一、《恰克圖協約》的簽訂
在沙俄政府的壓力和日、法、英、德等國的「調停」下，中俄兩國從1912年11月起開始就蒙古問題舉行談判。由於沙俄政府態度蠻橫，提出種種無理要求，談判曾一度中斷。1913年9月，在北京重開談判，於11月5日簽訂了《中俄聲明文件》。在《聲明》中，袁世凱賣國政府承認外蒙古「自治」，聲明不干涉外蒙「內政」，不在外蒙駐軍、移民和派置文武官員。在中俄互換的照會中，還規定以後「凡關於外蒙古的政治、土地交涉事宜，中國允許和俄國政府協商，外蒙古亦得參與其事」，實際上承認了沙俄對外蒙古的控制。俄國則承認了中國對外蒙古有名無實的宗主權。
根據《中俄聲明》，於1914年9月8日在恰克圖舉行了中俄蒙談判。在會議上，俄國代表名為「調停」，實則對中國北京政府代表進行刁難要挾。經過九個多月的談判，於1915年6月簽訂了《中俄蒙協約》（亦稱《恰克圖協約》）。該協約實際上是《中俄聲明文件》的進一步具體化，規定了中國在外蒙古行使宗主權的一些表面性條款，中國、俄國承認外蒙古「自治」，哲布尊丹巴取消「大皇帝」稱號及「共戴」年號，由中華民國大總統冊封，採用民國年歷。北京政府則承認沙俄在外蒙古取得的各種特權，事實上承認了沙俄對外蒙古的殖民統治。
沙俄在策動外蒙古「獨立」的同時，還派軍隊開入外蒙古西北部的唐努烏梁海地區，強行霸佔了我國十七萬平方公里的領土。1915年恰克圖會議時，北京政府代表提出了唐努烏梁海問題，沙俄代表竟拒絕討論。沙俄侵佔我國唐努烏梁海地區，歷屆中國政府均未予承認，亦從未聲明放棄對這一地區的主權。
二、擊退巴布扎布匪軍對內蒙的竄擾
在《中俄蒙協約》簽訂後，沙俄侵吞內蒙古的野心仍然不死，不斷指使外蒙叛軍進行武裝騷擾。沙俄政府利用中國北京政府與它互換照會時所發表的對於叛逃外蒙參與庫倫「獨立」的內蒙人員，允許他們返回內蒙原籍，不予治罪的聲明，於1915年冬派遣巴布扎布２率領叛匪數千人，以返旗名義竄入內蒙，大肆騷擾搶掠。當北京政府令其解散匪眾，停止騷擾時，巴布扎布竟進行武力抗拒。北京政府遂令多倫、林西一帶駐軍進行圍剿。在政府軍的沉重打擊下，巴布扎佈於同年11月中旬率匪眾逃到外蒙境內的游格吉廟。多倫鎮守使蕭良臣率部跟蹤追擊，於11月16日進佔堪布廟（距游格吉廟百餘公里），偵知巴布扎布準備進行反擊。當時，蕭良臣所率兵力僅及巴布扎布匪軍的三分之一，若向後路調兵，相距千里，緩不濟急，若採取守勢，又將被動挨打。蕭良臣考慮到與其「坐以待困，莫若先發制人」，遂一面發電請示上級，一面行文馳送巴布扎布，「以緩其攻我之心」。１同時，激勵將士積極進行襲擊巴匪的準備。蕭良臣在得到上級允許後，於11月20日夜，冒風踏雪，率部由山間小道兼程前進。蕭部晝匿沙窩澗谷，日落繼進，越過匪卡堡壘，於22日黎明出敵不意地直搗匪巢游格吉廟。巴匪於睡夢之中突遭襲擊，驚惶失措。蕭部「奮勇直前，勢如潮湧」，當場斃匪千餘名。上午11時，巴匪向東北逃竄。蕭良臣下令分頭追擊，又生擒七百餘名，奪獲大炮一門、機槍一挺、步馬槍千餘支，其它物資無算。
沙俄惟恐巴匪殘部被全部消滅，便指使外蒙「自治」政府「總理」賽音諾顏汗及「外長」輔國公車林多爾濟，到北京政府駐庫倫的都護使公署進行交涉，要求政府軍退出外蒙古。這種無理要求，當即遭到都護使的駁斥。事後，外蒙「自治」政府派出蒙兵一千名赴游格吉廟，另一千名赴烏得、巴爾虎東北各處，名為防堵巴匪，實為防堵政府軍。11月28日，沙俄駐庫倫總領事米勒爾又親自出馬，與中國駐庫倫都護使進行交涉，胡說中國政府軍進入外蒙違反了《中俄蒙協約》，狂妄聲稱「外蒙為中國領土，不過是條約上之名詞，內外蒙本有界限，自不應隨意侵越」２。米勒爾還以沙俄政府的名義，無理要求中國政府軍退出外蒙古。庫倫都護使當即給予批駁，並揭露沙俄支持巴匪的種種事實。沙俄領事無言對答，狼狽而返。後來，北京政府在沙俄壓力下，下令政府軍停止追剿。巴布扎布率殘匪逃到外蒙與呼倫貝爾交界的喀爾喀河一帶，受到沙俄侵略者的直接庇護。以後，巴布扎布又投靠日本，充當俄、日帝國主義的雙重侵略工具。1916年10月，在其竄犯林西時，被政府軍擊斃，受到了應得的懲罰。
1917年，俄國十月革命推翻了沙皇的統治，外蒙傀儡集團失去了靠山。在這種形勢下，外蒙古「自治」政府的王公大臣，於1919年11月聯合上書民國政府，「情願取消自治」，宣佈與沙俄所訂的條約、協定「概無效力」。1920年1月，呼倫貝爾副都統勝福亦要求撤銷「特別區域」，廢除與沙俄政府訂立的「協定」與各種「合同」。沙俄妄圖侵佔我國蒙古地區的陰謀終以失敗而告終。