一、西線軍事形勢的惡化
1861年9月湘軍攻佔安慶後，曾國藩隨即由皖南東流進駐該城，籌劃進軍金陵和圍殲太平軍的有關事宜。他決定先行肅清沿江一帶的太平軍，以鞏固後方，即實行所謂「欲拔根本，先剪枝葉」的方針。曾國藩後來申述其理由說：「用兵之道，可進而不可退，算成必兼算敗。與其急進金陵，師老無功而復退，何如先清後路，腳根已穩而後進。」１因此，1861年9月上旬以後，湘軍除趁安慶之勝先後奪占池州、銅陵、無為及其東北的運漕、東關等重鎮外，暫時停止進攻，休整部隊，增募兵勇，調整部署，為進軍金陵進行多方面的準備。
以洪秀全為首的太平天國最高領導集團，在安慶失守以後，基本上處於束手無策的狀態，聽任湘軍從容備戰，眼看著西線軍事形勢惡化下去。由於安慶失守，陳玉成受到革職處分，以致「心煩意亂」，「坐守廬城」。１楊輔清、黃文金等各路援軍則陸續撤回皖南。以後，陳玉成為了「廣招兵馬，早復皖時２，除派馬融和及捻軍首領張樂行率部進至淮河以北外，繼又派出扶王陳得才、啟王梁成富、遵王賴文光、祜王藍成春等率部遠征河南、陝西，這就使皖北本已不多的兵力更形單保遠征軍派出不久，新任荊州將軍多隆阿即會同欽差大臣袁甲三等率清軍圍攻廬州。在此情況下，陳玉成於1862年2月23日接連發出書信，向各方求援，要陳得才、馬融和、張樂行等返廬「面議一切軍機」３。可是，這時陳得才等已進入河南，張樂行、馬融和等正在督軍圍攻安徽穎州府（今阜陽）。而且，這些信件全部被清軍截獲。於是，廬州陷入孤立無援的絕境。5月13日，陳玉成放棄廬州，率兵三千餘人北走壽州，打算聯絡苗沛霖４，再作良圖。不料苗沛霖已被欽差大臣勝保招撫，陳玉成一入壽州城，即被逮捕，不久被解往勝保軍營，6月4日在河南延津遇害，年僅二十六歲。陳玉成是太平天國後期的主要將領之一，英勇善戰，屢立戰功。他的犧牲和廬州的失陷，不僅使太平軍在皖北的防務瓦解，並使整個西線形勢更加急轉直下。１
二、十三王回援天京失利
（一）清軍之大舉東犯
1862年1月30日（同治元年正月初一日），清廷命曾國藩為協辦大學士，仍統轄蘇、贛、皖、浙四省軍務。曾國藩受寵若驚，立即進一步籌劃以東征金陵為主要目標的全盤軍事行動。其部署如下：新任江蘇布政使曾國荃率湘軍二萬（後陸續增至五萬）自安慶沿長江北岸直趨金陵；同知曾貞干率湘軍四五千人由池州沿長江南岸進攻蕪湖；兵部侍郎彭玉麟等率湘軍水師沿江而下，配合兩岸陸師的進攻，兼負運輸接濟任務；提督鮑超率所部湘軍數千人由贛入皖，經青陽攻寧國府；安徽巡撫李續宜率所部湘軍萬餘人進援皖北穎州；荊州將軍多隆阿率鄂軍二萬餘人圍攻廬州；浙江巡撫左宗棠率所部湘軍及部分贛軍、浙軍共約二萬餘人全力進攻浙江，牽制李世賢部太平軍；署理江蘇巡撫李鴻章率淮軍六千五百人會同外國侵略軍進攻上海周圍李秀成部太平軍，爾後西進。以上共計八路，前四路為直接進攻天京的兵力。此外，尚有道員張運蘭等部湘軍數千人扼守皖南婺源一帶，並為「游擊之師」，防止浙江太平軍入贛，以固徽州後路。同時，協攻廬州的袁甲三、防守江浦的李世忠、揚州的都興阿、鎮江的馮子材等部，也歸曾國藩節制。曾國藩仍駐安慶指揮。
1862年3月15日，曾國荃率新募的湘勇八千人抵達安慶，24日即率全軍自安慶出發，沿長江北岸東下。與此同時，皖北、皖南、浙江等地戰事也進一步展開。各地太平軍在敵人的全面進攻下節節後退。截至5月中旬為止，巢縣、含山、和州、繁昌、南陵、青陽、石埭、太平、涇縣、廬州等地均被清軍攻陷。
5月18日，曾國荃率軍十五營自西梁山渡江，會同水師攻佔當塗，20日會同曾貞幹部佔領蕪湖，26日進駐江寧鎮板橋，旋占秣陵關、大勝關、三汊河。30日，彭玉麟督水師八營占頭關、江心洲、蒲包洲，進泊金陵護城河口，曾國荃則督陸師直逼雨花台，距城不及四里。曾貞干所部湘軍佔領蕪湖後，不久也前往金陵，與魯國荃部會師。從此太平天國的首都天京處於湘軍的直接威脅之下。
（二）十三王回救天京
湘軍迅速進抵天京城下，使洪秀全等甚為吃驚，因為他們雖然估計到湘軍「必順流東下進攻天京，但從未準備彼等能突如其來如是之速」１。因此，洪秀全一日三詔地催促李秀成迅速回援。李秀成只得停止進攻上海，回到蘇州，於6月22日召集各將領分析形勢，商討救京之策。他認為曾國荃所部湘軍「由上而下，利在水軍，我勞其逸，水道難爭」，加之湘軍近來屢勝，其勢正銳，因而「不欲與戰」，決定等兩年之後，湘軍「兵久而必無鬥戰之心，然後再與其戰」。２於是，先將蘇州的財物、米糧、軍火全部解送天京，以利固守；同時，派李明成率兵一部趕回天京，加強防務。
1862年7月，天京外圍的形勢更趨嚴重。7月11日，西南屏障寧國府城為鮑超部攻陷。16日，保王童容海率部襲取便德，殺李世賢部守將馬桂功後，宣佈降清。１楊輔清、洪仁玕率部約二萬人自皖南退至江寧淳化鎮一帶，回援天京，於7月20日約城內守軍夜襲湘軍軍營，被湘軍擊退。
8月6日，李秀成在蘇州再次召集各將領會商救京事宜。正在這時，洪秀全又遣人催促李秀成迅速援京，並申斥說：「三詔追救京城，何不啟隊發行？爾意欲何為？爾身受重任，而知朕法否？若不遵詔，國法難容！」２李秀成在洪秀全嚴詔催逼之下，只得抽調兵馬，於9月14日由蘇州出發，回援天京。
此次由李秀成督率回救天京的將領共有十三王，領兵十餘萬人（號稱六十萬），到東壩會齊後，分路進扎方山、板橋一線。與此同時，陳坤書等率四萬人進至安徽太平府，擬攻金柱關，斷敵蕪湖之援；楊輔清、黃文金等則分路進逼寧國府城，以牽制鮑超部湘軍。
（三）天京外圍的激戰
10月13日，天京外圍的攻守戰正式開始。李秀成督率援軍與天京城內守軍相配合，對圍城湘軍之東西兩翼發起猛攻。湘軍堅壁固守，俟太平軍攻近，突以排炮轟擊。太平軍聞炮則伏，炮停即起，晝夜不停地進攻敵人。15日，西路太平軍數千人衝上江心洲，抄敵營後路，擬斷敵運道。曾國荃令連夜構築十數壘，與太平軍對峙於洲上，以保運道暢通。18日至21日，東路太平軍集中洋槍洋炮猛攻，湘軍固守營壘，拚死頑抗。22日，太平軍「負片板蛇行而進」，並「束草填壕」，步步進逼。曾國荃見勢危急，親自督戰死拒，被太平軍擊傷面頰。23日，李世賢自浙江率三四萬人趕到，加強了東路攻勢。太平軍連日猛攻，更番迭進，並「用箱篋實土於中，排砌壕邊，明防炮子於上，暗鑿地道於下」，準備穴地轟毀敵壘。湘軍先以火箭集中射擊，繼挑「銳卒」進行反擊，破壞太平軍的地道作業。１與此同時，湘軍發現太平軍西線營壘散而不堅，有隙可乘，遂於27日實施三路反擊。太平軍猝不及防，被毀營壘十二座，傷亡頗眾。
11月3日，太平軍併力進攻東路，用火藥轟塌曾國荃雨花台大營附近的湘軍營牆兩處，隨即「乘隙直上，萬弩齊發，排炮雷轟，踴躍爭先」，紛紛衝入缺口。２但湘軍早有準備，地道轟發之後，立即從營中衝出，併力搶堵攔擊。太平軍往返衝殺達五六次之多，終不得入。次日，西路太平軍決長江之水，冀斷敵糧運。湘軍水師出動舢板，駐守雙閘，配合陸師保護運道。東路太平軍則繼續挖掘地道，向敵進攻。湘軍以對挖的辦法進行破壞，每挖通一處地道，或熏以毒煙，或灌以穢水，或以木樁堵洞口，使太平軍的地道連連失效。
11月26日，李秀成、李世賢等以圍攻雨花台曾國荃軍營月餘不下，不得已下令撤圍。李世賢率西路退秣陵關，旋退東壩小丹陽；李秀成率東路進入天京。至此，十三王回援天京的作戰完全失敗。
李秀成此次帶領十三王回援天京，在兵力對比上佔壓倒優勢，在武器裝備方面，據曾國荃稱：「賊之火器精利於我者百倍之多，又無日不以開花大炮子打壘內，洋槍隊多至二萬桿。」１其言難免有所誇張，但當時太平軍的火器優於圍城的湘軍是可能的。所不足者，湘軍擁有水師，能控制長江水道，太平軍則無可奈何。整個而言，太平軍之所以久攻不克，既有湘軍善於築壘頑抗及太平軍缺衣少糧等客觀原因２，也有主觀指導上的失誤。
1861年冬，湘軍因兵力不足，暫時停止了攻勢，但洪秀全等並未抓緊時機加強西線的防禦，使曾國荃部湘軍得以迅速竄至天京雨花台。即使這樣，當時曾國藩遠在安慶，鮑超部被牽制於寧國府一帶，左宗棠部遠在浙江，多隆阿部為對付入陝的太平軍正調赴陝西途中，因而曾國荃部顯系孤軍深入，再加湘軍疫病流行，「曾國荃金陵營中，病者亦逾萬數」３，因此，當時曾國荃部水陸各營雖有近三萬人，能作戰者不過六七千人。故對太平軍來說，仍是重創甚至全殲敵人的好機會。但由於天京當局事先沒有準備，直至湘軍兵臨天京城下，才倉卒調兵，及至各路援軍趕到，敵人已深溝高壘，以逸待勞，增加了反擊作戰的困難。
李秀成率領十三王回救時，面對已經修有堅固工事的湘軍，未能很好地配合城內守軍設法先予敵以消耗，再進行有準備的圍攻，而是一到天京外圍就連日輪番攻擊，企圖速勝，結果鈍兵挫銳，力屈罷攻。另外，沒有正確地選擇好主要攻擊方向。進至天京的湘軍立營於江邊至雨花台之間的狹長地帶，其西面是水師與陸師的結合部，又是糧運孔道。李秀成如果將主要兵力置於西路，首先斷敵水路與陸路的聯繫，絕其糧源，進而集中兵力攻殲西路之敵，動搖雨花台大營，則取勝的機會還是存在的。
三、「進北救南」計劃的落空
由於未能擊敗曾國荃部湘軍而解天京之圍，洪秀全對李秀成「嚴責革爵」，並要他「進兵北行」。至於北進的企圖，據湘軍繳獲的太平軍文件透露：太平軍過江之後，將由舒城、六安趨霍山、英山、麻城、宋埠，然後兵分兩路，奪取黃州與漢口，以調動長江南岸之敵北援，下游之敵上援，冀解天京之圍。１其基本策略仍然是「圍魏救趙」之計。
1862年12月1日，李秀成遵照洪秀全「進兵北行」的指令，命林紹璋、洪春元、郜永寬、李容發率領第一批部隊數萬人自天京下關渡至九洑洲，隱蔽於蘆葦叢中，準備北進。8日起，太平軍一面猛攻浦口江南提督李世忠（即叛將李昭壽）各營，一面晝夜趕渡。渡江後，於18日佔領安徽含山， 19日占巢縣，21日占和州，以後又連占銅城閘、運漕鎮和東關等要地，並在這一帶等待主帥李秀成及後續部隊的到來。
當時，曾國藩已識破太平軍北進企圖。他在給曾國荃的信中指出：李秀成「往年以偏師攻破浙江，分官軍之勢，而以全力攻撲金陵老營。此次或以攻竄和、含、巢、廬，效往年破浙之故智，而以全力再攻弟營（按：即雨花台曾國荃軍營）與金柱」２。曾國藩一面指示曾國荃堅守大營，一面紛調援軍入皖，堵截太平軍。
1863年2月27日，李秀成會同陳坤書、吳如孝等率領第二批部隊數萬人（一說三十餘萬，號稱五十萬）渡江。陳坤書等率部繞江浦西進和州、含山。吳如孝率部進攻李世忠大營，並於3月22日占浦口，4月3日占江浦，從而恢復了天京與江北間的通道。
3月31日，李秀成進抵巢縣，準備取道無為州西進。由於三個多月來曾國藩已從各地調集了萬餘援軍進入皖北，使太平軍西進遇到很大困難。4月19日，太平軍自巢縣進抵無為州的石澗埠，圍攻湘軍道員毛有銘、按察使劉連捷部。敵軍憑壘堅守待援，太平軍進攻多日未下，乃於5月4日撤圍西走。7日攻廬江不下，8日攻舒城又不下，於11日進逼六安。時六安城內僅有糧台道員曾廣翼、知州何家聰率兩營兵據守。但由於敵軍拚死力拒，太平軍連日攻城都未得手。當時正值青黃不接，糧食奇缺，加之敵軍堵截甚嚴，李秀成被迫放棄原定進軍計劃，於5月19日撤六安之圍，折往壽州，隨即東返，6月2日進入天長縣境。留守和州、含山、巢縣一帶的太平軍也先後放棄上述各地，退守江浦、浦口。
在李秀成率軍北進的同時，天京當局曾命皖南的劉官芳等部由徽州、寧國出發，古隆賢等部自太平、祁門出發，黃文金等部自青陽、石埭出發，三路同時西進，以與李秀成部相策應。但由於上述三路太平軍對敵打擊不狠，對湘軍後路的威脅不大，曾國藩仍可從皖南抽調兵力救援皖北，而李秀成率軍到達六安之後，又遇難即退，半途折回，致使洪秀全關於出擊敵後，挽救天京危局的計劃歸於失敗。
這時，淮軍和「常勝軍」已自上海西進，並攻陷了太倉、昆山，正準備圍攻蘇州。天京方面，曾國荃所統圍師已增至三萬餘人，並於6月13日佔領了聚寶門外各石壘。因此，洪秀全急令李秀成速回天京。16日，李秀成率部離天長，經六合，趨浦口，於20日經九洑洲南渡抵京。太平軍將士冒著清軍的炮火逐日南渡，前後歷時十二天，被擊斃和餓死者甚眾，渡至南岸進入天京城內者總數不及一萬五千人。6月25日，清軍水陸配合，攻陷江浦、浦口，30日陷九洑洲，太平軍又損失二萬餘人。至此，長江北岸完全為清軍所佔。
「進北救南」的作戰行動，非但沒有達到解救天京的目的，反而損失精銳數萬人，使太平軍的實力進一步遭到削弱。從此，天京解圍的希望變得更加渺茫了。
四、蘇南諸城的失陷
（一）常熟、太倉爭奪戰
1862年9月，李秀成率十三王回救天京後，李鴻章所部淮軍在英法軍、「常勝軍」配合下，乘機進襲在上海附近的太平軍，於10月24日攻陷嘉定。11月3日，譚紹光組織反擊，與淮軍、「常勝軍」（此時華爾已被擊斃，「常勝軍」由美人白齊文統領）戰於黃渡、四江口、白鶴港一帶，後因作戰失利，退守昆山。
1863年1月16、17日，太平軍常熟守將駱國忠等殺死忠於太平天國的將領二人和兵士五百餘人，投降清軍，並於19日襲佔了常熟北面的福山港。當時，李秀成已由天京來到蘇州，聞訊後立即與譚紹光等率軍討伐常熟叛軍，企圖一舉奪回該城，嚴懲叛徒；同時，派會王蔡元隆（李秀成之婿）入守太倉，以防內變（早已通敵的太倉守將錢壽仁旋即率二千餘人出城降於淮軍並改姓名為周壽昌）。
由於太倉仍在太平軍手中，淮軍無法從陸路救援常熟，李鴻章便調派「常勝軍」五百人，取道水路往援。因福山港已被太平軍佔領，「常勝軍」於2月5日到達時，不得登岸。為此，李鴻章又飭令總兵程學啟糾集清軍萬餘和「常勝軍」二千餘人進攻太倉，企圖打通往援常熟的陸路通道。2月14日，當敵軍進至南碼頭時，憑河據守的太平軍依托工事英勇阻擊。「常勝軍」以洋槍和炸炮（開花大炮）猛烈射擊，太平軍被迫退入城中。15日上午，「常勝軍」頭目奧倫督軍用大炮轟塌南門城牆，淮軍立即渡過浮橋衝鋒，城內太平軍伏兵驟起，用千餘洋槍火力封鎖城牆，大量殺傷敵人，打垮了敵人的進攻。接著，蔡元隆督令守軍從西、南兩門衝出，將敵人趕往望仙橋一帶。「常勝軍傷亡百餘人，外國兵頭亦傷十餘人，一時難期力振。該軍即於二十九日（16日）退回松江」。１其後，李鴻章又先後派提督黃翼升、道員潘鼎新、總兵劉銘傳等率水陸師赴援常熟，均未得逞。
4月5日，新任「常勝軍」統領戈登會同黃翼升、潘鼎新等率兵近萬人，攻佔了福山港。常熟城內的叛軍立即出城接應，與淮軍、「常勝軍」會合。太平軍圍攻常熟七十餘日，終未能下，譚紹光（李秀成已於2月22日返回天京）不得已於4月6日下令撤圍。
淮軍和「常勝軍」佔領常熟之後，李鴻章又飭令淮軍加緊進攻太倉，並派員入城策反。太平軍守將蔡元隆將計就計，約定於4月26日「獻城」。屆時，淮軍統領李鶴章（李鴻章之弟）率領一千五百人前往受降，及抵城邊，太平軍伏兵驟起，淮軍大量被殲，李鶴章也險些送命。5月2日，戈登率領「常勝軍」二千八百餘人（內有英軍五百餘名）協同淮軍猛攻太倉，蔡元隆部經頑強抵抗後撤出。淮軍入城後大肆屠殺，遇害者萬餘人。
5月4日，淮軍及「常勝軍」共約二萬餘人乘勝進犯昆山，守將劉肇均等率所部一萬二千人依托堅城闊壕，頑強抵禦。不久，李鴻章親臨昆山督師，他根據戈登的建議１，於5月30日與戈登同乘英軍提供的「海生」號戰艦，率軍一舉攻佔昆山西面的正儀，然後回軍東向，會同圍攻昆山的淮軍擊敗譚紹光所率太平軍援兵。昆山太平軍見後路被襲，次日即有七八千人向西撤退。戈登率炮船跟蹤追擊，太平軍損失嚴重。6月1日，太平軍全部西撤蘇州，昆山遂陷，槍彈製造廠隨之落入敵手，使爾後的軍械供應發生極大困難。
（二）蘇州、無錫相繼失守
敵軍既得太倉、昆山，便準備進攻太平天國蘇福省的首府蘇州。李鴻章分析：蘇常為金陵根本，物產豐富，太平軍必死守力爭；江南多水，進攻不易；歸其統率的清軍兵力僅四萬餘人（包括添募和收降之眾）分佈於常熟至金山衛之間的廣闊地區內，能直接用於進攻蘇州的兵力有限。因此，他決定采勸規取遠勢，以翦蘇州枝葉，而後圖其根本」的方針，並擬定了一個「以剿為堵」的三路進攻計劃：中路從昆山直趨蘇州，由程學啟部擔任；北路從常熟進攻江陰、無錫，由李鶴章及總兵劉銘傳部擔任；南路從泖澱湖攻吳江、平望、太湖，切斷浙江太平軍進援之道，由總兵李朝斌率所部太湖水師十營擔任。此外，由黃翼升率淮揚水師往來策應，「常勝軍」則駐昆山為總預備隊，「專備各路游擊援應」。２
鑒於蘇南形勢危急，剛由皖北回到天京的李秀成於7月7日到達蘇州，佈置防守事宜，不久又返回天京。當時，譚紹光在蘇州主持蘇南軍務，他僱請數十名外國人，教練炸炮，以增強太平軍的防守能力。
7月7日，北路淮軍分三支向江陰進攻，太平軍在江陰、常熟之交的顧山、北■、長涇一帶節節阻擊。直至8月下旬，淮軍才進抵江陰城下。9月13日，江陰失陷。北路淮軍既得江陰，李鴻章便令劉銘傳駐紮青暘鎮，副將周盛波部和總兵郭松林部分別進駐無錫芙蓉山與緱山，道員張樹聲等部進駐張涇橋以為後援，李鶴章則督小隊往來調度，準備集中力量攻取無錫，以配合中路、南路軍合擊蘇州。9月24日，郭松林部進佔無錫東面的東亭鎮，前鋒抵達無錫南門外。
7月26日，中路淮軍因南路李朝斌所部水師尚未開到，改變直取蘇州的計劃，會同戈登率領的「常勝軍」等向吳江開進。29日進抵吳江城下時，太平軍守將開門出降。吳江為浙江太平軍援救蘇州的必由之路，該城失陷，蘇州的南路援絕。
由於蘇南形勢日益惡化，經李秀成再三懇請，洪秀全允其再次離開天京前往蘇州，但限期四十天回京。9月23日，李秀成抵蘇州，本欲召集各鎮將商討對策，以求「會司並進」，「合力解京圍、解省困」１。但常州守將陳坤書、無錫守將黃子隆均未應約前來，也未發兵會師，李秀成只得將駐蘇州的郜永寬等部調往蘇州、無錫交界處，與無錫郊外的李世賢部相街接。自10月下旬至11月上旬，李秀成督軍連日向圍攻無錫的李鶴章、劉銘傳等部淮軍發起進攻，交戰於後宅、梅村、坊前、安鎮一帶。面對太平軍的進攻，淮軍「先以堅壁勿戰挫其氣，繼風滾營並進遏其鋒」１，加之駐守無錫、常州的太平軍沒有很好地進行配合，因而淮軍得以「穩紮穩打」地對付太平軍。而中路淮軍和「常勝軍」則由滸墅關一帶抄襲李秀成部後路，使其無法集中力量進攻圍困無錫之敵。因此，李秀成部出擊半個月，非但未能擊敗蘇州、無錫外圍之敵，反而損失不少兵力。
蘇州城四面環水，太平軍憑河修築長牆，牆內又築石壘、土營數十座，南自盤門，北至婁門，聯絡一氣。城內穴地為屋，上面覆板堆土，以御炮擊。由於太平軍設防相當堅固嚴密，因此，程學啟、戈登率部圍攻兩月，進展甚微。11月27日，敵軍在護城河上偷架浮橋，調集炸炮，水陸配合，越河進攻。經過激戰，城外東、南、西三面的防禦工事全被毀壞，敵軍直薄城下。李秀成
太平軍在蘇州保衛戰中，用俘獲敵人的「飛爾復來」號船攻擊清軍水師
見蘇州城危，於11月30日撤離，由譚紹光堅守危城。此時，郜永寬等發生動搖，私下與敵議降。淮軍以生擒李秀成或斬殺譚紹光為條件。12月4日，郜永寬等八人將慕王譚紹光殺害，開城降敵，蘇州城遂為敵所佔。幾天之後，郜永寬等八人均被李鴻章處死。12月12日，無錫失守，黃子隆被俘，不久遇害。淮軍攻陷蘇州、無錫後，遂分兵兩路：一路進窺浙江嘉興，一路準備進攻常州。
（三）常州失陷
12月15日，李鴻章到達無錫，對進攻常州作了部署。接著，提督劉銘傳率部抵達常州西北的陳都橋、羊頭橋、西施橋，前鋒進抵孫村，與常州城僅一河之隔；總兵周盛波等部從無錫出發，經戚墅堰進抵常州城東十五里的擂鼓橋、白家橋，前鋒抵三里橋一帶。與此同時，常州西北奔牛鎮的太平軍守將邵志綸投敵，西路交通受到很大威脅。
1864年2月，戈登率「常勝軍」自昆山出發，經無錫攻宜興，以截斷浙江太平軍北援之路。3月2日，宜興失守；8日，溧陽守將降敵，常州南路被敵截斷。
3月8日，太平軍常州守將陳坤書曾會合自句容、丹陽來援的林紹璋、陳承琦等部援軍，對奔牛鎮之敵進行反擊，結果失利。於是，陳承琦、李容發等率部自常州循江東進，15日攻江陰未下，17日攻常熟又未下，乃於18日占福山， 20日又往攻無錫。李鴻章大為震動，急調郭松林部和「常勝軍」回救，並從常州外圍調李鶴章部回守無錫，調張樹聲等率三千人駐紮江陰南面的青暘，從嘉興前線調鄭國魁水陸三營馳援常熟。
3月下旬，清援軍趕到常熟外圍的顧山、王莊一帶，與太平軍展開激戰。太平軍被迫撤常熟之圍，退至江陰境內。31日，陳承琦部於江陰東南的華墅襲擊回援的「常勝軍」，使其「全隊八百人覆沒」。太平軍繳獲洋槍四百餘桿。4月11日，李鴻章督令各路援軍對華墅進行反撲，太平軍予敵以重大殺傷後退回常州、丹陽。
太平軍陳承琦、李容發部深入敵後作戰，打亂了淮軍的進攻部署，迫使李鴻章不得不從前線抽調部隊回援，減輕了對常州等地太平軍的壓力。可是，這支部隊深入敵占區後，仍熱衷於圍攻城市，並與回援之敵進行正面對陣，而沒有堅持游動作戰，因而最後仍難免被敵人擊敗。
淮軍在肅清突入江陰、常熟、無錫境內的太平軍之後，又聚集於常州外圍。4月22日，淮軍水陸協同，攻佔了常州西南的陳渡橋，太平軍通金壇、丹陽之路均被切斷。23日，常州城外的要點盡失，太平軍全部退入城內。27日，大南門、小南門和北門城牆被淮軍轟塌數處，太平軍頑強抵抗，多次擊退敵之衝鋒。後淮軍在城壕外構築長牆，移近炮位，並在晚間於護城河上偷架浮橋。5月10日，淮軍發起總攻，以大炮對準舊缺口猛烈轟擊。至11日，南城、北城各被轟塌十餘丈，淮軍由缺口衝入。太平軍與突入之敵展開激烈的巷戰，淮軍付出了重大代價才佔領常州城。陳坤書被俘後慘遭殺害。
4月25日，提督鮑超部陷金壇。5月13日，提督馮子材部陷丹陽。至此，蘇南各城全部被清軍攻陷。
五、浙江戰場的失利
當各路湘軍節節東犯、曾國荃部兵臨天京城下時，鎮守浙江的太平軍李世賢、黃呈忠、范汝增等部，也受到來自東西兩面敵軍的夾擊。
浙東方面，清軍與英法侵略軍勾結起來，於1862年5月10日攻陷寧波。8月2日，洋將馬惇率「常勝軍」一隊自上海到達寧波，會同「常捷軍」１進犯余姚，威逼紹興。9月，黃呈忠、范汝增部對敵發起反擊，進佔慈谿，威脅寧波。「常勝軍」統領華爾奉李鴻章之命，率千人自上海赴寧波，於21日攻佔慈谿。在這次戰鬥中，華爾受傷喪命。1863年3月，浙東的中外反動聯軍再次發起進攻，於3月15日佔領紹興，20日占蕭山，前鋒直抵杭州城下。
浙西方面，新任浙江巡撫左宗棠於1862年2月中旬率部由皖南進入浙江後，不久連占開化、常山、遂安、江山等地。同年5月31日，左宗棠由江山進至衢州，所部湘軍進至湯溪、蘭溪一線，威脅金華。從6月起，李世賢部在龍游、湯溪、蘭溪一線對左宗棠所部湘軍進行了頑強的反擊戰。同年秋，浙江布政使蔣益澧率湘軍近萬人由廣西到達浙江，增強了左宗棠的兵力。而太平軍方面，由於曾國荃部圍困天京，李世賢奉命回援，留浙的太平軍兵力減少。於是，左宗棠乘機督軍於同年冬對浙西太平軍發起新的攻勢。1863年1月2日陷嚴州，2月28日陷湯溪，3月1日陷龍游、蘭溪。3月2日，太平軍棄守金華。接著，旬日之間，湘軍又連陷武義、永康、東陽、義烏、諸■、桐廬，3月24日開始進攻杭州西南的富陽。
富陽是湘軍進攻杭州必經之地。「縣城背江面山，右阻一溪，形勢完固」，太平軍佔領杭州之後，即「於此修築城壘，雉堞一新」。１湘軍蔣益澧部自3月下旬開始進攻富陽以來，屢為太平軍守將汪海洋部所敗。直至9月20日，才在「常捷軍」千餘人的協同下攻佔該城。湘軍既占富陽，便沿錢塘江直逼杭州。同時，分兵趨餘杭（杭州西），企圖切斷杭州太平軍的後路。雙方在杭州、餘杭展開了激烈的爭奪戰。
1863年底，蘇南戰場的軍事形勢嚴重惡化，蘇州、無錫落入敵手。淮軍除進攻常州外，分兵一支南入浙江，進攻杭州東北的重鎮嘉興。嘉興附近的平湖、乍浦、海鹽、澉浦、海寧、桐鄉等地的太平軍守將紛紛投敵叛變。1864年3月25日，嘉興失守，堅守杭州的太平軍陷於敵人的三路圍擊之下。
3月28日，湘軍在「常捷軍」的配合下，對杭州發起猛攻，用大炮轟塌鳳山門城垛約三丈，乘勢湧入，後被太平軍全部逐出。30日，敵軍向武林、錢塘、鳳山、望江、清泰等門發起猛攻（以武林門為主攻方向），太平軍堅決抗擊，給敵以重大殺傷。當天晚上，陳炳文等率部北走德清，杭州於次日晨落入敵手。同日，汪海洋棄餘杭北走，餘杭亦失陷。
4月14日，李世賢會同陳炳文、汪海洋、黃呈忠、陸順德等，自德清抵浙西昌化，擬離浙入皖。楊輔清、黃文金等留守湖州。至此，浙江全省基本上為湘軍佔領。
太平軍在浙江轉戰三年，給了敵人以沉重打擊，但由於缺乏不間斷的集中統一指揮，各部行動不能協調一致，加上後期士氣低落，有的將領投敵叛變，終於在中外反動派的聯合進攻下失敗了。蘇南與浙江根據地的喪失，使天京的東南屏障不復存在，軍需和糧食供應斷絕，進一步陷入了被動局面。
六、天京的陷落
湘軍於1863年6月底攻破九洑洲，控制了長江北岸以後，鮑超部自江北南渡，紮營神策門（今中央門）外沿江一帶。9月，曾國荃部攻佔了天京城東南的上方橋和城西南的江東橋。11月上旬，又連續攻佔了城東南的上方門、高橋門、雙橋門、七橋甕以及秣陵關、中和橋，太平軍在紫金山西南的要點全部失守。中旬，湘軍又攻佔了淳化、解溪、龍都、湖熟、三岔鎮；侍郎彭玉麟、提督楊岳斌（即楊載福）的水師和鮑超部又攻佔了天京東南要地高淳、東壩。下旬，溧水太平軍守將降清。從此，天京城南百里內再無太平軍蹤跡。
11月25日，巡撫曾國荃及提督蕭慶衍部進扎城東孝陵衛。這時，天京城只有太平門、神策門尚與外界相通，危在旦夕。
12月20日，李秀成自丹陽回到天京，次日即向洪秀全建議：鑒於湘軍壕深壘固，圍困甚嚴，天京內無糧草，外援難至，不如「讓城別走」。洪秀全厲聲斥責說：「朕奉上帝聖旨、天兄耶穌聖旨下凡，作天下萬國獨一真主，何具〔懼〕之有。……朕鐵桶江山，爾不扶，有人扶。爾說無兵，朕之天兵多過與〔於〕水，何具〔懼〕曾（妖）者乎！爾怕死，便是會死，政事不與爾干，王次兄勇王執掌，幼西王出令，有不遵幼西王令者台朝誅之。」１當時，可供洪秀全選擇的只有兩種可能：或者死守天京，與孤城共存亡；或者讓城別走，擺脫被圍的困境，收集各支太平軍，重整旗鼓，另作良圖。權衡利弊，後者才是太平軍唯一的出路。因為，當時天京尚未完全中斷與外面的聯繫，突圍仍有可能；更重要的是這時散佈於各地的太平軍尚有數十萬之眾，在洪秀全的號召下，把他們集中起來，統一指揮，重振軍威，實行正確的戰略戰術，仍有可能打出一個新的局面。可是，由於洪秀全迷信愚昧、剛愎自負已經到了無可挽救的程度，斷然拒絕了李秀成「讓城別走」的建議，致使太平天國革命事業喪失了最後的一線希望。
1864年2月28日，湘軍攻佔了紫金山巔的天保城。3月2日，曾國荃部進駐太平門、神策門外，對天京形成合圍。
曾國荃部合圍金陵之後，曾於3月14日用雲梯攻城，但未得逞。4月開始，在朝陽、神策、金川門外挖掘地道十餘處，準備轟塌城牆。太平軍一面組織力量從城內對挖，進行破壞，一面構築月城，以便城牆轟塌後繼續組織抵抗。
1864年（同治三年）6月1日，天王洪秀全病逝（一說自殺），終年五十一歲。此後，天京人心愈加不安。五天之後，全朝文武扶幼天王洪天貴福即位，一切軍政事務統歸忠王李秀成執掌。
7月3日，湘軍攻佔紫金山地保城（即龍脖子），從而可以居高臨下監視城內的動靜。湘軍在龍脖子山麓修築炮台數十座，對城內日夜轟擊，壓制太平軍的炮火，掩護其攻城準備工作的進行；同時，在龍脖子山麓與城牆間大量填塞蘆葦、蒿草，上覆沙土，高與城齊，為攻城鋪平道路，還在附近距城十數丈處日夜挖掘地道，準備轟城。半個月後，湘軍攻城準備工作基本就緒。
李秀成見湘軍攻城在即，於7月18日深夜，選派千餘人偽裝湘軍，衝出城去，企圖破壞太平門附近的地道，結果被湘軍識破，退回城內。
7月19日晨，湘軍擔任主攻任務的部隊齊集太平門外。午刻，地雷轟發，城牆被轟開很大缺口，湘軍蜂擁而入。太平軍紛紛以槍炮還擊，雖給敵人以重大殺傷，但終未能堵住缺口。湘軍由太平門入城後，兵分四路向縱深進攻：中路由副將王遠和等率領，直插天王府；右路由按察使劉連捷率領，直插神策門，與由神策門緣梯而入的朱南桂部會合後，西趨獅子山，奪取儀鳳門；中左路由道員彭毓橘等率領，直插通濟門；左路由提督蕭孚泗等率領，奪取朝陽門、洪武門。朝陽等門失守後，駐守西南各門的太平軍開始動搖，提督羅逢源等部乘勢自聚寶門攻入，總兵李金洲等部自通濟門攻入。與此同時，提督黃翼升也率水師各營奪占中關，乘勝猛攻濱江之壘，會同道員陳湜等部奪取了水西、旱西兩門。及至傍晚，天京全城各門均為湘軍奪占。
李秀成於19日凌晨自太平門敗退後，即回到天王府，獨帶幼天王一人，由數千文武護送，奔向旱西門，企圖由此突圍出城，結果為陳湜部所阻，只得轉上清涼山。入夜，折回太平門，偽裝湘軍，由缺口衝出，向孝陵衛方向突圍。不久，李秀成與幼天王失散，便分道奔逃。曾國荃派七百名馬隊追擊。21日，在淳化鎮俘獲列王李萬材，在湖熟鎮一帶追殺章王林紹璋和幼西王蕭友和等。22日，李秀成也在方山附近被俘。7月28日，曾國藩自安慶到金陵，令李秀成書寫供詞。8月7日，李秀成寫完供詞，即被殺害，年僅四十歲。
湘軍於大肆搶劫之後，將天京城內某些建築物付之一炬，以消滅罪跡。全城一片火海，一直燃燒至26日。城內所有太平軍將士，或在戰鬥中犧牲，或被湘軍殺害，或聚眾自焚，十餘萬人無一降者。湘軍圍城兩年有餘，前後死於疾病者萬餘人，戰死者八九千人，同樣付出了高昂的代價。
七、太平軍餘部的繼續奮戰與最後失敗
天京的陷落，標誌著太平天國的失敗。但是，分散在長江南北各個戰場上的數十萬太平軍，繼續高舉太平天國的旗幟，英勇頑強地抗擊著敵人的進攻。
在長江以北活動的主要是自西北回援的太平軍。1864年2月，遠征西北的陳得才等部太平軍為救援天京，決定由陝西南部分三路東下：北路由陳得才、藍成春、賴文光等率領，由寧陝出鎮安、山陽、商州（今商縣）；中路由梁成富率領，由石泉、漢陰出興安府（今安康）、鄖陽（今湖北鄖縣）；南路由馬融和等率領，由西鄉出紫陽、磚坪（今嵐皋）、平利、竹山。三路太平軍相約於南陽、襄陽一帶會齊。北路按預定路線東進，中路和南路則為清軍阻截，亦轉由北路出陝。4月下旬，在河南西南的淅川一帶先後與捻軍陳大喜、張宗禹兩部會師，眾至數十萬，聲勢甚壯。不久，梁成富部又折回陝西，主力則由陳得才等率領，由新野入湖北，經棗陽、隨州、應山、黃陂，於6、7月間進抵黃安、麻城，受到湖北提督成大吉部的阻截，未能進援天京。當得知天京陷落後，軍心動搖，戰鬥力大不如前，8月下旬，這支部隊在麻城一帶分兵兩路：一由陳得才等率領，東入安徽；一由賴文光、張宗禹等率領，北入河南。之後，又一起轉戰於鄂皖地區。11月上旬，在安徽霍山黑石渡為清軍所敗，馬融和率眾數萬降清，藍成春被叛徒出賣殉難，陳得才見大勢已去，服毒而死。餘部在賴文光率領下，與捻軍合編，經過整頓，又成為一支很有戰鬥力的部隊，堅持與清軍戰鬥到1868年。
長江以南的太平軍，開始以浙江湖州和江西為基地，後轉至福建、廣東，至1866年失敗。
1864年7月，從天京突圍出來的幼天王洪天貴福在江蘇東壩與率兵來迎的洪仁玕相遇，隨即回到皖南廣德。8月13日，洪仁玕至湖州，準備與黃文金等堅守城池，左宗棠部湘軍、李鴻章部淮軍圍攻湖州甚急，守城太平軍頑強作戰，數次大敗清軍，但南門守將陳學明於8月26日向清軍投降，形勢對太平軍極為不利。洪仁玕、黃文金等不得已於27日夜棄湖州退往廣德，29日夜，護幼天王離廣德走寧國、昌化。途中，黃文金受傷犧牲，洪仁玕護幼天王經開化、常山等地，於9月22日入江西玉山，企圖與先期入贛的李世賢、陳炳文及汪海洋等部會合，再入湖北會合陳得才部，重振太平天國大業。不期李世賢等部已轉移至贛、粵、閩三省邊界地區，洪仁玕率部追趕，10月9日在石城楊家牌遭敵襲擊，幼天王與洪仁玕等被衝散。洪仁玕北走廣昌，在白水鎮被俘。幼天王逃至石城荒山中，25日亦被敵軍搜獲。11月18日，年僅十六歲的幼天王在南昌被凌遲處死。五天之後，洪仁玕亦於南昌遇害。
在洪仁玕部入贛之前，已有三批太平軍突破清軍重圍進入江西。1864年2月4日，李世賢、譚星、林正揚等率軍八萬人自江蘇溧陽突圍，經安徽廣德、寧國入浙西昌化。李世賢以宜興、溧陽緊急，折回赴援。譚星等突破清軍的重重封鎖，於2月26日自浙江開化入江西玉山，進向廣信。此為第一批入江西的太平軍。3月上旬，溧陽太平軍守將吳人傑率部降清，李世賢隨即率部進入浙江，於6月中旬會同棄守杭州、餘杭的陳炳文、汪海洋各部自德清經昌化入皖南，4月下旬進至江西德興、玉山一帶。此為第二批入江西的太平軍，共約二十萬人。第三批為劉肇均、朱興壟林彩新所率部眾約三萬人，5月初自常州、丹陽出發，經浙江昌化、安徽寧國、婺源入江西德興、弋陽。沿途遭清軍堵截，損失很大，林彩新落水犧牲，劉肇均率殘部與李世賢部會合。
二三十萬太平軍入贛，統治階級視為「腹心大患」而全力專注。曾國藩、左宗棠等急忙從江蘇、浙江和湖南等地陸續抽調湘軍往援江西。7月中旬，督辦江西皖南軍務的新任陝甘總督楊岳斌和提督鮑超又率水陸湘軍二萬人到達江西，使在贛清軍總數達到五六萬人。
進入江西的二三十萬太平軍一直在贛江以東和贛閩邊境活動。李世賢部攻撫州不下，6月底占宜黃、崇仁，與據南豐的譚星部相聯絡。陳炳文、汪海洋部則佔據金溪、東鄉等地。太平軍對撫州形成包圍之勢。7月16日，楊岳斌到達南昌，立即與巡撫沈葆楨指揮清軍向太平軍展開進攻。8月5日，鮑超所部湘軍大敗汪海洋部於撫州東南的許灣鎮。陳炳文懼戰，棄東鄉、金溪，並於13日率部六萬餘人（內洋槍隊七千餘人）向鮑超投降。16日，汪海洋等占新城，旋因鮑超部追至，棄城走南豐、石城、瑞金。在此期間，李世賢部受到敵軍的猛烈攻擊，先後棄崇仁、宜黃、南豐，經廣昌、寧都、雩都（今於都）、信豐、大庾（今大余），於9月17日越梅嶺關入廣東，後游擊於粵贛邊境。10月4日，李世賢部占廣東鎮平（今蕉嶺），後入福建，於14日占漳州。陸順德部則於9日占福建永定，15日占龍巖。同日，汪海洋亦率部自江西瑞金進入福建汀州（治今長汀）境內。
由於太平軍餘部會集閩南，閩浙總督左宗棠不得不由杭州趕赴福建督師。所部湘軍二萬餘人分三路入閩：西路由幫辦福建軍務劉典等率領，由江西建昌入汀州；中路由提督黃少春等率領，由衢州經江山，取道浦城、建寧府（今福建建甌）南下；東路由提督高連升率領，由杭州赴寧波，乘英輪由海道抵福州。
12月1日，李世賢部在漳州萬松關大敗署福建陸路提督林文察部和水師總兵曾玉明部清軍，斃林文察等約千人。17日，劉典率部自連城南下，汪海洋、譚體元、李遠繼等部大敗敵軍於連城南面的新泉一帶。
左宗棠鑒於冒進失利的教訓，改勸漸逼漸進」的戰術，以高連升、黃少春部六千六百人攻漳州，康國器、劉明珍部四千五百人攻龍巖，劉典、王德榜、王開琳等部一萬八千人攻汀州、連城。1865年1月26日，署汀州鎮總兵關鎮國在副將方耀所率廣東清軍的配合下，佔領了永定縣城。2月19日，康國器部攻佔龍巖，陸順德部敗走漳州。這樣，在漳州的李世賢部與在汀州、連城一帶的汪海洋部之間的聯繫被切斷。劉典和署福建按察使王德榜等部連續向汪海洋部進攻。2月22日新泉一戰，汪海洋部大敗，精銳損失幾半。3月1日，又敗於南陽，遂向龍巖、南靖、永定一帶轉移，沿途屢遭清軍堵截，損失慘重。
清廷為加強鎮壓福建太平軍的兵力，又從江蘇調派提督郭松林率淮軍八千（均裝備有洋槍）由海道去福建，3月31日抵廈門。4月11日，李世賢率部自漳州主動出擊，遭到郭松林部的反擊，傷亡三、四千人。5月15日，郭松林、高連升、王德榜指揮淮軍和湘軍攻破漳州，李世賢率部巷戰，傷亡萬餘人，力不能支，突圍撤走。16日，陸順德亦棄南靖。5月26日，李世賢、陸順德等部於永定塔下又為劉典和康國器部清軍所敗，損失約二萬人，次日又有三萬餘人投降清軍。李世賢所部損失殆盡，隻身逃出，陸順德則率餘部入粵，占鎮平，走平遠。
汪海洋部太平軍也接連失利。4月22日，該部敗於南靖、永定、龍巖間，六千餘人犧牲。漳州失陷後，汪海洋、李遠繼等部與康國器部清軍戰於永定，損失很大，後於6月10日由上杭經武平入廣東鎮平。
李世賢晝伏夜行，於8月19日至鎮平，入汪海洋軍營，不意四天之後竟為汪海洋刺死50000061_0297_0１，年僅三十二歲。
8月29日，陸順德、林正揚部占廣東長樂（興寧西南）。9月20日，林正揚執陸順德，獻城降清。
9月28日，鎮平為高連升等部攻佔，汪海洋部經平遠入江西定南、龍南，又為清軍席寶田部所敗，復折入廣東，占和平、連平。12月初，經龍川抵興寧，8日攻佔嘉應州（今梅縣）。此前，清廷曾命左宗棠赴廣東督師，並節制各路清軍。1866年1月15日，左宗棠抵廣東大埔，檄調鮑超、劉典、高連升、康國器、黃少春、王德榜諸部三四萬人，在二萬餘粵軍的配合下，對嘉應州實行四面包圍。1月28日，汪海洋在督率所部反擊清軍時中彈受傷，2月1日犧牲，年三十六歲。餘部由譚體元統領，棄嘉應州南走。後在黃沙嶂山中迷路，被清軍追及，譚體元力竭墜崖犧牲，部眾或戰死或投降。至此，除與捻軍合編的賴文光所率部眾尚在堅持鬥爭外，太平天國革命戰爭終以失敗而結束了。