於仲文，字次武，是建平公於義之兄的兒子。
父親於萛，北周大左輔、燕國公。
仲文小時就聰明機靈，很小上學，就沉溺書中而不知疲倦。
他父親感到很奇異，說：「這個兒子肯定會振興我們於家。」他九歲時，曾在雲陽宮拜見北周太祖。
太祖問他：「聽說你愛讀書，書上有些什麼？」仲文回答說：「幫助父親，侍奉君王，只有忠孝而已。」太祖非常讚賞他。
這以後他跟博士李祥學習《周易》、《三禮》，略知大義。
長大後，倜儻風流而胸有大志，氣度超凡，當時稱他是名公子。
開始當趙王的部下，不久升任安固太守。
任、杜兩家都丟了牛，後來找到一頭牛，兩家都說是自己的，州郡無法決斷。
益州長史韓伯雋說：「安固於太守年少時就很聰明，可讓他決斷這事。」於仲文說：「這事很容易解決。」於是讓兩家各趕牛群來，放出那頭牛，那頭牛就奔向任家的牛群中。
他又偷偷讓人輕輕地傷了那頭牛，任家人歎惜不已，而杜家人卻沒事一般。
於仲文於是訶責姓杜的，姓杜的認罪而去。
始州刺史屈突尚，是宇文護一黨的，以前因事入獄，無人敢治他結黨之罪。
於仲文到郡後，窮追究治，終於讓他坐牢。
蜀中人因此傳語說：「明斷無雙有於公，不避強暴有次武。」不久，調他任御正下大夫，封為延壽郡公爵，食邑三千五百戶。
幾次隨軍出征，累功陞遷到當儀同三司。
北周宣帝時，他任東郡太守。
隋高祖為北周丞相後，尉遲迥造反作亂，派部將檀讓攻佔黃河以南地區。
尉遲迥還派人誘招於仲文，仲文拒絕了。
尉遲迥恨他不聽自己的，派儀同宇文威進攻他，於仲文迎戰，大破宇文威，斬首五百多級。
仲文因功被授為開府。
尉遲迥又派其部將宇文胄渡過石濟，宇文威、鄒紹從白馬，兩路俱進，又進攻於仲文。
賊人的勢力更大，東郡人十分害怕，郡中人赫連僧伽、敬子哲率人響應尉遲迥。
於仲文估計不能挺住，拋妻別子，帶六十多個騎兵，打開城西門，衝破重圍而逃走。
他被賊人追趕，且戰且行。
跟隨他的騎兵，十之七八都戰死。
仲文獨得免禍，到達京師。
尉遲迥於是殺了他的三子一女。
高祖見仲文，引他到內室，為他下淚。
高祖賜他采帛五百段，黃金二百兩，提拔他當大將軍，兼任河南道行軍總管。
給他鼓吹，讓他乘驛車到洛陽發兵，以討伐檀讓。
當時韋孝寬在永橋一帶抵抗尉遲迥，仲文到孝寬處與他商議。
當時，總管宇文忻頗有自疑之心，因此對仲文說：「你剛從京師來，你看丞相的意思怎麼樣？尉遲迥實在不值得一打，只擔心事情完了以後，又有鳥死藏弓的憂慮。」仲文怕宇文忻發生變故，就對他說：「丞相寬弘大度，明識有餘，我們如能盡力為國，他必定不會有二心。
我在京師三天，常見他有三個好處，以此看來，丞相不是一般的人。」宇文忻說：「三個好處怎樣？」於仲文說：「有個叫陳萬敵的，新近從賊人中來，丞相馬上叫他的弟弟陳難敵召集人馬，隨官軍討伐賊人。
這是丞相有大度的第一個長處。
上士宋謙，奉命調查一些事，宋謙於是要調查陳萬敵別的罪過。
丞相責備他說：『上當入網的，自可推求，何必又去調查訪問，有虧大禮！』這是他不管人隱私的第二個長處。
說到我於仲文的妻子兒女，丞相沒有不潸然落淚的。
這是丞相有仁愛之心的第三個好處。」宇文忻從此才安下心來。
於仲文的部隊到汴州的東倪塢，與尉遲迥的部將劉子昂、劉浴德等相遇，仲文進擊而破之。
仲文軍駐紮在蓼堤，離梁郡七里，檀讓擁眾幾萬。
仲文用老弱挑戰，檀讓軍全部來拒戰。
於仲文假裝失敗逃跑，檀讓軍很驕傲輕敵。
仲文於是派出精兵在左右兩翼出擊，大敗檀讓軍，活捉五千多人，斬首七百級。
仲文軍進攻梁郡，尉遲迥的守將劉子寬棄城逃走。
仲文率軍追擊，活捉、斬殺敵軍幾千人，劉子寬獨個逃走。
當初，仲文在蓼堤時，諸將都說：「我軍從遠方來，人馬疲勞，不可立即決戰。」仲文卻令三軍立即吃飯，擺陣大戰。
破賊以後，諸將都請教道：「此前，我軍疲勞，按道理不可交戰，最後反而克敵制勝，這是用的什麼計？」仲文笑著說：「我所率領的將士，都是華山以東地區的人，他們善於速戰速決，不應該打持久戰。
乘勢進軍，我們所以能克敵制勝。」諸將都認為他們趕不上仲文。
仲文軍進擊曹州，活捉了尉遲迥所署的刺史李仲康和上儀同房勁。
檀讓率餘部駐在城武，部將高士儒率萬人駐紮在永昌。
於仲文裝模作樣下公文到各州縣說：「大將軍來了，你們可以積集點糧食。」檀讓還以為於仲文不可能馬上到，正在那裡殺牛犒賞人馬。
於仲文知道他太大意，挑選騎兵襲擊他，一天便趕到了。
於是，於仲文攻佔了城武。
尉遲迥的部將席毗羅，擁眾十萬，駐紮在沛縣，將要攻打徐州。
他的妻子兒女在金鄉。
於仲文派人假裝是席毗羅的使者，對金鄉城的守主徐善淨說：「檀讓明天午時到達金鄉，將要宣佈蜀公的命令，犒賞將士。」金鄉人信以為真，都很喜歡。
於仲文挑選精兵，打起尉遲迥的旗幟，加速前進。
徐善淨遠遠望見於仲文軍將到，還以為是檀讓來了，於是出城迎接。
於仲文活捉了他，於是佔領金鄉城。
諸將大多勸仲文屠城，仲文說：「這裡是席毗羅起兵的地方，我們應寬待他們的妻子兒女，那麼，他的部下會自動回來。
如果屠城，他們就絕望了。」眾人都說好。
於是席毗羅仗著人多勢眾，來逼近官軍。
於仲文背城佈陣，在離陣幾里遠的地方，在麻田里設下埋伏。
兩下裡剛剛交手，仲文的伏兵就動手了，他們都曳著柴，鼓噪吶喊，塵埃升得很高。
席毗羅的部隊潰逃了，於是仲文乘機追殺，賊人都投洙水而淹死，洙水因此而斷流。
仲文活捉了檀讓，用囚車把他送到京師。
黃河以南地區全部平定。
席毗羅藏在滎陽一戶民家，被捉來殺了，把他的首級傳到京師。
朝廷為於仲文刻石紀功，碑就樹立在泗水之濱。
於仲文回到京師朝見高祖，高祖引他到內室，一起飲宴，極盡歡樂。
賜他雜采一千多段，妓女十人，又授他柱國、河南道大行台。
剛好這時高祖受北周之禪，他就留在了京師。
不久，他的叔父、太尉於翼因罪下獄，於仲文也被有關官吏抓到牢裡去了。
他在獄中上書高祖，說：我聽說春生夏長，是天地平分之功；子孝臣忠，是人倫不易之道。
過去尉遲迥作亂，所在之處，如影隨物地都追隨他。
我地處險要的函谷關和黃河之間，地方是要衝。
我嘗膽枕戈，誓死為國。
尉遲迥當時收買我，用大將軍的官位和萬戶侯的爵祿。
我不顧妻子兒女，不愛惜自己的生命，冒著白刃，突破重圍。
我的三個兒子、一個女兒，相繼慘死。
我披肝瀝膽，跑到京師。
承蒙陛下授我高官，委我兵權。
那時黃河以南的賊人，如狼似鴟。
我以八千疲弱兵卒，掃除妖霧，在梁郡打敗劉子寬，在蓼堤打敗檀讓，平定曹州，收復東郡、安城、武定、永昌，解了亳州之圍，消滅了徐州的賊人。
席毗羅的十萬之眾，一戰便土崩瓦解；黃河南邊的蟻聚之徒，我都按時消滅了。
在群凶問鼎之時，百姓無主之日，我的二叔於翼先在幽州，總管燕趙，他南鄰反賊，北防胡人。
他內外安撫，轄區才得以免遭禍害。
我的五叔於智，在黑水一帶樹起大旗，與反賊王謙為鄰。
五叔他遏制蠻人，鎮守蜀道。
我的兄長於豈頁，任州牧於淮南，受命殺敵，他乘機剿賊，傳賊人首級到京師。
王謙竊據二江，背叛於蜀。
我的第三個叔父於義，受命於朝廷，替天討逆。
我家此外的父叔兄弟，都受到文武重任，或受命於危難之際，或侍衛於戰陣之前。
我們於家全家忠誠，望能查明真相。
請陛下垂泣辜之恩，降雲雨之施，追草昧之始，錄點滴小寶。
這樣，那麼就能死灰重燃，枯骨生肉，不勝感激之至，謹冒死上聞。
皇上看了表章，將於仲文和於翼都放了。
不久，皇上下詔，讓於仲文率兵屯紮在白狼塞，以防備胡人。
次年，授他行軍元帥，統帥十二總管，以進攻胡人。
出兵服遠鎮，遇到胡軍，打敗了他們，斬首一千多級，得到牲畜數以萬計。
於是，從金河出白道，派總管辛明瑾、元滂、賀蘭志、呂楚、段諧等二萬人出盛樂道，到那頡山去。
官軍到了護軍川北邊，與胡人軍相遇，可汗見於仲文的軍隊軍容整肅，不戰而退。
於仲文率領精幹的五千騎兵，越山追擊，沒追上而回還。
皇上因尚書省文書多而雜，官吏多行奸詐，讓於仲文調查尚書省的事。
他所揭發的尚書省的問題很多，皇上嘉獎他的明斷，厚加慰勞賞賜。
皇上每每擔心運輸跟不上，於仲文請求挖掘疏通渭水，開通水運。
皇上以為然，讓仲文總管這件事。
到伐陳戰爭時，授他行軍總管，率水軍從章山出漢口。
陳國的郢州刺史荀法尚、魯山城主誕法澄、鄧沙彌等請求投降，秦王楊俊都讓於仲文率兵接受他們投降。
高智慧等人在江南作亂，他又以行軍總管身份討伐他們。
當時三軍缺糧，米價猛漲，於仲文私下裡賣軍糧，因此被除名。
次年，他被恢復官爵，率領兵馬駐紮在馬邑，以防備胡人。
過了幾十天，就作罷了。
晉王楊廣因於仲文有將帥之才，常注意他。
到這時，晉王上奏，要於仲文去，朝廷於是下令讓他監督晉王軍府之事。
後來突厥進犯邊塞，晉王任元帥，讓仲文率領先頭部隊，大破賊人而回。
仁壽初年，授仲文為太子右衛率。
煬帝即位後，升他為右翊衛大將軍，參與掌管選用文臣武將之事。
隨煬帝討伐吐谷渾，仲文升任光祿大夫，很被親信。
遼東戰爭爆發，於仲文率軍直指樂浪道。
部隊駐紮在烏骨城，於仲文挑選瘦弱的馬、驢幾千頭，放在軍後。
接著率部往東。
高麗人出兵襲擊他的後部，仲文回軍打擊，大破敵軍。
到鴨綠江，高麗將領乙支文德詐降，來到於仲文的軍營。
仲文早就接到密旨，如遇到高元和乙支文德，一定要抓住。
到這時，乙支文德來了，於仲文將要活捉他。
當時尚書右丞劉士龍任慰撫使，堅持勸阻他。
仲文於是放了乙支文德。
接著又後悔，派人騙文德說：「還有話要說，你可再來一下。」文德不聽，於是渡江。
於仲文選拔騎兵渡江追他。
每次作戰，必破敵軍，乙支文德送詩於仲文說：「神策究天文，妙算窮地理。
戰勝功既高，知足願雲止。」於仲文回信叫他投降，文德燒掉軍營而逃走。
當時宇文述因糧盡想退軍，於仲文說要以精兵追殺乙支文德，可以立功。
宇文述堅持阻止他，於仲文發怒說：「將軍率十萬之眾，不能破小賊，有何臉面見皇上？而且這麼一退，我於仲文此行，就無有戰功了。」宇文述也厲聲說：「何以見得無功？」於仲文說：「過去周亞夫為將時，看見天子，軍容不變。
這是因為決定權在他一人手裡，所以他能功成名就。
現在我們卻人各一心，怎能赴敵？」起初，煬帝因於仲文有謀略，下令各部聽他節制，所以仲文才有這番話。
因此，宇文述等人不得已而聽他的，於是前行。
往東到了薩水，宇文述以士兵飢餓為由而退回，所以隋軍失敗。
煬帝把這事交給有關部門處理，諸將都把罪過推給於仲文。
煬帝大怒，放了諸將，獨關仲文。
仲文憂憤發病，病很重了才出獄，死在家裡，時年六十八歲。
仲文撰有《漢書刊繁》三十卷、《略覽》三十卷。
有九個兒子，於欽明最有名。