驅逐阿古柏侵略軍、收復新疆的戰爭，是維護祖國統一和領土完整的正義戰爭。這次戰爭的勝利，粉碎了英俄勾結阿古柏侵佔新疆的可恥陰謀，收復和保衛了祖國西北的這一片大好河山，使新疆各族人民擺脫了遭受英、俄殖民主義者及其走狗阿古柏奴役的命運，重新回到了祖國的懷抱。這在一定程度上洗雪了兩次鴉片戰爭失敗所蒙受的恥辱，長了中華民族的志氣，滅了侵略者的威風。
這次戰爭所以取得勝利，主要有以下原因。
一、戰爭的正義性和人民群眾的積極支援
新疆各族人民飽受外國入侵者和地方割據政權的欺壓，早就盼望祖國予以救援。他們得知清軍出關作戰，莫不歡欣鼓舞，奔走相告，並積極行動起來，準備支援戰爭。特別是清軍進軍南疆過程中，維吾爾等各族人民「相望於道，軍行所至，或為嚮導，或隨同打仗，頗為出力」１。當白彥虎敗逃至拜城時，百姓緊閉城門，不許其進入，而劉錦棠所部清軍一到，則立即開城歡迎。阿克蘇民眾也拒絕隨敵西逃，「嚴守以待官軍」１。西四城收復後，當地人民還積極協助清軍肅清侵略者的殘餘勢力和內部分裂叛亂分子。當年勾引阿古柏入侵的金相印等人及匿居喀什噶爾等地的英印辟員、土耳其軍事教官等，都是在人民的積極配合下查獲的。另一方面，清軍也能注意安撫百姓，寬待俘虜。左宗棠曾指示各部：「各遵行軍五禁，嚴禁殺掠奸婬」，「只打真賊，不擾平民」２。「安集延虐使其眾，官軍撫之以仁，安集延貪取於民，官軍矯之以寬大」３。這對於爭取民心，瓦解敵軍，籌措軍糧，保證「戎機順迅」，無疑也起了很大的作用。
人民的擁護和支持，大大鼓舞了參戰將士的戰鬥意志和戰勝侵略者的決心。在整個作戰過程中，清軍士氣高，勇於克服地形、天候等各方面的困難。如收復南疆東四城時，「官軍整旅西征，於冰霜凜冽、彌望戈壁之中，一月馳驟三千餘里，……諸將士踴躍用命」４。收復西四城時，同樣是不顧疲勞，遠程追擊，其功成之迅，連力主西征的左宗棠也感到「非意料所及」５。除了將士用命之外，出關清軍在裝備和軍事素養方面較以前有所提高，加之他們大多有在陝甘地區作戰的經驗，而新疆的某些自然條件又與陝甘相近，這也是克敵制勝的有利條件之一。
二、清政府決策正確，選將得當
在這次戰爭中，清政府對英、俄帝國主義的外交政策，基本上是正確的。英帝國主義對中國收復新疆曾多次進行干涉和阻撓，清廷採納左宗棠等人的正確主張，斷然予以批駁，拒絕其無理要求，堅決實施驅逐阿古柏、維護祖國領土完整的戰爭，並將其進行到底，是符合中華民族利益的。在索還伊犁問題上，清政府以武力為後盾，配合外交上的折衝，使伊犁得以索還。毫無疑義，如果沒有左宗棠等的積極備戰，單憑外交鬥爭，想叫貪婪成性的俄國侵略者吐出已經吞下的獵物是不可能的。
選將是否得當，直接關係到戰爭的勝負。此次收復新疆，清政府不但採納了力主進軍西北的左宗棠的正確意見，而且任命他為欽差大臣，督辦新疆軍務。同時，在戰爭準備和實施過程中，能授予左宗棠以應有的權力，使其事權專一，能實施集中統一的指揮。而左宗棠對於前敵指揮劉錦棠也能做到充分信任，不加遙制，使其有隨機應變之權。這些，對於保證戰事的順利進行，無疑起了重要的作用。
三、戰略方針和作戰指揮正確
這次戰爭之所以能夠取得勝利，軍事戰略和作戰指揮的正確是一個很重要的原因。左宗棠提出的「緩進急戰」、「先北後南」的作戰方針，體現了因地制宜、穩紮穩打、積極主動的思想。有了正確的作戰方針，加上負責前敵指揮的劉錦棠又能比較準確地判斷敵情，靈活機斷地進行指揮，因而基本上做到了每戰必勝，兵鋒所指，侵略者望風披靡。
清軍在戰爭指導上的特點，突出地表現在以下幾個方面：
（一）充分做好戰前準備
「軍事莫重於轉餉，而轉餉莫難於塞外。」１這次作戰的地區，人稀地廣，遠離中原，交通不便，地形複雜，又是特殊的大陸性氣候，雨量稀少，冬夏、晝夜的寒暑變化急劇。軍隊在這樣的地形條件下運動和後勤保障有極大的困難。新疆產糧本來就不多，加之由於地方割據政權之間的混戰和阿古柏等的入侵，人畜流亡，田園荒蕪，就地補給不易。因此，籌集和運輸糧食問題，自然成了保證整個軍事行動的順利進行必須首先解決的戰略性問題。左宗棠強調「糧運兩事為西北用兵要著」，正是把後勤保障問題提到戰略的高度，集中力量加以解決，並在整個戰爭過程中始終予以重視。實質上，這就是「緩進」所包含的核心問題。為了準備好糧食、軍械的屯集，清軍對於需用多少兵力、多少糧食、多少經費、多少車馱，都作了周密的計算和積極的籌劃。
整個戰爭中，清軍的準備時間是較長的。從1874年9月開始，準備了一年半之後方正式發起進攻。戰爭歷時一年半，其中實戰時間不過半年多一點，其餘大部分時間都用之於戰前準備。收復北疆後到進軍吐魯番，準備了半年，利用冰雪嚴寒的冬天整訓部隊，到第二年春天才發起進攻。從收復吐魯番到邊軍南疆又準備了四個月，避開了酷暑，等到秋天轉涼後才繼續西進。在進軍過程中，清軍一段路程一段路程地鑿井開渠，備糧、備水、備草。在準備工作尚未完成之前，決不輕易對敵發起進攻。一旦完成了戰前準備，則不失時機地發起進攻，力求速決。收復達阪、吐魯番、托克遜之戰，實戰時間不到半個月；奔襲數千里，收復南疆八城，也只用了四個半月的時間。
糧運問題始終直接影響著戰爭的行動，這是當時進軍新疆的一個重要特點。清廷認識到，「此次遠道進兵，糧餉必須充裕」。「必須士飽馬騰，方足以壯軍威而張撻伐。」１左宗棠反覆強調「擔遲不擔錯」，其用意也主要在於充分做好糧運工作。每次作戰開始的時機，總是以糧食問題為轉移。如進軍北疆，必待「占城儲峙稍充」和「新谷遍野，有糧可因」時，才令各營「長驅大進，直搗賊巢」。２轉兵南路和收復南疆八城時，也總是先考慮糧食是否充裕，確保前敵將士無懸釜待炊之虞，而後開始行動。
（二）正確選擇戰略方向
戰略方向的選擇，是一個勝敗攸關的問題。進軍新疆，清軍有幾個戰略方向可以選擇，一個是先北後南，另一個是先南後北，再就是南北兩個方向同時並進。如果南北並進，勢必分散兵力，即所謂「減後勁之軍，增前路之賊，非計之得也」３。如果採取先南後北的方針，根據當時的態勢和道路情況，即是以主力從哈密西攻阿古柏軍的主要設防地域吐魯番和托克遜，得手後，再由南而北奪占達阪，進取北疆。採取這一方針，弊病甚多。首先，不能利用清軍已控制東天山北路許多城鎮的有利條件，如果北路之敵乘機東進，即使這些城鎮不失於敵手，也會造成白彥虎等回竄陝甘，擾亂後方，出現既要顧前又要顧後的不利局面。其次，吐魯番、托克遜乃是阿古柏軍的主力所在，如清軍首攻南路，阿古柏勢必傾全力抗拒。即使清軍能進至吐魯番，也將因師行戈壁，糧草難繼，頓兵堅城而兵疲意沮。一旦北路之敵由古城南下抄襲後路，那麼，清軍非但不能速決，且有可能進退維谷，導致失敗。再次，外蒙古是清軍北路運糧的重要通道，又是清軍進退的依托，如果清軍主力配置在天山以南，敵軍勢必威脅清軍這一重要翼側。事實上，在戰前，敵人已多次襲擾這一糧道。正是由於清軍集結主力於北路，加強了後方供應線的保護，才阻止了敵人竄擾的行動，使其失去在北路廣大地區迴旋的餘地。相反，清軍採取先北後南的戰略，則處處主動，措置裕如。阿古柏侵略軍的巢穴和主力均在南疆，北疆（不含伊犁）則是剛歸附阿古柏的白彥虎及馬人得等的勢力，他們雖然盤踞北疆的大部地區，但互有矛盾，指揮不統一，力量不集中，便於乘虛而入，各個擊破。首先消滅北路之敵，進可打開南疆門戶，迅速擴張戰果，退可守住穩固的基地。因此，清軍采勸先北後南」的方針是正確的。正是由於正確地選擇了戰略方向，從而做到了首戰告捷，取得了主動，然後由北而南，節節深入，使阿古柏侵略勢力節節敗退，直至被消滅。
（三）靈活實施作戰指揮
清軍之所以能夠速戰速決，還由於作戰指揮比較靈活，能審時度勢，正確選擇打擊目標，集中兵力，各個擊破敵人。如收復北疆的作戰，攻烏魯木齊以前，先打古牧地；在攻古牧地時，佯示敵以從大路進攻，而把主攻方向選擇在黃田，採用奇襲戰法，突然行動，打亂了敵軍部署；得手後，立即以數倍於敵的優勢兵力，從兩個方向實施突擊，並注意步、騎、炮兵之間的協同動作，形成拳頭，迫使古牧地之敵紛紛潰降，從而動搖了北疆守敵的全局，保證了烏魯木齊和北疆其它各城的迅速收復。進兵南路時，則採取分進合擊的方針，「使賊備多力分，不至為所牽綴」１，取得了決戰的勝利，殲滅了阿古柏的主力，為收復南疆奠定了勝利的基矗在進軍過程中，清軍還十分注意偵察敵情，善於抓住有利時機，大膽實施機動。如收復達阪、吐魯番和托克遜後，本打算在做好更充分的準備之後再逐步西進，但經過偵察，發現敵人企圖逃跑時，前線指揮劉錦棠能立即機斷行事，挑選精壯，跟蹤追擊。在長途追擊中，前鋒部隊不顧飢餓勞累，晝夜兼程，敢於以少勝多，勇猛衝殺，使敵人得不到喘息之機，後續部隊也能快速跟進，緊密協同，從而保證了南疆八城的迅速收復和戰爭的最後勝利。
從敵人方面看，阿古柏依靠英俄帝國主義支持，進行投機冒險的侵略活動，其本質和基礎自然是虛弱的，經不起為保衛祖國而戰的優勢清軍的打擊。阿古柏在軍事上固然有其狡詐的一面，但畢竟還是愚蠢的。他在新疆進行了長達十四年的殖民統治，而戰前準備卻並不充分。當清王朝忙於鎮壓陝甘回民起義無暇西顧時，阿古柏未能控制哈密這個新疆通往內地的咽喉要地；在清軍進疆之初，又未能趁清軍主力尚未到達哈密及巴裡坤、濟木薩等地時，事先搶佔這些戰略要點，使清軍陷於不利境地。阿古柏仗恃其主子英國的勢力，寄希望於清政府屈從英國的壓力，承認其所謂的「哲德莎爾」殖民統治，因而錯誤地判斷了中國軍民驅逐侵略者的決心。在作戰指揮上，他基本上是實行一種被動挨打、消極防禦的方針。在清軍進攻古牧地時，他躲在托克遜；當清軍進攻達阪時，他更遠逃喀喇沙爾。這樣，勢必使其內部固有的矛盾迅速發展，以致互相觀望，互不協同，為清軍逐個殲滅提供了條件。