虞願字士恭，是會稽余姚人。祖父虞賚，曾任給事中，封監利侯。父親虞望之，很早就死了。虞賚院中橘樹冬天結實，子孫爭相取食，虞願當時只有幾歲，只他不搶，虞賚和家人都覺得他與眾不同。
元嘉末年，虞願為國子學學生，又調任湘東王國常侍，轉任潯陽王府墨曹參軍。明帝即位，考慮到虞願既系儒吏又有學問，兼有蕃國舊恩，對他非常禮遇。任命他為太常丞，尚書祠部郎，通直散騎侍郎，兼王郡中正，祠部郎如故。明帝好猜忌，體肥怕風，夏天常穿皮內衣，任命左右二人為司風令史，風起何方，先要啟奏。星相災變，不信太史，也不聽下面的呈奏，敕令靈台知星二人報告給虞願，他經常於內省當值，有異象馬上稟報，以相檢察。
明帝在故宅裡建造湘宮寺，所費極為奢侈。由於宋孝武帝的莊嚴剎有七層，他就要建十層的，但十層立不起來，就分為兩剎，各五層。新安太守巢尚之結束了郡職還京，晉見明帝，明帝說：「卿到湘宮寺了嗎？我建此寺，是大功德。」虞願在旁說：「陛下建此寺，用的都是百姓賣兒典妻的錢，佛若有知，當悲哭哀憫，罪高佛圖，有什麼功德？」尚書令袁粲在坐，聽了都為他捏一把汗，明帝大怒，命人將他趕下大殿，虞願緩緩離去面不改色。因舊日恩重，不久就又召回宮中。
明帝喜歡圍棋，棋藝拙劣，離及格還差七八道，大家都騙他說已達到第三品了。明帝與第一品的王抗下棋，按品級賭戲，王抗總是讓棋給他，說：「皇帝飛棋，臣王抗不能斷。」帝始終沒有察覺，以為真是這樣，興趣更濃。虞願又說：「堯帝曾以此技教丹朱，這不是君主應該著迷的玩藝兒。」虞願雖多次冒犯皇上的心思，卻蒙皇上許多賞賜，猶勝於別人。不久遷任中書郎。
明帝病重，虞願常常侍奉醫藥。帝平素很能吃，尤其喜歡魚腸醬，用銀缽盛蜜浸漬，一次吃數缽。對揚州刺史王景文說：「這真是奇味，卿那裡這東西多不多？」景文說：「我一向喜好這東西，但貧窮人很難弄到。」明帝很是高興。由於吃的東西太多，明帝胸悶腹脹，幾乎要喘不過氣來。身邊的人啟稟要他飲數升醋酒，這才消化。明帝在病很重的時候，吃汁滓一頓還能至三升，由於體內水患積久，用藥已無效。臨死那天，明帝叫來道人，剛一合掌便斷氣了。虞願因為護理明帝日久，被轉任為正員郎。
後來虞願出任晉平郡太守。在郡上他從不置辦房屋田產之類東西。前任長官和鄉民發生糾葛，把人家的兒媳婦弄來作人質帶走，虞願便派人在路上把她奪回送回家。在郡上開設學堂教授生徒。該郡以前出產髯蛇膽，可以做藥，有人送給虞願蛇，他不忍心殺它，便把它放到二十里外的山中，一天夜裡這蛇又回到虞願的床下來。他又把它送到四十里外山裡，過一夜，它又回到原處。他又讓人把它送到更遠的地方，它才不再回來。人們說起來都認為這是虞願仁慈之心所致。海邊有越王石，常隱於南齊書雲霧之中。人們相傳說「只有清廉的太守才能看見。」虞願前往觀看，看得一清二楚。後來琅笽王秀之來本郡任官，給朝廷人士信中說到：「此郡承虞公治理之後，善政還在，遺風易遵，使我很覺輕鬆。」虞願因母親年老，請求解除太守之職，被任命為後軍將軍。褚淵曾經拜訪過他，正值他不在，看到他睡覺的床上已積滿塵埃，上有數帙書籍，褚淵歎道：「虞君的清廉，竟至於此！」便令人把床上床下打掃一番才離去。
虞願後來遷官中書郎，領東觀祭酒之職。其兄虞季，任上虞縣令，去世時，虞願從衙門步行往家趕，沒等下詔就東歸了。後來被任命為驍騎將軍，遷任廷尉，仍任祭酒。虞願曾為宋明帝服務過，齊初宋皇的靈位都遷往汝陰廟裡，虞願拜辭時流了淚。建元元年(479)，虞願去世，其時五十四歲。他著有《五經論問》，編撰了《會稽記》，還有文章數十篇。
本史作者認為：如果琴瑟不諧，一定要解開重新調定。魏晉時期做官吏的，和漢代已漸有不同，雖然苛猛之風有所減弱，但同時仁愛之情也在淡薄。往往是靠嚴峻的法律、傳統的條令來約束民眾，用大仁大德一生都難以治理的事情，很多人竟指望個把月內就能找到門道。先公後私，讓自己做起來是很難的。而剝奪民眾以供朝廷，對別人施行起來就很容易，他們只圖能彌救過失，不要被上頭抓住把柄就心滿意足了。而且眼睛盯在好東西上，一心只想滿足嗜欲，貪得無厭導致敗官，獲取和給予都不合正常渠道，而為吏不善，都是由此而起。要想辨別其中的奸偽，的確需要卓識獨見，但要想幹出成績垂名不朽，那只有廉正清平才行。然而當今治理民眾的人，沒有誰能做到這一點。
贊語：芸芸小民，為吏者便是他們的尊長父母，管理他們，應當施用道理和愛心。根據事情的枉直不同，而相應使用寬猛不同的政策。憑什麼去引導民眾？關鍵靠一身清正。