程靈洗字玄滌，新安海寧人。年輕時以勇力聞名，一日可步行二百多里，善長騎馬、游泳。梁朝末年，海寧縣、黟縣、歙縣等和鄱陽郡、宣城郡境內盜賊盛行，縣附近深受其害。程靈洗一向被鄉鄰敬畏服從，前後守長都一直讓他招募年輕人，捉拿盜賊。
侯景之亂時，程靈洗聚集眾人佔據黟縣、歙縣抵抗侯景。侯景的部隊據有新安，新安太守湘西鄉侯蕭隱前去依附程靈洗，程靈洗被奉為盟主。梁元帝在荊州秉承皇帝旨意，程靈洗又派使者抄小路上表。劉神茂從東陽建議抵抗侯景，程靈洗攻下新安，與劉神茂相呼應。元帝任命程靈洗為持節、通直散騎常侍、都督新安郡軍事、雲麾將軍、譙州刺史，兼任新安太守，封他為巴丘縣侯，食邑五百戶。劉神茂被侯景打敗，侯景的偏帥呂子榮進攻新安，程靈洗退守黟縣、歙縣。侯景失敗後，呂子榮退走，程靈洗又佔據新安。後來進軍建德，生擒敵帥趙桑乾。按功勞授職為持節、散騎常侍、都督青州、冀州二州諸軍事、青州刺史，增加食邑至一千戶，將軍、太守等職不變。
又命令程靈洗率領所部到揚州協助王僧辯鎮防。遷任吳興太守，尚未起程，王僧辯命令程靈洗跟隨侯王真西去援救荊州。荊州陷落後，回到都城。高祖翦除王僧辯，程靈洗率所部趕來援助王僧辯，當晚在石頭西門全力拚殺，形勢不利，派使者招降程靈洗，很久才投降，高祖認為他非常重情誼。紹泰元年(555)，被授職為使持節、信武將軍、蘭陵太守，常侍不變，協助防守京口。平定徐嗣徽時，程靈洗立有戰功，被授職為南丹陽太守，封為遂安縣侯，增加食邑至一千五百戶，鎮守採石。
隨周文育西討王琳，於沌口戰敗，被王琳囚禁。翌年，和侯安都等人逃回。兼任丹陽尹，後來出任高唐、太原二郡太守，鎮守南陵。陳書遷任太子左衛率。高祖駕崩，王琳的前軍去到東部，程靈洗在南陵打敗了他們，俘虜了他們的將士，並繳獲青龍車十餘乘。按照功勞被授職為持節、都督南豫州長江沿線諸軍事、信武將軍、南豫州刺史。侯王真等人在柵口打敗王琳，程靈洗乘勝向北追擊，據有魯山。徵召任左衛將軍，其他職銜不變。
天嘉四年(563)，周迪再次進犯臨川，以程靈洗為都督，從鄱陽別道攻打周迪，周迪又逃到山谷間。五年，遷任中護軍，常侍職務不變。出任使持節，都督郢州、巴州、武州三州諸軍事，宣毅將軍，郢州刺史。廢帝即位，晉號雲麾將軍。
華皎反叛，派使者招誘程靈洗，程靈洗殺了華皎的來使，用狀告知。朝廷很讚賞他的忠心，增加他的守備力量，送給他一部鼓吹，真誠待他，派他的兒子程文季帶領水軍協助他防守。此時北周派將領長胡公拓跋定率領步兵、騎兵二萬人，協助華皎圍攻程靈洗，程靈洗環城固守。華皎退走後，才出軍跟蹤拓跋定，拓跋定沒能渡過長江，攜軍投降。於是進攻北周的沔州，攻克了它，生擒其刺史裴寬。按照功勞晉號為安西將軍，改封為重安縣公，增加食邑至二千戶。
程靈洗性情嚴厲急躁，對手下很苛刻，士兵犯有小罪，必定用軍法懲罰，倉卒之間，便用棍子、鞭子抽打，但號令分明，和士兵同甘苦，大家也因為這依附他。他本性愛好農事，親自勤勞耕種，至於水田、旱田耕種都適宜，清晨和晚間收割莊稼，即便是長期從事農活的人也趕不上他。歌女和小老婆都不閒著，督促她們全部紡織。至於平時用的財物，也不節儉吝嗇。光大二年(568)，死於州中，時年五十五歲。追任為鎮西將軍、開府儀同三司，謚號忠壯。太建四年(572)，詔令配享高祖廟庭。其子程文季嗣爵。