孝惠皇帝名衷，字正度，是武帝的第二個兒子。泰始三年(267)，立為皇太子，當時九歲。
太熙元年(290)四月二十日，武帝死，當天皇太子即皇帝位，大赦罪人，改年號為永熙，尊皇后楊氏為皇太后，立太子妃賈氏為皇后。
夏五月十三日，葬武帝於峻陽陵。十八日，增加天下官位一級，參預武帝喪事的增加二級，免除百姓租稅一年，二千石以上的官都封為關中侯。以太尉楊駿為太傅，輔助朝政。
秋八月二十六日，立廣陵王司馬睶為皇太子，以中書監何劭為太子太師，吏部尚書王戎為太子太傅，衛將軍楊濟為太子太保。派遣南中郎將石崇、射聲校尉胡奕、長水校尉趙俊、揚烈將軍趙歡率軍駐守四方。
冬十月初六，以司空石鑒為太尉，前鎮西將軍、隴西王司馬泰為司空。
永平元年(291)春正月初一，惠帝臨朝慶賀，但不設音樂。下詔說：「朕早遭不幸，久經憂患，賴祖宗之靈和宰輔忠賢，才得以渺小之身，托於王侯諸臣之上。不明大道和古訓，戰戰兢兢，朝夕戒懼。三公大臣，以社稷為重，遵守宮中舊典，長奉先皇之制，所以改年號為永熙，然光陰流逝，今已進入新年，新元改紀，仍為舊禮。現改永熙二年為永平元年。」又下詔令子弟及群官不得拜謁陵墓。二十二日，皇太子成年加冠，二十三日，到太廟拜謁。
二月初一，賜給王公以下帛不等。二十日，鎮南將軍，楚王司馬瑋，鎮東將軍、淮南王司馬允來朝見。二十五日，恢復秘書監官職。
三月初八，殺太傅楊駿、楊駿之弟衛將軍楊珧，太子太保楊濟，中護軍張劭，散騎常侍段廣、楊邈，左將軍劉預，河南尹李斌，中書令蔣俊，東夷校尉文淑，尚書武茂，都滅三族。初九，大赦罪人，改年號。賈後假借皇帝詔令，廢皇太后為平民，遷居金墉城，祭告於天地宗廟。殺太后母龐氏。十九日，徵召大司馬、汝南王司馬亮為太宰，與太保衛馞共同輔助朝政。以秦王司馬柬為大將軍，東平王司馬懋為撫軍大將軍，鎮南將軍、楚王司馬瑋為衛將軍，領北軍中侯，下邳王司馬晃為尚書令，東安公司馬繇為尚書左僕射，晉封為東安王。都督將軍封侯的有一千零八十一人。二十七日，免除了東安王司馬繇、東平王司馬懋的官職，司馬繇遷徙到帶方。
夏四月十一日，以征東將軍、梁王司馬肜為征西大將軍、都督關西諸軍事，太子少傅阮坦為平東將軍、監青、徐二州諸軍事。十七日，以太子太傅王戎為尚書右僕射。
五月甲戌這天，毗陵王司馬軌死。壬午，免除天下百姓的賦稅綿絹，孝悌者、高齡者、鰥寡者、努力耕田者，每人賜帛三匹。
六月，賈後假借皇帝詔令，使楚王司馬瑋殺太宰、汝南王司馬亮，太保、..陽公衛馞。十三日，因司馬瑋擅自殺害司馬亮與衛馞，被處死。特赦洛陽囚犯。以廣陵王的老師劉實為太子太保，司空、隴西王司馬泰錄尚書事。
秋七月，從荊州、揚州分出十郡為江州。
八月初九，以趙王司馬倫為征東大將軍、都督徐、兗二州諸軍事；河間王司馬..為北中郎將，鎮守鄴城；太子太師何劭為都督豫州諸軍事，鎮守許昌。遷徙長沙王司馬砬為常山王。十八日，西陽公司馬..晉爵為王。二十日，立隴西王司馬泰的世子司馬越為東海王。
九月十四日，大將軍秦王司馬柬死。二十一日，徵召征西大將軍、梁王司馬肜為衛將軍、錄尚書事，以趙王司馬倫為征西大將軍、都督雍、梁二州諸軍事。
冬十二月十二日，京師地震。
這一年，東夷十七國，南夷二十四部到轄蠻夷的校尉處聯繫內附。
二年春二月初一，賈後把皇太后殺死在金墉城。
秋八月初七，實行大赦。
九月十一日，中山王司馬耽死。
冬十一月，發生大瘟疫。
這一年，沛國下冰雹，毀壞了麥子。
三年夏四月，滎陽下冰雹。
六月，弘農郡下冰雹，深三尺。
冬十月，太原王司馬泓死。
四年春正月初一，侍中、太尉、安昌公石鑒死。
夏五月，蜀郡山移動，淮南壽春洪水決堤，山崩地陷，毀壞了城池官府及百姓廬舍。匈奴人郝散反，攻掠上黨，殺死地方長官。
六月，壽春發生強烈地震，死二十餘家。上庸郡山崩，壓死二十多人。
秋八月，郝散率眾投降，馮翊都尉把他殺掉。上谷、居庸、上庸地陷裂，泉水從地下湧出，有人傷亡。發生大饑荒。
九月二十三日，各州遭地震災害的地方予以赦免。甲午，大流星從東北起，橫貫天空。
這一年，京師及八個郡國發生地震。
五年夏四月，彗星出現於西方，掠過奎星，到達軒轅星座。
六月，金城地震。東海下冰雹，深五寸。
秋七月，下邳刮暴風，毀壞房舍。
九月，雁門、新興、太原、上黨颳大風，毀壞禾稼。
冬十月，武庫發生火災，焚燬了歷代留下的寶物。十二月初一，新建武庫，大量調集兵器。丹楊下冰雹。京師宜年裡從地下生出一塊石頭。
這一年，荊、揚、兗、豫、青、徐六州發大水，皇帝下詔派遣御史到各地巡視救濟災民。
六年春正月，大赦罪人。司空、下邳王司馬晃死。以中書監張華為司空，太尉、隴西王司馬泰為尚書令，衛將軍、梁王司馬肜為太子太保。二十二日，地震。
三月，東海郡下霜，傷害桑樹與麥苗。彭城呂縣地上有流血，東西長百餘步。
夏四月，起大風。
五月，荊、揚二州發大水。匈奴郝散之弟度元率領馮翊、北地一帶的馬蘭羌及盧水胡人反叛，攻北地，北地太守戰死。馮翊太守歐陽建與度元交戰，歐陽建大敗。召征西大將軍、趙王司馬倫為車騎將軍，以太子太保、梁王司馬肜為征西大將軍，都督雍、梁二州諸軍事，鎮守關中。
秋八月，雍州刺史解系又被度元打敗。秦雍一帶的氐人、羌人都反叛，推舉氐族統帥齊萬年僭號稱帝，圍攻涇陽。
冬十月十四日，特赦雍、涼二州。
十一月二十六日，派遣安西將軍夏侯駿、建威將軍周處等討伐齊萬年，梁王司馬肜屯兵好..。關中發生饑荒和瘟疫。
七年春正月初四，周處與齊萬年在六陌交戰，晉軍大敗，周處戰死。
夏五月，魯國下冰雹。
秋七月，雍州、梁州發生瘟疫。大旱，下霜，毀壞秋莊稼。關中饑荒，米每斛一萬錢，皇帝下詔，允許賣兒賣女。丁丑，京陵公王渾死。
九月，以尚書右僕射王戎為司徒，太子太師何劭為尚書左僕射。
八年春正月十三，地震。皇帝下詔開倉救濟雍州饑民。
三月十九日，大赦罪人。
夏五月，京郊祭某神的石案破裂為二。
秋九月，荊、豫、揚、徐、冀五州發大水。雍州莊稼豐收。
九年春正月，左積弩將軍孟觀討伐叛亂的氐人，在中亭交戰，大破氐人，俘獲齊萬年。召征西大將軍、梁王司馬肜錄尚書事。以北中郎將、河間王司馬..為鎮西將軍，鎮守關中；成都王司馬穎為鎮北大將軍，鎮守鄴城。
夏四月，鄴人張承基等妖言惑眾，設署置官，聚集黨徒數千人。郡縣加以逮捕，都被處死。
六月初三，太尉隴西王司馬泰死。
秋八月，以尚書裴危頁為尚書僕射。
冬十一月初一，日蝕。京師颳大風，掀翻屋頂，折斷樹木。
十二月三十日，皇太子司馬睶被廢為平民，連同他的三個兒子，一起被幽禁在金墉城，殺了太子的母親謝氏。
永康元年(300)正月初一，大赦罪人，改年號。十七日，日蝕。十四日，皇孫司馬磚死。
二月初六，颳大風，揚起沙礫，拔起樹木。
三月，尉氏縣從天上落血，妖星出現於南方。二十二日，賈後假借皇帝詔令在許昌害死被廢太子司馬睶。
夏四月初一，日蝕。初三，梁王司馬肜、趙王司馬倫假借皇帝詔命廢賈後為平民，司空張華、尚書僕射裴危頁同時遇害，侍中賈謐及其黨羽數十人都被處死。初四，司馬倫假借皇帝詔命實行大赦，自封為相國、都督中外諸軍事，地位如魏時的司馬懿，恢復故皇太子的位號。初七，以梁王司馬肜為太宰，左光祿大夫何劭為司徒，右光祿大夫劉萛為司空，淮南王司馬允為驃騎將軍。初九，趙王司馬倫假借皇帝詔命在金墉城殺死被廢的賈後。
五月初九，立皇孫司馬臧為皇太孫，司馬尚為襄陽王。
六月十三日，將愍懷太子安葬於顯平陵。撫軍將軍、清河王司馬遐死。十四日，雷擊崇陽陵陵頂。
秋八月，淮南王司馬允舉兵討伐司馬倫，沒有取勝，司馬允及其二子秦王司馬郁、漢王司馬迪都遇害。特赦洛陽囚犯。平東將軍、彭城王司馬植死。改封吳王司馬晏為賓徒縣王。以齊王司馬..為平東將軍，鎮守許昌；光祿大夫陳准為太尉、錄尚書事。
九月，改司徒為丞相，使梁王司馬肜任此職。冬十月，黃霧四處瀰漫。
十一月初一，大風揚起沙石，刮了六天才止息。初七，立皇后羊氏，大赦天下罪人，特許民間宴會三日以示慶賀。
十二月，彗星出現於東方。益州刺史趙貵與略陽流人李庠殺害成都內史耿勝、犍為太守李密、汶山太守霍固、西夷校尉陳總，佔據成都反叛。
永寧元年(301)正月初九，趙王司馬倫篡帝位。初十，將惠帝遷到金墉城，號稱太上皇，改金墉叫永昌宮。廢皇太孫司馬臧為濮陽王。五顆星在天上流動，縱橫無常。十七日，司馬倫殺害濮陽王司馬臧。略陽流人李特殺趙貵，首級傳到京師。
三月，平東將軍、齊王司馬礒起兵討伐司馬倫，檄文傳到各州郡，屯軍於陽翟。征北大將軍、成都王司馬穎，征西大將軍、河間王司馬..，常山王司馬砬，豫州刺史李毅，兗州刺史王彥，南中郎將、新野公司馬歆，都舉兵響應齊王司馬礒，各路軍共數十萬。司馬倫派遣其將領閭和出兵伊闕，張泓孫輔出兵..阪以抗擊司馬礒，孫會、士猗、許超出兵黃橋以抗拒司馬穎，與司馬穎將領趙驤、石超在溴水交戰，孫會等大敗，棄軍而逃。
閏三月初一，日蝕。
夏四月，歲星在白天出現。司馬礒的部將何勖、盧播在陽翟大破張泓軍，斬孫輔等。初七，左衛將軍王輿與尚書淮陵王司馬崔率兵入宮，捉住了司馬倫的黨羽孫秀、孫會、許超、士猗、駱休等，都被斬首。把司馬倫趕回自己的府第。當天惠帝反正即帝位。群臣叩頭謝罪，惠帝說：「這不是諸卿的過錯。」
初九，惠帝下詔說：「朕作為一個無德之人，繼承皇位，遠不能興隆大業，安撫四方，近不能嚴明刑威，禁止奸人，至使逆臣孫秀放肆作惡，伺機離間王室，遂奉趙王司馬倫竊據帝位。鎮東大將軍、齊王礒，征北大將軍、成都王穎，征西大將軍、河間王..，皆有明德，又是王室宗親，忠於國家，行為允當，首倡討逆大計，匡救國難。尚書崔共同參與謀劃，左衛將軍王輿與群公卿士，協同謀劃，親自指揮本營士卒，斬了孫秀及其二子。前趙王司馬倫為孫秀所誤，與其子等已到金墉幽宮迎朕復位，豈止是我一個人值得慶幸，宗廟社稷也賴此以存。」於是實行大赦，改年號，孤寡無靠者每人賜谷五斛，讓民間宴會五日。殺了趙王司馬倫、義陽王司馬威、九門侯質等，以及司馬倫的黨羽。
五月，立襄陽王司馬尚為皇太孫。
六月十五日，大赦罪人，官吏增位二級，賓徒王司馬晏復封為吳王。十七日，東萊王司馬蕤、左衛將軍王輿謀劃廢黜齊王司馬礒，陰謀洩露，司馬蕤廢為平民，王輿處死，夷滅三族。二十一日，以齊王司馬礒為大司馬、都督中外諸軍事，成都王司馬穎為大將軍、錄尚書事，河間王司馬..為太尉。撤銷丞相，恢復司徒官。二十六日，以梁王司馬肜為太宰，兼領司徒職。封齊王司馬礒的功臣葛旗為牟平公，路季為小黃公，衛毅為平陰公，劉真為安鄉公，韓泰為封丘公。
秋七月十一日，立吳王司馬晏的兒子為漢王，常山王司馬砬恢復為長沙王。
八月，實行大赦。十六日，寬免徙邊之民。益州刺史羅尚討伐並擊破羌人。十七日，徙南平王司馬祥為宜都王。下邳王司馬韋華死。以東平王司馬懋為平東將軍，都督徐州諸軍事。
九月，追復東安王司馬繇的爵位。丁丑，封楚王司馬瑋的兒子司馬范為襄陽王。
冬十月，流人李特據蜀叛亂。
十二月，司空何劭死。封齊王司馬礒的兒子司馬冰為樂安王，司馬英為濟陽王，司馬超為淮南王。
這一年，十二個郡國發生旱災，六個郡國發生蝗災。
太安元年(302)正月二十日，安東將軍譙王司馬隨死。
三月二十四日，赦司、冀、兗、豫四州囚犯。皇太孫司馬尚死。
夏四月，彗星在白天出現。
五月初七，侍中、太宰、領司徒、梁王司馬肜死。以右光祿大夫劉實為太傅。太尉、河間王司馬..派遣部將衙博入蜀攻李特，被李特打敗。李特隨即攻陷梓潼、巴西，殺死廣漢太守張微，自號大將軍。二十五日，以清河王司馬遐的兒子司馬覃為皇太子，賜給孤寡無靠者布帛，使民宴會五日。以齊王司馬礒為太師，東海王司馬越為司空。
秋七月，兗、豫、徐、冀四州大雨成災。
冬十月，地震。
十二月二十二日，河間王司馬..向皇帝上表，說齊王司馬礒欲伺機篡權，心中無君，與成都王司馬穎、新野王司馬歆、范陽王司馬羉會集洛陽，請求皇帝廢黜司馬礒，使之歸還府第。長沙王司馬砬裹挾皇帝屯兵南止車門，攻擊司馬礒並殺了他，將司馬礒的幾個兒子幽禁在金墉城，廢掉司馬礒之弟北海王司馬實。實行大赦，改年號。以長沙王司馬砬為太尉、都督中外諸軍事。封東萊王司馬蕤之子司馬火召為齊王。
二年春正月初一，赦免五年以下的罪犯。
三月，李特攻陷益州。荊州刺史宋岱進擊李特，李特被殺，首級傳往京師。
夏四月，李特之子李雄又佔據益州。
五月，義陽蠻人張昌舉兵反叛，推山都人丘沈為君主，改姓劉，偽號漢，年號為神鳳，攻破郡縣，南陽太守劉彬，平南將軍羊伊，鎮南大將軍新野王司馬歆一起遇害。
六月，派遣荊州刺史劉弘等討伐張昌，攻方城，晉軍大敗。
秋七月，中書令卞粹，侍中馮蓀、河南尹李含等對司馬砬產生二心，司馬砬也猜疑他們而把他們殺害。
張昌攻陷江南諸郡，武陵太守賈隆、零陵太守孔..、豫章太守閻濟、武昌太守劉根都被殺害。張昌部將石冰侵犯揚州，刺史陳徽迎戰，大敗，揚州諸郡都被石冰佔領。臨淮人封雲舉兵響應張昌，從阜陵出發，進犯徐州。
八月，河間王司馬..，成都王司馬穎舉兵討伐長沙王司馬砬，惠帝以司馬砬為大都督，率兵抵抗。
十九日劉弘與張昌在清水交戰，張昌被殺。
司馬..派遣部將張方，司馬穎派遣部將陸機、牽秀、石超等進逼京師。二十四日，惠帝親臨十三里橋，派遣將軍皇甫商在宜陽抗拒張方。二十八日，惠帝回到宣武場。二十九日，在石樓住宿。天的正中出現一道裂縫，天空無雲而有雷聲。
九月初六惠帝轉移到河橋。十一日，皇甫商被張方打敗。十三日，惠帝駐軍於芒山。十六日，到達偃師。二十日，宿於豆田。二十二日，尚書右僕射興晉侯羊玄之死，惠帝轉回城東。二十五日，進軍緱氏，攻擊牽秀並把他趕出。大赦罪犯。張方進入京師，燒清明、開陽二門，被燒殺而死的以萬計。石超在緱氏威逼惠帝。
冬十月初二，惠帝回到宮中。石超焚燒緱氏，衣物車馬等全部燒燬。初七，在東陽門外大破牽秀及范陽王司馬九虎。初八，在建春門打敗陸機，石超敗逃。斬其大將賈崇等十六人，人頭懸於銅駝街示眾。張方退駐十三里橋。
十一月十一日，有星白日墜落，響聲如雷。王師進攻張方的營壘，未獲勝。張方挖開名叫千金土曷的水堰，舂米磨面的水碓都無水。於是征發王公及奴婢以手舂米供應軍糧，一品以下的官員未從軍出征者以及十三歲以上的男子，都服此勞役，又征發奴隸補充軍隊，號稱四部司馬。公家和私人都十分窮困，米一石一萬錢。皇帝下的詔命，只能在京城有效。
十二月初三夜裡，一股赤色氣體上衝天際，發出聲音隱約可聞。十七日，地震。二十四日，東海王司馬越逮捕長沙王司馬砬，囚禁在金墉城，不久被張方殺害。二十五日，實行大赦，二十七日，揚州秀才周王己、前南平內史王矩，前吳興內史顧必組建義軍以討伐石冰，石冰退走，自臨淮奔壽陽。征東將軍劉准派遣廣陵度支陳敏進擊石冰。李雄從郫城攻益州刺史羅尚，羅尚棄城而逃，李雄全部佔據成都一帶。朝廷封鮮卑人段勿塵為遼西公。
永興元年(304)正月初八，尚書令樂廣死。成都王司馬穎從鄴上奏建議實行大赦，改年號為永安。惠帝受河間王司馬..脅迫，秘密下詔令雍州刺史劉沈、秦州刺史皇甫重討伐司馬..。劉沈發兵攻長安，被司馬..打敗。張方在洛陽大肆搶掠，然後還長安。當時軍民無糧，人相殺而食。朝廷以成都王司馬穎為丞相。司馬穎派遣從事中郎成夔等率兵五萬屯守十二個城門，平時被司馬穎所忌恨的朝臣，都被司馬穎殺害，以三部兵代替宮中宿衛。
二月十七日，廢皇后羊氏，幽禁於金墉城，黜退皇太子司馬覃為清河王。
三月，陳敏攻石冰，石冰被殺，揚、徐二州平定。
河間王司馬..上表請立成都王司馬穎為皇太弟。十一日，惠帝下詔說：「朕以無德之人，繼承皇位，至今已十五年。禍亂滔天，奸人逆賊接連而起，以致使朕幽禁深宮，宗廟祭祀斷絕。成都王穎，溫厚仁慈，惠和百姓，平定暴亂。現以司馬穎為皇太弟、都督中外諸軍事，丞相職位如故。」實行大赦，賜鰥寡高壽者帛三匹。民間宴會五日。十九日，盜賊偷去太廟中的服飾器物。以太尉司馬..為太宰，太傅劉實為太尉。
六月，新建三座城門。
秋七月初一，右衛將軍陳纁，以詔書召百官入殿中，並佈署兵力討伐成都王司馬穎。初三，實行大赦，被廢的皇后羊氏和太子司馬覃復位。初四，司徒王戎、東海王司馬越、高密王司馬簡、平昌公司馬模、吳王司馬晏、豫章王司馬熾、襄陽王司馬范、右僕射荀藩等擁著惠帝北伐，至安陽，有軍隊十餘萬。司馬穎派遣其將領石超抗拒，二十四日，朝廷六軍在蕩陰戰敗，箭射到惠帝的乘車上，百官被衝散，侍中嵇紹死於亂軍之中。惠帝面頰受傷，中了三箭，丟了六塊印璽。惠帝來到石超軍中，飢渴已甚，石超送上些水，左右侍從獻上些秋桃供惠帝享用。石超派遣其弟石熙送惠帝到鄴城，司馬穎率群官列隊道左迎接。惠帝下車涕泣哀傷，當晚宿於司馬穎軍中。司馬穎府中有九錫儀仗之類，陳留王又送上貂蟬文衣曷鳥尾，第二天準備了專供皇帝乘坐的法駕進入鄴城。這時只有豫章王司馬熾、司徒王戎、僕射荀藩跟從惠帝。二十五日，實行大赦，改年號為建武。
八月初三，司馬穎殺死東安王司馬繇。張方又一次進入洛陽，廢掉皇后羊氏及皇太子司馬覃。匈奴左賢王劉元海在離石反叛，自稱大單于。安北將軍王浚派遣烏丸騎兵攻打成都王司馬穎，司馬穎大敗於鄴城，與惠帝坐單車逃奔洛陽，侍從人員分散而去，行動倉促，上下都未攜帶錢財給養，侍中黃門在被囊中藏了私錢三千，惠帝下詔借下這三千錢，沿途買飯供應皇室，宮人只能到途中客舍食宿。有個宮人弄來一升多粳米飯和干蒜鹽豉獻給惠帝，惠帝大口吞食，晚上蓋中黃門的布被。到獲嘉縣，買到些粗米飯，裝在瓦盆裡，惠帝吃了兩碗。有一老人送上蒸雞，惠帝接受下來。到了溫縣，要拜謁祖墳，惠帝丟了鞋子，穿了侍從的鞋子，流著淚下拜，旁邊的人也為之哀歎。過了黃河，張方率三千騎兵，用陽燧青蓋車迎接惠帝，張方下拜，惠帝親自把他扶起。十六日，實行大赦，賞賜隨從人員各有差等。
冬十一月初一，張方請惠帝拜謁宗廟，並要趁機將惠帝劫持到長安。張方坐著車子進入殿中，惠帝跑到後園竹林中躲避。張方逼著惠帝上車，左右中黃門及鼓吹手十二人徒步跟從，只有中書監盧志在惠帝身旁侍從。張方帶著惠帝到自己軍壘，惠帝讓張方準備車輛裝載宮人和宮中寶物，軍人們趁機奸辱宮女，搶掠宮中財寶，爭奪府中藏物。魏晉以來所積藏的財寶文物，被搶掠一空。走到新安，天氣冷得厲害，惠帝從馬上掉下來，跌傷了腳，尚書高光獻上用於旅途御寒的面衣，惠帝大加讚賞。河間王司馬..率領官屬及步騎三萬，在霸上迎接惠帝。司馬..在惠帝面前下拜，惠帝下車扶起了他。以征西將軍府為宮。只有僕射荀藩、司隸劉暾、太常鄭球、河南尹周馥和他們的屬官留在洛陽，組成留台，代替皇帝履行國家職權，號稱東西台。十二日，留台實行大赦，恢復永安年號。初七日，羊氏恢復皇后地位。李雄僭號稱成都王，劉元海僭號稱漢王。
十二月二十四日，惠帝下詔說：「天要使晉國遭殃，無太子繼承皇位。成都王司馬穎自居太弟之位，政績虧損，四海之人失望，不能承擔天下重任，現令其以王的身份退還府第，豫章王司馬熾是先帝的愛子，美好的名聲不斷增高，受到四海人民的重視，現定為皇太弟，以使我晉邦興隆，以司空司馬越為太傅，與太宰司馬..共同輔助朕身，司徒王戎參與朝政，光祿大夫王衍為尚書左僕射。安南將軍司馬羉、安北將軍王浚、平北將軍司馬騰各守本鎮。高密王司馬簡為鎮南將軍，兼領司隸校尉，暫且鎮洛陽；東中郎將司馬模為寧北將軍、都督荊州，鎮守鄴城；鎮南大將軍劉弘領荊州牧，以鎮守南方。周馥、繆胤各回本部，百官都恢復原職。齊王司馬礒以前應該免職回府第，長沙王司馬砬輕率處以死刑，封其子司馬紹為樂平縣王，作為繼嗣。征戰頻繁，勞費人力，因而宮中費用減少三分之二，賦稅田租減三分之一。廢除苛政，愛惜民力，獎勵農耕。戰亂平息之後，當即回到東都。」實行大赦，改年號。以河間王司馬..都督中外諸軍事。
二年春正月初一，惠帝在長安。
夏四月，惠帝下詔封樂平王司馬紹為齊王。十五日，張方廢皇后羊氏。
六月初四，侍中、司徒、安豐侯王戎死。隴西太守韓稚攻打秦州刺史張輔，並把他殺掉。李雄僭號即帝位，國號蜀。
秋七月初四，尚書各官署發生火災，崇禮闥被燒。東海王司馬越在徐州整頓兵馬，準備往西迎接聖駕。成都王司馬穎的部將公師藩等聚眾攻陷郡縣，殺死陽平太守李志、汲郡太守張延等，轉而進攻鄴城，平昌公司馬模派遣將軍趙驤擊破公師藩。
八月辛丑，實行大赦。驃騎將軍范陽王司馬羉驅逐冀州刺史李義。揚州刺史曹武殺丹楊太守朱建。李雄遣其將李驤侵犯漢安。車騎大將軍劉弘將平南將軍彭城王司馬釋驅逐出宛。
九月初一，公師藩又殺害了平原太守王景、清河太守馮熊。十一日，豫州刺史劉喬在許昌攻擊並打敗了范陽王司馬羉。二十三日，以成都王司馬穎為鎮軍大將軍、都督河北諸軍事，鎮守鄴城。河間王司馬..派遣將軍李朗屯守洛陽。
冬十月十八日，皇帝下詔說：「得到豫州刺史劉喬的檄文，說是穎川太守劉輿逼迫驃騎將軍司馬九虎，違抗詔令，製造禍端，劫掠郡縣，聚合兵眾，擅自任命苟..為兗州刺史，阻斷皇帝詔命。鎮南大將軍荊州刺史劉弘，平南將軍、彭城王司馬釋等，各自統率所轄軍隊，直赴許昌會師，與劉喬協同作戰。現遣右將軍張方為大都督，統率精兵十萬，建武將軍呂朗、廣武將軍騫豸區、建威將軍刁默等為軍隊前鋒，共同會師許昌，消滅劉輿兄弟。」十九日，又使前車騎將軍石超、北中郎將王闡討伐劉輿等人。北方天空出現赤氣，直達東西天邊。有彗星出現於北斗星座。平昌公司馬模派遣將軍宋胄等屯兵河橋。
十一月，立節將軍周權詐稱接到討賊檄文，自稱平西將軍，使羊氏恢復皇后地位。洛陽令何喬攻周權，並將他殺死，又廢掉皇后。
十二月，呂朗等東進屯兵滎陽，成都王司馬穎進兵佔據洛陽，張方、劉弘等都按兵不能抵禦。范陽王司馬九虎從官渡過黃河，攻克滎陽，斬石超，襲擊許昌，在蕭打敗劉喬，劉喬逃奔南陽。右將軍陳敏舉兵反叛，自稱楚公，假稱受皇帝詔命，從沔漢北上迎接天子；驅逐揚州刺史劉機、丹楊太守王曠；派遣其弟陳恢向南佔據江州，江州刺史應邈逃到弋陽。
光熙元年春正月初一，日蝕。惠帝在長安。河間王司馬..聽說劉喬兵敗，非常害怕，隨即殺了張方，請求與東海王司馬越和解，司馬越不答應。宋胄等擊破司馬穎部將樓裒的軍隊，進逼洛陽，司馬穎逃奔長安。
甲子這天，司馬越派遣其部將祁弘、宋胄、司馬纂等迎接惠帝。
三月，東萊巾弦令劉柏根反叛，自稱巾弦公，進攻臨淄，高密王司馬簡逃奔聊城。王浚派遣部將討伐並殺了劉柏根。
夏四月十三日，東海王司馬越屯兵於溫。司馬..派遣弘農太守彭隨，北地太守刁默在湖抵抗祁弘等。
五月，枉矢星向西南流動。范陽國土地燃燒，可以煮飯。
七日，祁弘等與刁默交戰，刁默大敗，司馬..、司馬穎逃入南山，又投奔宛。祁弘等所率領的鮮卑人大肆在長安搶掠，殺了二萬多人。這天，日光四散，色赤如血。九日，又是如此。十四日，祁弘等護送惠帝回洛陽，惠帝乘坐牛車，住宿行宮時睡在草鋪上，公卿都是徒步跋涉。二十三日，驃騎將軍范陽王司馬九虎殺司隸校尉邢喬。二十四日，盜賊偷去太廟中的四個金匱和四個策文。
六月初一，惠帝及公卿到達洛陽，惠帝升上舊殿，不禁傷感流淚。拜謁太廟。恢復羊氏皇后位。十六日，實行大赦，改年號。
秋七月初一，日蝕。太廟官吏賈苞盜走太廟靈衣及劍，被處死。
八月，以太傅東海王司馬越錄尚書，驃騎將軍范陽王司馬九虎為司空。
九月，頓丘太守馮嵩逮捕成都王司馬穎，押送到鄴城。東嬴公司馬騰進爵為東燕王，平昌公司馬模晉爵為南陽王。
冬十月，司空范陽王司馬九虎死。司馬九虎的長史劉輿殺害成都王司馬穎。
十一月十八日，惠帝死於顯陽殿，終年四十八歲，葬在太陽陵。
惠帝為太子時，朝中大臣都知道他不能勝任天下政事，武帝也對他有懷疑。曾經將東宮官屬召集到一起，把尚書的政務讓太子裁決，太子不能回答。賈妃使親信代替太子回答，多引經據典。給事張泓對賈妃說：「太子平時不愛學習，這是陛下知道的。今天應該就事論事回答問題，不要引用古書。」賈妃同意這個意見。於是使張泓起草答卷，讓太子抄寫呈上。武帝看後大喜，太子的地位才得以穩定。即位以後，國家大事皆出於群臣之手，綱紀敗壞，賄賂公行，有權位的勢族以貴凌人，忠賢之路斷絕，讒邪之人得志，得志者更相薦引，天下人稱之為「互市」。高平人王沈作《釋時論》，南陽人魯褒作《錢神論》，廬江人杜嵩作《任子春秋》，都是憤世疾俗之作。惠帝曾經在華林園遊玩，聽到青蛙鳴叫，對左右侍從說「它們如此鳴叫，是為公事呢，還是為私事呢？」有人回答說：「在公眾場合就是為公事，在私下場合就是為私事。」後來天下戰亂饑荒，很多百姓餓死，惠帝說：「他們沒有糧食，為什麼不吃肉呢？」惠帝昏聵糊塗大多類此。惠帝是因吃餅子中毒而死，有人說是司馬越下的毒。