公元前211年，有顆隕星墜落在東郡。有人在那塊隕石上刻了「始皇死而地分」幾個字。秦始皇聽說後，派御史前去挨家查問，但沒有人認罪。秦始皇於是把居住在那塊石頭周圍的人全部抓來殺了，並焚燬了那塊隕石。
當年秋天，有一個使者晚上出行，遇到一個人手持玉璧的人。他攔住使者說：「替我送給滈池君。」又說：「今年祖龍死。」使者問他緣由，那人忽然不見，只留下了玉璧。使者捧回玉璧向秦始皇陳述了自己的見聞。秦始皇沉默了良久說：「這沒什麼大不了的，山裡鬼怪只不過能預知一年的事而已。」當時已是秋季，秦始皇認為那年的日子已不多，這話未必能應驗。到退朝時他又說：「祖龍就是人的祖先。」故意把「祖」解釋成祖先，祖先是已死去的人，因此「祖龍死」自然與他沒什麼關係。秦始皇接著又讓御府察看那塊玉璧，竟然是秦始皇以前出巡時沉入江中的那塊。秦始皇心裡很害怕，還專為此事進行了占卜。
帝王隱居
盧生勸說秦始皇道：「我們尋找靈芝、奇藥和仙人一直找不到，一定是有什麼東西與它們相剋。我們建議您要不時秘密出行，來驅逐惡鬼。惡鬼避開了，神仙真人才會來到。您居住的地方如果讓臣子們知道，就會妨害與神仙交往，希望您所住的宮室不要讓別人知道。這樣，不死之藥或許能夠得到。」秦始皇就對外宣稱說：「我羨慕神仙真人，我自己就叫『真人』，不再稱『朕』了。」他還下令咸陽附近二百里內的二百七十座宮觀都用天橋、甬道相互連接起來，把帷帳、鐘鼓和美人都安置在裡邊，全部按照所登記的位置不得移動。皇帝所到的地方，如果有人說出去，就判死罪。
一次秦始皇臨幸梁山宮，從山上望見丞相的隨從車馬眾多，很不滿意。宦官近臣裡有人把這件事告訴了丞相，丞相就減少了車馬數目。秦始皇得知後生氣地說：「這肯定是宮中有人洩露了我的話！」經過一番審問，還是無人認罪，他就下令把當時跟隨在旁的人抓起來，全部殺掉。從此以後再沒有人知道秦始皇的行蹤了。
巡行天下
秦始皇是個喜歡巡行天下的人，他一生曾經六次出巡。一次，他出巡時在湘山祠遇到大風，幾乎不能渡河。秦始皇問博士（當時的一種官職）說：「湘君是什麼神？」博士回答說：「聽說是堯的女兒，舜的妻子，埋葬在這裡。」秦始皇對這個湘君非常生氣，認為是在故意與他作對，就派人把湘山上的樹全部砍光。因為當地是紅土，湘山也變成了紅色的禿山。
秦始皇的出巡時常與危險相伴。公元前218年，秦始皇到東方巡遊。在到達陽武縣博浪沙時，遭到張良和一名大力士的行刺。刺客誤中副車，秦始皇受了驚嚇，就命令全國大規模搜捕了十天來捉拿刺客，但最終也沒有捉到。還有一次，秦始皇和四個武士一起在咸陽穿便裝出行，晚上在一個叫蘭池的地方遇見了強盜，形勢十分危急，幸虧武士們打死了強盜，他才得以脫險。秦始皇為此事在關中大規模搜捕了二十天。
秦始皇在出巡中還曾在海上射殺過大魚。方士徐巿等人入海尋找仙藥，花費了很多時間和錢財也沒找到。他害怕遭受責罰，就欺騙秦始皇說：「蓬萊仙藥可以找到，但我們時常被大鯊魚困擾，所以無法到達。希望皇上派善射之人一起前往，遇到大鯊魚就用連發的弓弩射它。」恰巧秦始皇做夢與海神交戰，海神的形狀與人形相似。占夢的博士說：「水神本來是看不到的，他用大魚蛟龍做偵探。現在皇上的祭祀周到而恭敬，卻出現這種惡神，只有把它除掉才能找到真正的善神。」於是秦始皇命令入海的人攜帶捕大魚的工具，親自帶著弓弩去射殺了一條大魚。
始皇焚書
一次，秦始皇在咸陽宮擺設酒宴，七十位博士上前獻酒頌祝壽辭。齊人淳於越說：「我聽說殷朝、周朝統治天下達一千多年，主要原因在於分封兒子兄弟，作為枝葉。現在陛下雖富有世界，可是你的兒子們卻跟平民一樣，一旦發生危險，誰能來幫助救援你呢？凡事如果不傚法古人而能長久的，現在還沒有聽說過呢。」丞相李斯不同意他的意見，對秦始皇說：「五帝和夏、商、周的制度各不相同，可是都憑著各自的制度使天下大治。這並不是他們故意要彼此相反，而是由於時代變了，情況不同了。現在陛下開創了大業，建立起萬世不朽之功，儒家學者們愚陋，對這樣的新局面，是不能領略理解的。況且淳於越所說的是夏、商、週三代的事，都已經是幾千年以前的事了，哪裡值得取法呢？從前諸侯並起紛爭，才大量招攬遊說的人才。現在天下平定了，法令出自陛下一個人，百姓在家就應該致力於農工生產，讀書人就應該學習法令刑禁。現在儒生們不學習今天，卻要一心一意傚法古人，以此來誹謗當世，擾亂民心。他們只欣賞自己私下所學的知識，指責朝廷所建立的制度。當今皇帝已統一天下，分辨是非黑白，一切決定於至尊皇帝一人。可是私學卻一起非議法令，入朝的時候就在心裡指責，出朝以後就去街巷談議，在君主面前誇耀自己，說一些奇特的觀點來抬高自己，在民眾當中帶頭製造謠言。如不禁止，君主威勢就會下降，朋黨的勢力就會形成。我請求讓史官把不是秦國的典籍全部焚燬。除博士官署所掌管的之外，天下人收藏的《詩》、《書》和諸子百家著作，全都送到地方官那裡去一起燒掉。有誰敢在一起談議《詩》、《書》的話，就把他們處以死刑，借古非今的更是要把全家都殺掉。官吏如果知道而不舉報，以同罪論處。命令下達三十天仍不燒書的，臉上刺字，發配邊疆。百姓只可留下醫藥、占卜、種植之類的書。如果有人想要學習法令，就以官吏為師。」秦始皇覺得他言之有理，便聽取了李斯的建議，將天下的典籍都用火燒掉了。