明皇帝名紹，字道畿，是元帝的長子。幼年聰明，受到元帝特殊的寵愛。年方數歲時，元帝閒坐，將他放置在膝前，正遇長安使者來，因問明帝說：「你說日與長安哪個遠？」明帝回答說：「長安近，不曾聽說過人從日邊來，由此可以知道了。」元帝覺得奇異。第二天，群臣宴會時又問他這個問題，回答說：「日近。」元帝臉色一變說：「怎麼和昨天說的不同呢？」明帝回答說：「抬頭就望見日，但卻望不見長安。」由此元帝更覺得他是個奇童。
建興初年(313)，拜為東中郎將，鎮守廣陵。元帝為晉王，立為晉王太子。元帝即皇帝位，立為皇太子。性情極孝順，有文才武略，敬賢愛客，喜好文章辭藻，當時的名臣，從王導、庾亮到溫嶠、桓彝、阮放等，都被親近看重。曾經與大臣們辯論聖人真假之意，王導等人的意見也不能使明帝屈從。又好習武藝，善於安撫將士。當時江東人才濟濟，遠近都歸心於明帝。王敦之亂時，王室六軍潰敗，明帝欲率將士與叛軍決戰，登上車子將要出發，中庶子溫嶠堅決諫阻，抽劍斬斷馬套繩，這才作罷。王敦平素認為明帝神武有明略，為朝野人氏所欽佩信賴，打算用不孝的罪名廢黜他。於是大會百官，當眾問溫嶠：「皇太子有什麼功德值得稱道？」聲色俱厲，定要使溫嶠說出廢太子的話。溫嶠回答說：「探討高深的治國之道，使國家長治久安，這不是見識短淺的人所能認識的。從禮的角度看，這就是孝。」大臣們都認為溫嶠的意見是正確的，王敦的陰謀遂被阻止。永昌元年(322)閏月初十，元帝死。十一日，太子即皇帝位，實行大赦，尊生母荀氏為建安郡君。
太寧元年(323)春正月十五日，黃霧瀰漫，京師發生火災。李雄使其將李驤、任回侵擾台登，將軍司馬玖戰死。越..太守李釗、漢嘉太守王載反叛，獻郡投降李驤。
二月，將元帝安葬在建平陵，明帝徒步赤腳來到陵所。以特進華恆為驃騎將軍、都督石頭城水陸軍事。十七日，黃霧瀰漫。十八日，降霜。二十四日，又降霜，凍壞谷苗。
三月初一，改年號，在殿前會見大臣，停止饗宴之禮，樂器懸而不奏。初九，又降霜，凍死春草。饒安、東光、安陵三縣發生大火，燒燬七千餘家，燒死一萬五千人。石勒攻陷下邳，徐州刺史卞敦退守盱眙。王敦獻皇帝信璽一枚。王敦陰謀篡位，暗示朝廷將自己召回京師，明帝親手寫詔書召王敦。
夏四月，王敦率軍駐紮在於湖，讓司空王導轉為司徒，自己兼揚州牧。巴東監軍柳純被王敦殺害。以尚書陳纁為都督幽平二州諸軍事、幽州刺史。
五月，京師發大水。李驤等侵犯寧州，寧州刺史王遜派遣部將姚岳在堂狼迎戰，大破李驤軍。梁碩攻陷交州，交州刺史王諒戰死。
六月初六，立庾氏為皇后。平南將軍陶侃派遣參軍高寶攻梁碩，斬了梁碩，首級傳到京師。陶侃進位為征南大將軍、開府儀同三司。
秋七月初一，雷擊太極殿柱。本月，劉曜在隴城攻擊陳安並把他消滅。
八月，以安北將軍郗鑒為尚書令。石勒部將石季龍攻陷青州，刺史曹嶷被害。
冬十一月，王敦以其兄征南大將軍王含為征東大將軍、都督揚州江西諸軍事。因軍隊缺糧，向刺史以下地方官徵調糧米。
二年春正月初五，明帝臨朝，停止饗宴之禮，樂器懸而不奏。初八，赦免五年以下的罪犯。玩妖術的人李脫編造妖書迷惑群眾，被斬於建康街市。石勒部將侵犯兗州，刺史劉遐從彭城退守泗口。
三月，劉曜部將康平侵犯魏興，到達南陽。
夏五月，王敦假借皇帝詔命，將其子王應拜為武衛將軍，其兄王含拜為驃騎大將軍。明帝所親信的常從督公乘雄、冉曾都被王敦殺害。
六月，王敦將舉兵向京師進發，明帝暗地探得這個消息，於是騎著巴滇駿馬微服出行，到王敦駐地於湖，暗地觀察王敦營壘，然後離開。有個士兵懷疑明帝不是平常人。這天王敦白天睡覺，夢見太陽繞其城，受驚而起，說：「這必定是黃鬍鬚的鮮卑奴來了。」明帝的母親荀氏是燕代人，明帝狀貌類似外族人，鬍鬚黃色，所以王敦這樣說。於是王敦派五個騎兵去尋找追趕明帝。明帝也策馬奔馳而去，馬拉糞時，就澆上冷水。遇到旅舍賣飯的老婦，送給她一把七寶鞭，對她說：「後面有騎兵來，可把此鞭給他們看。」過了片刻，追騎來到旅舍，問老婦，老婦說：「人已經走遠了。」並把七寶鞭拿出來給他們看。五個士兵傳遞著玩賞，停留了很久。又見馬糞是冷的，認為確實已走遠了，便停止追趕。明帝因此得以脫身。
二十七日，司徒王導加大都督、假節，領揚州刺史，以丹楊尹溫嶠為中壘將軍，與右將軍卞敦守石頭城，以光錄勳應詹為護軍將軍、假節，督朱雀橋南諸軍事，以尚書郗鑒行衛將軍，都督從駕諸軍事，以中書監庾亮領左衛將軍，以尚書卞壺行中軍將軍。徵召平北將軍、徐州刺史王邃，平西將軍、豫州刺史祖約，北中郎將、兗州刺史劉遐，奮武將軍、臨淮太守蘇峻，奮威將軍、廣陵太守陶瞻等還朝護衛京師。明帝駐於中堂。
秋七月初一，王敦派遣其兄王含及錢鳳、周撫、鄧岳等率水陸五萬人馬，到達南岸。溫嶠移軍屯水北，燒燬朱雀橋以挫其鋒。明帝親率六軍，駐紮在南皇堂。初二夜晚，招募壯士，派遣將軍段秀、中軍司馬曹渾、左衛參軍陳嵩、鍾寅等甲士千人渡水，趁叛軍紮營未畢時進行突襲。黎明，在越城接戰，大破賊軍，斬賊軍前鋒將何康。王敦氣憤而死。前任宗正虞潭在會稽興義師反王敦。沈充率萬餘人與王含等會合，初九，在陵口築壘。十六日，劉遐、蘇峻等率精兵一萬人到達京師，明帝連夜接見慰勞他們，賞賜將士各有差等。義興人周蹇殺了王敦所任命的太守劉芳，平西將軍祖約將王敦任命的淮南太守任台驅逐出壽春。二十四日，賊軍渡水來攻，護軍將軍應詹率領建威將軍趙胤等拒戰，未能取勝。賊軍到達宣陽門，北中郎將劉遐、蘇峻等從南塘橫向截擊，大破賊軍。劉遐又在青溪擊破沈充。二十五日，賊軍燒燬營壘連夜逃走。
二十六日，明帝回宮，實行大赦，惟不赦王敦黨徒。於是分別派遣諸將追剿王敦黨羽殘餘勢力，將其全部平息。封司徒王導為始興郡公，食邑三千戶，賜絹九千匹；丹楊尹溫嶠為建寧縣公，尚書卞壺為建興縣公，中書監庾亮為永昌縣公，北中郎將劉遐為泉陵縣公，奮武將軍蘇峻為邵陵縣公，食邑各一千八百戶，絹各五千四百匹；尚書令郗鑒為高平縣侯，護軍將軍應詹為觀陽縣侯，食邑各一千六百戶，絹各四千八百匹；建威將軍趙胤為湘南縣侯，右將軍卞敦為益陽縣侯，食邑各一千六百戶，絹各三千二百匹。其餘將士封賞各有差等。
冬十月，以司徒王導為太保，兼領司徒，太宰、西陽王司馬..兼領太尉，應詹為平南將軍、都督江州都軍事、江州刺史，劉遐為監淮北諸軍事、徐州刺史，庾亮為護軍將軍。下詔申明，對王敦叛亂的脅從者一律不再追究。此時，石勒部將石生屯駐洛陽，豫州刺史祖約退保壽陽。
十二月十五日，明帝拜謁元帝建平陵，舉行兩週年的大祥之禮。梁水太守爨亮、益州太守李襲佔據興古反叛，投降李雄。沈充故將顧..在武康謀反，攻掠焚燒城邑，被當地州縣派兵討平斬殺。
三年春二月戊辰，恢復滅三族的刑法，只是不涉及婦女。
三月，幽州刺史段末波死，以其弟段牙嗣位。初二，立皇子司馬衍為皇太子，實行大赦，增文武官位二等，讓天下百姓飲宴三日，鰥寡孤獨者每人賜帛二匹。二十七日，徵召處士臨海人任旭、會稽人虞喜為博士。
夏四月，下詔說：「國家大事初定，應該改革維新，現令太宰司徒以下大臣，到議政廳參議政事，各方面的繼承和改革，務求完全適中。」又下詔說：「接受正直之言，引拔貞亮之士，想來群賢是理解我這種胸懷的。我有違章背理的言行，你們就加以糾正，堯與舜是互為君臣的。我雖虛弱昏暗，然而還不會拒絕逆耳之言。稷契這樣的重任，就由諸君擔當了。希望與大家共勉。」初四，下冰雹。石勒部將石良侵犯兗州，刺史檀斌貝奮力迎戰，陣亡。將軍李矩等因軍隊潰散而回京都，石勒全部攻佔司、兗、豫三州之地。
五月，以征南大將軍陶侃為征西大將軍、都督荊湘雍梁四州諸軍事、荊州刺史；王舒為安南將軍、都督廣州諸軍事、廣州刺史。
六月，石勒部將石季龍在新安攻擊劉曜部將劉岳，攻陷新安城。以廣州刺史王舒為都督湘州諸軍事、湘州刺史，湘州刺史劉豈頁為平越中郎將，都督廣州諸軍事、廣州刺史。大旱，從正月到六月未下雨。
秋七月初七，以尚書令郗鑒為車騎將軍、都督青兗二州諸軍事、假節、鎮守廣陵，領軍將軍卞壺為尚書令。下詔說：「封賜前朝賢王的後代，是歷代在位者所重視的；興滅國，繼絕世，是治國行道首先應該考慮的。宗室賢王在大晉受命之際有功勳者，開國功臣，大德名賢，與創業三祖共謀大事，並立國封土誓同山河者，今皆廢絕，祭祀無人，使人甚為傷懷。主持此事者應詳細議論那些應該立後嗣的人上報。」又下詔說：「在京郊祭祀天地，是帝王的大事。自晉中興以來，只舉行南郊祭禮，未曾祭北郊，古代四時五郊之祀都未曾恢復，五嶽、四瀆、名山、大川，在祀典中有記載應該按等級望祭者，都廢棄而未曾舉行。主持此事的人可以依照舊典詳細提出處理意見。」
八月，下詔說：「昔日周武王滅商，封比干之墓；漢高祖過趙，錄用樂毅之後，顯耀以往的賢者，可以激勵將來的人。孫吳時將相名賢的後代，有能繼承先祖家訓，忠孝仁義，修身養性，不為時人所知者，州郡中正官盡快報名單來，不要有遺漏。」
閏月，以尚書左僕射荀崧為光祿大夫、錄尚書事，尚書鄧攸為尚書左僕射。十九日，明帝健康狀況不佳，召太宰、西陽王司馬..，司徒王導，尚書令卞壺，車騎將軍郗鑒，護軍將軍庾亮，領軍將軍陸曄，丹楊尹溫嶠，一起接受遺詔，輔助太子。二十四日，下詔說：「自古至今人人有死，聖賢也不例外，壽命長短，仕途窮達，最後都歸一死，死又何足痛惜呢！朕臥病已久，常憂慮會忽然而逝。念及祖宗大業，未能構建完備，大恥未雪，百姓塗炭，所以心中慷慨難平。去世之日，以時服入殮，遵守以前制度，務從簡約，煩勞眾人，崇尚虛飾的事都不要做。太子衍年幼體弱，負國家重任，當賴諸位忠臣賢士，訓導使之成器。昔日周公匡輔成王，霍光擁育昭帝，大義載於前代典籍，功德為兩朝之冠，這不是宗室大臣應行之道嗎？諸位公卿，都是當今德高望重之人，應敬聽遺命，肩負所托重任，同心協力，為王室謀劃。各地征鎮將領，刺史太守，都是捍衛皇家的長城，在外操持軍務，雖事有內外之分，目標是一致的。所以沒有在外從軍的人，誰來保護百姓的平安生活！內外之職譬如唇齒相依，表裡互用。應協力同心，如符契相合，思美中之美，以成就大事為目的。百官卿士，皆歸總聽於宰相，共同保護幼主，渡過艱難時刻，長令祖宗之靈，安寧於九天之上，則朕死後於黃泉下也無遺憾了。」
二十五日，明帝在東堂去世，終年二十七歲，葬在武平陵，廟號肅祖。明帝聰明敏捷能隨機斷事，尤其精通物理。在位期間兵亂連年，饑荒不斷，死於饑荒戰亂瘟疫者過人口之半，國家空虛社會凋敝十分嚴重，國事極端艱難。又值王敦挾兵威而震懾人主，將欲竊奪神器。明帝虛與周旋，養成其惡，以弱制強，潛心謀劃，當機獨斷，肅清大凶。又調整荊、湘等四州將領，以分散長江上游地方勢力，撥亂反正，加強根本而削弱枝葉，雖在位短暫，對安定國家大局，影響是深遠的。