樊子鵠，代郡平城人。其先人為荊州蠻人酋帥，被遷往代郡。父樊興，為平城鎮長史，歸義侯。普泰年間(531～532)，子鵠顯貴，其父被贈為征虜將軍、荊州刺史。
樊子鵠在北鎮動亂時，南至并州，..朱榮引薦他為都督府倉曹參軍。孝昌三年(527)冬，..朱榮派子鵠到京城。靈太后接見他，詢問..朱榮兵勢，子鵠應對稱旨，太后很是嘉許。除授直齋，封南和縣開國子，食邑三百戶，令他回到..朱榮處。..朱榮任他為行台郎中，行職上黨郡。等到..朱榮揮軍向洛，任他為假節、假平南將軍、都督河東正平軍事、行唐州事。刺史崔元珍閉門拒守，樊子鵠攻克下來。
建義初年(528)，拜平北將軍、晉州刺史、封永安縣開國伯，食邑一千戶，又兼尚書行台。治州有威信，山胡紛紛服治。元顥軍入洛陽，薛修義及降蜀陳雙熾等人受元顥調遣，率領部隊攻打州城。樊子鵠出城接戰，大破敵人，又在土門大敗薛修義等。以功拜授撫軍將軍。不久授都官尚書、西荊州大中正。後來兼右僕射，為行台，督領賈智等在東徐州討伐呂文欣，平定他們。還朝後，除授車騎將軍、左光祿大夫，進封南陽郡開國公，增加食邑六百戶，尚書職仍舊，仍假驃騎大將軍，率所部為都督，當時..朱榮在晉陽，京師事情，子鵠參與頗多，故在台..，征官不解。後來出除散騎常侍、本將軍、殷州刺史。那年遭受乾旱，收成大減，子鵠擔心百姓流亡，於是強令有糧之家分糧貸給貧困人家，並派人牛易力，多種冬麥，州內因此比較安定。
等到..朱榮死後，..朱世隆等遣書召樊子鵠，要與他同到京師，子鵠不從。因母在晉陽，上啟請求移鎮河南。莊帝稱讚他的行為，除任他為車騎大將軍，豫州刺史，假驃騎大將軍，都督二豫、郢三州諸軍事，兼尚書右僕射，二豫、郢、穎四州行台。樊子鵠到相州，帝又賜賞絹五百匹。行達汲郡，聽說..朱兆入洛陽，於是渡黃河見..朱仲遠，仲遠派他鎮守汲郡。..朱兆征子鵠赴洛，既見，責備他不同心同德，奪其部下，命還晉陽。等到紇豆陵步藩起兵，命樊子鵠為都督，征發糧草器仗。元曄任命他為侍中、御史中尉、中軍大都督，子鵠隨元曄向洛陽。普泰初年(531)，仍除舊任。及趙修延在荊州反叛，帝詔樊子鵠經三亞鳥道還京。服母喪去職，前廢帝聽說他在洛陽沒有房宅，治喪費用不周，賞給他絹四百匹、粟五百石，以本官起用他。
太昌初年(532)，兼任尚書左僕射、東南道大行台，總領大都督杜德等追討..朱仲遠。仲遠已投奔蕭衍，他們收其兵馬甲仗。當時蕭衍派元樹入寇，攻陷佔據譙城。帝下詔讓樊子鵠與元德討伐他。元樹屯兵梁國，想來迎戰，見到樊子鵠兵勢強盛，夜晚退回譙城。樊子鵠帶兵追擊，元樹又倚城擺陣迎戰。子鵠統兵直趨城下，縱馬衝突，元樹人馬大潰，奔入城門，城門十分狹小，敵人多被擠踏而死。這樣斬敵千餘首級，獲得馬匹數百，鎧甲器仗無數，隨後便把城池圍了起來。朝廷加授他為儀同三司。元樹統兵出戰，就被痛打一頓，於是再不敢出城，自守城池而已。子鵠擔心蕭衍派人相救，於是分兵打擊蕭衍的苞州、然州、宕州、大澗、蒙縣等五城，守軍全都望風逃散。元樹既無外援，計無所出，子鵠又派人勸說他，元樹於是請求率眾歸南，搶來的地盤歸還皇魏。子鵠等人答應了，共結盟約。等到元樹軍有一半出城，子鵠攔腰打擊，破之，擒捉元樹以及蕭衍譙州刺史朱文開，俘敵很多。回師，出帝賜給馬匹。遷任吏部尚書，轉任尚書右僕射。不久加授驃騎大將軍、開府，掌管選舉。
當初，青州人耿翔聚眾造反，逃到蕭衍那裡，蕭衍給他兵馬，讓他偷據膠州。帝除樊子鵠為使持節，侍中，青、膠大使，督領濟州刺史蔡雋討伐耿翔。軍至青州，耿翔拔城奔走。子鵠在軍染病，帝詔派醫生給藥療治。又除授兗州刺史，余官仍舊，抄近道至州。子鵠先派心腹深察民間，查驗為政得失。入境，太山太守彭穆被查出失職，子鵠開罪彭穆，數其罪狀，彭穆都一一伏受，於是州內震驚。
等出帝入關，子鵠據城叛逆。南青州刺史大野拔、徐州人劉粹各自統軍歸投子鵠。天平初年(534)，帝派儀同三司婁昭等人率軍討伐。子鵠先使前膠州刺史嚴思達鎮守東平郡，婁昭攻下了，又繼續圍攻樊子鵠。城久攻不下，婁昭引水灌城。靜帝想招慰子鵠投降，派散騎常侍陸琛、兼黃門郎張景征備璽書勞慰樊子鵠，而大野拔也一起前去與使者相見，左右斬殺子鵠投降朝廷。