孝愍皇帝名鄴，字彥旗，是武帝司馬炎之孫，吳孝王司馬晏的兒子。出繼給後伯父秦獻王司馬柬，襲位封秦王。
永嘉二年(308)，拜為散騎常侍、撫軍將軍。洛陽陷落後，到滎陽密縣避難，與舅父荀藩、荀組相遇，自密縣南走許穎。豫州刺史閻鼎與前撫軍長史王毗、司徒長史劉疇、中書郎李昕及荀藩、荀組等共同謀劃送愍帝回長安，劉疇等中途叛變，閻鼎追上把他殺了，荀藩、荀組倖免於難。閻鼎即裹挾愍帝，乘坐牛車，經宛奔武關，多次遇到山賊攔截，士卒逃散，停留在藍田。閻鼎告知雍州刺史賈疋，賈疋立即派州兵迎接護衛，到達長安，又使輔國將軍梁綜幫助守長安。當時霸水出現玉龜，長安城南有神馬鳴叫。
永嘉六年(312)九月初三，閻鼎等擁戴秦王為皇太子，登壇祭天，建立宗廟社稷，實行大赦。給賈疋加上征西大將軍稱號，以秦州刺史南陽王司馬保為大司馬。賈疋討伐賊張連，被張連殺害，眾人推舉始平太守麴允兼雍州刺史，做盟主，按照朝廷制度，選拔設置官員。
建興元年(313)夏四月初一，得到懷帝被害的音訊，舉行哀悼祭奠之禮。二十七日，愍帝即位，實行大赦，改年號。以衛將軍梁芬為司徒，雍州刺史麴允為使持節、領軍將軍、錄尚書事，京兆太守索林為尚書右僕射。石勒在上白進攻龍驤將軍李惲，李惲戰敗被殺。
五月十八日，以鎮東大將軍琅王牙王司馬睿為侍中、左丞相、大都督陝東諸軍事，大司馬、南陽王司馬保為右丞相、大都督陝西諸軍事。又給南陽王、琅王牙王下詔說：「天災人禍，雖在明君盛世，有時也會遇到。朕因年幼，繼承大業，憑祖宗之靈和群公義士之力，欲掃除凶寇，拯救故都宗廟，瞻望前途，未能順心如願，心肝為之碎裂，西周時周公召公分陝而治，姬氏得以興隆；周平王東遷，得到晉國鄭國有力的輔助。今左右丞相高德可與聖賢媲美，又是王室近親，國家當仰仗二公，掃除巨寇，奉迎懷帝靈柩，克復故土，使王業中興。令幽、並兩州將領率兵三十萬，直搗平陽。左丞相應率秦、涼、梁、雍四州勁旅三十萬，進軍長安。右丞相率自己所屬精兵二十萬，直指洛陽。並分別派遣前鋒，作為幽、並軍的後繼。各路軍剋期赴敵，為國家建立大功。」
又給琅王牙王下詔說：「朕因年幼昏昧，繼承大業，未能掃平凶逆，奉迎先帝靈柩，枕戈待時，心肝碎裂，前日得到魏浚上表，知道公率領三軍，已經佔據壽春，並傳檄文於諸侯，共振國威，想來大軍繼續前進，已達洛陽。涼州刺史張軌，一心振興王室，軍旅在途，連綿萬里，已經到達開隴；梁州刺史張光，也派遣巴漢士卒，屯駐駱谷；秦川的驍勇將士，也會集如林。不久前派出的使者已經回來，得知平陽方面的確實消息，說是幽並二州兵力強盛，殘餘的胡人已經衰敗，然而還在恃險頑抗，應當大舉剿滅。不知公當前在何處，因而其他各軍都休養士卒，礪兵秣馬，尚未大舉進軍。今公軍已至何處，應當來信告知，朕便御駕親征，會師中原，掃除群凶。公應思獻宏大之計，長遠之略，使先帝陵墓得遷還舊都，四海賴以安寧。故派遣殿中都尉劉蜀、蘇馬等前往宣示朕意。公德高望重，為王室親屬，興隆東方，安定天下，非公而誰能當此任！但洛陽為陵墓宗廟所在，不可空虛，公應鎮守洛陽，以安撫山東百姓。右丞相當輔助朝政，倣傚周公召公，以使中興事業得以隆盛。」
六月，石勒殺害兗州刺史田徽。此時，崤山以東的郡縣，相繼被石勒攻陷。
秋八月二十日，劉蜀等到達揚州。把建鄴改為建康，把鄴城改為臨漳。杜..侵擾武昌，焚燒城邑。杜..的別將王真襲擊沌陽，荊州刺史周豈頁逃到建康。
九月，司空荀藩死於滎陽。劉聰進犯河南，河南尹張髦戰死。
冬十月，荊州刺史陶侃在石城討伐杜..的黨羽杜曾，被杜曾打敗。二十七日，下大冰雹。二十八日，下大雪。
十二月，河東地震，下雨時空中落肉。
二年春正月初一，出現黑霧，沾到人身上像墨一樣，連夜不止，五天以後才消散。初三辰時，東昇的太陽墜落於地。又有三個太陽相繼出現於西方而向東運行。初九，實行大赦。楊武在漢中大肆掠奪，然後投奔李雄。
二月初二，以司空王浚為大司馬，衛將軍荀組為司空，涼州刺史張軌為太尉，封為西平郡公，并州刺史劉琨為大將軍。
三月初四，石勒攻陷幽州，殺死侍中、大司馬、幽州牧、博陵公王浚，焚燒城邑，死者萬餘人，杜..別帥王真在林鄣襲擊荊州刺史陶侃，陶侃逃奔灄中。
夏四月初五，地震。
五月二十三日，太尉、領護羌校尉、涼州刺史、西平公張軌死。
六月，劉曜、趙冉進犯新豐等縣，安東將軍索林討伐並擊破了他們。
秋七月劉曜、趙冉等又進逼京都，被領軍將軍麴允擊破，趙冉中流矢而死。
九月，北中郎將劉演收復頓丘，殺了石勒所任命的太守邵攀。十九日，麟出現於襄平。單于代公猗盧派使者來獻馬。蒲子有馬生人。
三年春正月，盜賊殺了晉昌太守趙..。吳興人徐馥殺害吳興太守袁..。以侍中宋哲為平東將軍，駐軍華陰。
二月十二日，左丞相、琅王牙王司馬睿晉陞為大都督、督中外諸軍事，右丞相、南陽王司馬保晉陞為相國，司空荀組為太尉，大將軍劉琨為司空。晉封代公猗盧為代王。荊州刺史陶侃在巴陵擊破王真。杜..的別將杜弘、張彥在海昏與臨川內史謝離交戰，謝離大敗戰死。
三月，豫章內史周訪攻擊杜弘，將他趕跑，在陣上殺了張彥。
夏四月，實行大赦。
五月，劉聰進犯并州。
六月，盜賊挖開了漢文帝漢宣帝的陵墓霸陵杜陵以及薄太后陵，太后面貌和活人一樣，盜去的金玉采帛無法計算。當時因朝廷臨時定都長安，草率從事，服飾費用短缺，命令將陵墓中盜賊偷剩下的財物收拾起來，充實國庫。初五，地震。十九日，實行大赦。命令雍州官吏掩埋屍骨，修復陵墓，有盜墓者，誅滅三族。
秋七月，石勒攻陷濮陽，殺死太守韓弘。劉聰進犯上黨，劉琨遣將援救上黨守軍。
八月初二，王師與敵軍在襄垣交戰，王師大敗。荊州刺史陶侃攻擊杜..，杜..戰敗逃走，死在路上，湘州平定。
九月，劉曜進犯北地，朝廷命領軍將軍麴允去討伐。
冬十月，麴允進攻青白城。以豫州牧、征東將軍索林為尚書僕射、都督宮城諸軍事。劉聰攻陷馮翊，太守梁肅逃奔萬年。
十二月，涼州刺史張實送上皇帝印璽一個。盜賊殺害安定太守趙班。
四年春三月，代王猗盧死，其部卒歸附劉琨。
夏四月二十日，劉曜進犯上郡，太守籍韋率領部下逃到南鄭。涼州刺史張實派遣步騎兵五千赴京師護衛。石勒攻陷廩丘，北中郎將劉演出逃。
五月，平夷太守雷火召殺害南廣太守孟桓，率領二郡三千餘家反叛，投降李雄。
六月初一，日蝕。蝗蟲成災。
秋七月，劉曜攻北地，麴允率步騎兵三萬去援救。王師不戰而潰，北地太守麴昌投奔京師。劉曜進軍至涇陽，渭水以北諸城的守軍都潰散，建威將軍魯充、散騎常侍梁緯、少府皇甫陽等都死於亂軍之中。
八月，劉曜進逼京師，京城內外斷絕聯繫，鎮西將軍焦嵩、平東將軍宋哲、新平太守竺恢等一同奔赴國難，麴允與公卿守長安小城保護自己，散騎常侍華輯監督京兆、馮翊、弘農、上洛四郡兵，屯於城東霸上，鎮軍將軍胡崧率領城西諸郡兵駐遮馬橋。各路守軍都不敢出擊。
冬十月，京城饑荒極端嚴重，米一斗值黃金二兩，人吃人，一大半人餓死。太倉中有釀酒用的麴數十塊，麴允將麴砸碎熬粥給愍帝喝，到這時麴塊也吃完了。愍帝哭著對麴允說：「如今窮困危急到這種地步，外面沒有救援，為社稷而死，是我所應該的。然而想到將士們遭受這樣的磨難，應趁城未陷落而行全身之計，或許可以使百姓免受屠戮之苦。就這樣做吧！跋快發書，朕已經決定了。」
十一月十一日，愍帝使侍中宋敞向劉曜送降書，自己乘坐羊車，脫去上衣，口銜玉璧，侍從抬著棺材，出城投降。群臣哭泣呼號，攀援住車駕，拉住愍帝的手，愍帝也不勝悲哀。御史中丞吉朗自殺。劉曜燒了棺材，接受了玉璧，使宋敞侍奉愍帝回宮。當初有童謠說：「天子何在豆田中。」當時王浚在幽州，聽到此童謠後，以為藿即豆葉，豆與藿連，便殺了一個叫霍原的隱士以應此謠。實際是愍帝到劉曜軍營投降時，軍營正在城東豆田壁。十七日，愍帝被送往平陽過流亡生活，麴允和群官都跟從到平陽。劉聰給愍帝加上光祿大夫、懷安侯的稱號。十八日，劉聰登殿，愍帝在他面前叩頭跪拜，麴允看到這種情景，伏地痛哭，然後自殺。尚書梁允，侍中梁睿、散騎常侍嚴敦、左丞臧振、黃門侍郎任播、張偉、杜曼及諸郡守都被劉曜殺害，華輯逃到南山。石勒圍攻樂平，司空劉琨派兵援救，被石勒打敗，樂平太守韓據出逃，司空長史李弘獻并州地投降石勒。
十二月初一，日蝕。初五，劉琨投奔薊依附段匹石單。
五年春正月，愍帝在平陽。十七日，虹霓滿天，三個太陽並懸於天空。平東將軍宋哲投奔江南。李雄使其將李恭、羅寅進犯巴東。
二月，劉聰使其將劉暢進攻滎陽，被滎陽太守李矩擊破。
三月，琅王牙王司馬睿繼承皇統，改年號，在建康稱晉王。
夏五月丙子，日蝕。
秋七月，大旱，司、冀、青、雍四州螽蝗成災。當時石勒也爭著收取百姓禾稼，當時人們稱為「胡蝗」。
八月，劉聰使趙固在定穎襲擊衛將軍華薈，並殺害了他。
冬十月丙子，日蝕。劉聰外出打獵，令愍帝執行車騎將軍的職務，穿著戎服，手執戟矛，在前面開路，百姓聚在路旁觀看，有些晉朝遺民故老，看了以後抽泣流涕，劉聰聽到後十分厭惡。以後，劉聰又趁宴會時讓愍帝行酒，洗酒杯，上廁所時又使愍帝拿馬桶蓋，旁邊的晉臣多失聲哭泣，尚書郎辛賓抱住愍帝痛哭，被劉聰殺害。
十二月二十日，愍帝被劉聰害死於平陽，終年十八歲。愍帝繼承皇位時，正值永嘉之亂，天下分崩離析，長安城中不滿百戶人家，房屋坍塌，荊棘成林。朝廷無車馬服飾，只能把官銜寫在桑木板上作標誌而已。軍隊不過一旅，公私有車四輛，器械缺少，糧餉運輸不能接濟。巨賊橫行，京都危急，各地諸侯無獻身之志，四方將帥無勤王之舉，故使愍帝君臣處境窘迫，受辱被殺。