一、起義的爆發與發展
（一）陝西回民起義
繼雲南回民起義之後，在太平天國革命和捻軍起義的影響下，1862年（同治元年）在我國西北的陝甘等地爆發了以回族人民為主的各族人民武裝起義。這次起義的烽火遍及陝西、甘肅的大部地區，時間長達十二年之久，成為以太平天國革命運動為標誌的全國轟轟烈烈的反清革命洪流的一個組成部分。
1853年太平天國定都南京以後，長江中下游各省大部為太平軍所控制。清王朝為籌集浩繁的軍費，鎮壓太平天國及其影響下的各族人民起義，加緊了對包括西北地區在內的尚未遭受戰爭破壞的所謂「完善之區」的搜括。陝西除每月向京師解餉銀數萬兩外，還要協濟用兵各省的大量軍餉。這些負擔全部落到了陝西各族人民的頭上。隨著協餉的加重，正稅不夠供給，苛捐雜稅相繼繁興。貪官污吏乘機敲搾勒索，草菅人命。在殘酷的剝削和壓迫下，人民群眾無以為生，被迫「聚眾抗官」。 1861年，靠近省城西安的臨潼就發生過楊生華「聚眾抗糧」的鬥爭。
回族人民不但遭受沉重的封建剝削，而且還遭受殘酷的民族壓迫。陝西是回民比較集中的地區之一（主要分佈在涇水和渭水流域），全省回族人口約百萬。在歷史上，回漢等族勞動人民雜居，雖然宗教信仰和風俗習慣不同，但都處在被剝削被壓迫的地位，因而在共同勞動和反對封建剝削壓迫的鬥爭中，保持著較好的關係。可是，清朝統治階級為鞏固其封建統治，實行反動的民族政策，極力破壞回漢人民的團結。他們一方面籠絡回漢地主階級和其他民族的上層分子，另方面極力挑撥各民族間的關係，以達到分而治之的目的。由於採取所謂「護漢抑回」、「以漢制回」的政策，回族人民政治地位低下，備受歧視和侮辱。在經濟上，不但回族勞動人民要受殘酷的封建剝削，回族地主、工商業者也因與漢族地主、工商業者爭奪土地和市場而受到排擠打擊，彼此矛盾很大。統治者有意製造和擴大矛盾，誘使漢人中的地主豪紳分子欺壓回人。回民告之於官，官府偏袒漢民，「凡爭訟鬥毆，無論曲直，皆抑壓回民」１。這樣，在回民中逐漸形成一種仇視漢人的心理。回人積怨既久，起而仇殺漢人，清朝統治者便借口保護漢人，動兵殺戮回人。其結果，回漢兩族人民往往認識不到他們共同的敵人是清朝統治者，而在兩個兄弟民族之間埋下了不和的種子，「日積月長，仇恨滋深」，以致演成回漢械鬥和仇殺事件。
由於原駐陝西的清軍多調赴外省與太平軍、捻軍作戰，為了防止人民的反抗，陝西當局命令各州縣大力興辦團練。這些地方武裝一般都掌握在漢族地主階級手裡，成為他們鎮壓人民的反動工具。督辦陝西團練大臣張芾，就是涇陽的大地主，做過江西巡撫，因在九江鎮壓太平軍失敗被革職留任，1861年回省守制。他是一個大漢族主義者，極力主張鎮壓回民，這時便用團練來殺害回民群眾。1862年5月，進入陝西的太平軍扶王陳得才部聯合捻軍直逼西安，藍朝柱起義軍也已由四川進入漢中，全陝震動。陝西巡撫瑛棨和團練大臣張芾慌忙調集各地團練往南山堵御太平軍；同時，加緊了對回民的迫害。
太平軍入陝，給正處於水深火熱之中的回民群眾帶來了希望。當年5月，訓導趙權中所屬團練中的數百名回勇，不願和太平軍作戰，殺死帶隊的惡霸地主趙炳坤，散歸家鄉渭南。途中，部分回勇因砍購竹竿與漢人發生爭執，被當地團練打死二人。回勇赴華州（今華縣）控訴。知州濮垚竟然說：「爾回子與長毛（按：指太平軍）勾通謀反，打死一回，即少一賊。」１回勇無奈，避居城外秦家村。不久，華州、華陰團練近萬人突然將秦家村及附近回民村莊搶劫一空，又四處散發「陝西不留回民，天意滅回」的傳帖。渭南、大荔、耀州（今耀縣）、富平、同官（今銅川市西北）、高陵等地團練亦紛紛傚尤，大殺回民。在生死存亡的關頭，華州回民首先起義，渭河兩岸的回民爭相響應，未經旬日，各處回民俱行激變。從此，聲勢浩大的陝西回民起義迅速發展起來。
任武、赫明堂是領導渭南、華州、同州（今大荔）一帶回民起義的著名人物。他們曾參加過雲南回民起義，事敗後逃匿渭南倉頭鎮，秘造武器，待機再起。在這次起義中，他們發動回民群眾，殺死訓導趙權中等。渭南胥吏洪興還派人到西安東南太平軍駐地尹家衛聯繫，引導太平軍先後攻下渭南城和華州城。後太平軍因回救廬州，很快離陝東征，回民軍繼續堅持鬥爭，打擊地主武裝。
面對迅速發展的回民起義，以巡撫瑛棨為首的陝西文武官員驚恐萬狀，不知所措，「籌剿無兵」，「不能不暫行撫慰」２，派遣官紳分赴各地「安撫」。6月4日，張芾等在臨潼油坊街和回民談判時，無理要求交出任武。回民甚為氣憤，將他押往倉頭鎮，於6月9日處死。這一行動，沉重打擊了陝省當局的「招撫」陰謀，顯示出回民群眾與清統治者鬥爭到底的決心。
同州府地區回民起義軍主要以大荔的王閣村、羌白鎮和渭南的倉頭鎮為據點，向清軍展開進攻。6月17日至25日，起義軍圍攻同州城九晝夜不克，遂撤圍西進。29日，各地回民軍聯合逼攻西安，次日即攻佔城西金勝寺，殲滅大批團練。7月21日，起義軍又攻佔團練的根據地、距西安僅二十里的六村堡。從此，西安附近的團練武裝精稅皆盡，守城清軍（陝西提督孔廣順所部三千餘人）更形孤立。
回民起義的烽火迅速遍及八百里秦川，起義隊伍擴大至二十餘萬。當時陝西回軍主要首領除任武、洪興、赫明堂外，還有馬正和、馬四元、白彥虎、馬生彥、禹得彥、余彥祿、孫玉寶、二河州等。其中有的是富甲一方的地主、商人和阿訇等上層分子。起義軍的領導權掌握在他們手中，雖然對發動和組織群眾起過一定的作用，但其消極影響也是顯而易見的。起義軍的武器很原始，主要是菜刀、鐮刀、鍘刀等傢俱和農具，再就是用竹竿削制的竹竿槍。像抬槍、火炮之類的火器，開始時為數極少，而且是從敵人手中繳獲來的。
陝西回民起義的迅速發展，嚴重威脅到清王朝在西北的統治。清廷急令荊州將軍多隆阿率軍入陝，可是他正被太平軍牽制 在江淮之間，只得又命直隸提督成明率所謂精銳京兵，從山西馳援。1862年8月25日，成明率京兵和豫勇共五千人由朝邑「進剿」， 在洛水南岸為回民起義軍所敗。成明退至朝邑，豫勇逃往大荔。清廷催欽差大臣勝保率軍入陝。9月上旬，勝保率軍由潼關西進時，就不斷遭到回民起義軍的襲擊。臨潼一戰，傷兵勇千餘人，接著又於斜口鎮（臨潼西南）遭到起義軍的堵截，只得縮回臨潼，後繞道進入西安。當時，西安附近的回民軍集中於咸陽渭河沿岸，以蘇家溝、渭城為根據地，屢敗清軍。11月上旬，勝保「派兵勇及百姓馬步兵共四萬餘人，大戰於蘇家溝，……及與回民戰，望風逃竄，兵馬自相踐踏，死者數萬」１。與此同時，回民軍乘勝保軍集中於西安，東部兵力空虛之機，於同州一帶發動進攻，在敷水鎮（華陰西）生擒署潼關協副將哈連升，奪取其營壘軍械，並進逼澄城、郃陽（今合陽）、朝邑等地。勝保奉命趕回潼關，與新授西安將軍穆騰阿等督軍鎮壓同州一帶起義軍。由於糧道被起義軍切斷，軍食不足，清軍不敢出戰。勝保不得不奏稱：「陝回族類繁多，賊馬過眾，此剿彼竄，東突西馳。臣所部兵勇只有一萬數千人，……非再添兵萬餘不能早就蕩平。」２
清廷以勝保連戰皆敗，將其革職，解京問罪，改授多隆阿為欽差大臣，督辦陝西軍務。1863年1月中，多隆阿率部由河南入陝。當時，回民起義軍正圍攻同州城，突遭多隆阿軍進攻，腹背受敵，被迫撤圍。多隆阿於同州接受關防，連同勝保諸部，共有兵二萬餘人。接著，清軍集中力量進攻回民起義軍的重要據點王閣村和羌白鎮。起義軍採取游擊戰法，不斷襲擊敵軍，並用騎兵截擊清軍運輸線，使其餉械皆缺，進攻受阻。多隆阿一面籌備軍火糧食，一面派人至王閣村「招撫」。起義軍內部組織本來就很鬆散，領導人之間彼此爭權，遇敵「招撫」，矛盾激化，以致相互攻殺，對敵人的進攻卻缺乏應有的準備。在一切準備就緒以後，清軍用突然襲擊的方式，佔領了羌白鎮和王閣村。5月19日，築有堅固防禦工事的另一重要據點倉頭鎮也被清軍攻佔，回軍遭到巨大挫折。
倉頭鎮失守後，陝西東部地區的回民軍向西轉移，集中於涇陽、高陵、咸陽一帶。他們與西安地區回民起義軍互相配合，共同戰鬥。當時，陳得才領導的太平軍已由湖北竹山縣一帶再度攻入陝西，佔領漢中；藍朝柱起義軍也在川陝邊境活動。在這兩支革命力量遙相呼應下，陝西回民軍加緊圍攻西安。甘肅提督馬德昭和陝西提督孔廣順等率兵七千餘人，困守西安，不敢出戰。8月15日，清廷以陝西巡撫瑛棨「但知株守省垣，一籌莫展」１，下令將其革職，由四川布政使劉蓉接任（劉蓉未到任前，由按察使張集馨代理）。9月初，多隆阿到達西安，再次施展「招撫」伎倆，派人到回民起義軍中誘降。瑛棨也利用西安城中的回紳頻繁地在回民軍首領中進行「招撫」活動。孫玉寶等經不起利誘，向敵投降。1863年10月初，多隆阿部向回民軍發動進攻，13日攻佔高陵縣城。接著，多隆阿令新任陝西提督雷正綰部由涇陽渡涇而南，總兵曹克忠部渡渭而北，共同扼守咸陽，阻截回民軍西退；多隆阿自率主力從高陵渡涇，逼近蘇家溝。回民起義軍「自渭達涇，縱橫十餘里，排列旌戟若林，嚴陣以待」。２22日，清軍分兩路發起進攻。起義軍拚死抵禦，終因傷亡甚眾，從蘇家溝和渭城撤退。白彥虎、馬生彥、禹得彥、余彥祿率部向西北經醴泉（今禮泉）、乾州（今乾縣）退至邠州（今彬縣）。其後，一部南下鳳翔，與崔偉領導的當地回民起義軍聯合作戰。未幾，鳳翔、邠州分別為新任甘肅提督陶茂林和總兵曹克忠所部攻佔，回民起義軍大部退至隴東的董志原。其他回民軍也在赫明堂等率領下，經武功、郿縣、鳳翔、隴州（今隴縣）進入甘肅東部地區。從此，陝甘回民起義的中心由陝西轉到甘肅，陝西回民起義鬥爭轉入低潮。
（二）甘肅回民起義
陝西回民起義前後，曾派人前往甘肅，聯絡各地回民，共謀起事。待陝西回民起義發展到陝甘邊境時，甘肅各地回民即紛紛起而響應。在很短時間內，起義就擴展到甘肅全境。1864年初，陝西回民軍陸續進入甘肅，甘肅回民起義的聲勢更加壯大。清統治者驚呼：「現在甘肅之平涼、靜寧、隆德、安定（今定西），省南之鞏昌（今隴西）、秦州（今天水市）、伏羌（今甘谷）、清水，省北之寧夏（今寧夏銀川市）、平羅、靈州（今寧夏靈武）、固原，莫不揭竿而起，蜂屯蟻聚，滋蔓難圖，綿延地方數千里」。１
多隆阿準備由秦度隴，鎮壓甘肅回民起義。他為了解除西征時的後顧之憂，企圖迅速攻下由藍朝柱起義軍固守的陝西盩厔。3月30日，多隆阿在親自指揮攻城時為起義軍擊傷頭部，不久死去。清軍喪失了主帥，不能銳意西進，減輕了對甘肅回民軍和已經進入甘肅的陝西回民軍的壓力。
1864年5月、6月間，清王朝調福建水師提督楊岳斌充任陝甘總督，劉蓉督辦陝西軍務，都興阿督辦甘肅軍務。陝西提督雷正綰幫辦甘肅軍務，率同甘肅提督陶茂林及總兵曹克忠等「專討」甘肅回民軍。同年7月太平天國天京陷落後，清王朝得以把鎮壓太平軍的清軍抽調到西北來鎮壓回民起義軍，以致「甘省一隅之地，而統兵大員專折言事者，已至八員之多」２，兵勇則達七八萬人。但這些統兵將領派系不一，各自為政，意見分歧，且他們深恐與回民軍硬拚，勝敗難保，「不如擊之使走，捷報頻聞，可為幸功邀賞之地」１。所以，清軍雖曾攻陷回民起義軍佔領的固原、鹽茶廳（今寧夏海原）、平涼等地，而起義軍的實力卻未受到大的損失。陝西、甘肅回民軍互相配合，採用避實趨虛、飄忽靡常的游動戰法，仍打了不少勝仗。
9月中旬，雷正綰正率三十營清軍進攻甘肅蓮花城（秦安東北），聞知回民軍再次攻下固原，便「欲急克蓮花城以向固原」２。起義軍利用蓮花城附近山路崎嶇、溝壑縱橫的有利地形，在山溝內埋伏重兵，另以小隊誘敵。待清軍進至包圍圈時，伏兵齊出。清軍亂作一團，千餘人被殲，雷正綰臉部也被刺傷。直至11月上旬，雷部才攻下蓮花城。其後，雷正綰回軍平涼，向固原前進；曹克忠部由蓮花城南下，迫使正在圍攻秦州的回民起義軍撤圍南走；陶茂林部則向西進軍，於12月中旬玫下金縣（今榆中），進入蘭州。
1865年1月中旬，回民軍計取靈台，雷正綰急忙由開城（固原南）回軍東向，奪回靈台。其後，雷部仍北攻固原，直至2月26日方得手。6月，雷部由下馬關（今寧夏同心東）經惠安堡、石溝驛北進，曹克忠部由同心城經寧安堡（今寧夏中寧）折向東北，會攻吳忠堡（今寧夏吳忠）西南的金積堡。回民起義軍在馬化龍領導下，不斷襲擾敵軍。他們阻截清軍運道，並將沿途井泉水窖填塞。清軍在金積堡南面十五里的強家沙窩等地被阻將及半月，吃喝艱難，為擺脫困境，乃於7月24日發起進攻；在攻佔了回民起義軍的幾座堡壘以後，因所獲無幾，士氣更加低落。29日，曹、雷兩部從東西兩面進攻，回民軍以一部兵力從正面阻擊敵人，另以萬餘馬隊從十里外繞至敵後。清軍腹背受敵，軍心動搖，狼狽逃竄。回民軍乘勝追擊，斃敵三四千人，並繳獲大批軍需器械。雷正綰腿中炮彈，曹克忠坐騎受傷，分別率殘部退至預望城（今寧夏同心東南）和鹽茶廳。
除了回民起義軍外，當時在陝甘兩省還有兩種反清力量：一是饑民武裝，如董福祥、高萬鎰、李雙良等領導數十萬饑民武裝活動於甘肅慶陽府和陝西延安府、鄜州等地，張貴領導的饑民武裝也眾達二十八營之多，在甘肅東部的會寧、靜寧、通渭、秦安一帶同清軍作戰。一是嘩變的清兵，如陶茂林部、雷正綰部以及蘭州的督標兵等都曾發生嘩變。饑民武裝和嘩變的清兵隊伍，不僅間接地配合和支援了回民軍的反清鬥爭，有的還和起義軍有某種形式的聯合，共同打擊清軍。
甘肅回民起義在不斷發展的過程中，逐漸形成了四個反清鬥爭中心：一個是馬化龍領導的以金積堡為中心，包括寧夏府和隴東在內的起義地區；一個是馬占鰲領導的以河州為中心的回、撒拉、東鄉族起義地區；一個是先後由馬文義、馬桂源和馬本源領導的以西寧為中心的起義地區；一個是馬文祿領導的以肅州（今酒泉）為中心的起義地區。隴東的董志原，則是陝西回民軍的根據地。回民起義軍不斷向清軍進攻，使其文報梗塞，糧餉奇絀，省城蘭州處於孤立地位。清王朝在甘肅的統治力量處於風雨飄搖之中，以致陝甘總督楊岳斌在奏折中哀歎：「現在河狄之賊擾於南，平固之賊擾於東，寧靈之賊擾於北，涼肅之賊擾於西，幾於剿不勝剿，防不勝防。臣若株守省垣，則饑軍終虞坐困；若出省剿辦，則根本時虞動遙外察賦勢，內度兵力，實屬不敷分撥。」１
同年11月，捻軍首領張宗禹按照賴文光「前進甘陝，連結回眾」，以成犄角之勢的戰略思想，率西捻軍三萬餘眾自河南進入陝西華陰、渭南境內。清廷害怕回民軍與西捻軍聯合，急令湘軍援陝。曾國藩派提督劉松山統老湘軍十八營由河南前往。留陝幫辦軍務的前陝西巡撫劉蓉（時喬松年為巡撫），一面奏調防守中衛（今寧夏中衛）的穆圖善部移駐甘陝交界的涇州（今甘肅涇川），防止回捻合勢，一面率三十營清軍從陝西西部的隴州、邠州一帶東下，專力攻捻。1867年1月23日，西捻軍在西安灞橋大敗劉蓉部清軍，取得灞橋大捷後，乘勝包圍西安。在甘肅境內的陝甘回民起義軍為西捻軍入陝及其勝利所鼓舞，也在甘肅發動進攻，六七萬回民軍在慶陽將清軍圍困達一月之久，雷正綰部只得殺騾馬為食。回民軍在甘肅拖住大量清軍，並乘劉蓉率部東下之機，由隴東分數路向陝西進軍。其中張家川回民李得倉領導的一支回民軍，從甘肅華亭進入陝西鳳翔府；另一支回民軍從甘肅寧州（今寧縣）官河鎮進至陝西三水（今旬邑）、淳化、宜君一帶；馬長順等率萬餘回民軍由董志原、慶陽經洛川進到澄城、韓城、郃陽、朝邑一帶。陝北也有回民軍和董福祥等領導的饑民武裝在活動。
回民起義軍由甘肅進入陝西以後，與西捻軍協同作戰，共同打擊清軍。他們為西捻軍作嚮導，並為其購買新式槍炮，從物質上給予幫助。
1867年5月初，回、捻兩軍在同州許莊將尾追其後的劉松山所部老湘軍包圍，給敵人以重大殺傷後，即揮師西向，進逼西安。5月27日，劉松山等率軍趕到，西捻軍與清軍接戰十餘次，終於失利。此後，回民軍與西捻軍雖然各自為戰，但仍時離時合，在一定程度上起到了戰略上相互配合的作用。
二、左宗棠入陝及其作戰部署
由於楊岳斌對鎮壓陝甘回民起義束手無策，清王朝不得不另調閩浙總督左宗棠接任陝甘總督。1867年1月，左宗棠從福州取道江西到達漢口，隨即進行各項準備工作。2月，清廷又授左宗棠為欽差大臣，催其迅速北上，督辦陝甘軍務。
左宗棠深知回民軍和捻軍聯合後更加難以對付，因此，他向清廷進陳方略說：「方今所患者，捻匪回逆耳。以地形論，中原為重，關隴為輕；以平賊論，剿捻宜急，剿回宜緩；以用兵次第論，欲靖西陲，必先清腹地，然後客軍無後顧之憂，餉道免中梗之患。」又說：「進兵陝西，必先清關外之賊，進兵甘肅，必先清陝西之賊，駐兵蘭州，必先清各路之賊，然後餉道常通，師行無梗，得以一意進剿，可免牽掣之虞。」１這個方略的核心是「先捻後回」、「先秦後隴」，關鍵則是「不令捻回合勢」。
7月，左宗棠所部楚軍近二萬人由湖北樊城分三路到達陝西（參見第五章《捻軍起義戰爭》第四節）。按照其「先捻後回」的既定方針，以先期入陝的劉松山所部老湘軍、郭寶昌所部皖軍、劉厚基所部湘軍和新到的高連升部楚軍共二萬一千餘人進攻捻軍，以幫辦劉典所部楚軍和黃鼎所部川軍共八千餘人駐陝甘邊界，對付回民起義軍。其餘楚軍萬餘人，分駐鳳翔、宜君、華州、華陰、渭南、臨潼等地，策應各軍，為「兼討回捻之師」。西捻軍識破了左宗棠的陰謀，迅速跳出包圍圈，在回民軍配合下，向陝北挺進。與此同時，陝甘回民起義軍仍不斷從甘肅進入陝西，與西捻軍共同抗清。
10月至11月間，西捻軍和回民軍取得了連克陝西安塞（今安塞南）、延川、綏德等城的勝利。左宗棠智窮力竭，不得不上奏「自請嚴議」。可是，由於民族和宗教信仰不同等原因，回民起義軍和西捻軍的聯合沒能得到進一步的發展，一直處於「時離時合」的鬆散狀態，既沒有統一的組織形式和集中領導，也沒有共同作戰的長遠計劃。更由於統治階級施行分化離間政策，回民起義軍的領導權又掌握在上層分子手裡，個別回民軍首領利用一部分群眾的狹隘民族主義思想，有意挑起回民軍與西捻軍之間的互相攻殺事件，嚴重地破壞了這兩支起義隊伍的聯合，致使左宗棠「不令捻回合勢」的方略得以逐步實現。同年12月中旬，西捻軍為救援東捻軍，由宜川東面的壺口渡過黃河進入山西，回民起義軍在陝西處於孤軍作戰的不利地位。雖然這時左宗棠率清軍主力入晉追擊西捻軍，陝西清軍大大減少，但由於回民軍股數眾多，互不統屬，未能對清軍實行有效的打擊。在清軍節節進逼下，起義軍轉取守勢，十分被動，以致鄜州、宜君、三水、綏德等地相繼失陷。
1868年11月，左宗棠參加鎮壓西捻軍以後回到西安。他以陝西大局已定，遂加緊進行進軍甘肅的各項準備。
第一，整頓部隊。駐陝清軍，除左宗棠所部楚軍外，還有劉松山的老湘軍、郭寶昌的皖軍、黃鼎的川軍等；駐甘清軍更為龐雜。這些部隊不但待遇差別很大，而且編製很不統一，有的名為一營，實際只有二三百人，有的則多至數倍。為了整齊劃一，左宗棠下令淘汰疲弱，一律按楚軍的編制加以整頓，統歸其指揮。同時，在陝甘就地招募新兵。到1869年時，左宗棠和劉典直接統轄的楚軍就有步隊五十五營、馬隊十五營，共三萬人左右。
第二，誘降饑民武裝。在西捻軍退出陝西、回民起義軍大部轉入甘肅以後，董福祥領導的饑民武裝仍在陝北一帶活動，對清軍威脅很大。董福祥與金積堡和董志原的回民起義軍都有聯繫，是左宗棠進攻甘肅的一大障礙。於是，左宗棠在榆林、綏德、延長各駐一軍，截斷董福祥東渡黃河之路；又派劉松山率部從山西渡過黃河，由綏德西行，直逼董福祥的根據地鎮靖堡（今陝西靖邊南）。劉松山通過收買董福祥的父親董世有，誘使董福祥投降。劉松山收其眾十多萬人，從中挑選精壯，按楚軍編制，編為「董字三營」，由董福祥、張俊和李雙梁各帶一營。董福祥的投降，不僅使回民起義軍失去了一支同盟軍，並直接威脅到金積堡和董志原的安全。以後左宗棠正是利用董福祥的「董字三營」為前驅，進攻金積堡、西寧和肅州等地的回民起義軍。
第三，佔據董志原。董志原在甘肅寧州境內的馬蓮河西岸，縱約一百五十里，橫約二百八十里。這裡自然條件優越，「地平曠饒沃，可耕可牧」，且「北通靈州，南達陝疆」１，扼陝甘兩省必鍵。1864年以後，陝西回民起義軍主要以董志原為根據地，其活動範圍延袤三四百里。他們按原來的村寨或教坊關係擇地而居，一個大的居住區叫做一營。營既是生產單位，又是作戰組織。每營人數不等，多至數萬，少則幾千。營的領導者主要是阿訇和回族上層人物，也有一些是在鬥爭中湧現出來的得到群眾擁護的農民和手工業者。陝西回民軍在董志原共有十八大營，與金積堡回民起義軍、陝北董福祥領導的饑民武裝都有聯繫，曾攻陷慶陽、寧州、鎮原、平涼等城和五百餘個堡寨，並不時進入陝西活動。1869年3月，左宗棠派兵向正活動於正寧（今正寧西南）、邠州的回民起義軍進擊，回民軍作戰失利，退回董志原。由於重兵壓境，加上傷亡很大，回民起義軍決定進行改編，將原來的十八大營合併為四大營，並退出董志原根據地，撤往金積堡。4月3日，回民起義軍一部護送家屬輜重，分兩路向驛馬關、北汊河北撤，崔偉、馬正和等率領萬餘人埋伏在董志原，阻擊清軍，掩護撤退。清軍事先得到了情報，待起義軍剛剛開始撤退時，即分路猛撲。回民軍損失三四萬人，由環縣、固原兩路經下馬關退往金積堡地區。清軍佔據了董志原一帶，打通了爾後進軍金積堡的通道。
第四，興辦屯田，安定後方。左宗棠認為：「陝甘之事，籌餉難於籌兵，籌糧難於籌餉，籌轉運尤難於籌糧。」１勝保、多隆阿、楊岳斌等人未認識用兵西北的這個特點，一味增兵猛進，結果後方不穩，兵多餉絀，糧運不繼，屢遭失敗。鑒於他們失敗的教訓，左宗棠決定實行穩打穩扎的方針。他首先把既佔地區鞏固起來，就地興辦屯田（分兵屯、民屯兩種）。這是左宗棠解決軍糧困難，穩定後方的一個重要措施。
第五，擬定「三路進兵之策」。左宗棠決定分三路向甘肅進軍：劉松山率部由綏德西進，名義上進攻花馬池（今寧夏鹽池），實際上指向金積堡，是為北路；李耀南、吳士邁率部由隴州、寶雞趨秦州，是為南路；左宗棠和劉典率軍自乾州經邠州、長武赴涇州，是為中路。三路之中，北路是重點進攻方向；南路暫取守勢，目的是牽制河州（今臨夏）、狄道（今臨洮）的回民起義軍，切斷其與金積堡之間的聯繫，並作進攻河州的準備；中路則以協助北路為主，照顧南路為輔。
三、金積堡之戰
一切準備就緒之後，左宗棠開始向甘肅回民起義軍大舉進攻，矛頭首先指向金積堡。
金積堡在靈州西南五十餘里，東通花馬池，南通固原，西枕黃河。當地回民起義領袖馬化龍是伊斯蘭教中新教的首領，世居金積堡，富甲一方。他有智有謀，在回民中有較高的威望。1862年他領導當地回民起義之後，陝甘回民紛紛投奔金積堡，以致勢力大振，多次把進攻的清軍打得大敗。1865年，原多隆阿部將穆圖善接任寧夏將軍，督辦甘肅軍務。他採取招降政策，寧夏起義回民舉城投降。馬化龍雖然也接受了「招撫」，但仍保持相當大的獨立性，地方公事及徵收錢糧等向皆由他主持，擁有委任參領、協領以至知州等大小辟吏和管理軍政事務之權。馬化龍和他委任的官吏在金積堡地區執行團結漢民和「少殺人」、「重農事」的政策，領導回漢人民興修水利，增加糧食生產，促進了經濟發展，人民生活比較安定，受到當地群眾的信任。左宗棠也承認：靈州一帶回民素聽馬化龍之命，對清政府委派的地方官，極為藐視，「不受約束，官長坐視回眾而莫可如何」１。當然，馬化龍是知道清王朝決不會允許這種狀況長期存在下去的。因此，他一方面向清朝地方政府輸糧輸款，表示「恭順」；另一方面則在金積地區修倉儲糧，築寨建堡，購馬造械，加緊進行防禦清軍進攻的準備。為了壯大自己的力量，馬化龍與河州、西寧、肅州等地的甘肅回民起義軍保持聯繫。陝西回民起義軍退入甘肅後，馬化龍不斷在物質上給予幫助，「陝回敗則資以馬械，陝回窮則助以軍糧」。因此，「自靈寧西達西寧，南通河狄，各回民無不仰其鼻息」。２
1869年秋，北路清軍劉松山部進抵靈州。劉松山一面進行「官軍只剿陝回，已撫之甘回安居無恐」１的欺騙宣傳，一面派兵於9月8日攻佔吳忠堡東面的郭家橋。中路清軍則由固原、平涼北進，左宗棠本人也由涇州進駐平涼。這樣，清軍對金積堡形成了大包圍的態勢。
寧夏地區的回民不受劉松山的欺騙，與陝西回民起義軍團結戰鬥，奮起抗擊清軍的進攻。當劉松山部從靈州向郭家橋進犯時，沿途回民堡寨「開放槍炮，且傍堡列隊，呼殺官兵」，駐守在寧安堡、同心城、預望城等地的陝甘回民起義軍也前來助戰，清軍被阻於吳忠堡一帶。為牽制北路清軍，靈州回民起義軍破壞劉松山部的後方運輸線，並趁虛攻佔了靈州城。
在南線，馬化龍派馬萬春率起義軍一部前往預望城一帶，阻擊清中路軍的進攻。在此之前，白彥虎、楊文治等已率陝西回民起義軍從金積堡地區回到預望城、黑城子等地。當清中路軍雷正綰部進至上述地區時，經過一番激戰，回民起義軍作戰失利，先後失掉了預望城、黑城子、李旺堡等村堡。楊文治陣亡；陳林、馬正和、余彥祿等部起義軍退回金積堡；白彥虎、禹得彥、崔偉、馬成彥等部起義軍則相繼撤離固原地區西行，經會寧、安定退往河州。陝西回民軍撤離以後，馬萬春部起義軍孤軍作戰，無法阻止清軍前進，以致同心城、韋州堡一帶起義的回民大部向清軍投降。
中路清軍打開金積堡的南面門戶以後，於11月中旬先後進至金積堡西南秦渠一帶，距金積堡僅十餘里。北路劉松山部在中路清軍的策應下，又奪取了靈州城，打通了後路。至此，清軍完成了對金積堡的包圍。
由於回民起義軍頑強抵抗，清軍的進攻難以得手，劉松山不得不將駐定邊、花馬池的四營湘軍調赴前線。11月末，金運昌所部皖軍也進至靈州。從12月起，劉松山和金運昌所部在北，雷正綰等部在南，會攻金積堡。回民軍同清軍在金積堡外圍展開激戰。清軍採取步步為營的方針，相繼攻佔了吳忠堡周圍和金積堡北面的堡寨。回軍傷亡甚眾，金積堡的形勢逐步惡化；但由於戰線縮短，兵力相對集中，加之穆生華率領平涼回民軍退至金積堡地區，兵力有所增加。回軍依托秦漢二渠，挖壕築牆，步兵憑牆防守，騎兵則主動出擊，忽東忽西，不斷襲擊敵人，給清軍以很大打擊。12月11日，總兵簡敬臨率楚軍突入回民軍陣地，被回軍包圍，士卒死傷甚眾，簡敬臨等也被擊斃。
金積堡有兩個險要的地方：一是西面的峽口，它既是黃河青銅峽口，也是秦漢二渠的渠口；一是東面的永寧洞，它是山水溝（今山水河）通過秦渠涵洞的地方，秦漢二渠在此處會合，北流入黃河。峽口控制著進水口，永寧洞則控制著出水口，這兩個地方對金積堡的安危關係甚大。清軍一到金積堡地區，首先搶佔了這兩個要口。1870年2月12日，回民軍從河西履冰而過，一舉奪回峽口。雷正綰、周蘭亭、張福齊等率部急攻，鏖戰數日，傷亡慘重。19日，周蘭亭、張福齊狼狽逃竄，雷正綰被圍。左宗棠令黃鼎率部往援，又被包圍。後黃鼎和雷正綰雖突圍逃出峽口，但已潰不成軍。回軍乘勝攻佔河西廣武營堡，並阻截清軍糧道。
與此同時，回民起義軍在永寧洞一帶也積極行動。2月9日晚，起義軍千餘人從金積東南的胡家堡突然進至秦渠南，佔領了石家莊和馬五寨幾個村堡，搶修防禦工事。石家莊在吳忠東南四五里，扼秦渠之要，與下橋永寧洞水口緊接，為雙方必爭之地。劉松山得知，連夜率部來攻，回民起義軍退至馬五寨繼續抗擊。該寨牆厚壕深，劉部連攻不下。2月14日，劉松山中彈，傷重而死。
清軍先失峽口，繼喪統領，士氣頓挫，加之糧運不繼，「軍中缺糧，……各營兵丁棄甲夜逃」１，起義軍遂乘機反攻。馬正綱率部由寧州、正寧進入陝西三水，馬朝元率部由金積堡出寧條梁（今陝西靖邊西八十里）。這兩支隊伍在甘泉會合後，東攻韓城、郃陽，一時陝西吃緊，警報頻傳。與馬化龍有聯繫的河州、狄道回民軍也攻佔渭源，直逼鞏昌，使甘肅戰局為之一變。左宗棠坐困平涼，受到清廷的「嚴旨斥責」。
這時的形勢對回民起義軍甚為有利，但由於起義軍缺乏統一的領導和指揮，各自為戰，不能有力配合，以致未能進一步發展大好形勢。相反，再次進入陝西的起義軍由於未能建立起可資依托的據點，在清軍和民團的圍追堵截下，被迫到處流動，有生力量遭到很大損失，最後又紛紛敗退甘肅。在金積堡地區，馬化龍由於對清軍估計不足，又對清政府抱有幻想，沒有利用大好時機集中兵力給敵人以致命打擊，反而幾次向清軍「求撫」；在軍事行動上，則是分兵四處出擊，不能收到應有的效果，幾次爭奪永寧洞水口均未得手，因而雖然控制了峽口，多次放水淹灌，都未能對清軍造成大的威脅。
清軍方面，左宗棠一面調集兵力截擊進入陝西的回民軍，並奏調郭寶昌部進攻花馬池、定邊（清廷以山西河防吃緊，改調金運昌部前往），以打通金積堡東路糧道；一面令劉松山的侄子劉錦棠接統老湘軍，重新組織力量向金積堡進攻。劉錦棠一面加強對永寧洞的防守，一面派兵在黃河兩岸夾河築壘，保護河西運道，逐漸穩住了清軍的陣腳。同時，乘回民軍出擊陝西之際，重新發起進攻，將靈州至吳忠堡之間的堡寨逐一攻佔，並奪取了金積堡北面秦渠上的蔡家橋水口，放水淹灌金積堡。9月，劉錦棠和金運昌部攻破東關和南門外回軍寨卡數十處，將數千所鋪屋盡行燒燬。
為從南面進攻金積堡，左宗棠令黃鼎、雷正綰率中路軍奪取了峽口，並攻佔金積堡西面漢渠內外二十餘座回軍壘卡，直逼金積西南洪樂堡。
回民起義軍英勇抗擊北路和中路清軍的猛烈進攻，寧死不屈，「堡寨將破時，先刃其家屬，或擲諸水火，乃解衣格鬥，死而後已」１。清軍付出了很大的代價，才攻下金積堡周圍各堡寨。隨後，清軍以深溝高壘鎖圍金積堡，在四周挖掘長壕二道，一防金積堡內回軍突圍，一防堡外回軍來援。壕溝距金積堡半里至三里不等，壕深一丈，寬三丈，壕邊築牆，高達丈餘。清軍分段駐守：金運昌部駐北面，劉錦棠部駐東、南兩面，雷正綰部駐西南，黃鼎部駐西面，徐文秀部駐西北面。
河州地區回民軍派出兩隊兵力救援金積堡，一趨平番（今永登）、鎮番（今民勤），一走安定、靜寧，均為清軍截擊，未能到達。
在糧盡援絕的情況下，先是陳林於1870年12月31日率眾向黃鼎、雷正綰「求撫」。六天之後，馬化龍親赴劉錦棠營中請降，表示願以一人「抵罪」。馬化龍及其子馬耀邦向清軍交出各種火炮五十六門、各種槍千餘桿，並寫信向王家疃莊等地回民軍勸降。1871年3月2日，清軍攻入王家疃莊。劉錦棠隨即按左宗棠的預謀，以從金積堡內挖出馬化龍藏匿不交的洋槍一千二百餘桿為借口，將馬化龍父子一併處死。
金積堡是西北回民反清鬥爭的核心堡壘。馬化龍領導回族人民武裝起義，打擊了清朝統治階級在西北的統治，客觀上支援了當時各地人民的反清鬥爭。馬化龍作為這次回民起義的領袖，自有其一定的歷史功績。但是，馬化龍是回族中的上層分子，他的反清同廣大回族勞動人民的反清鬥爭，是有著區別的。馬化龍之所以反清，是為了保持和加強其原來的宗教、政治特權和經濟地位，並非真要推翻清朝的封建統治。這正是馬化龍在領導金積堡起義期間沒有提出鮮明的政治口號，並動搖妥協，多次向清軍「求撫」的主要原因。
左宗棠雖然殺害了馬化龍父子，鎮壓了金積堡回民起義，卻付出了極大的代價。左宗棠在陝甘指揮的清軍，總計十二萬人左右。金積堡之戰，執行其「三路平回之策」的北路軍和中路軍的大多數部隊都直接參加了作戰，其餘則用於保護後方運道，如從平涼經固原到靈州的九百餘里間，便用了三十餘營兵力。在這次作戰中，清軍「死傷山積，屢失大將」１，僅劉松山所部老湘軍，營官損失十分之四，官兵死亡千餘，因傷致殘者達二千餘人。左宗棠不得不承認「十餘年剿發平捻，所部傷亡之多，無逾此役者。」２
四、河州之戰
河州在蘭州西南，是一個多民族聚居的地區，除回族以外，還有撒拉、東鄉等民族。1862年陝西回民起義爆發時，河州地區回民就起而響應，次年9月攻克狄道城。1864年，馬占鰲領導當地回民起義軍攻佔了河州城。馬占鰲是河州牟泥溝河家莊人，先世唸經傳教，他本人也是阿訇，有一定的號召力。河州回民起義軍力量較強，當時的陝甘總督熙麟一時無法鎮壓，只得派人「撫諭」。1867年9月，河州回民起義軍假降，署理陝甘總督穆圖善出省受降，幾被生擒。從此，河州一直在回民起義軍的控制之下，成為甘肅回民起義軍的四大基地之一。
1871年初，河州回民起義軍乘駐甘南清軍范銘部兵變之機，出擊會寧、通渭、秦州、清水、兩當等地。清廷命左宗棠進攻河州，但由於清軍在金積堡之戰中死傷甚眾，「軍心懈弛，將士思歸」，左宗棠不敢貿然進兵。
為進攻河州，清軍進行了一系列的準備：
第一，加強和整頓甘南部隊。甘南清軍冗雜，戰鬥力很差，屢為回軍所敗。左宗棠入甘時即派吳士邁等率部由隴州趨秦州，以加強甘南防軍的力量，這就是執行「三路平回之策」的南路軍。1869年底，又派周開錫以翼長名義總統南路諸軍。周開錫到秦州後，即著手整頓甘南清軍，遭到當地駐軍的反對。由於他的暴戾驕矜，激成兵變。後周開錫病死，南路諸軍由總理營務處陳湜接統。
第二，準備渡河器材。河州在洮河以西，從狄道、隴西、安定等地用兵，須渡過洮河，所以，左宗棠令清軍先準備好渡河用的船隻和架橋器材，同時，整修道路，以利部隊調動和轉運軍需、傳遞文報等。
第三，籌集糧秣。清軍進兵時，須經過渭源屬境。這裡人煙斷絕，一片荒蕪，糧草無處籌措，左宗棠便派出部隊專事轉運，令清軍在靜寧等地儲存三個月糧草。河州一帶夏糧秋糧分別在7月底和9月底收割，左宗棠遂把進軍時機選定在收穫季節，以便就地取糧。
1871年7月底，左宗棠認為一切準備就緒，便令四十餘營清軍分三路進犯河州：中路傅先宗率鄂軍從狄道渡河，左路楊世俊率楚軍取道狄道南面的南關坪進峽城（狄道南九十里），右路劉明燈率部由馬營監經紅土窯進康家崖（狄道北五十五里）。為防止回軍襲擊，規定中路以一半兵力留駐東岸，一半渡過洮河修築堡壘，左右兩路則待中路在河西紮穩腳跟以後再行渡河。此外，令提督徐文秀統領後路由靜寧進會寧，策應右路。同時，派五營清軍分駐河州東南的岷州（今岷縣）和洮州（今卓尼東北）兩城，並調土司楊元帶「番勇」分駐各隘口，均受左路楊世俊節制。又調總兵徐占彪步隊八營、馬隊三營，由中衛經靖遠進至會寧西北和安定東北一帶，防止河州回民軍北進，並兼顧蘭州。左宗棠自己也在1871年9月中旬由平涼經靜寧抵達安定。
河州回民起義軍加緊準備防禦清軍的進攻。白彥虎等率陝西回民軍從固原州一帶撤退到河州之後，曾與河州回民起義軍一起在洮河西岸修築了一些堡壘。以後白彥虎等率部前往西寧地區，河州回民起義軍又陸續修築了不少新壘。洮河東岸的康家崖和狄道，是河州回民軍的兩個出入口。自1870年6月狄道為清軍所佔之後，康家崖便成為起義軍出入河東的唯一通道。因此，回民軍著重加強了康家崖對岸一帶的防禦。
1871年9月18日，劉明燈、徐文秀兩部從安定出發，分兩路直插康家崖。清軍「每進一處，各派隊分支包掃而前」，企圖將正在洮河東岸分散活動的回民軍一併驅往康家崖，迫其背水一戰，達到「聚而殲之」的目的。１回軍為縮短戰線，在洮河東岸進行了心要的阻擊，給敵人以殺傷後，即撤往河西，駐紮於離洮河西岸十里的三甲集一帶。
劉明燈、徐文秀部佔領康家崖後，左宗棠令中路傅先宗部和左路楊世俊部在狄道用渡船搭造浮橋，派十二營清軍過河結壘（分別在西坪、三岔河、陳家山頂等地立營），以牽制回民軍，掩護右路清軍渡河。回軍以部分兵力在黑山頭、高家集等地築壘駐守，監視西坪、三岔河、陳家山頂的清軍，防其偷襲；主力仍駐三甲集，以對付康家崖清軍的進攻。起義軍在洮河西岸掘壕數道，並築有炮台，防守嚴密。康家崖近岸洲渚縱橫，水深流急，人馬難越，清軍多次搶渡都被回軍擊退。11月中旬，前福建布政使王德榜率左宗棠親兵等馬步五營，由康家崖東南六十餘里的站灘間道過狄道浮橋，與中路、左路清軍配合，猛攻黑山頭等處。徐文秀、劉明燈部乘機在康家崖、新添鋪（康家崖南二十里）等地搭造浮橋，渡過洮河。
清軍渡河後，從幾個方向會攻三甲集。三甲集雖屬狄道，卻是河州的第一重門戶。但為了誘敵深入，回民軍有意放棄三甲集，採取節節阻擊的辦法，逐漸退至太子寺（今廣河）。太子寺在三甲集西南三十餘里，為河州總要關隘，河州州判即設於此。河州回民起義以來，太子寺成了起義軍的重要據點。馬占鰲領導回民軍環繞太子寺挖掘長壕一道，深約二丈餘，寬四丈餘，並在險要處設置了許多壘卡，與廣通河北岸的許多回民村堡互為犄角。
1872年1月，清軍經大東鄉和董家山直逼太子寺。回軍在火紅等處依托有利地形頑強抵抗，打退清軍數次進攻。清軍損失慘重，轉而從南面進攻。回軍又在太子寺寨外挖掘深壕二道，並派出小鄙部隊從沙泥渡至河東，襲擊清軍運糧部隊，截奪軍糧。清軍斷糧，只得宰牛馬為食。
進攻太子寺的清軍四十餘營密佈於太子寺南面二十餘里的新路坡。馬占鰲親自偵察，發現坡上有個稍低的山頭沒有清軍駐守，便於2月12日晚派馬海晏率回民軍優秀射手數百人乘夜暗潛入新路坡，佔領山頭。馬占鰲又密派千人挑運水和土坯上山，連夜澆水砌牆。當時正是隆冬季節，滴水成冰，一夜之間就築成光滑堅硬的堡壘三座。第二天，清軍發現回軍堡壘突然出現在他們的陣地中間，大為震驚。傅先宗立即調派部隊，親自督攻，企圖拔掉這個釘子。馬海晏沉著應戰。他把槍手一分為二，一半持槍射擊，一半專裝子彈，多次打退清軍的進攻。14日，傅先宗親掌大旗督兵猛攻，被起義軍當場打死。清軍喪失統領，軍心動搖，防守濫泥溝的回民軍乘機出擊，抄至敵人後面。清軍兩面受敵，紛紛棄壘逃跑。徐文秀企圖挽回頹勢，也被回軍擊斃。
太子寺一戰，清軍損兵折將，全線潰退三十餘里，而且糧運梗阻，幾乎到了不可收拾的地步。面對這一輝煌勝利，多數起義軍將領主張乘勝反攻，擴張戰果。有的還提出了進攻左宗棠安定大營的具體計劃。但是，馬占鰲聽說左宗棠正在調動軍隊，又聽說西寧回軍已降，想借起義軍艱苦奮鬥爭得的勝利作為投靠清朝統治者的資本。他召集起義軍將領議事，否定了他們的正確意見，力主向清軍繳械投降，說什麼「果如諸君所欲，往攻安定大營，即使一戰而勝，席捲而東，百二山河，皆為吾所有，誰以一丸泥封函谷關，使關東將帥不復西來？去一左宗棠，將有無數左宗棠在其後。河州彈丸，何能與天下抗？！」他以太平天國雖曾擴展到十三省，攻佔過六百餘城，最後仍被湘軍打敗為例，強調「今日之事，捨降別無生機」。１隨後，馬占鰲派他的兒子馬安良等人前往安定向左宗棠求降。因兵敗而焦慮不安的左宗棠對馬占鰲的這一舉動喜出望外，但又頗感疑惑，害怕「其中或有別故」２。馬占鰲為了表示誠意，後又親向左宗棠「請罪」。馬占鰲出賣了河州回民起義的成果，向清軍交出騾馬四千匹、槍矛一萬四千餘件，換取了左宗棠對他的賞識。馬占鰲投降後，將部隊按楚軍的編制改編為三旗馬隊，轉過頭來鎮壓西寧等地的回民起義軍。
五、西寧之戰
西寧在清代是甘肅的一個府治，管轄西寧、碾伯（今青海樂都）、大通三個縣和貴德、循化、巴燕戎格（今青海化隆）、丹噶爾（今青海湟源）四個廳。1862年11月，碾伯縣地主武裝「民團」殺死巴燕戎格回民三人，並揚言要盡洗米拉溝（今青海民和西）回民。巴燕戎格和米拉溝回民聯合循化撒拉族，在馬文義的領導下起義。馬文義，又名馬尕三，循化撒拉族人，在回族和撒拉族群眾中有一定威望。起義軍的力量迅速發展，屢次打敗「進剿」的清軍和民團，佔領了碾伯至享堂（今青海民和北）的大道，截斷了蘭州至西寧的交通。西寧辦事大臣玉通束手無策，只得以所謂「以賊攻賊」的方法，保舉循化回紳馬桂源署理循化廳同知，其兄馬本源署循化營游擊，後又保舉馬桂源署西寧知府，馬本源署西寧鎮標游擊並代行總兵職務，企圖利用馬桂源、馬本源與馬文義的親戚關係，緩和回民的反抗。但是，形勢的迅速發展，把馬桂源兄弟這樣的回族上層分子也捲入了反清鬥爭的行列。西寧一帶名義上仍屬清王朝管轄，實際上是在馬文義和馬桂源的控制之下。馬文義死後，馬桂源、馬本源即成為西寧回民的首領。1870年初，玉通死，豫師接任西寧辦事大臣。他因害怕西寧回民的革命勢力，不敢到西寧任所，而駐營於離西寧尚有三百數十里的平番，西寧鎮總兵黃武賢也住在距西寧九十里的威遠堡（今青海互助）。西寧周圍完全為回民軍所控制，成為甘肅回民起義軍另一個重要基地。
1872年8月，左宗棠從安定移駐甘肅省城蘭州，調劉錦棠所部老湘車進攻西寧。9月初，劉錦棠率步隊十八營從平涼進抵碾伯。他為了離間「土回」（指當地回民）和「客回」（指白彥虎、崔偉、禹得彥等率領的陝西回民）的關係，達到各個擊破的目的，「遂出示曉諭：土回安堵無恐，以便直搗陝回巢穴」１。
對於要不要同經河州來到西寧地區的陝西回民軍一起抗擊清軍進攻的問題，西寧回軍首領的意見並不一致。金積堡失敗後，一種畏懼清軍的失敗主義情緒在起義軍中蔓延滋長，一些領導人意志消沉，思想動遙當河州之戰正在進行的時候，馬永福等人就有投降之意。陝西回軍崔偉、禹得彥、畢大才等人也曾托在金積堡投降的陳林向左宗棠乞降。只有白彥虎力主抵抗到底。他以馬化龍投降被殺的沉痛教訓說服了崔偉、禹得彥等人，使他們暫時放棄了投降的念頭。9月12日，馬桂源密約白彥虎、崔偉、禹得彥等在西寧東關家中召開緊急會議，一致主張西寧回軍和陝西回軍聯合起來，共同戰鬥，並推舉馬本源為大元帥，統一指揮各部起義軍迎戰入侵之敵。
西寧在湟水南岸，東面從小峽到大峽之間八十餘里的一段地方，湟水兩岸高山對峙，一條岸路寬僅數尺，人馬只能魚貫而行。回民軍在該處山上築起堅固的堡壘，駐兵防守。劉錦棠率領清軍剛出碾伯不遠，就遭到起義軍的迎頭痛擊。回軍利用有利的地形條件，一方面堅守要點，一面派隊偷襲敵人，阻截糧道，打了就跑，使清軍窮於應付。左宗棠不得不向清廷訴苦：「土回與客回聯成一片，每戰則彌山塞谷，四出撓我，殊有應接不暇之勢。又所需軍糧子藥運至前敵各營，均須派隊往來護送，時有戰事，兵力屢分而見單」１。從9月中旬到11月中旬，回軍與清軍接戰五十餘次。清軍損兵折將，不能前進。左宗棠只得增調劉明燈率馬步六營駐碾伯西南，專司護送；調楊世竣吳隆海率馬步十一營增援劉錦棠部。同時，加緊進行策降活動。馬桂源出城後，留在城中的馬永福勾結西寧道郭襄之等漢族官紳閉城據守。馬桂源、馬本源沒有分清主次，用相當大的力量去圍攻西寧城，形成兩面作戰的局面。劉錦棠指揮清軍用開花大炮猛攻起義軍堡壘。回民軍因兩面作戰，兵力分散，阻擋不住清軍的強大攻勢，以致大峽至小峽一段隘路逐漸失守。11月19日，劉錦棠部進至西寧，當地回軍大部瓦解，陝西回軍首領崔偉、禹得彥、畢大才等也率部投降清軍，只有白彥虎率領的一部退至大通，與馬壽領導的當地回民起義軍一起繼續堅持鬥爭。劉錦棠令已投降的崔偉、禹得彥、畢大才等所部回軍為前導，北攻大通。
馬壽率回民軍堅守大通南面的向陽堡。1873年2月1日，清軍進攻向陽堡，起義軍始則憑堡放槍擲石，繼則巷戰。清軍雖然攻佔了向陽堡，但死傷枕藉，僅提督、總兵、副將被擊斃者即達十人之多。繼向陽堡之後，劉錦棠部又攻佔了大通縣城。白彥虎仍拒不投降，率眾二千餘北走，出扁都口（今民樂縣南），向肅州退卻。
西寧失陷時，馬桂源、馬本源曾率三四千人退至巴燕戎格。左宗棠命陳湜等率軍從河州進攻，同時派馬永福前往「招撫」馬桂源、馬本源的部眾，使其紛紛離去。3月2日，在馬占鰲的策劃下，馬桂源、馬本源在巴燕戎格東山被俘，後在蘭州遇害。陳湜所部清軍佔領巴燕戎格城後，不久又攻佔循化，西寧之戰遂告結束。
六、肅州之戰
肅州是陝甘回民起義軍最後一個基地。1865年初，陝甘回民起義的浪潮波及河西走廊，涼州（今武威）回民首先起義，接著馬文祿在肅州起義，佔據嘉峪關和肅州城。肅州鄰近嘉峪關，西通新疆，是連接內地與新疆的邊關重鎮。新疆回民在前一年即已起義。清政府為鎮壓新疆回民起義，急圖打通甘新通道，便命正在甘肅的新授烏魯木齊提督成祿先率兵攻取肅州。由於馬文祿和新疆、金積堡、河州、西寧等地的回民軍都有聯繫，力量不斷加強，加之肅州形勢險要，清軍的「進剿」都被回軍擊敗。1868年，成祿和甘肅提督楊占鰲在「招撫」的名義下，與馬文祿「媾和」，把肅州交給馬文祿管制。
1871年7月，沙俄突然出兵侵佔新疆伊犁，聲言還要「代收」烏魯木齊。在這樣的形勢下，清政府催促成祿迅即出關，並命左宗棠派兵駐防肅州。當時清軍正進攻河州，左宗棠認為，「以隴中局勢言之，自宜先規河湟，杜其紛竄，然後一意西指，分兵先扼玉關，斷其去路，乃策全功。此時興師遠舉，尚非穩著。」１然而關外形勢畢竟緊迫，左宗棠就抽派駐在靖遠擔任截擊河州回軍和保衛省城蘭州任務的徐占彪部先赴肅州。
徐占彪率十二營川軍，從靖遠出發，於1872年初進至肅州高台。馬文祿得知大隊清軍前來，便再次起義反清，據城為守。徐占彪留兵一部保護運道，主力繼續向肅州城前進。3月，清軍奪佔了肅州城南三十里的紅水壩，並以之為據點，向塔爾灣和肅州外圍的其它回民軍堡壘進攻，企圖逐步佔領肅州外圍。
塔爾灣在肅州西南二十里，地勢較高，回軍在此構築了堅固的堡壘，周圍挖壕築卡，連接東北面黃草壩各村堡，與肅州城互為犄角。7月初，徐占彪令駐城東三仙洞的清軍向雷台廟一帶發動佯攻，以牽制城中的回民軍，他則親率五營清軍夜襲塔爾灣。防守塔爾灣的回民軍頑強抵抗，城內亦派隊增援，使清軍進攻受阻。徐占彪調開花大炮向塔爾灣一帶的堡寨轟擊，回軍傷亡漸多，塔爾灣和黃草壩一帶百餘座堡寨先後失守。至8月初，近城的回軍墩寨堡壘基本上為清軍攻佔，回軍退入城內堅守。
由於兵力不足，徐占彪多次向左宗棠請求增兵。當時劉錦棠正進攻西寧，亦屢請增兵。左宗棠無兵可派，徐占彪只得把馬步各營每營分作兩營，在距城半里至一里的地方環城修壘紮營。盡避如此，北門一帶仍無兵可駐，不能形成合圍。後來，西寧之戰漸近結束，左宗棠派陶生林率馬步五營赴援，於1873年1月到達肅州。適清政府派往新疆的金順一軍二十營也來到肅州，進扎北崖頭，參加圍攻。這樣，清軍就完成了對肅州的合圍。
開始，因金順軍剛到，指揮上也不盡統一，清軍的合圍並不嚴密。起義軍在城西禮拜寺和北稍門一帶修築了堡壘，與城內互相聯絡配合。因此，回軍仍能突破清軍的合圍出入肅州。2月7日夜，新疆回民派來的援軍四千餘人和運糧駱駝千餘隻，就是從北稍門進入城內的。以後，清軍陸續把這些堡壘攻破，佔領了城西禮拜寺，並在肅州城外挖了長壕，壕外築起堅厚的炮牆，牆外置木柵，在幾個要點上修築了炮台，完全控制了肅州城出入通道。城內的起義軍雖然可以出城，但很難越過清軍的長壕和其它工事，從外面來的援軍也難以衝破封鎖進入城內，以致肅州完全成為一座孤城。白彥虎率領的陝西回民軍出扁都口後，經山丹、甘州（今張掖）、高台等地，接近肅州，於4月初進入塔爾灣。白彥虎率眾自外面襲擊徐占彪的大營，馬文祿率部從城裡出南稍門夾攻，使徐占彪、金順部清軍傷亡很大。但因敵人防守嚴密，白彥虎和馬文祿都無法突破清軍的防線，不能內外會師，白彥虎便放棄與馬文祿合作的計劃，出走新疆。
這時西寧之戰已經結束，除肅州外，甘肅各地的回民起義均已失敗。白彥虎出嘉峪關西走後，肅州回民起義軍已成孤軍。在外援無望的情況下，馬文祿為突圍西行，出兵攻奪城西禮拜寺。禮拜寺是從肅州出嘉峪關的大路，清軍派有重兵駐守，因此爭奪非常激烈。回民軍經過十晝夜的連續攻擊，有生力量損失很大，不得不停止進攻。7月，東關為清軍攻佔，馬文祿再次組織突圍。由於清軍兵多圍緊，又裝備有洋槍洋炮，起義軍的突圍終未成功。
肅州城固壕深，牆高三丈六尺，厚三丈有餘，外環城壕，回軍不易突圍他走，清軍也無法攻入。左宗棠只得不斷增兵，使圍城清軍達六十餘營。由於久攻不下，左宗棠親至肅州督戰。清軍在城外所築炮台，高出城牆，上安新式後膛炮。金順軍還在城東北角挖了地道，準備炸城。1873年10月6日，清軍發起總攻。由於長期被圍，城內糧食極度缺乏，起義軍只得殺騾馬充飢，但仍英勇不屈，嚴守城防。為防止清軍從地道炸城，他們沿城牆橫挖地道，使清軍的地道往往被發現。他們又在城上加砌橫牆，埋伏牆下。當清軍越過城壕登至城腰時，城上一聲令下，石塊紛集如雨，登城清軍紛紛抱頭回竄。楊世俊曾在河州之戰時棄營逃跑，受到降職處分，西寧之戰奉命截擊白彥虎又不力，來到肅州後貪圖立功。10月10日，他親自率部登城，剛登上城頭，即中彈而死。10月底，劉錦棠奉命率湘軍五營和在西寧投降的回民部隊到達肅州。清軍利用崔偉、畢大才等在城下喊話，告以「死期已至，善自為謀」１。馬文祿終於經不起敵人的威逼利誘，於11月4日開誠投降。左宗棠將馬文祿等九名回軍首領和千餘名起義軍施以酷刑。肅州之戰就這樣以馬文祿的投降和回民大量被殘殺而告終。至此，前後堅持了十二年之久的陝甘回民起義戰爭以失敗而結束了。