王恭，字孝伯，為光祿大夫王蘊的兒子，定皇后的兄長。少負美譽，清高過人。以門第高貴才能超拔而自負，常有做輔弼大臣的願望。與王忱齊名且有深交，仰慕劉炎的為人處世。謝安常說：「憑王恭的才品和門第，將來可以做一方諸侯。」曾經隨同其父從會稽來到京都，王忱拜訪他們父子，看見王恭坐著六尺長的竹蓆，王忱以為他肯定還有這種竹蓆，就向他索取。王恭即刻把這張竹蓆送給了他。以後自己則坐草蓆。王忱聽說後大為驚訝。王恭說：「我平生沒有多餘之物。」王恭就是如此簡樸直率。
王恭最初拜官為佐著作郎。歎道：「做官不做宰相，才志何足以施展！」於是以疾病為由辭謝不就。不久拜為秘書丞。轉任中書郎，未就職，適逢父喪守孝。喪期滿，拜為吏部郎，封建威將軍。太元年間(376～396)，代替沈嘉任丹揚尹，遷中書令，兼太子詹事。
孝武帝因為王恭是定皇后的兄長，所以十分敬重他。當時陳郡人袁悅之以奸巧狡詐侍奉會稽王司馬道子，王恭將此情況告訴了孝武帝，因此孝武帝誅殺了袁悅之。司馬道子曾會集朝中士大夫，在丞相府裡置辦酒席，尚書令謝石因酒醉而唱里巷之歌，王恭正色道：「身為尚書省長官，留止諸侯王的府第，而大唱婬聲，何以讓朝廷百官傚法！」謝石十分惱恨他。淮陵內史虞珧的兒媳裴氏有道家服食之術。常穿黃色衣著，狀如天師，司馬道子非常喜歡她，讓她同賓客們一起談論，當時人們都為她降節禮敬。王恭高聲說：「不曾聽說宰相座中有行為不端的婦人。」座中賓客莫不感到坐立不安。司馬道子十分羞愧。其後孝武帝打算提拔當時有威信聲望者為藩國長官，便任命王恭為都督兗青冀幽並徐州晉陵諸軍事、平北將軍、兗青二州刺史、假節，鎮守京口。以前，都督以「北」字為號的多有不祥，因此桓沖、王坦之、刁彝一類人不接受鎮北的稱號。王恭上表辭讓將軍封號，以超常格受職為推托之辭，而實則是討厭這一名號，於是朝廷改號前將軍。慕容垂入侵青州，王恭派遣偏師抵抗慕容垂，失利，朝廷降號為輔國將軍。
及至孝武帝駕崩，會稽王司馬道子執掌朝政。寵信親近王國寶，把大權交託給他。王恭常正色直言，司馬道子很害怕王恭，也因此十分怨恨王恭。王恭前往皇陵祭拜孝武帝，完畢，歎道：「棟樑都還是新的，可已見亡國的徵兆了。」當時王國寶的堂弟王緒勸說王國寶，乘王恭拜見丞相會稽王之機，埋伏士兵殺掉他。王國寶不許。司馬道子也想使內外大臣和睦相處，對王恭推心置腹，希望彼此之間消除舊怨。王恭多不順從，每每談及時政，就義正辭嚴，聲色俱厲。司馬道子知道與王恭之間不可調和，便實施王緒的行刺之計，於是開始埋下國難的禍根。有人勸說王恭乘上朝之機率兵誅殺王國寶，但庾楷與王國寶同黨，其兵強馬壯，王恭擔心庾楷作對，不敢先發制人，便決定返回鎮所。臨別京城時，對司馬道子說：「天子居喪期間，執政宰相的重任，即使是伊尹、周公那樣的賢人也感到難以勝任，願大王親理萬機，採納忠言，遠離邪聲，放逐奸佞小人。」辭色十分嚴厲，因此王國寶等越加懼怕。朝廷任命王恭為安北將軍，王恭不受。於是王恭謀劃誅殺王國寶，派使者與殷仲堪、桓玄聯絡，殷仲堪假意應承。王恭得到回書後，大喜。便上書京師，直言道：「後將軍王國寶，憑婚姻連帶關係多次身居要職，卻不能感謝皇恩思圖效忠，以報答時世，而竟邀寵逞威，獨斷專行，將危及國家社稷。先帝升天之日，王國寶連夜私自進宮，準備篡改遺詔，幸賴皇后聰慧機智，丞相會稽王英明威武。所以其陰謀並未得逞。又將東宮現有衛隊併入自家府中，讒嫉自己的兄弟如同對待仇敵一樣。與其堂弟王緒結黨營私，凶狠狡詐，狼狽為奸，擾亂朝廷。此不忠不義之行已昭然若揭。以愚臣之忠誠，必將亡身殉國，因此王國寶等陷害愚臣非止一端。幸賴先帝明察，不聽讒言。從前趙鞅興兵，誅殺國君身邊的奸惡之徒。愚臣雖然低下無能，但怎敢忘卻這樣的大義！」疏表傳至京師，內外戒嚴。王國寶及王緒惶惶不知所措，採用王王旬之計，請求解除職務。司馬道子逮捕王國寶，賜他自盡，斬王緒於街市。為自己所犯過失向朝廷謝罪，王恭因此便退兵返回京口。
王恭開始直言上表，擔心起事不能獲勝。便任命前司徒左長史王貵為吳國內史，命令他在東部起兵。王國寶一死，王恭又命令王貵解散義兵卸去職務。王貵惱怒，率兵討伐王恭。王恭派劉牢之剿滅了王貵，並上疏朝廷請求貶職，詔令不許。譙王司馬尚之勸說司馬道子，認為諸侯藩鎮強盛，宰相權勢就會削弱，應多樹立親信以鞏固自身。司馬道子認為司馬尚之的建議有道理，便任命其司馬王愉為江州刺史，分割庾楷管轄之下的豫州四郡交給王愉統轄。由此引起庾楷的憤怒，庾楷派兒子庾鴻勸說王恭道：「司馬尚之兄弟專弄權術，想借朝廷聖威削弱諸侯勢力，如不以王國寶的前事為警戒，其形勢後果將難以預測。乘其陰謀未成，宜早考慮對付他們。」王恭以為有理，又將自己的意圖決策轉告殷仲堪、桓玄。桓玄等依從王恭，共推王恭為盟主，約定日期一同奔赴京師。
當時內外不和，消息阻滯不通，河流渡口巡邏盤查甚嚴，殷仲堪的信札通過庾楷傳送王恭，用斜絹作書，藏入竹箭裡，合上箭頭塗上油漆，庾楷送交給王恭手中。王恭打開書信，絹上文字古怪，不可辨識，以為庾楷有詐。又料想殷仲堪去年已未赴約，現在同樣無興兵之理，於是王恭決定提前起兵。屬下司馬劉牢之勸諫說：「將軍現在身為一方諸侯，滿懷忠貞報國之志節，丞相會稽王可比周公之尊貴，極負聲望。去年已殺王國寶、王緒，送交王貵的密書，這是真心佩服敬重將軍。近來所作所為，雖然不都公正合理，但並不算大過失。分割庾楷的四郡交付給王愉，對於將軍有什麼損害呢！舉兵反朝，怎可興第二次呢？」王恭不聽從，便上表朝廷以討伐王愉、司馬尚之兄弟為說辭。朝廷派司馬元顯及王王旬、謝琰等抵抗王恭。
王恭晚上夢見劉牢之坐在他的位置上，早晨起來對劉牢之說：「此事獲勝，就讓你做北府軍統帥。」派劉牢之率帳下督顏延先佔據竹裡。司馬元顯派人遊說劉牢之，以重利利誘他，劉牢之便斬殺顏延投降於朝廷。這一天，劉牢之派其女婿高雅之、兒子劉敬宣，乘王恭閱兵之際，率精銳騎兵攻擊王恭。王恭敗北，準備返回，高雅之已關閉城門。王恭便同其弟王履隻身單騎奔向曲阿。王恭許久沒有騎馬，以致大腿磨破生瘡，無法再行走。曲阿人殷確，是王恭從前的參軍，用船運載王恭，將他藏在蘆葦席之下，準備投奔桓玄。到長塘湖，遇見商人錢強，錢強早先與殷確有怨，便將這一秘密告訴了湖浦尉。湖浦尉逮捕了王恭，確並將他押送京師。司馬道子聞知王恭將被送到，打算出來與他交談，當面斥責其過失，而不打算殺他。當時桓玄等人率部已達石頭城，司馬道子擔心有變，便在建康的倪塘將王恭斬首。王恭的五個兒子及其弟王爽、王爽的侄兒秘書郎王和及其親信孟璞、張恪等皆被處死。
王恭個性坦率耿直，深懷大義，富有氣節。讀《左傳》至「奉王命討不庭」處，常為之釋卷而感歎。其為人度量不寬廣，不善隨機應變。自統領北府兵，雖然以簡易仁愛治政，但高自尊貴，與部下隔閡很大。不熟悉用兵之道，尤其篤信佛教，驅使百姓，修建佛寺，務求壯麗，士人百姓怨聲載道。臨受刑時，還吟誦佛經，自己理順鬍鬚鬢髮，毫無懼色，對監刑者說：「我王恭愚昧無知，過於相信他人，以致有今日敗局，但我的內心，豈是不忠於國家社稷！百代之後人們是知道我王恭這個人的。」死後家無錢財布帛，惟有書籍而已。為有見識者所感傷。
王恭姿容儀態美麗，人多愛慕，有人注視王恭稱讚說：「濯濯如同三春月下柳。」曾身披鶴氅裘，在雪中跋涉，孟昶窺見雪中行走的王恭，驚歎道：「這真是神仙中人啊！」最初被抓，遇見從前的同僚戴耆之為湖孰縣令，王恭私下告訴戴耆之說：「我有個庶子未被盤查出來，藏在乳母家中。請你幫我送到桓南郡家寄養。」戴耆之便將王恭庶子送到夏口，桓玄代為撫養，並為庶子設立喪庭讓他祭弔王恭。及至桓玄執政，上表朝廷為王恭辯護申冤，朝廷下詔追贈王恭為侍中、太保，謚號為忠簡。追贈王爽為太常，王和及兒子王簡皆為通直散騎侍郎。殷確為散騎侍郎。腰斬湖浦尉及商人錢強等。王恭庶子王曇亨，義熙年間(405～418)任給事中。