樊子蓋字華宗，廬江人。
祖父樊道則，梁國的越州刺史。
父親樊儒，侯景之亂時投奔北齊，官至仁州刺史。
樊子蓋開始當武興王的行參軍，後出京任慎縣縣令，東汝、北陳二郡的太守，員外散騎常侍，封爵富陽縣侯，食邑五百戶。
北周武帝平定北齊後，授他儀同三司，郢州刺史。
隋高祖受北周禪讓後，他以儀同身份統領鄉兵，後授樅陽太守。
在平定陳國的戰爭中，他因有功被加授上開府，改封爵位為上蔡縣伯，食邑七百戶。
賜他縑帛三千段，粟米九千斛。
授他辰州刺史，不久調任嵩州刺史。
遭母喪離職。
不久，授他齊州刺史，他推辭，朝廷不許推辭。
這年，轉任循州總管，同意他相機行事。
開皇十八年(598)入京，上奏朝廷嶺南地圖。
朝廷賜他良馬和其他雜物，讓他統領四州，令他回到任上去，派光祿少卿柳謇之在灞上為他餞行。
煬帝即位後，把他調回京師。
後轉任涼州刺史。
樊子蓋對煬帝說：「我從居住嶺南，到現在十年了。
犬馬之情，不勝戀戀。
我想在朝廷奔走當差，萬死無恨。」煬帝賜給他縑采三百段，安慰、鼓勵他，打發他到涼州赴任。
後來，授他銀青光祿大夫、武威太守，以仁政出名。
大業三年(607)入京朝拜，煬帝把他帶到內殿，特別誇獎他。
煬帝於是下詔書說：「設官之道，必在用賢；安民之術，莫如仁政。
龔、汲振仁德教化於前，張、杜垂清風廉政於後，共治天下，真是好地方官。
樊子蓋幹練、敏銳，品性清廉，從出守西邊以來，仁愛為先，安撫有方，恩威得宜，處在脂膏之中而不揩油，喝了貪泉之水怎可改變他的品性？所以他能政績突出，考察官吏，他為第一。
凡是在官位上的，沒有哪個不是王臣，如能人人都想奉公盡職，各人施展其才能，我將垂拱而治，何愁天下不治呢？」於是提拔他當金紫光祿大夫，賜給他上千段縑帛，讓他繼續當太守。
大業五年(609)，煬帝西巡，將到吐谷渾去。
樊子蓋因那裡多有瘴氣，獻青木香以防霧露。
煬帝回來，對他說：「人人都說你很清白，真這樣嗎？」樊子蓋謝罪說：「我怎敢自稱清廉，只是小心謹慎，不敢受賄罷了。」因此賜給他好吃的一百多斛。
煬帝又下詔書說：「搞好道德教化，真是通用的治民辦法。
懲惡揚善，以明升降。
我親自視察黃河以北地區，觀察民風，經歷各郡縣，我都要考察政績。
這裡很少遵守法令，大多觸犯刑律。
但金紫光祿大夫、武威太守樊子蓋，操行清廉，始終不渝，立身正派，為政簡明。
他恩威並舉，寬嚴兼濟，所以百姓怕他愛他，不至於迫使他把政治搞得很嚴酷。
他實在有養民的大功績，實在是國家的好大臣，應加以褒獎，以弘揚正氣。
授他右光祿大夫，仍舊當太守。」賜給他縑帛一千匹，糧食二千斛。
樊子蓋又自陳說：「我是南方人，到了西邊，常為外臣，未當京官，不能陪皇上，侍奉您。
我死在邊城，沒有遺恨，只請陛下明察。」煬帝說：「你侍奉我，只不過侍奉一個人罷了。
把西邊委託給你，你就是萬人之敵。
應該明白我的用意。」大業六年(610)，煬帝到隴川宮避暑，又說想到河西去。
樊子蓋盼望皇上去，盼望皇上巡視涼州。
煬帝知道了，下詔書說：「你向來心懷忠誠，聽說我西幸，欣然盼望我去。
你的耿耿忠心，真應嘉獎。
應該保持這種純潔的忠誠，直到最後。」這年，他到江都宮朝見皇上。
煬帝對他說：「富貴了卻不回故鄉去走走，就像穿著錦繡而夜裡走路一樣。」煬帝讓子蓋的故鄉廬江郡搞個三千人的大聚會，賜給米麥六千石，讓子蓋回故鄉拜謁祖墳，宴請父老鄉親，當時的人都以此為榮。
回京後授為民部尚書。
當時處羅可汗和高昌王都與朝廷通好，煬帝又讓子蓋任武威太守，與這兩個蕃邦打交道。
遼東戰爭開始後，煬帝調他當左武衛將軍，領兵出長岑道。
後因要給煬帝當宿衛，沒去成。
提拔他當左光祿大夫，依舊當尚書。
這年煬帝回東都，讓子蓋任涿郡留守。
大業九年(613)，煬帝又到遼東去，命子蓋為東都留守。
適逢楊玄感造反，來逼王城東都。
子蓋派河南贊治裴弘策迎擊叛軍，反為叛軍所打敗。
子蓋於是殺了裴弘策。
國子祭酒楊汪對他稍有不恭，子蓋又要殺他。
楊汪下拜謝罪，叩頭叩出血來，很久以後才放他。
於是三軍沒有不怕他的，將官們不敢抬頭看他。
楊玄感每次用盡精銳攻打東都，子蓋都是不慌不忙地佈防，叛軍一來就被打敗，所以很久不能打下東都。
剛好來護兒的援兵到了，楊玄感就解去對東都的包圍而離去。
子蓋總共殺死的叛軍有幾萬人。
他又任檢校河南內史。
煬帝到了高陽，他追到煬帝處。
繼而引他拜見皇上，煬帝迎接並慰勞他說：「往日漢高祖留蕭何於關西，光武帝把河內委託給寇恂，你就是這樣的人啊！」樊子蓋拜謝說：「我任重才小，怎可與這兩位賢人相比？只因陛下威靈，小盜不值得清除罷了。」升他為光祿大夫，封為建安侯，仍舊當尚書。
賜他縑帛三千匹，女樂五十人。
子蓋推讓不受，皇上不可。
煬帝回頭對子蓋說：「我讓越王留守東都，以顯示皇家子孫重要。
國家大事，最終還是要委託給你。
你特別應該穩重一點，有五百甲士保護，才能出門，這也是勇士注重防身的意思。
對那些無賴之徒和圖謀不軌的就殺了他們。
凡是可以施行的，就不要麻煩上奏了。
現在，特為你別造一枚玉麟符，以取代銅獸符。」又指著越王、代王說：「我把這兩個孫子交給你和衛文升。
你要選擇那些有德有才的人教導他們。
是動還是靜，要想想這麼做行不行。」於是賜給子蓋良田、府第。
大業十年(614)冬天，煬帝回東都，對子蓋說：「楊玄感造反，這是神明故意用這顯示你的赤膽忠心罷了。
給你加官晉爵，我應該有所指示。」當天下詔書，讓他晉爵為濟公，說他功濟天下，特意為他起這個名，並沒有「濟」這個郡國。
賜他縑帛三千匹，奴婢二十口。
他後來和蘇威、宇文述在積翠亭陪皇上飲宴，煬帝親自用金盃勸子蓋喝酒，說：「好計謀要等你拿出來，就把這個金盃賜給你，以作為永遠的祥瑞之物。」並賜他羅綺上百匹。
大業十一年(615)，跟隨煬帝到汾陽宮。
到了雁門，煬帝被突厥人包圍，屢戰不利。
煬帝想用精銳的騎兵突圍出去，子蓋勸阻說：「陛下是萬乘之主，豈能輕忽？一朝狼狽，追悔不及。
不如守城以挫其銳氣，四面的援兵，可立而待。
陛下有什麼可擔心的，以至要親自突圍呢？」他因此而垂淚哭泣說：「請陛下暫停遼東戰爭，以慰天下。
聖上親自出去安撫眾人，厚加賞賜，人心自奮，不足為憂。」煬帝聽從了他的建議。
這以後援兵稍至，突厥人於是離去。
納言蘇威追論賞賜太重了，應該斟酌一下。
子蓋堅持說不能失信。
煬帝說：「你想收買人心嗎？」子蓋默然，不敢回答。
他隨煬帝回到東都，當時絳城反賊敬般陀、柴保昌等人率兵幾萬，汾陽、晉陽一帶深以為苦。
下詔命令子蓋進剿。
當時人多物盛，子蓋不分善惡，把汾水以北的村落全燒了。
百姓十分驚駭，都去作強盜。
有些來投降的，不管老少全部活埋。
子蓋擁有幾萬之眾，卻連年不能破賊，有詔書調他回京。
他又率兵進攻宜陽反賊，因病作罷，在京都府第中去世，時年七十二歲。
煬帝悲傷很久，回頭對黃門侍郎裴矩說：「子蓋臨終時有什麼話沒有？」裴矩回答說：「子蓋病重時，深以皇上雁門被困為恥。」煬帝聽了，歎息不已，讓百官到樊府吊口言，賜樊家縑帛三百匹，米五百斛，追贈他為開府儀同三司，謚號為「景」。
送葬的有一萬多人。
武威的官吏百姓聽說他死了，沒有不嗟歎痛惜的，為他立碑頌德。
樊子蓋沒有別的本事，帶兵持重，未曾失敗；治民明察，下不敢欺。
但他嚴酷少恩，敢於殺戮。
臨終那天，看見斷頭鬼在他前後走來走去，當他的惡鬼。