一、英俄對中亞的爭奪
1861年以後，沙皇俄國由於對農奴制度實行了改革，資本主義有了很大發展，迫切要求掠奪新的地盤，以便從國外攫取包多的財富，加速自己的發展，趕上和超過西歐資本主義列強，爭奪世界霸權。由於克里米亞戰爭（1853—1856年）的失敗，俄國企圖獨佔黑海海峽和巴爾幹半島的野心遭受嚴重挫折，於是，把侵略擴張的矛頭轉向中亞和中國西部地區。1864年，俄國開始向鄰近中國新疆的浩罕１發動軍事進攻。同年，沙俄從中國西部邊境割去四十四萬多平方公里領土；但它並不以此為滿足，妄想侵吞整個新疆。當時，英國已完成了吞併印度的計劃，正在積極向北擴張，不僅力圖佔領中亞，而且還妄想把新疆置於它的殖民統治之下。因此，英俄兩國在中亞和中國西部地區的對抗，以及中國反對英俄侵略擴張的鬥爭，不可避免地緊張和複雜起來。
二、阿古柏侵入新疆
新疆古稱西域，歷來屬於中國。它地處我國西北邊疆，絕大部分地區海拔千米以上。天山山脈由西向東，橫亙中部，習慣上常稱天山以南地區為南疆（或南路），天山以北地區為北疆（或北路），哈密、吐魯番盆地一帶為東疆（或東路）。南疆氣候乾燥，終年少雨，沙漠居其大半，人口聚居於塔里木盆地邊緣的富饒地區，主要城市有喀什噶爾（今喀什）、英吉沙爾（今英吉沙）、葉爾羌（今莎車）、和闐（今和田）、烏什、阿克蘇、庫車、喀喇沙爾（今焉耆），總稱南疆八城。北疆氣候濕潤，多雨雪，水草豐盈，主要城市有巴裡坤、古城（今奇台）、烏魯木齊、瑪納斯、伊犁（今伊寧市西惠遠）、塔爾巴哈台（今塔城）等。清朝政府平定了準噶爾貴族的叛亂之後，於1759年（乾隆二十四年）正式宣佈西域改名新疆。三年後，清政府在伊犁設將軍，統轄新疆一切事務，並在喀什噶爾設參贊大臣（歸伊犁將軍節制），統轄天山南路及蔥嶺以西諸地，從而加強了對新疆的統治。
新疆是我國維吾爾、哈薩克、柯爾克孜、塔吉克、回、蒙古、烏茲別克、俄羅斯、塔塔爾等十多個少數民族人民的聚居區。清乾隆以後，大興屯墾，至同治初年，約有一百餘萬人，其中維吾爾族約占三分之二。由於地廣人稀，宜於放牧（特別是北疆），居民以畜牧業為主。家畜以羊、馬、牛為大宗，駱駝次之。
1864年（同治三年）夏，新疆的回、維吾爾等各族人民，在內地人民起義特別是陝甘回民起義的影響下，爆發了大規模的反對清王朝封建統治的起義，先後佔領了庫車、阿克蘇、烏什、葉爾羌、烏魯木齊、瑪納斯、塔爾巴哈台、喀什噶爾和伊犁等地。但是，這次起義不久就被當地封建主和宗教上層人物竊取了領導權，迅速改變了起義的性質。他們乘機實行封建割據，進行封建統治集團之間的混戰，有的甚至勾結外國侵略者，進行分裂祖國的罪惡活動。當時，新疆地區出現了幾個互不統屬的封建割據政權，其中主要的有：以庫車為中心的熱西了和卓（即黃和卓）政權，以烏魯木齊為中心、包括瑪納斯和吐魯番在內的妥明（或稱妥得璘）「清真王」政權，以和闐為中心的哈比布拉「帕夏」政權，以伊犁為中心的塔蘭奇「蘇丹」政權，以喀什噶爾為中心的回族金相印和柯爾克孜族思的克為頭目的封建地主政權等。
思的克、金相印等佔領喀什噶爾回城（今喀什市）後，久攻仍由清軍控制的漢城（今疏勒）不下，便向英國支持的浩罕汗國乞援。同時，思的克為了利用宗教貴族的力量統治喀什噶爾一帶人民，要求浩罕統治者將匿居於浩罕的新疆宗教貴族後裔張格爾１之子布素魯克遣返喀什噶爾為王。當時的浩罕攝政王阿里姆·庫裡，決定派遣在軍隊中頗有名氣的阿古柏「護送」布素魯克前往喀什噶爾，乘機排除阿古柏這個政敵。1865年1月，阿古柏與布素魯克糾集一批歹徒侵入我國境內。阿古柏善於玩弄陰謀權術，他被思的克迎入喀什噶爾回城以後，立即把思的克趕走，奪取了統治權。同年4月，阿古柏派兵攻佔由思的克控制的英吉沙爾回城，隨即又佔領英吉沙爾漢城，守城清軍二千人慘遭殺害。9月，困守喀什噶爾漢城的綠營守備何步雲接受阿古柏的重金賄買，率清軍三千人投降。喀什噶爾參贊大臣奎英等舉家自荊不久，一夥在塔什干敗於俄軍的浩罕兵七千餘人侵入南疆，到達喀什噶爾，進一步增強了阿古柏的勢力。布素魯克見阿古柏的權勢不斷擴大，密謀剪除他。但事機暴露，許多人因而被殺，布素魯克也成了阿古柏的階下囚。這樣，阿古柏在不到一年的時間裡，便成了喀什噶爾至英吉沙爾一帶地區的最高統治者。
1866年秋，阿古柏侵略軍攻佔葉爾羌。年底，又用誘騙手段擒殺哈比布拉而據有和闐。1867年初，阿古柏將布素魯克驅逐出新疆，於喀什噶爾自稱「畢條勒特汗」（又譯作「巴達吾來特汗」，意為「洪福之汗」），並悍然宣佈成立偽「哲德莎爾國」２。同年夏，阿古柏率軍東侵，奪佔了熱西丁和卓佔據的烏什、阿克蘇、庫車、庫爾勒等地。1870年10月，阿古柏軍先後攻佔妥明控制的達阪城和吐魯番，妥明軍頭目馬仲、馬人得投降。11月下旬，阿古柏軍又攻佔烏魯木齊，妥明投降。接著，又派兵襲取瑪納斯。之後，阿古柏返回南疆阿克蘇新建的宮殿，儼然以全疆統治者自居。
1873年9月，陝甘回民起義軍首領白彥虎從甘肅逃到新疆，不久在吐魯番投降了阿古柏，與侵略者勾結在一起，進行危害祖國統一的罪惡活動。
阿古柏侵入新疆，建立起反動的「哲德莎爾」政權後，對新疆各族人民實行極其殘暴的殖民統治。他將侵佔地區劃分為若干個維萊耶特（相當於州），其下又分為若干個阿克莎卡爾（相當於鄉）。維萊耶特設阿奇木（相當於州長），阿克莎卡爾設謝爾卡爾（相當於鄉長）。
在阿古柏的反動統治下，苛捐雜稅名目繁多。廣大農牧民在交納宗教稅、農業稅、軍稅、附加稅等種種賦稅之後，只剩下收穫的二分之一甚至四分之一。除了敲骨吸髓的剝削外，阿古柏還實行殘酷的民族壓迫，並利用宗教信仰進行殖民統治。他規定婦女不戴面紗不准上街，並強令「軍民髡發，易回服」１；對於不願信奉伊斯蘭教的人，則肆意殘殺。
阿古柏的軍隊（約五六萬人）分為騎兵（吉傑特——意為「年青的兵士」）、步兵（沙爾巴茲——意為「勇敢的兵士」）和炮兵（托普奇）組成，還有部分抬槍兵。輕武器起先以火繩槍和燧石槍為主，後來裝備了大批撞針槍，還有部分連發槍。炮兵大都使用克虜伯和阿姆斯特朗等較先進的火炮。這些輕重武器大多數來自英國和俄國，其中又以英國供給的為主。阿古柏為了鞏固其反動統治，還在佔領區內大量建築碉堡和城池。
對於阿古柏建立的殖民政權，英俄兩國從各自的侵略野心出發，都極力予以拉攏。阿古柏為了鞏固自己的殖民統治，也積極投靠英國和沙俄，成為它們的走狗。因此，由於阿古柏入侵新疆而造成的我國西北邊疆危機，實際上有著明顯的英俄侵略和爭奪的背景。
英國早在阿古柏入侵新疆之初，便經常以「經商」、「遊歷」、「傳教」等為幌子，派遣間諜到新疆進行陰謀活動。從1868年開始，英國的商品、軍火和特務，便從土耳其、印度等地不斷湧進阿古柏佔領區。1869年，阿古柏派人去印度接受了英國駐印度總督給予的一大批槍支彈藥。1870年，以外交部官員福賽斯為首的英國特派使團，帶著英國女王維多利亞（1819—1901）給阿古柏的親筆信，經印度來到喀什噶爾，打算與阿占柏進一步勾結。適遇阿古柏在東路指揮進攻吐魯番，因而福賽斯此行未能達到預期目的，但進一行密切了雙方的關係。不久，阿古柏便派人前往印度「答禮」。1873年底，一個由三百人組成的龐大的福賽斯使團，第二次來到喀什噶爾，向阿古柏轉交了英國女王的信件和英印總督送給的一萬支步槍及若干大炮。經雙方密謀，於1874年春簽訂了「通商條約」十二條，阿古柏給英國以在新疆駐使、通商和設領等特權，英國則承認阿古柏反動政權為「合法的獨立王國」，公開進行分裂中國的罪惡活動。
對新疆凱覦已久的沙皇俄國，也陰謀假手阿古柏來達到侵佔中國新疆的目的。在阿古柏侵入新疆之後不久，沙俄便吞併了浩罕的北方領土，並隨著浩罕被肢解和布哈拉（中亞三汗國之一）軍隊在1866年被擊潰，俄國的侵略矛頭便直接指向新疆。阿古柏為了謀求沙俄對他入侵南疆的認可，於1866年非法與沙俄訂立所謂「協議」，約定雙方互不干涉對方的行動，互給對方入境追捕逃人的權利等。1867年，沙俄將尚未完全征服的中亞三汗國命名為「俄屬土爾克斯坦」（亦稱「西土爾克斯坦」），稱我國新疆為「東土爾克斯坦」，其侵吞新疆的野心已暴露無遺。次年，沙俄先後派遣使者和軍官至喀什噶爾，和阿古柏進一步勾結。由於此時沙俄在中亞的擴張已經得手，它要求阿古柏步中亞諸汗的後塵，向沙皇稱臣納貢，藉以將阿古柏竊據的中國新疆南部地區納入沙俄的統治範圍。但沙俄的貪慾，引起了阿古柏的疑忌，使他進一步向英國靠攏，以謀求英國的更大支持。
三、沙俄強佔伊犁
由於阿古柏進一步投靠英國，沙皇俄國政府惱羞成怒，積極圖謀用武力強佔伊犁地區，進而奪取整個新疆北部。因此，當阿古柏由南疆向北疆竄犯時，俄國土爾克斯坦總督考夫曼立即上奏沙皇，「列舉各種理由，說明必須對伊犁進行佔領，以保障邊境安全和對抗阿古柏的意圖」１。1870年秋，俄國派兵進駐特克斯河上游，侵佔天山穆查爾特山口（冰嶺），扼住伊犁通往南疆的交通要道；同時，派兵入據我國博羅胡吉爾（賽裡木湖西）地區，對伊犁構成夾擊之勢。這是俄國用武力侵佔伊犁並進一步侵略新疆的一個重大步驟。
伊犁位於伊犁河谷地中心，是我國西北邊陲重鎮，清政府統轄新疆南北兩路的伊犁將軍治所，即設於此。伊犁河橫貫伊犁地區，自東向西注入巴爾喀什湖。伊犁既是通往中亞的要衝，又是新疆西部地區聯繫南北兩路的樞紐，戰略地位十分重要。沙皇俄國對我國伊犁地區垂涎已久，亟欲侵佔。1871年夏，俄國土爾克斯坦總督考夫曼命科爾帕科夫斯基率兵近二千人，悍然進犯伊犁地區。伊犁人民同俄國侵略軍浴血苦戰了五十個晝夜，最後由於糧盡彈絕，加上地方割據政權上層人物的叛降，伊犁九城１被俄軍侵佔。同年冬，俄國又派軍隊由伊犁東進，企圖奪取烏魯木齊。俄軍把前鋒部隊偽裝成商隊，帶著大批駝馬貨物向東開進。新疆人民識破了敵人的陰謀，民團領袖徐學功預先在瑪納斯西八十里的石河子佈置埋伏。當敵人進入伏擊圈時，伏兵四起，殲敵數十名，並繳獲駝馬二千多匹（峰），迫使俄國侵略軍狼狽逃回伊犁。
沙俄強佔伊犁，也是向阿古柏炫耀武力，阻止其由瑪納斯繼續向西北擴張。阿古柏在俄國的軍事壓力下，於1872年6月同俄國非法簽訂了「通商條約」五條。俄國承認阿古柏為「哲德莎爾元首」，阿古柏則同意俄國人可以在南疆自由通商和旅行，設置商務專員，並規定進出口稅僅按2.5％徵收等等，從而擴大了俄國對新疆的侵略特權。
沙俄強佔伊犁地區後，撤銷中國設在那裡的一切機構，非法拘留和拷打清政府派去的官吏。同時，對佔領區人民「橫加賦斂，中戶每年納丁畜稅銀十數兩，上戶數十百兩，最下亦須數兩，兵役、通事人等供應需索在外，日朘月削，勞擾不堪」１。
對於阿古柏和沙俄的最黑暗最野蠻的統治，新疆各族人民不斷地進行反抗鬥爭。例如，被阿古柏任命為烏魯木齊阿奇木的馬仲，就是因他充當侵略者的走狗、魚肉人民而被民軍所誅殺的。在伊犁，「所有滿、綠、索倫、錫伯、察合爾、額魯特各營，以及民人，並有晶河（今精河）土爾扈特貝勒等人眾，均已同心能死，不降俄夷」２。新疆人民為了擺脫黑暗統治，為了維護祖國的統一、盼望中國政府早日出兵趕走侵略者，光復失地。