捻軍之所以能堅持長期的戰爭，客觀上是由於1864年以前清廷把主要軍事力量用於對付太平軍，只用一部分力量對付捻軍和其他起義武裝，使捻軍的生存和發展獲得了比較有利的條件；主觀上則是由於捻軍本身具備不少優點和特點，並在鬥爭過程中積累了較豐富的經驗。
（一）具有前仆後繼的鬥爭精神
捻軍的基本成員是身受封建主義剝削和外國資本主義壓迫而陷入苦難深淵的貧苦農民、手工業者和其他勞動人民。他們對統治階級懷有刻骨的仇恨，因而具有前仆後繼、奮不顧身的鬥爭精神。在十餘年的鬥爭中，湧現出許多舉家從軍，「父兄死而子弟代」，英勇不屈，堅持鬥爭的動人事跡。正是這種不怕犧牲的鬥爭精神，支持著廣大捻軍將士不畏險惡的環境，不顧一次又一次的挫折和失敗，以刀矛等原始武器與裝備洋槍洋炮的清軍進行堅決的鬥爭。特別是太平天國失敗後，革命形勢處於低潮的情況下，仍能「披霜踏雪，萬苦不辭」，繼續堅持鬥爭達四年之久。
（二）與人民群眾保持密切聯繫
捻軍紀律嚴明，每到一地，非但不擾民害民，而且將地主豪紳的財物分給貧苦群眾，所以能得到廣大群眾的擁護與支持，使自己得以「因地為糧」１，「夜不紮營，散住村莊」２。不僅如此，一些著名的戰鬥，如高樓寨、灞橋、羅家集之戰，都是在人民群眾支援配合下取得勝利的。清軍則相反，「兵勇所到之處，肆行搶掠，民間被害甚深」１，因而激起人民的反對。一些地方甚至構築堡寨，抗拒清軍，使清軍難於籌集糧食，影響行軍作戰。曾國藩、李鴻章等竭力推行「築圩」、「查圩」和堅壁清野政策，千方百計隔絕捻軍和人尺群眾的聯繫，這從另一方面說明了捻軍和人民群眾的關係是密切的。捻軍之所以能堅持長期鬥爭，是與人民群眾的支援分不開的。
（三）實行與太平軍聯合作戰的方針
由於地域的接近和鬥爭的需要，自1857年開始，張樂行、龔得樹、蘇添福等所部捻軍與陳玉成、李秀成所部太平軍實行聯合作戰，實踐證明，這一方針是完全正確的。對捻軍來說，當雉河集等地被清軍佔領後，由於得到太平軍的支援，得以在淮河沿岸重新立定腳跟，堅持鬥爭達四年之久。對太平軍來說，捻軍在淮河沿岸的活動，牽制了自淮北南下的清軍，在一定程度上起到了北部屏障的作用，使太平軍陳、李兩部得以比較放手地分別對付由湖北東進的湘軍和天京外圍的清軍。正是由於互相配合作戰，使安徽戰場在相當一段時間內保持著相對穩定的局面。在此期間，捻軍還向太平軍學習了構築防禦工事等方面的技術，提高了防禦作戰能力。清將勝保頗為驚奇地說：捻軍「挖壕築壘迥異從前，非有粵逆消息暗通，安能如此詭譎」２。袁甲三也說：「數年以前之賊，不知溝壘可恃，專心以野戰為強。自咸豐七年以後，皆知深溝高壘，以守為戰，而攻剿愈覺費手。」３太平軍方面，陳玉成、李秀成部在安徽戰場上，也注意運用捻軍迂迴運動戰法，打了一些漂亮仗。太平天國失敗後，捻軍張宗禹、任化邦等部，與賴文光、邱遠才所率的西北太平軍餘部決定合為一體，組成一支統一的新捻軍，這一決策也是非常適時和正確的。如果不實行整編，各自獨立作戰，將很難堅持鬥爭達四年之久。
（四）實行大規模的運動戰
捻軍和太平軍整編後，決定易步為騎，實行大規模的運動戰，這是與敵情、地形和武器裝備等條件相適應的。當時，清廷已把主要精力用來對付捻軍，先是派遣僧格林沁的精銳騎兵，後又調集裝備新式槍炮和數量上佔優勢的淮軍和湘軍，在豫、皖、蘇、魯、鄂等省的地方軍配合下，實行合圍兜剿。而捻軍兵力少，武器裝備低劣，又是孤軍作戰。如果實行陣地防禦作戰，顯然是非常不利的。在這種情況下，捻軍領導者決定把部隊全部改為騎兵，充分發揮騎兵在平原曠野地區縱橫馳騁的特長，實行運動戰，以己之長，擊敵之短，避敵之長，補己之短，使清軍的槍炮優勢難以發揮，同時也彌補了捻軍武器裝備方面的劣勢。實行運動戰的結果，使捻軍在戰略被動中取得了戰役戰鬥上的主動權。捻軍的這一作戰形式，與同時期的農民起義武裝的偏重於城市攻防作戰相比較，都要高出一籌。盡避後來東、西捻軍先後遭到失敗，但是，如果不實行機動靈活的運動戰，而是實行堂堂正正的陣地戰，無疑將會失敗得更快。
二、捻軍起義戰爭的教訓
捻軍起義戰爭為什麼最終失敗了呢？除了時代和階級的局限外，就政治軍事方面而言，主要有以下幾個方面的原因。
（一）政治眼光短淺，組織鬆散，形不成集中統一的領導和指揮
捻軍的成員基本上是農民小生產者，既有反抗壓迫剝削的一面，又有保守落後的一面。他們所在的家鄉，經濟文化十分落後。捻軍首領中除張宗禹等個別人外，都沒有文化知識，在鬥爭過程中又不注意學習和提高自己，也沒有注意吸收懂得韜略和善於出謀劃策的知識分子參加。因此，他們的政治眼光比較短淺，未能充分反映當時農民階級的願望和要求，明確提出推翻清王朝封建專制統治，建立農民政權的政治綱領和遠大目標，並教育動員廣大捻軍將士和農民群眾為此而奮鬥，而是長期局限於解決眼前的局部的經濟利益，這就必然影響到建軍、作戰和內部團結等一系列問題。正由於捻軍首領們不能在鬥爭中努力提高目己的政治水平，不能把軍事鬥爭提高到推翻清朝反動統治、建立農民革命政權的高度，不能更廣泛地團結群眾，爭取友軍，不斷壯大自己的隊伍，因而不可能最終戰勝強大的敵人，奪取幫命戰爭的勝利。
在很長一段時間內，捻軍「裝旗」出征，主要是為了獲取錢糧物資，目的既達，便返回故鄉，各自歸家。這種「居則為民，出則為捻」的狀況，不僅在初期普遍存在，後來淮北各支捻軍向河南、山東、江蘇出擊過程中，仍然表現得相當突出。這就影響了革命軍隊的建設和作戰能力的提高，並喪失了許多有利的作戰殲敵時機。
捻軍不僅受小生產者狹隘性和無組織、無紀律性的影響，而且還受到宗族和地域觀念的束縛，這既是它不能與太平軍達成真正的聯合（「聽封而不能聽調用」）的主要原因，也是它本身組織鬆散的根源所在。各種不同旗色的捻軍，長期以來「各統其眾，各居其巢」１，獨立戰守，互不統屬，互不協同配合。有的則時合時分，分多於合。雉河集會盟，反映了一些捻軍首領認識到聯合作戰的必要性，對於改變分散狀態起了一定作用，如張樂行、龔得樹、蘇添福等幾支不同旗色的隊伍，長期共同行動，協同作戰，這是非常難能可貴的。但是，作為盟主的張樂行卻提不出實行集中統一領導的有效措施，甚至在處理內部矛盾時簡單從事，以致始終未能把淮北的各支捻軍統一起來，無論進攻還是防禦，都不能在統一的部署下，協調一致地行動。捻軍的數量雖多，卻形不成有力的拳頭打擊清軍，這是一個致命的弱點。雉河集的幾次失守，許多捻軍圩寨的被各個攻破，以致最後無法在淮北家鄉立足，都與此有著直接的關係。就是在後期，雖然統一了組織和領導，但仍然存在著時分時合、鬆散不團結的舊習。
從1853年至1857年初，捻軍的力量發展很快，而當時清廷的主要兵力正忙於對付太平軍，只用很少一部分兵力對付捻軍，清軍在豫、皖、蘇、魯邊界地區，只能固守少數據點，形勢對捻軍非常有利。如果當時有幾支比較有戰鬥力的捻軍，實行集中統一的領導和指揮，對固守孤立據點的清軍或長圍久困，或一面圍城一面打援，或把清軍誘出城外，尋機加以殲滅，則將大大有利於爾後的作戰。這一時機的喪失，無疑是非常可惜的。
（二）缺乏建立根據地的思想
捻軍雖然經常活動於淮北的雉河集、蒙城、亳州、宿州、穎州，河南的永城、夏邑、虞城、鹿邑，山東的單縣、魚台、金鄉、曹縣，江蘇的碭山、豐縣、蕭縣等地，但始終沒有使這些地區聯成一片，建成進可以攻、退可以守的根據地。當時建立根據地的客觀條件是具備的，但由於捻軍的不少重要成員參加過販運私鹽和一開始就熱衷於外出「打糧」等活動，因而容易產生流寇主義思想，認識不到建立根據地的必要性和迫切性，以致白白地喪失了幾個有利時機。一是從起義到1857年前，沒有趁清軍力量薄弱之機，在起義地區建立農民政權，著力於摧毀清軍的少數據點，消滅地主團練武裝。二是當勝保、袁甲三等率清軍南下淮河流域進攻張樂行、龔得樹等部捻軍時，淮北的捻軍在向河南、山東、江蘇出擊的過程中，打了幾個漂亮的殲滅戰，使當地的清軍力量更形薄弱，人民的起義不斷發生，但沒有與當地的起義武裝和人民群眾相結合，建立起新的根據地。尤為失策的是，捻軍首領們對淮北家鄉團練武裝的日益囂張和捻軍所佔地區不斷縮小的嚴重情況，竟熟視無睹，結果在僧軍和團練的聯合進攻下，遭受重大損失，被迫離鄉他走。在後期，捻軍實行運動戰，雖然殲滅了被清廷「倚為長城」的僧格林沁軍，以後又屢敗湘、淮軍，但由於沒有根據地作依托，部隊長期不停頓地流動作戰，得不到必要的休整補充，雖然拖累拖垮了不少敵人，而自己也陷入了困難的境地，終於在優勢敵人的圍堵下，遭到失敗。
（三）戰略指導和作戰指揮上的失誤
捻軍領導者在戰略指導上的最大失誤之一，就是在後期將部隊分為東、西兩支。當時，捻軍在數量上居於劣勢，又處於優勢清軍的圍攻之中。在這種情況下，分出一支部隊前往遠離中原戰場的西北地區，使兩支部隊之間無法配合作戰，既分散和削弱了自己的力量，又給清軍造成了各個擊破的機會。根據當時的戰場形勢，捻軍應該集中兵力，而絕不應分散兵力，最多只能實行近距離的分兵，即以一部分兵力用於牽制據守點、線的清軍，主要兵力用於尋找機會，逐一圍殲尾追的清軍。堅持實行這種戰法，積以時日，尚有可能改變戰場上的被動不利局面。如不用此策，則應集中兵力，及早入陝進川，利用當地的山險，人民的支援和清軍兵力薄弱等有利條件，開闢一個新的地區。這樣，堅持鬥爭的時間可能會更長一些。賴文光曾率太平軍到陝西活動，當清軍圍攻天京時，終因距離過遠而無法救援。但他沒有接受這一教訓，仍然決定分兵入陝，而且還認為這樣可以造成「犄角之勢」，實在是缺乏戰略眼光的表現。
捻軍領導者始終把解決糧食問題看得重於一切，這也是不妥當的。淮北捻軍只顧外出「打糧」，而不顧家鄉的安危；後來的東、西捻軍，也因就糧於富庶地區，而不顧敵情、地形等其他重要條件，結果誤入絕地，被敵所困，加速了自己的敗亡。這都是戰略指導上的失誤。
捻軍領導者在作戰指揮上的失策也是不少的。在初期，捻軍曾多次包圍歸德城，由於武器裝備低劣，沒有強攻堅城，這是對的。但不懂得利用圍城達到伏擊援軍的目的，往往一聞援兵到來，不管是多是少，便撤圍他走。在與太平軍聯合作戰時期，捻軍攻佔了幾座城市，便由流動作戰轉為分兵守點，當清軍進攻時，採取單純防禦的方針，結果被動挨打，所據城市逐一丟失。當曾國藩、李鴻章等實行「聚兵防河」，「扼地兜剿」時，捻軍設法突出清軍的包圍圈是正確的，但在突圍作戰中，缺乏計劃性，表現得驚慌失措，盲目地東闖西突，以致渡河作戰一再受挫。如果指揮員鎮定沉著，一方面對尾隨的清軍殺幾個回馬槍，使其不敢緊追不捨，一方面作好渡河作戰的偵察和船筏等物資的準備，找到清軍河防的薄弱環節，採取聲東擊西的辦法迅速搶渡，或集中兵力強行渡河，還是有可能突破清軍的運河、黃河等防線的。當時，捻軍中流傳著「不怕打而怕圍」１的說法，這既反映了捻軍敢於同清軍近戰拚搏，又反映了捻軍對清軍的圍堵存在著恐懼心理。正是這種恐懼心理，導致了渡河突圍作戰的無計劃性。張宗禹雖然一度表現為驕傲輕敵，但當幾次突圍受挫時，馬上轉為喪失信心，盲目行動，最後造成西捻軍的全軍覆滅。
（四）忽視部隊內部的純潔工作
捻軍中的叛變投敵事件不斷發生，與其他農民起義武裝相比，是頗為突出的一個問題。如六安、霍丘和鳳陽府縣兩城，均因有叛徒內應而相繼丟失；當僧格林沁軍進攻雉河集時，竟有一批捻首率部投降，使捻軍的力量大為削弱，淮北地區很快被清軍佔領；主要捻軍首領張樂行、任化邦均死於叛徒之手。這種現象之所以發生，原因是多方面的。一是捻軍的成份比較複雜，為數不少的遊民無產者不斷湧進隊伍中來，甚至一些中小地主也「糾眾而捻」。這些人在清軍剿撫兼施，特別是形勢惡化的情況下，容易被反動勢力收買，動搖變節。二是捻軍的主要首領張樂行本人就曾受過清朝官方「招安」，雖然後來堅持鬥爭到底，但由於本身的污點，必然影響其理直氣壯地與投降傾向作鬥爭。三是一些主要捻軍首領用人不當，不懂得純潔和鞏固部隊內部的重要性。作為一個農民起義的領袖，不僅要有不畏艱難險阻，與反動統治階級鬥爭到底的堅強革命精神，而且必須善於用人選將，擦亮眼睛，隨時注意清除混入革命隊伍中的「蛀蟲」。當然，這在當時的歷史條件下，也是很難做到的。
此外，捻軍對團練頭子苗沛霖等人缺乏應有的警惕。在階級矛盾激化，清王朝的統治發生危機的情況下，出現象團練頭子苗沛霖這樣的兩面派人物，是不足為怪的。但是，苗所代表的始終是地主階級的利益，他所夢寐以求的是建立一個封建割據的獨立王國；他與清王朝之間不過是狗咬狗的矛盾，但與人民之間卻是你死我活的鬥爭，而且一開始就是進攻捻軍起家的。農民起義軍對待這種人物，當他開始聯合清軍進攻捻軍的時候，就應該堅決予以打擊，特別是當其羽毛未豐的時候，應決心將其消滅，或分化其內部。只有這樣，才能發動群眾，擴大佔領區，消除心腹之患。當苗的實力已經強大，難於一下子把他消滅，並在表面上願意聯合反清時，捻軍和太平軍可以與他採取某些聯合行動，共同對付進攻的清軍。但必須時刻防止他反戈相擊，背後插刀，避免處於腹背受敵措手不及的困境。由於張樂行、陳玉成等政治警惕性不高，缺乏對付兩面派的鬥爭策略，結果上當吃虧。這也是不容忽視的歷史教訓之一。