元巖字君山，河南洛陽人。
父親元禎，西魏敷州刺史。
元巖好讀書，但不研究章句，剛正有器度，以名節自許。
小時與渤海人高赹、太原人王韶等為同志，很友善。
仕北周，開始當宣威將軍、武賁給事。
大塚宰宇文護見了，很器重他，讓他當中外記室。
累次陞遷到當內史中大夫，昌國縣伯爵。
周宣帝繼位後，為政昏庸暴虐。
京兆郡丞樂運於是運來棺木，決心一死，到朝廷上，陳述宣帝的八大過失，言辭很懇切。
宣帝大怒，將殺他。
朝中大臣都很害怕，沒有誰救他。
元巖對人們說：「臧洪同日，尚可俱死，何況還是比干呢？如樂運不免於禍，我將與他一起去死。」於是到朝廷上請求召見，對宣帝說：「樂運知道他上書必死，他之所以不顧身家性命，就是想得到流傳後世的好名聲。
陛下如殺了他，是成全了他的芳名，落入他設的圈套。
不如慰勞他而打發他去，以擴大皇上的氣量。」樂運因此得免於一死。
後來宣帝將殺烏丸軌，元巖不肯在詔書上署名。
御正顏之儀切諫宣帝，宣帝不聽。
元巖跟著進去，脫下頭巾，給宣帝叩頭，三拜三進。
宣帝說：「你想和烏丸軌結黨嗎？」元巖說：「我不想與烏丸軌結黨，只擔心您濫殺無辜，絕了天下人望。」宣帝發怒，讓宦官打他的嘴巴，於是把他廢黜在家裡。
隋高祖為北周丞相後，提拔元巖當開府，民部中大夫。
高祖受禪後，授他兵部尚書，晉爵為平昌郡公，食邑二千戶。
元巖生性持重，明達世務，每次有上奏或議論，他都侃然正色，在朝廷上爭論，當面駁斥皇上，從不迴避。
皇上和公卿們，都敬畏他。
當時高祖剛剛即位，每念北周諸侯微弱，以致亡國，因此分封諸子為王，讓他們的權力與皇室不相上下，以此為磐石之固。
皇上讓晉王楊廣鎮守并州，蜀王楊秀鎮守益州。
二王都年小幼稚，皇上於是大力選拔那些品德好、有威望的人當他們的僚佐。
當時元巖和王韶都以正直出名，人們認為他們二人的才能都可與高赹相比，因此拜授元巖為益州總管長史，王韶為河北道行台右僕射。
高祖對元巖說：「你是宰相之大才，如今委屈你，讓你輔佐我的兒子，就如曹參輔佐齊王的意思。」元巖到任後，法令嚴明，吏民稱讚。
蜀王楊秀生性奢侈，曾想把獠人Yan割成宦官，又想活活地開剖犯了死罪的囚犯，取活人膽作藥，元巖都不照辦，上門切諫，蜀王就道歉作罷。
蜀王怕元巖，因此常常遵循法度。
蜀中的訴訟，只要是元巖裁定的，沒有不心悅誠服的。
其有得罪的人，他們互相說：「是平昌公給我們定的罪，我們有什麼怨恨的呢？」皇上很讚賞他，賞賜很多。
開皇十三年(593)，在官任去世。
皇上痛惜哀歎很久。
益州的父老鄉親們，沒有不傷心落淚的，到現在還在思念他。
元巖去世後，蜀王竟然行其惡志，漸漸到非法，造渾天儀、司南車、記裡鼓，凡是穿著的服飾，都與天子一樣。
他又與王妃一起出去打獵，用彈丸來彈人。
又多捕獠人，以作宦官。
其僚佐無人能夠勸阻。
楊秀得罪被廢後，皇上說：「元巖如果還在，我的兒子怎麼會有這天！」其子元弘繼承爵祿。
元弘歷任給事郎、司朝謁者、北平通守。