一、起義的爆發
貴州是個多民族的省份，有漢、苗、布依、侗、彝、水、回、仡佬、壯、瑤等十多個民族。由於地處雲貴高原東部，土地貧瘠，交通閉塞，經濟落後，在清王朝封建統治下的貴州各族人民，過著十分悲慘的生活。
雍正、乾隆時實行「改土歸流」１後，貴州名義上廢除了土司統治，實際上形成了「土流並存」的局面，各族人民遭受流官和土司、漢族地主和本民族地主的雙重壓迫。「土司、通事挾其詐力，剝剝無已。一切食米、煙火、喪葬、嫁娶、夫馬供應之費，無不取之於苗民。……借事勒索，不傾其家不止，而苗民之生機絕矣。」１少數民族地區大量肥田沃土被屯軍侵佔，官吏、地主、商人、高利貸者也以種種殘酷手段搾取財物，掠奪土地。少數民族農民失去土地，被趕進深山老林。所耕之田，皆山頭地角，收穫很少，往往勞累一年，全家不得溫飽，甚至「終日采芒為食，四時不能得一粟入口」，「而差徭採買，仍出於原戶」，以致「當秋冬催比之際，有自掘祖墳銀飾者」。２
在殘酷的封建統治和剝削下，貴州各族人民已經難以活下去了。「犯法可以賒死，忍饑則將立斃」，為了生存，只有起而反抗。
1854年3月，布依族人楊元保領導本族農民在獨山的豐寧上司起義，揭開了貴州各族人民起義的序幕。起義軍先後向都勻、荔波、獨山等地進軍，因遭清軍和團練圍攻，被迫退往廣西。當年5月，楊元保被俘遇害，起義失敗。
同年9月，漢族齋教（白蓮教支派）領袖楊鳳（隆喜）和參加過楊元保起義的舒裁縫，領導群眾在桐梓縣九壩起義，一舉攻佔桐梓縣城，創建「江漢」政權，改九壩為賽波府。楊鳳被推為都督大元帥，舒裁縫為皇帝。他們發佈文告，聲討清王朝的罪行，提出了「復明滅清，弔民伐罪」，「掃清四海，殺盡八旗，以除暴虐，以安民〔良〕善」３的戰鬥口號。不久，起義軍攻佔仁懷，人數發展至二萬以上，建立了以賽波府（九壩）為中心，包括桐梓、仁懷和遵義城郊的根據地。後又分兵進攻綏陽、正安、黔西，席捲黔北，威逼貴陽。雲貴總督羅繞典率滇軍入黔鎮壓，因作戰失利，驚嚇而死，起義軍聲勢大振。1855年1月，兼署貴州提督的四川提督萬福率川軍入黔，向起義軍根據地進攻。起義軍作戰失利，南走黔西，接著採取流動作戰，轉戰於都勻、平越（治今福泉）等府州的廣大地區；因遭川、滇、黔三省清軍和地方團練圍追堵截，力量損失很大。4月22日，起義軍在石阡葛彰司戰敗，楊鳳身負重傷，自刎而死。餘部由舒裁縫率領，進入銅仁府、松桃廳，又由思南府回到遵義府境。6月2日，舒裁縫戰敗被俘，慘遭殺害，起義失敗。
楊元保和楊鳳、舒裁縫領導的兩次起義雖告失敗，但他們在貴州廣大地區播下了革命的種子，推動了各族人民的起義。因此，「殲除首要之捷甫奏，而上下游之變蜂起」１。在黔東南，台拱（今台江）苗民在張秀眉、包大度等領導下首先發難。接著，潘新簡領導水族農民起義於荔波縣九阡，姜映芳領導侗族農民起義於天柱縣執營鄉，潘名傑領導苗民起義於麻哈州（今麻江）壩芒，羅光明領導漢族農民軍活動於都勻、八寨（今丹寨）一帶。在黔北，白蓮教領導的漢族農民相繼起義。同時，又先後爆發了黔西南回民起義和黔西北苗民起義。這些起義匯成一股洪流，衝擊著清王朝在貴州的反動統治。
二、起義的勝利發展
咸豐初年，清王朝傾全力鎮壓太平軍，在貴州的軍事力量比較薄弱。貴州綠營兵額設三萬六千餘名，因調赴湖北等地與太平軍作戰，所存無幾，而且戰鬥力極弱。楊元保等起義之後，與貴州相鄰的雲南、四川、湖南等省先後派兵入黔，但為數不多，且多在邊境一帶活動。這種情況，為起義軍的發展提供了有利條件。
（一）苗軍控制黔東南地區
1855年4月30日（咸豐五年三月十五日），張秀眉和包大度、李鴻基等人在台拱首舉義旗，黃平、清平等地苗民起而響應，起義很快擴展到整個黔東南苗民聚居地區。起義軍股數眾多，互不統屬，各自為戰。張秀眉主動與各地起義軍聯合，積極向清軍進攻，很快就佔領了台拱、黃平、清平、丹江（今雷山北）等地清軍的大部分汛堡。7月16日，張秀眉指揮苗民起義軍智取巖門司１，斃署古州廳（治今榕江）同知彭汝瑋、署龍裡縣知縣陳毓書等多人。接著，起義軍又相繼攻佔了施洞（鎮遠南）、重安驛（今重安江）等地。「巖門失而黃平危，施洞失而鎮遠危，重安失而驛道塞」２。這些軍事要點的佔領，對清軍造成很大的威脅，使其占踞的城市更加陷於孤立。清軍因補給線被切斷，糧餉短缺，以致「草根樹皮剝食殆盡，孑余之眾，骨立菜色，守既無力，逃亦無路」３。於是，各地苗軍乘機進攻困守城市的清軍，10月23日克丹江廳城，12月6日克下江廳城（今從江西）。1856年，苗軍更加壯大，先後攻克了永從（今黎平南）、凱裡、施秉、清江（今劍河）、台拱、黃平、清平等廳州縣城和軍事要地，殲滅了大量清軍和地主團練武裝，並經受了戰鬥考驗和鍛煉，提高了軍事素質。
咸豐帝對貴州的局勢大為惱火，以「剿辦不力」，「調度無方」等罪名將雲貴總督恆春、貴州巡撫蔣霨遠「革職留任」，命貴州提督孝順「督辦全省軍務」。
1857年初，苗軍又主動出擊，以擴大勝利。在黔南方面，楊大六、金幹幹、柳天成等領導的苗軍與羅光明、潘新簡領導的漢族、布依族、水族起義軍活動於都勻、麻哈、獨山一帶，不斷向清軍進攻，迫使貴州提督孝順困守都勻城一隅，一籌莫展。3月，起義軍數萬人合攻丁家山營，孝順親自督戰，兵敗自殺。其後，新任貴州提督佟攀梅以數千之眾，株守麻哈州城。1858年2月，清廷以「擁兵株守」的罪名，將佟幫職，「仍留軍營差遣委用」。3月7日，苗軍金幹幹和柳天成部攻入麻哈城，殲敵二千餘人。已革提督佟攀梅、署知州何鋌等文武官員悉被擊斃。起義軍乘勝南下，於3月14日攻佔黔南最大的城市都勻，斃署知府高廷英等數百人。總兵巴揚阿連夜向貴定逃竄，起義軍跟蹤追擊，直至貴定甕城橋，於是龍裡告急，省城貴陽震動。
貴州苗民起義軍用過的鐵杈
在東線，早在1856年底，苗軍即挺進到湘黔邊境的錦屏一帶。1857年春，苗軍進圖鎮遠府，在鎮遠附近與援黔川軍參將蔣玉龍部對峙。1858年2月，蔣玉龍補授貴州提督，離鎮遠赴思南鎮壓號軍。苗軍乘機進攻鎮遠府衛二城。鎮遠府城東、西、北三面依山，南臨鎮陽江（今陽河），衛城與府城僅一水之隔。1858年9月，苗軍包大度部北攻衛城。署知府吳登甲率川軍和練丁抗拒。10月5日，苗軍趁川軍因餉乏擅自向思南潰逃之機，一舉攻佔鎮遠衛城，並連夜渡江直撲府城。清軍兵練驚恐四散，署知府吳登甲、署知縣楊淮等均被擊斃。苗軍隨即佔領了湘、黔大道上的軍事要地鎮遠城，控制了鎮陽江、清水江等水路交通線，使黔東南苗軍和其它民族起義軍同黔東北號軍的佔領區聯成一片，各部起義軍得以互相支援，配合作戰。
經過三年多的起義戰爭，至1858年底，苗軍基本上控制了東起湘黔邊、西至貴陽城下的黔東南大片地區。
（二）號軍建立根據地和圍困貴陽
號軍是白蓮教支派燈花教組織的起義武裝，因用不同顏色的頭巾裹頭（號褂和旗幟顏色亦各不相同），有紅號、白號、黃號等名稱。
貴州東部白蓮教組織比較普遍。太平天國革命爆發後，清王朝令各地舉辦團練，白蓮教徒即利用辦團練的合法地位，公開發展武裝，準備起義。1855年11月，銅仁府舉人徐廷傑、梅濟鼎聚眾起義，突入銅仁府城，劉世美和田宗達、吳燦奎等也分別起義於江口和印江，是為紅號。不久，起義失敗，田瑞龍、包茅仙等繼起，堅持鬥爭。1858年1月，年近八旬的白蓮教教主劉義順和油匠何冠一等在思南府城北面的鸚鵡溪率眾起義，稱為白號。3月，楊和風、賀濟泮、胡勝海在安化（今思南）、婺川（今務川）一帶分別起義，稱為黃號。
號軍攻破了不少城市，但均棄而不守，只佔據一些險要的堡寨，往來游擊。新任貴州提督蔣玉龍雖奉命率川軍由鎮遠前往思南等地鎮壓，但見號軍勢盛，駐軍於偏刀水（今鳳岡南琊川）大營，堅壁自守。1859年11月，白號軍攻佔偏刀水川軍大營，增修營壘，據為根據地。蔣玉龍退至遵義城東要隘三渡關。11月17日，白號軍攻克湄潭縣城，接著乘勝進搗三渡關，大敗清軍，兵鋒直逼遵義近郊。
1861年4月，城頭蓋（今思南西）號軍經由文家店渡過烏江，佔據荊竹園（今思南西南）等地。荊竹園周圍數十里環山拱衛，峭壁懸崖，形勢險要，黃號便以此為根據地。不久清軍由思南來攻，號軍以攻為守，主動出擊，逼攻石阡和思南府城，使敵人顧此失彼。號軍荊竹園根據地在鬥爭中逐漸鞏固起來。此外，餘慶轎頂山，甕安玉華山、平越尚大坪，也是黃號軍的重要根據地。
劉義順雖為白蓮教老教主和各部號軍的共同首領，但實際上並不能統一指揮互不統屬的各部號軍。這種狀況，成為號軍繼續發展的障礙。因此，劉義順等推舉冒充明代皇帝朱氏後裔（冒名朱明月，一作朱民悅）的遵義人張保山為秦王（又稱朱王），並繼續採用楊隆喜的「江漢」年號。不久，又立朱明月為嗣統真主，鑄印鑄錢，並提出了「滅此胡黨，宏我漢京」的政治口號。劉義順自封為大丞相，以下有王、公、侯、鄉正、元帥、將軍、千里等職，分別擁有武裝。此後，號軍各自為政的局面雖然沒有根本性的改變，但各部之間在一定程度上能夠互相支援，互相配合，有的還與苗軍等友軍聯合行動。
1863年，羅光明部起義軍占都勻，苗軍潘名傑部據貴定，號軍何得勝部占開州（今開陽），彼此聯合作戰，對貴陽實行長期圍困。清軍將領哀歎：「我軍若右出都勻，則羅光明據其前，（潘）名傑襲其後，左出平越，則（何）得勝據其前，（羅）光明、（藍）三壽襲其後，都難得志。若中出貴定圖麻哈，則（潘）名傑據其前，羅、何左右夾擊，更難得手。數年來賊蹤不常，我軍無可如何」。１12月，潘、何聯軍在貴陽以北黑石頭大敗趙德昌部清軍，進逼貴陽。「附郭一帶，烽火相望，闔城皆驚」。２但貴陽城池堅固，又有重兵防守，起義軍一時難以攻下，潘名傑、何得勝部遂時分時合，活動於城周各地。其後雖數次攻城，終未能下。
在此期間，號軍活動地區逐漸擴大，除黃號何得勝部在貴陽附近活動外，白號勢力發展到遵義、大定（治今大方）二府的廣大地區。1864年和1865年，先後攻下桐梓、仁懷、黔西、大定、正安等城，整個黔北地區都成為號軍的勢力範圍。
（三）黔西南回民軍和黔西北苗民軍的節節勝利
1858年12月，黔西南普安廳（治今盤縣）回民在張凌翔、馬河圖等領導下起義，後隊伍迅速壯大，並粉碎了興義府（治今安龍）署知府胡霖澍的多次進攻。興義府的回、漢、布依、苗等族群眾紛紛起義響應。
1859年秋，張凌翔聯絡張福田（回族）、塗令恆（漢族）、陸王松（布依族）、楊樹森（苗族）等部起義軍圍攻新城（今興仁），並設伏全殲前往救援的團練。困守新城的清軍聞援兵潰敗，加之糧餉匱乏，水道又被起義軍截斷，軍心離散。11月28日夜，清軍兵練開城取水，埋伏在城下的起義軍乘機攻入城中，佔據新城。
新城三面環山，形勢險要，為黔西南的軍事要地。張凌翔、馬河圖等便以此為根據地，建立了大元帥府。張凌翔為大元帥，馬河圖為副元帥，總理全局。另設都督、將軍、都統、參軍、中郎將、營長、先鋒、隊長等職。張凌翔、馬河圖一面派人與太平軍和雲南回民起義領袖杜文秀聯繫，一面在新城擴建城垣，修碉挖壕，準備長期堅守。
1860年，太平軍曾廣依部由廣西進入黔西南，牽制了大量清軍兵力，使回民軍得到了較大的發展。1861年，回民軍由新城向周圍清軍發動進攻。4月，攻佔貞豐州城。7月1日，攻入普安縣城，因城中無糧，旋即退出。1862年1月，在苗族群眾的配合下，回民軍攻佔冊亨城。4月，張凌翔率軍攻克興義府城。9月，回民軍再次攻克普安縣城，10月1日攻佔普安廳城，11月15日攻佔安南（今晴隆），11月20日攻佔興義縣城。至此，黔西南興義府和普安廳所屬廣大地區均為回民軍佔領。
當各族起義軍在黔東南、黔北和黔西南各地蓬勃發展的時候，在黔西北也爆發了農民起義。1860年5月，苗族農民陶新春利用一萬四千餘苗、彝、布依族群眾在韭菜坪（今赫章縣境）舉行降仙大會的機會，發動起義。起義軍一舉摧毀三個土司衙門，攻佔黔西北要隘七星關，控制了黔、滇、川三省的交通咽喉。1861年2月，清軍參將李有恆指揮湘軍、滇軍和團勇各一部向七星關進犯。陶新春率苗軍堅守月餘後，主動撤向畢節縣西北的豬拱箐。豬拱箐地處滇黔邊界，地勢險峻，自然條件非常優越。苗軍在此修建房屋，開墾耕地，在險要關隘修築營壘，派兵據守。不久，李有恆從七星關進至豬拱箐東南峰頂山下，多次進攻未逞。同年夏，太平軍曾廣依部經由大定府北上，李有恆聞訊，慌忙回守畢節。陶新春率領起義軍積極配合太平軍圍攻畢節縣城，為太平軍籌集糧食，充當嚮導。李有恆龜縮城內不敢出戰。由於長期未能攻克畢節，加之太平軍翼王石達開已率領大軍到達四川東南，曾廣依決定率部入川與之會合。6月19日，太平軍從畢節撤圍，擬取道黔西、仁懷、桐梓等地前往四川，陶新春便率苗軍和太平軍傷員退回豬拱箐。
1863年，石達開部將李福猷率太平軍經過黔西北，陶新春將其迎至豬拱箐休整。在太平軍的幫助下，苗軍整頓了隊伍，逐步建立起各種制度，加強了軍事訓練，提高了部隊的軍事素質。在鬥爭中，苗軍的領導核心逐步形成，陶新春自任統兵元帥，周國瑞（漢族，太平軍成員）、基哉先生（彝族）為軍師，陶三春、楊應再、熊萬順、楊八、張項七、張項八（均為苗挨）、羅大（布依族）等人為將軍，顧朝禮為經略，此外還設有掌櫃、宰輔、巨帥、禮師等職。這樣，黔西北苗軍逐漸壯大，豬拱箐根據地日益鞏固起來。
陶新春部苗軍以豬拱箐為根據地，活動於貴州大定、黔西、威寧、畢節以及雲南鎮雄、彝良、大關、昭通和四川邊界地區，與各族起義軍互相配合，不斷打擊清軍。1864年，黔北號軍向貴州西部發展，先占仁懷縣城，11月13日又佔黔西州城。貴西道沈西序令署大定知府劉正朝率軍從大定趕往黔西救援。巖大五領導的苗、彝、布依族聯軍１與黔北號軍乘大定空虛，於12月14日襲佔大定府城。陶新春率部由豬拱箐來到大定府城，與巖大五及號軍領導人共同商定，分區作戰，互相配合。由於陶新春部苗軍與黔北號軍、巖大五部苗軍等密切配合，主動向敵人進攻，清軍往往不戰而潰。
至此，各族人民起義的烽火燃遍了貴州全省，使當地的統治階級處於岌岌可危的境地，清政府也為之憂心如焚。
三、起義軍轉入防禦作戰
（一）清軍的謀黔方略與湘軍三路「進剿」的破產
1864年7月，太平天國天京陷落，全國革命形勢轉入低潮，但杜文秀領導的雲南回民起義和貴州各族人民起義仍在蓬勃發 展。1865年3月，清廷以「江浙肅清，東南底定」，令曾國藩、李鴻章等人就滇、黔兩拾妥為區劃」，「不以地屬邊陲，稍存漠視」。１4月，曾國藩奏稱：「滇省於天下為最遠，黔省於天下為最貧。……謀滇當以蜀為根本，即以籌餉責之四川總督；謀黔當以湘為根本，即以籌餉責之湖南巡撫。蜀之南多與滇鄰，湘之西多與黔鄰，進剿即所以自防，勢有不得已者，義亦不得而辭。惟既令其專謀一方，則不能兼顧他剩」２曾國藩提出的川、湘兩省鎊謀一方，「謀黔當以湘為根本」的方略，得到清廷的認可，但由於這時太平軍餘部還在福建等地活動，湖南當局尚需預防太平軍由福建經江西入湘，暫時還無力大舉援黔。
1866年初，南方的太平軍餘部均遭失敗，清王朝便調集湘、黔、川、滇、桂等省大量清軍，向貴州各族起義軍大舉進攻。早在1865年，四川總督駱秉章即派劉岳昭率湘軍六千五百人援黔，先後攻佔了正安州城和綏陽縣城。1866年初，清王朝一面令已升任雲南巡撫的劉岳昭率湘軍向黔西、大定、畢節一帶進攻，一面令湖南巡撫李瀚章籌劃進黔事宜。李瀚章系曾國藩的老部下，李鴻章的胞兄，與湘軍的淵源甚深。湘軍攻陷金陵後，大批被裁撤的湘軍官兵回到原籍，李瀚章從中選練兵將二萬餘人，分三路向貴州「進剿」：新授貴州布政使兆琛昂責黔東軍事，於湖南辰州府（治今沅陵）、沅州府（治今芷江）招集舊部五千人，編為「龍武軍」十營，進駐貴州鎮遠，督同貴州黔軍與湘軍分途「進剿」，是為中路；已革浙江按察使、原湘軍統領李元度與總兵王永章、候選知縣李光燎等率兵六千人，由湘西麻陽（今麻陽西南）進駐貴州銅仁，向號軍進攻，是為北路；總兵周洪印原率二十營湘軍計萬餘人防守湘黔邊界，待李元度等進至銅仁後，即由天柱直趨清江、台拱，與中路湘軍成犄角之勢，合攻黔東南苗軍，是為南路。
面對清軍的進攻，苗、號等起義軍互相支援配合，利用當地山深林密的自然條件，節節阻擊，遲滯和打擊敵人。雖然起義軍處於防禦地位，但黔東南苗軍采勸深入疾歸」的戰法，插入湘西敵後，襲擾湘軍後方，牽制敵人，配合了號軍等起義軍的鬥爭，終於粉碎了敵人妄圖一舉消滅黔北號軍和黔東南苗軍的陰謀。
1866年夏，李元度等率部自銅仁向號軍根據地分進：李元度、王建章出印江大壩嘗何家寨攻大小屯，李光燎自石阡西攻荊竹園。號軍在思南南八十里的高家田進行防禦。由於大小屯號軍首領投敵，形勢突然逆轉，高家田號軍被迫撤退，荊竹園便暴露在敵軍面前。為了救援號軍，包大度等率領一支苗軍由鎮遠進至銅仁，於12月1日猛攻府城，迫使北路湘軍回援。當敵軍迫近時，苗軍迅速撤離銅仁，轉向湘西。1867年1月，苗軍由湘西回到銅仁，在離府城二十里的馬腳巖擊潰湘軍羅建章部，斃參將周洪福，迫使李元度等再次回援。由於苗軍的支援和配合，號軍頂住了敵人的攻勢，守住了荊竹園根據地。
在北路湘軍向號軍進攻的同時，兆琛率中路湘軍由玉屏、青溪沿鎮陽江西進，總兵周洪印率南路湘軍由天柱西進，向黔東南苗軍發起進攻。苗軍依托險要地勢節節抗擊，並派兵襲擊湘軍後方糧路和駐地。湘軍進展緩慢，遲至1866年11月，周洪印部才進至邛水（今三穗）以西的下德明、橫坡地區，企圖與兆琛部聯絡一氣，共同向台拱地區進攻。12月，苗軍以四五千人猛攻龍西坡湘軍軍營，並由高寨繞出敵後，逕撲邛水城垣。另一部苗軍六七千人深入湘軍後方玉屏縣，攻擊洋坪湘軍營地，然後進入湖南，逼近湘西晃州廳（今新晃東北）城，後又直薄沅州府城下，迫使天柱地區的湘軍李金榜部回師湘西。1867年2月，清江、台拱地區苗軍向東南方向出擊，攻克了錦屏縣城，威脅南路湘軍的後方，周洪印急忙回軍湘西。
兆琚李元度、周洪印等部湘軍三路入黔作戰，不僅未能消滅號軍、苗軍，反而招來了苗軍經常東進湘西，襲擾湘軍後方，使湖南籍和在湖南的官吏大為不滿。1867年11月，清政府給予兆璋先行開缺，交部議處」、周洪影降為參將」、李元度「降為二品頂戴」的處分，宣告了湘軍三路「進剿」計劃的破產。
（二）豬拱箐保衛戰與黔西北苗軍的失敗
1866年4月，清王朝令貴州當局厚集兵練，與新任雲南布政使岑毓英率領的滇軍約期「會剿」豬拱箐。
豬拱箐包括八座大山，縱橫數十里，三面峭巖絕壁，僅北面稍緩，由青松梁子可登上山頂。其下為吳家屯，附近有二龍關和大溜口兩個要隘，間道可通威寧州海馬姑（今屬赫章縣境）。海馬姑距豬拱箐八十里，地勢險峻，七星河環繞其下，是苗民起義軍的另一個重要據點，與豬拱箐互為犄角。為對付清軍的進攻，陶新春領導的苗民起義軍一面收縮兵力，一面在根據地內添築營壘，扼守要隘。附近地區的其它起義軍，如號軍何大五部，苗軍巖大五、祝萬春、何玉堂等部都派兵支援豬拱箐和海馬姑。
1867年春，岑毓英由雲南鎮雄州到達貴州畢節，隨即督軍進攻黔西北苗軍根據地。他派一部兵力牽制海馬姑的苗軍，截斷豬拱箐的外援，以主力進攻豬拱箐。3月下旬，滇軍攻佔吳家屯，然後兩面夾擊，奪佔了二龍關和大溜口等要隘，迫使苗軍退回山頂堅守。其後，滇軍在豬拱箐半山腰紮營，準備向山頂苗軍發動總攻。雲南巡撫劉岳昭一面指揮所率湘軍進攻平遠州（治今織金）牛場苗軍，以斷絕豬拱箐苗軍外援，一面將軍火糧餉源源不斷地運往滇軍陣地，並將滇軍後隊三千餘人調到豬拱箐前線。岑毓英部在豬拱箐苗軍陣地周圍挖掘壕溝，構築木城，修築營壘，連營一百七十二座，把起義軍陣地重重包圍。岑毓英為徹底孤立豬拱箐苗軍，派總兵王丕烈會同貴州地主武裝向紅巖尖山進犯。王丕烈驅使土目偽裝苗軍援軍，混入起義軍陣地，與清軍裡應外合，於6月21日佔領了紅巖尖山。從此，海馬姑與豬拱箐的聯繫被敵切斷。
苗軍與清軍對峙數月之久，軍火、糧食極度缺乏，形勢日趨危急。更為嚴重的是，在革命高潮時迫於形勢參加起義的土目，這時大都動搖，紛紛投敵。岑毓英等還根據少數民族「連袂踏歌，此唱彼和，以傳心事」的習俗，編寫瓦解起義軍鬥志的歌詞，讓清軍中的苗、彝族士兵「遍山環歌」，致使起義軍「聞歌而逸去者萬餘人」。１
7月20日晨，清軍利用起義軍哨兵輪換吃飯之際，發動總攻。潛伏在起義軍內部的投敵分子「導官兵自其守處入」，清軍大隊束草填壕，攻入起義軍陣地。經過激烈戰鬥，陶新春率領起義軍餘部退到山頂繼續抗擊。中午，清軍發射火箭，焚燒山頂的房屋和棚帳。起義軍和敵人展開最後的肉搏戰，許多人壯烈犧牲，陶新春、熊萬順、周國瑞等人力盡被俘遇害，豬拱箐苗軍根據地終於陷入敵手。8月16日，海馬姑也被滇軍和貴州兵練攻佔。苗軍首領張項七犧牲，陶三春在突圍中被俘。
由於豬拱箐保衛戰的失敗，苗軍隊伍大部喪失，黔西北農民起義基本上被鎮壓下去了。
（三）黔北號軍的失敗
湘軍三路援黔失敗後，清王朝對貴州的用兵方略發生了某些變化。1867年秋，太常寺卿石贊清以「貴州全省糜爛，萬難自強」，乃上書清廷，提出了「料理黔事，心須川楚合力」的主張。對雲南、貴州兩省，他認為應「先黔後滇」，「黔省肅清，然後移得勝之師料理滇事」。他分析了黔北號軍和黔東南苗軍的情形，認為苗軍「多坐守巢穴，攻之似易而實難」，號軍「飄忽游移，擊之似難而實易」，故建議集中湖南、四川、貴州三省兵力，先攻號軍，再攻苗軍。１雖然石贊清的建議為清廷所否定，但他的基本觀點卻為不少人所接受。因為貴州各民族起義軍經常進入四川，危及四川當局的利益，所以四川總督駱秉章早就有「滇事似宜緩圖，而黔寇亟應剿辦」２的意見，並派遣湘軍將領劉岳昭等率兵援黔。1867年，駱秉章又奏請以候補知府唐炯率川軍援黔。接著，署四川總督崇實奏請由唐炯督辦援黔軍務，令其先與湘軍併力進攻荊竹園，再攻玉華山、尚大坪，認為「號匪既平，苗賊亦必斂而歸巢」３。1867年11月，清政府令席寶田代替被免職的兆琛總理湖南援黔軍務（席寶田首先向荊竹園的號軍進攻）。這樣，清政府事實上承認並實行了「川楚合力」、「先黔後滇」、先號後苗的方略。
1868年1月初，席寶田率湘軍到達貴州銅仁，以一部留防湘黔邊界，自率七千餘人馳赴荊竹園。1月17日，席寶田與李元度兩部湘軍會師於三道水（距荊竹園僅八里），隨即察看地形，研究進攻計劃。荊竹園西臨大河，東、南石壁陡立，唯有北面地勢稍平，但黃號軍防守嚴密。席寶田決定以步步為營的戰術，指揮湘軍從北面交替前進。湘軍營壘距號軍營卡最近的僅數百步。號軍多次出卡反擊，在湘軍洋槍洋炮的轟擊下，傷亡很大。27日夜，湘軍憑借火力優勢，席寶田部攻北卡，李元度部攻東卡，於第二天黎明衝進荊竹園寨卡。號軍頑強抵抗，戰鬥異常激烈。黃號軍首領肖繼盛、何瑞堂等犧牲，僅有二三千人突圍轉移到羅家巖。湘軍隨即攻佔羅家巖，守寨號軍傷亡殆荊
2月，席寶田部攻陷轎頂山，黃號興明王石廷士、大元帥馬文祖被俘，慘遭殺害。不久，因苗軍攻入湘西沅州，威脅湘軍後方，席寶田被迫回軍湘西，轎頂山復為號軍佔領。
與此同時，李元度部湘軍向烏江西岸的白號軍進攻，並在軍事進攻的同時，大搞招降活動。由於軍事上接連失利，一部分號軍領導人發生動搖，接受招撫，這就加速了白號軍的失敗，使湘軍逐漸攻佔了偏刀水的外圍據點。3月24日，湘軍先向距偏刀水僅四里的覺林寺進攻，遭到號軍英勇反擊，遂用劈山炮猛轟。這時，早已投敵的孫洪順從裡面接應配合，湘軍乘勢奪卡，攻入號軍營壘。稱為嗣統皇帝的號軍領袖朱明月突圍後被俘。4月初，四川候補知府唐炯和總兵劉鶴齡率川軍相繼到達偏刀水，佔據西、南兩面。唐炯、李元度一面派軍隊截擊來援的黃號軍，一面乘虛攻佔了黃號軍的重要據點水源溝等地。清軍將偏刀水周圍的神仙峰、黃家寨、朱村、拖尾營等堡寨逐次攻佔，並在周圍挖壕塹、樹木柵，派兵晝夜守護，使偏刀水白號軍愈形孤立。號軍奮力堅守，打退川軍、湘軍的多次進攻。清軍以新式後膛開花炮向偏刀水轟擊，號軍傷亡漸多。唐炯又派叛徒龐向忠潛往偏刀水號軍內部誘降。5月26日，川軍、湘軍會攻偏刀水，秘密投敵的號軍首領向成高暗中打開寨門。在裡應外合、內外夾攻之下，偏刀水終於失陷。白號軍首領——寄信王田應武、黔陽王何繼述、元帥何發喜、軍師老教主王禮廷、李長俊等被俘遇害，號軍戰士七八千人被剃髮遣散。偏刀水失陷，標誌著白號起義軍基本失敗，並使黃號軍陷於孤立。
川軍繼續向餘慶轎頂山、甕安玉華山、平越尚大坪等地的黃號軍進攻。黃號首領何得勝已於上年10月病死，何妻黎氏統其眾，由進攻轉為防禦，並放棄了與潘名傑苗軍的聯合。之後，譚超凡（光前）在甕安自稱皇帝，與黎氏發生矛盾，導致武裝衝突，自相殘殺，使黃號軍受到極大削弱。貴州巡撫曾璧光令貴州提督張文德進攻龍裡、貴定，牽制潘名傑部苗軍，以便唐炯集中力量進攻號軍。唐炯采勸剿撫兼施」的方針，將部分投降的號軍編入總兵劉鶴齡軍中，令其引導川軍前進；策動譚超凡暗約五十九寨黃號軍向川軍投降，作為內應；根據降眾提供的有關黃號佔領區的地形和叛徒的獻計，制定攻擊玉華山、轎頂山和孤立尚大坪的作戰方案。7月27日，三路川軍同時渡過清水江（烏江支流）。左路鄧錡率兵一千五百人和五百降眾，從袁家渡渡河，譚超凡率已降清的五十九寨號軍與川軍配合，於8月7日佔領甕安縣城。8日，川軍向大轎頂山進攻，號軍降眾從中縱火內應。黃號軍首領石士貴、張義方陣亡，大轎頂山為川軍佔領。右路總兵唐大有從龍坑渡河，在號軍叛徒配合下，於8月7日夜奪佔小轎頂山，黃號首領何雙富等被俘。中路總兵劉鶴齡從江界河渡河，8月6日夜襲占長安營，逼玉華山而壘。在叛眾的煽惑下，黃號軍軍心渙散，紛紛出降。川軍乘勢攀籐附葛上山，黃號軍文定王陳紹虞乞降，並將拒不投降的王超凡捆獻清軍，致使玉華山陷入敵手。至此，餘慶、開州、甕安等州縣全部為川軍控制。
川軍攻佔大小轎頂山、玉華山後，便合兵會攻尚大坪。唐炯繼續採用「剿撫兼施」的方針，將玉華山降眾留強汰弱，編為五營。8月14日，唐大有部川軍和降眾抵達大阪，控扼尚大坪之前，唐炯、劉鶴齡列營於左右。這時，黔軍參將唐天祐部也已渡過清水江，攻佔王卡，切斷了尚大坪的後路。於是尚大坪號軍處於川軍、黔軍四面包圍之中。15日夜，川軍冒雨襲占巖門關、平果兩處要隘，逼尚大坪而壘，並發動政治攻勢。8月16日，何黎氏等率號軍及太平軍數千人投降清軍。劉義順和秦崽崽等數十人由小道突圍被俘，後在成都慘遭殺害。
號軍最後一個根據地尚大坪的陷落，標誌著堅持了十四年之久的號軍起義的最後失敗。
（四）湘、川、黔軍三路進攻黔東南苗軍
1867年豬拱箐陷落和黔西北苗民起義的失敗，1868年荊竹園失陷和黔北號軍起義的失敗，使貴州各民族起義軍與清軍的力量對比發生了巨大變化，起義戰爭轉入了低潮，黔東南、黔西南等地的起義軍面臨著更為艱苦的防禦作戰任務。
1868年5月，席寶田由湘西沅州還軍貴州邛水，於5月19日圍攻邛水西南的苗軍重要據點寨頭。「該處地當山半，三面劈削，一面下臨深澗，堅壘重壕，層層環互」１，形勢極為險要。苗軍守將甘保玉親率苗軍主力堅守在前哨陣地釘耙塘。湘軍從正面進攻，傷亡慘重。席寶田便改變戰術，一面從正面佯攻，一面派部隊抄至寨頭側後，從高處襲擊苗軍。苗軍腹背受敵，甘保玉不幸犧牲，寨頭終於失守。其後張秀眉、包大度等率苗軍數次反攻寨頭，均未奏效。後由於席寶田請假返回湖南，湘軍便以酷暑為理由，暫停向苗區進攻。
唐炯在攻佔尚大坪黃號根據地後，即率川軍南下，進攻苗軍。8月25日，川軍與黔軍參將唐天祐部攻陷平越州城，11月3日攻陷麻哈州城。唐炯利用號軍叛徒陳紹虞等，由平越以東沿重安江東進，會合川軍總兵劉鶴齡部，於11月28日佔領黃平舊州城，12月7日占新州城。
貴州巡撫曾璧光則遣提督張文德率黔軍由貴陽東進，連陷龍裡、貴定，威逼都勻。都勻地區苗軍首領潘名傑投降。餘部在楊開國領導下繼續戰鬥，終因寡不敵眾，於11月27日撤離都勻。
同年11月初，席寶田又由湖南回到寨頭湘軍大營，繼續向苗軍進攻。處於清軍包圍之中的苗軍，一面依托險要山勢節節抵抗，一面派兵繞襲敵後。一部苗軍進攻邛水東北的青溪、玉屏，並進入湖南，另一部攻擊被湘軍佔領的荊竹園和上河等地，牽制湘軍，使其不能全力進犯苗區。金幹幹也率五千苗軍，輕裝深入川軍後路，襲擊其補給線。席寶田、唐炯均感後路空虛，兵力不足，屢請增兵。
1869年，清政府進一步調兵增援貴州。湖南巡撫劉昆遣記名按察使黃潤昌、道員鄧子垣率萬餘湘軍入黔。1月初，黃潤昌進抵貴州青溪。席寶田令黃潤昌沿鎮陽江西進，令記名提督榮維善由寨頭北上，夾攻鎮遠。3月10日，湘軍攻佔鎮遠府衛兩城。其後，黃潤昌率軍西攻施秉，榮維善則率軍南下，與沿清水江西進的李光燎、戈鑒部會合，於4月9日攻佔清江廳城。接著，席寶田命榮維善由清江、彭芝亮由石阡，分率所部赴鎮遠，與黃潤昌部會合。4月30日，黃潤昌、榮維善、彭芝亮等部湘軍攻佔施秉縣城，苗軍向西撤退。
（五）黃飄大捷
湘軍攻佔施秉後，為了迅速打通驛道，並與業已佔據黃平、重安、清平等地的川軍會合，便乘勝向黃平前進。1869年5月1日和2日，由黃潤昌、榮維善、鄧子垣等率領的湘軍一萬八千餘人佔領苗軍重要據點白洗寨（施秉南二十餘里）和甕谷隴（黃平東南四十餘里）。甕谷隴至黃平，中有黃飄（黃平東南二十里）等苗寨，地勢奇險，僅有羊腸小道可以通行。當時有人提議停止攻擊，但黃潤昌、榮維善等因勝而驕，認為「功在指顧」，「若捨之而去，則驛路仍被梗阻，計不如乘勝追之」１。5月3日，湘軍以榮維善為前隊，總兵張宜道為二隊，總兵蘇元春為三隊，鄧子垣為四隊，黃潤昌為後隊，由甕谷隴出發，沿山路魚貫而行。
盡避由於湘、川、黔軍節節進逼，苗軍遭受的威脅越來越大，但他們仍然保持著頑強的戰鬥意志。苗軍首領張秀眉令部將包大度率軍萬餘人，在黃飄一帶山上設伏，而以小部隊前出誘敵。當湘軍進入伏擊區時，苗軍突起，前阻後截，「山上木石如雨」。湘軍爭相逃命，但因道路狹窄，入馬擁擠，亂作一團，自相踐踏，死傷甚眾。苗軍趁勢由山上衝下，喊殺之聲響徹山谷。黃潤昌為「飛炮」擊中頭部，頓時斃命。鄧子垣企圖救護，也被苗軍亂刀砍死。榮維善率親兵二百餘人衝出包圍圈，沿山東逃，又為苗軍包圍，全部被殲。
黃飄一戰，苗軍取得了輝煌的戰果，湘軍主力榮維善、黃潤昌、鄧子垣部大部被殲，僅蘇元春率數千殘兵逃出重圍。
黃飄大捷之後不久，苗軍又取得了重創黔軍的巨大勝利。1869年5月初，貴州提督張文德指揮黔軍三四千人分五路從都勻向八寨進犯。苗軍奮起阻擊進犯之敵，並由金幹幹率軍數千人，繞至平口、吳秀等地，從側後襲擊敵人，阻截敵人糧道。黔軍腹背受敵，到達八寨以西四十里的雞賈河一帶時，已無法前進。由於從貴定、獨山等地轉運的糧食，多在途中被苗軍截獲，軍中無糧，先則殺馬為食，繼則以草根樹皮充飢，士無鬥志，紛紛潰逃。7月中旬，張文德迫於形勢，率部向獨山轉移。苗軍早在樓山口埋伏重兵，當黔軍從高寨坡登上樓山口時，伏兵突起，黔軍頓時亂作一團，總兵馬永勝、副將何遇春等當場斃命，兵勇死傷枕藉，三四千人全行潰滅。張文德僅帶親兵二十餘人徒步經獨山逃回省城貴陽。苗軍乘勝於7月19日收復都勻府城。
當時的形勢對苗軍極為有利，如果各部力量團結一致，乘勝向敵人進攻，是有可能進一步變被動為主動的。可惜苗軍滿足於已有的勝利，除了有限的幾次小辨模的軍事行動外，無所作為，從而失去了繼續殲敵的良機，給了敵人以休整恢復的時間。
四、起義戰爭的最後失敗
（一）湘、川軍繼續向苗軍進攻
湘軍黃飄大敗之後，湖南巡撫劉昆極力為席寶田開脫，並從人力物力方面予以大力支援（由湖南增兵萬人，又增設援黔營務處，負責轉運糧餉）。1870年4月上旬，席寶田率新募湘軍回到貴州，進抵鎮遠以南二三十里的塘頭，連同原有在黔湘軍，共三十餘營，隨即部署向施洞口進攻。
施洞口位於清水江南岸，是鎮遠入台拱的要隘。苗軍首領九大白和報南燒率部堅守施洞口，張秀眉和潘老冒也率部前來助守。湘軍佔據清水江北岸的金鐘山，幾次搶渡清水江，都被苗軍擊退。4月15日（三月十五日），是苗族人民一年一度的「吃姊妹飯」節，苗軍放鬆了戒備。席寶田指揮湘軍乘機從上下游暗渡，以一部由正面佯攻，一舉襲佔了苗軍的重要據點施洞口，取得了繼續向清水江南岸苗區進攻的出發地。但是，席寶田決定先攻清水江北岸，以期與川軍會師。5月，湘軍相繼攻佔新城、甕板、蓑衣坡等苗軍據點。6月上旬，又佔領了施秉城南苗軍重要據點白洗和巖門司。
與此同時，唐炯指揮的川軍相繼攻佔了黃飄、白堡、甕谷隴等苗軍堡寨，迫使苗軍數千人退守叫鳥硐。該硐「寬廣三里餘，上下四門曲折相通，中有暗河一道，環護硐門，其內門遍開炮眼，勢極堅險」。１6月10日，川、黔軍各一部聯合發起進攻。苗軍從洞內開槍開炮，大量斃傷敵人。後清軍伐樹木數萬捆，加上硫磺，堆積洞口，乘風縱火。苗軍為煙火熏灼，無法作戰。27日，清軍進入洞內，將五千餘人全部殺害。接著，川軍與湘軍在甕谷隴會師。至此，鎮遠至黃平的驛道被打通了，清水江和重安江以北地區全被清軍控制，苗軍只得退守江南。
清制，客省軍隊的軍餉應由主省暴給，因貴州貧瘠，仍由客省暴給。號軍失敗，苗軍退至清水江以南，已不能直接對四川、湖南造成威脅，兩省的統治者便不願出錢為他省代勞。湖南巡撫劉昆強調「湖南自援黔以來，歲需餉銀甚巨，積欠已多，湘中近日情形，尚須防維補救，自固根本」２，提出湘軍擬暫緩南圖；在此以前，席寶田以天暑疫作為由，返回湘西沅州，將軍事付與唐本有等。四川總督吳棠提出，全撤川師，以月餉五萬交貴州，由其自辦；接著，唐炯以疫重糧竭為由，率川軍撤至平越、甕安一線。清廷不同意停餉撤兵之議，規定客省軍隊仍由客省暴給軍餉，但為了解決糧餉困難，允許裁汰老弱。川軍因此軍心不穩，提督陳希祥部先潰，其它各部繼之。貴州巡撫曾璧光以此彈劾唐炯。清廷令貴州提督周達武（原川軍將領）率領本部馬步勇丁五千九百餘人由川入黔，馳赴本任，唐炯各營分別裁撤，於是貴州與湖南、四川的矛盾暫時解決。
1870年10月，席寶田又指揮湘軍，採取先攻台拱周圍苗軍堡寨，後攻台拱，數路分進，晝夜力攻的辦法，大舉向台拱地區進攻。已有十餘年沒有遭受清朝官兵和地主豪紳壓迫的台拱苗民，為了保衛家園，與敵人展開了殊死的鬥爭。張秀眉、金大五、楊兄洋等，率軍沿途阻擊，節節抵抗。但湘軍用洋槍、洋炮向苗軍堅守的山寨轟擊，給苗軍造成很大傷亡。不久，山丙、凱塘、革夷等據點相繼失守，金大五衝出重圍，楊兄洋被俘犧牲。張秀眉見無險可守，主動退出台拱城。11月17日，台拱為湘軍佔領。
1871年春，清軍繼續向苗軍進攻。貴州提督周達武一面指揮黔軍向苗軍進攻，一面對苗軍首領進行誘降。2月，八寨苗軍首領聞國興（即小播五），為高官厚祿所誘，約同獨山大河苗軍首領唐大煊降清，「自率團眾收復八寨、上江、下江、三腳各城」。１都勻、麻哈、清平、黃平等城亦先後為黔軍攻佔。4月，席寶田指揮湘軍攻陷丹江廳城，5月，佔領苗軍的最後一座城市凱裡，接著向苗軍佔據的雷公山進逼。苗軍在張秀眉領導下，撤出雷公山，退守丹江、凱裡之間的山區。由於天暑瘴發，湘軍停止用兵，戰爭暫處間歇狀態。
（二）烏鴉坡之戰與苗軍的失敗
1871年秋，清軍繼續向苗軍進攻。11月，湘軍攻佔黃茅嶺各寨，盡得苗軍存糧。張秀眉、楊大六、姜老拉、潘老冒、九大白、包大度、金大五等苗軍將領率苗軍和群眾二十萬人，齊集烏鴉坡。烏鴉坡位於丹江、凱裡邊境，雖然「岡巒環抱，疊隘重關」，形勢險要，但苗軍除此之外，據點盡失，二十萬人據此彈丸之地，不但沒有機動迴旋的餘地，而且糧秣皆缺，形勢極為不利。在這生死存亡的嚴重時刻，以張秀眉為首的廣大苗軍將士，主張就地堅守，與清軍決一死戰。李文彩（原為廣西天地會起義軍首領之一，後投奔石達開）則認為，在此固守，無異於坐以待斃，因而建議「廣集苗船，乘春水漲發，引眾浮清水江東走，逕指洪江，下趨常德，以擾湖南腹地」１。李文彩的方案，沒有被張秀眉接受。
1872年春，湘軍和黔軍分數路向苗軍進逼：湘軍唐本有、謝蘭階部由凱裡南下，攻烏鴉坡西北，龔繼昌、蘇元春部由開懷南下，攻烏鴉坡東南，戈鑒部由烏溜前進，與龔繼昌等部相犄角；黔軍則由漫洞進至舟溪，扼烏鴉坡西南。苗軍扼守牙塘、烏遂、猴子坳、小坳等數十寨。4月19日，清軍發動進攻。苗軍用原始武器與裝備洋槍洋炮的清軍激戰十晝夜，清軍每攻佔一寨，都要付出相當大的代價。4月30日，苗軍各寨先後被敵攻破，各部乘雨夜分頭突圍。張秀眉、楊大六和九大白等率眾由烏堡、冷水溝北走，為清軍衝散。負責斷後的九大白英勇犧牲。張秀眉、楊大六率餘部走雷公山。從5月7日開始，清軍開始搜山。姜老拉首先被俘。張秀眉、楊大六退至烏東山時，僅剩四五百人。在力量極為懸殊的情況下，張秀眉、楊大六仍率苗軍戰士持短刀死戰。後戰敗被俘，於湖南長沙慷慨就義。潘老冒、金大五、李文彩、金幹幹、包大度等亦被清軍俘獲。至此，為時十八年的苗民起義戰爭在湘、川、黔軍的聯合鎮壓下失敗了。
（三）新城之戰與回民軍的失敗
當黔東南苗軍在烏鴉坡等地與湘、黔軍苦戰時，黔西南回民軍也正在興義府城和新城浴血奮戰，反擊滇、黔軍的聯合進攻。
早在1864年10月，興義府代理知府孫清彥等策動駐守興義府城的回民軍都督馬忠叛變。張凌翔、馬河圖聞訊，率軍討伐，馬忠棄城逃跑。後馬忠引導清軍向興義府城反撲，回民軍苦戰失利，張凌翔、馬河圖壯烈犧牲。1866年4月，金萬照、張定中等設計殺馬忠於新城，並再克興義府城。張、馬犧牲後，起義軍失去了核心領導，金萬照名為經略大臣，總理全局，但實際上各不相屬，力量逐漸衰弱。當時清軍主要兵力用於鎮壓號軍和苗軍，對黔西南回民軍暫取守勢，因此，兩軍處於相持狀態。但是，清軍加強了對回民軍的分化瓦解，有的起義軍將領思想動搖，與敵人暗中勾搭。
1871年11月，原駐守盤江北岸的安義鎮總兵何世華率領七營黔軍，越過盤江上的鐵索橋，向回民軍進攻。早已暗通清軍的譚五受和楊九（楊樹森）公開投敵，何世華部順利地佔領了安南縣城，不久進至貞豐州城下。12月19日夜，清軍四面逼攻，守城的回民軍和巖大五部苗軍經激烈巷戰後退出貞豐州城。撤退途中，巖大五被俘，英勇就義。之後，何世華指揮黔軍和團練向佔據興義府城和新城的回民起義軍進攻。起義軍頑強抵抗，何世華久攻不下，請求增兵。貴州巡撫派記名道吳德溥、總兵文德盛率黔軍赴援；雲貴總督劉岳昭和雲南巡撫岑毓英派雲南鹽法道沈壽榕、總兵吳奇忠（即吳元彪）等率滇軍入黔，與黔軍「會剿」起義軍。
1872年3月，吳德溥至普安廳，即通知何世華以一部兵力牽制新城回民軍，集中力量先攻興義府。何世華派部佔據興義府城北萬壽山。4月，吳奇忠率滇軍趕至興義府，紮營於城南銅鼓山，隨即與黔軍合力攻城。張福祿、張福蔭率回民軍在城內堅守，並伺機出去，屢敗清軍。5月19日，清軍挖地道炸塌城牆數丈，起義軍用事先準備好的木石迅速堵住缺口。清軍進攻失敗，遂施用離間計，使中郎將馬宗連等人互相猜忌，並暗中向敵人投降。5月31日夜，在馬宗連等的內應下，清軍攻入城內。回民軍二千四百餘人戰死，張福祿、張福蔭投水自盡，興義府城為清軍佔領。
興義府城失陷後，滇軍、黔軍和團練集中力量向回民軍佔據的最後一座城市新城進攻。回民軍對新城曾花大力經營，使它成為一個城堅糧足的據點；但另一方面，卻忽視了城市外圍據點的建設。對於敵人的進攻，回民軍採取了單純守城的方針。新城城池高深堅固，回民軍在四周險要之處皆修有石碉，各碉之間均有交通壕相通。回民軍白天堅守石碉，夜間則主動出擊。1872年4月，吳德溥率所部黔軍至新城。同年5月黔東南苗軍失敗後，貴州提督周達武令原鎮壓苗軍的黔軍除以一萬五千人留守外，全部調赴新城前線，歸何世華、鍾開蘭統領（合計二十營）。不久，滇軍亦從興義府城趕來。清軍兵力不斷增加，攻城卻毫無進展，不得不採用吳德溥軍中英國人麥根之策，沿城掘長壕以作久困之計。回民軍被圍城中，外援斷絕，處境十分困難，但在經略大臣金萬照的領導下，仍英勇作戰，使清軍「動輒受創」。
1872年10月底，貴州提督周達武抵達新城前線。他認為盡避滇、黔軍多達數十營，團練數萬人，但強攻傷亡太大，「以彈丸黑子之地，至擲萬眾之命以爭之，亦殊得不償失」，乃下令進行「招撫」。１他一面讓黔軍打出「貴州提督周達武」的旗幟向回民軍示威，一面派間諜潛入城內，誘降了一貫動搖的回軍首領張定中。11月5日，張定中將金萬照騙出城外，讓清軍捉獲，然後回到城中，命令起義軍放下武器。清軍隨即入城，將起義軍將士及其家屬殘酷地加以殺害。金萬照被囚送貴陽，英勇就義。至此，黔西南的回民軍也最後失敗了。
黔西南回民起義被鎮壓以後，貴州各族人民的反清鬥爭並沒有停止，但就全省範圍而言，較大規模的起義戰爭至1872年底即基本上結束了。這次戰爭歷時十九年，由漢、苗、布依、侗、水、回、彝、瑤、仡佬等各族人民組成的數十支起義軍，攻城略地，縱橫馳騁在貴州高原上，不但控制了廣大的村寨，而且先後攻陷府、廳、州、縣城五十餘座，搗毀反動政權機構，懲辦貪官污吏。在湘、桂、滇、川、黔五省軍隊的聯合鎮壓下，貴州各族人民起義戰爭雖然失敗了，但它沉重打擊了清王朝及其在貴州的封建統治，在中國近代史上的影響和意義是相當深遠的。