金陵後，洪秀全等為勝利所陶醉，大肆論功行賞。同時，擴充天王府和各王府的機構，增加禮儀、保衛和生活保障等各類人員。隨著各王府的設立，天京城內大興土木，建造宮殿。由於機構的擴充，各種禮儀稱謂更形繁瑣，內部的等級制度更加森嚴。天王洪秀全從此幽居深宮，更加神秘化，而軍政實權則日益集中到東王楊秀清手中。總之，建都天京之後，太平天國上層的封建色彩與日俱增，領導集團日趨奢侈鋪張，甚至腐化，以致日益脫離群眾，內部矛盾也日漸突出。
二是對以後的軍事行動作出了不正確的戰略決策。太平天國定都金陵後不久，洪秀全等在驕傲輕敵的思想指導下，決定採取碧守天京，同時分兵北伐與西征的戰略。１於是將全軍分為三大支：東王為全軍統帥，總管全部軍事，領重兵留守天京，並在鎮江、揚州等地分兵駐守，與天京互為犄角；二是編組北伐軍，企圖以勁旅疾趨北京；三是組成西征軍，擬迅速奪取皖、贛、兩湖等地。這個戰略是不符合當時主客觀條件的，它使太平軍在多個遙遠的戰略方向和漫長的戰線上分兵與強敵作戰，往往顧此失彼，為清軍提供了各個擊破的機會。
三是不適當地將太平軍的內部制度推廣於金陵全城。建都金陵後，太平天國的領導者主觀地將太平軍內部的一套制度在廣大群眾中普遍推行。例如，將全城民眾分別男行女行，實行男女分館，夫妻分居。男子除參軍者外，均分別編入諸匠營和百工衙，年老體弱者則入牌尾館。婦女也大致與男子相同。這樣一來，家庭制度實際上被廢除了，全城民眾全都過著軍事供給制的生活。早先在太平軍內部實行的聖庫制度，也一度推廣到金陵全城，城內各店舖的貨物一概被收繳入庫，商業也實際上被廢除了。後由於種種不便，這些制度和規定才陸續有所更改。
當然，天京當局於1853年冬頒布的《天朝田畝制度》，則是太平天國革命的一個創舉。這個文件對農民的理想社會作出了具體的規劃。它是在早期太平軍內部生活秩序的基礎上，吸收了進駐金陵半年多來的社會實踐經驗而製成的。它既是太平天國的政治、經濟綱領，也是以太平天國理想改造中國的藍圖。它否定封建土地制度，主張實行按人口平均分配土地，還對農村組織形式、農副產品的分配原則、司法制度、農村官吏的保舉陞遷以及社會生活等方面的問題（如婚喪、禮俗、教育、民事糾紛的處理等）作了規定。《天朝田畝制度》體現了廣大農民群眾渴望獲得土地和改變貧富懸殊的社會現狀的強烈願望，也反映出在小生產基礎上廢除私有制、實行絕對平均主義的空想的農業社會主義思想。這個制度有它正確的進步的一面（在當時反封建的革命運動中有著強大的鼓舞作用），但也有它不符合社會發展規律的一面。《天朝田畝制度》基本上未能實行，其中部分內容如鄉官制度等在太平軍佔領區實行了，而土地政策等則或未實行，或根據當時情況作了修改。
此外，天京當局還初步闡明了太平天國的對外政策。太平軍挺進長江流域，特別是佔領金陵後，引起了全世界的注意。英、法、美等國的駐華代表，接連前往天京，與太平天國的領袖們進行接觸，企圖摸清太平天國對待西方列強的態度。太平天國的領導者在與他們的交往中，初步闡明了自己的對外政策。總的看來，太平天國的領袖們對外國侵略者缺乏應有的認識。他們對外國人一概籠統地認為，「既系同拜上帝，皆系兄弟」１。但在與這些駐華代表的接觸中，他們堅持了獨立平等的立場，毫無媚外的表示。經濟貿易方面，表示將實行對外開放政策。「平定時不惟英國通商，萬國皆通商，天下之內兄弟也。立埠之事，候後方定，害人之物為禁。」２明確表明了嚴禁鴉片的態度。對外國人屢次提出的是否承認鴉片戰爭以來所簽訂的各種不平等條約問題，天京當局未予正面答覆，這是比較策略的。由於革命形勢的繼續發展和太平天國初期採取較靈活的外交政策，西方列強在一段時間內採取了「中立」觀望的態度，這就使太平天國革命獲得了較為有利的國際條件。