顯宗孝明皇帝名莊，光武帝第四子。母為陰皇后，明帝生而面方，十歲能通曉《春秋》，光武對他的才能很驚奇。
建武十五年(39)封東海公，十七年(41)晉爵為王，十九年(43)立為皇太子。拜博士桓榮為師，學通《尚書》。
中元二年(57)二月初五，登皇帝位，年三十。尊崇皇后為皇太后。三月初五，葬光武皇帝於原陵，有司奏上廟號尊為世祖。夏四月二十四日，明帝下詔說：「我本小子，繼承祖宗大業，日夜惶恐，不敢有半點隨便。先帝秉承天命中興漢室，品德同於帝王，與萬國融洽，上下通達和睦。祭祀山川，百神和安，恩惠施及於鰥寡。我承受國家大運。繼承政體，謹守文德，不知稼穡的艱苦，只怕有荒廢失誤。祖宗的遺囑告誡，顧惜尊重天下，要以老百姓為首要。公卿百官，將怎樣來輔助我的不足呢？今賜天下男子爵位，每人兩級；三老、孝悌、力田每人三級，爵過八級，可以移授予子或同母兄弟、同母兄弟的兒子；以及無戶口的流浪人想自歸首的，每人一級；鰥、寡、孤、獨、患絕症的，每人發粟十斛。
解除了枷鎖的囚徒及郡國苦役，在中元元年(56)四月十一日，大赦前犯罪而後來捕系的，一律免刑。在四月十一日大赦前，邊境平民遭亂成為內郡人妻子的，一律遣回邊境，完全聽她們自己的意願。中二千石下至二百石，降級和出錢贖罪的，都恢復官位品級發還贖錢。現在上無天子，下無地方長官，就像要渡過深淵而沒有舟楫一樣。皇位至關重要，而我年歲尚輕，思慮浮淺，實靠有德才的人指點幫助我。高密侯鄧禹大功居首，東平王劉蒼大度而見識淵博有謀，臨大節而不會屈撓，都可以受托輔助幼主治理天下。今任鄧禹為太傅，劉蒼為驃騎將軍。太尉趙喜心告謚南郊，司徒李斤奉安先帝梓宮，司空馮魴將校覆土。今封趙熹為節鄉侯，李斤為安鄉侯，馮魴為楊邑侯。」秋九月，燒當羌入寇隴西，在允街打敗隴西郡兵。赦免隴西囚徒，減罪一等，不收今年租調。又，所征發天水三千人，也免除這一年的更賦，派謁者張鴻在允吾討伐叛羌，張鴻軍大敗，張鴻陣亡。冬十一月，派中郎將竇固監督捕虜將軍馬武等二將軍討伐燒當羌。十二月二十六日，明帝詔令說：「現在正是春天，人們都忙於耕田養蠶。令所有官員務必順應節氣，不要妨礙干擾農事。天下亡命之徒判處斬首以下的，讓他們贖罪：死罪入縑二十匹，刖右腳直至髡鉗城旦、舂入縑十匹，完城旦、舂直至司寇作入縑三匹。沒有發覺，詔書到以前自首的，贖物減半。現在選舉不真實，邪佞之人沒有去掉，權貴受賄酷吏貪求，為所欲為，百姓愁苦埋怨，實情無從上告，有關官府，應明白上奏罪名，薦舉不當者，治薦舉人的罪。郡縣每次征發勞役，輕易地作奸牟利，詭詐地呵責恫嚇貧弱平民，使其心急如焚。現在務必要使勞役均平，不要枉屈刻薄。」
永平元年(58)春正月，明帝率領公卿以下官員朝拜原陵，如元會儀。夏五月，太傅鄧禹去世。二十二日，東海王劉強去世，派司空馮魴持符節視導喪事，賞賜升龍旄頭、鑾輅、龍旗。六月二十四日，葬東海恭王。秋七月，捕虜將軍馬武等與燒當羌戰鬥，羌大敗。募集士卒守衛隴右，每人賞賜錢三萬。八月初四，調山陽王劉荊為廣陵王，令進入封地。這年，遼東太守祭肜使鮮卑攻擊赤山烏桓，大敗烏桓，斬其渠帥。越..姑復夷反叛，州郡部隊討伐平定了叛亂。
二年(59)春正月十九日，在明堂祭祀光武皇帝。明帝及公卿列侯始服冠冕、衣裳、玉珮、絢屨舉行儀式。行禮完畢，登靈台。派尚書令持符節詔令驃騎將軍、三公說：「當此吉日良辰，在明堂祭祀光武皇帝，以配享五帝。禮備法物，樂和八音，歌詠福祉，舞蹈明功，佈告時令，勸勉群後。行禮完畢，登靈台，望雲氣，吹管樂，觀察事物變化。百官藩輔，宗室子孫，郡縣群吏眾蠻首領烏桓歲貊，都來助祭，匈奴單于侍奉漢宮之子，骨都侯也都來參加典禮。這都是聖祖功德感召的力量，使他們聚集到一起的。我昏黯鄙陋，繼承大業，親執王圭璧，恭祀天地。緬懷先帝受命中興，撥亂反正，使天下安樂，封禪泰山，修建明堂，立辟雍，起靈台，將立國愛民的事業，發揚光大。恩澤遍佈大地。而我沒有周代成王、康王般的天質，群臣也沒有呂尚、姬旦一樣的謀略，盥洗進爵，恭恭敬敬也感到不安。素性鄙陋，每臨大事就更加恐懼。所以說：『雍容大度的君子總是從容舒坦，而裝不下事的小人就經常憂心忡忡啊。』今命令全國，從判處斬首罪的以下，到陰謀反叛大逆不道的人，都免罪不究。所有一切官員，都要勤勉謹慎對待自己的職事，順應時節，敬順蒼天，使億萬人民都過安樂的生活。」三月，明帝臨辟雍，第一次舉行大射之禮。秋九月，沛王劉輔、楚王劉英、濟南王劉康、淮陽王劉延、東海王劉政來朝拜。冬十月初五，明帝到辟雍，第一次舉行養老禮。下詔說：「光武皇帝建明堂、辟雍、靈台三朝之禮，而沒有來得及賞賜宴請長老耆宿。渺小的我，繼承王位。趁暮春三月良辰，初行大射之禮，美好的十月元日，再到辟雍。尊事三老，兄事五更，安車軟輪，親執綏綬。侯王設醢漿，公卿設饌珍，我親自袒袖割俎，拿著酒杯，給老者漱口。怕老人哽噎，前後捶背。升歌《鹿鳴》，下管《新宮》，八佾具列，萬舞於庭。我深知自己德薄，怎麼敢當？《易》說小人而服君子之器則致盜，《詩》也諷刺那非法制用器服的人，永遠感到慚疚，內心牢牢記住。三老李躬，年高學明。五更桓榮，為我講授《尚書》。《詩經》上說：無德不報，無言不酬。』今賜桓榮關內侯爵位，食邑五千戶。三老、五更都以二千石俸祿養老終身。今賜天下三老，每人酒一石，肉四十斤，官員們要問候撫慰耆耋老人，憐恤幼小的孤兒，加惠於鰥寡，這樣才符合我的心意。」中山王劉焉開始到自己的封地。十七日，明帝西巡視察，到長安，祭祀高帝廟及十一陵。遍覽客舍，召集郡縣官員，慰勞犒賞作樂。十一月初七，派使者以豬羊二牲祭祀蕭何、霍光。明帝參謁陵園，對墓致敬。行進到河東，對所經過地方二千石縣令、縣長以下至於掾史分別賞賜。二十六日，明帝回到洛陽。十二月，護羌校尉竇林下獄死。這年，首次迎氣於五郊之兆。少府陰就的兒子陰豐殺其妻酈邑公主，陰就因此自殺。
三年(60)春正月十七日，明帝詔令說「：我奉行郊祀，登靈台，召見掌天文的太史，放正天文儀器。春天，是一年的開始，起頭得其正，春、夏、秋三時就有收成。近來，大水天旱不時發生，邊境民眾少食，上面的政事不當，老百姓就遭殃，一切官員應勤勉順應時節，勸導督促農桑，消滅蟲害；判刑處罰，要仔細謹慎，不要偏聽偏信，白天黑夜一點不要怠惰，以稱我心願。」二月初九，太尉趙熹、司徒李斤免職。十一日，任左馮翊郭丹為司徒。十四日，南陽太守虞延為太尉。十九日，立貴人馬氏為皇后，皇子劉火旦為皇太子。賞賜天下男子爵位，每人二級；三老、孝悌、力田每人三級；無戶口的流浪人想自歸首的，每人一級；鰥、寡、孤、獨、患絕症，窮得無法生存的，每人發粟五斛。夏四月十七日，封皇子劉建為千乘王，劉羨為廣平王。六月二十四日，有彗星出現於天船星北。秋八月二十五日，改大樂為大予樂。二十九日，日蝕。明帝下詔說：「我繼承祖業沒有善政。日月迫近相食，彗星見天，水旱不時發生，糧食歉收，人民沒有隔夜的餘糧，下面憂愁聚積。我雖日夜勤思，但智能不夠。以前楚莊王時天地無災，戒慎恐懼，求過於天。魯哀公禍大，天不降譴。現在的異動怪變，還望可以挽救。全體官員努力搞好本職工作，匡救我的無德，古代公卿士庶獻詩諷喻，師出箴言百士勸諫。群臣有議論批評的事情要說，不要忌諱。」冬十月，冬祭光武廟，開始獻《文始》、《五行》、《武德》之舞。二十二日，明帝從皇太后到章陵，察看舊日的住宅。十二月二十七日，從章陵回洛陽。這年，修建北宮及各官府。京師及郡國發了七次大水。
四年(61)春二月十一日，明帝詔令說「：我親耕藉田中，告祀先農，希望農事豐收。京師冬天沒有大雪，春天不暖和滋，煩勞各部門官員，積儲禱告。幸而近來又得及時雨，麥田潤澤，現賞賜公卿半俸。所有官員勉力搞好時政，務必刑罰公。」秋九月十二日，千乘王劉建去世。冬十月十九日，司徒郭丹、司空馮魴被免職。二十日，任河南尹范遷為司徒，太仆伏恭為空。十二月，陵鄉侯梁松下獄死。
五年(62)春二月十六日，驃騎將軍東平王劉蒼罷免歸藩；琅笽王劉京進入封地。冬十月，明帝到鄴縣，與趙王劉栩在鄴縣會見。常山三老對明帝說「：帝在元氏誕生，請求對這裡有所優待，減免賦稅。」明帝下詔說：「豐、沛、濟陽，是祖先命創立帝業的地方，加恩報德，是很合適的。現在永平的政事，百姓不滿，官員要求免賦，令人愧笑。難違此縣三老的慇勤誠意，現免除元氏縣田租更賦六年，分別賞賜縣掾史及門闌走卒。」明帝自鄴還洛陽。十一月，北匈奴入寇五原，十二月入寇雲中，南單于把他們打退。這年，邊境民眾在內地郡縣的都遣散回去，賞賜治裝費每人二萬。
六年(63)春正月，沛王劉輔、楚王劉英、東平王劉蒼、淮陽王劉延、琅笽王劉京、東海王劉政、趙王劉盱、北海王劉興、齊王劉石進京朝拜。二月，王雒山出寶鼎，廬江太守獻上。夏四月，明帝詔令說：「從前夏禹收集九州牧守的金屬，鑄鼎塑造成鬼神百物之形狀，讓人們知道神靈鬼怪，走入山林川澤不碰上鬼怪。鼎逢有德之君便出現，所以傳之商、周；周德衰亡，鼎也沉沒入泗水。吉祥事物的出現，是應驗有德的。現在政事教化不昌明，何以出現寶鼎呢？《易經》上說鼎是三公的象徵，大概是公卿奉行職事很得體吧？太常在夏祭這天，把鼎陳放到宗廟，以備器用。賞賜三公帛五十匹，九卿二千石二十五匹。先帝的詔書，禁止人上書言事稱聖，而近來有些章奏，頗多浮誇虛詞，自今以後如再有過頭的稱謂和溢美之詞，尚書都應抑壓而不加省覽。表示不為諂媚的人所譏笑。」冬十月，明帝到魯，祭祀東海恭王陵；會見沛王劉輔、楚王劉英、洛南王劉康、東平王劉蒼、淮陽王劉延、琅笽王劉京、東海王劉政。十二月，明帝返回，到陽城，派使者祭祀中岳嵩山。二十四日，回到洛陽。東平王劉蒼、琅笽王劉京隨帝進宮朝拜皇太后。
七年(64)春正月二十日，皇太后陰氏去世。二月初八，葬光烈皇后。秋八月十八日，北海王劉興去世。這年，北匈奴派使者來求和親。
八年(65)春正月初二，司徒范遷逝世。三月辛卯，任太尉虞延為司徒。衛尉趙熹代行太尉職務。派越騎司馬鄭眾回訪北匈奴。開始設置度遼將軍，屯駐五原曼柏。秋，郡國十四雨水。冬十月，北宮落成。初四，明帝臨辟雍，享三老、五更酒食。禮畢，詔令三公募郡國中都官宣佈凡死刑在押囚犯，減罪一等，不要笞打，送到度遼將軍兵營，屯墾朔方、五原的邊縣，妻子自願相隨，便算邊縣戶籍，父母同胞兄弟想換替的，一律照準。其中大逆不道非斬首不可的，一律下蠶室實施腐刑。逃跑了的罪犯，分別贖罪。凡是遷移的，賞賜弓弩衣服口糧。三十日，日全蝕。明帝下詔說：「我因為薄德，繼承大業，下給人民怨尤，上更震動日月星辰。日蝕的變故，災害最大，所以《春秋》圖讖認為是極大的譴責。我久久地反省餅咎，完全在我一人身上。所有官員勉力做好工作，盡量批評政事，不要忌諱。」於是在職官員，紛紛上奏封書，暢言政治得失。明帝看了這些奏章，深自引咎。便將上書所提意見，頒告百官。詔令說：「各位官員所講的，都是我的過錯，人們有冤屈得不到昭雪平反；官吏陰險刻薄得不到禁止；而輕易勞民傷財，繕修宮宇，出入沒有節制，喜怒不能適中。以前人主荒政，賢人歌《關雎》諷刺；心神不定像飛蓬，微子感歎。朗讀這些告戒，不禁毛骨竦然，戰戰慄栗。惟恐薄德，久而怠惰呢！」北匈奴入寇西河諸郡。
九年(66)春三月初一，詔令郡國死罪囚犯減罪，與妻子兒女到五原、朔方落戶，在那裡死了的都賞賜妻父或同胞兄弟一人免賦終身；其妻沒有父兄只有母親的，賞賜母親六萬錢，還免去其人口稅。夏四月甲辰，詔令郡國拿公田分別賞賜貧民。令司隸校尉、部刺史每年上報墨綬長吏視事三年以上，以及理狀特別突出的各一人，與計吏同上。很不會理政者，也上報。這年，大豐收，為外戚樊、郭、陰、馬四姓子弟開立學校，設置《五經》師。
十年(67)春二月，廣陵王劉荊有罪，自殺，封國撤除。夏四月二十四日，明帝詔令說：「去年五穀豐登，今年蠶麥又好，大赦天下。現在正是盛夏萬物生長的好時光，應當排除一切不利因素，以利農功。老百姓要努力桑麻稼穡，防備水旱蟲災。官員要搞好本職工作，不要犯罪墮落。」閏十月初三，明帝南巡視察。到南陽，祭祀章陵。夏至日，祭祀舊居。禮畢，召集學校主管及弟子演奏雅樂，歌唱《鹿鳴》的詩篇，明帝親自吹著塤篪相和，與大家同樂。返轉時到南頓，以酒食慰勞三老、官屬。冬十一月，徵召淮陽王劉延到平輿相會，徵召沛王劉輔到睢陽相會。十二月初四，明帝回到洛陽。
十一年(68)春正月，沛王劉輔、楚王劉英、濟南王劉康、東平王劉蒼、淮陽王劉延、中山王劉焉、琅笽王劉京、東海王劉政入京朝拜。秋七月，司隸校尉郭霸下獄死。這年，巢湖出現黃金，廬江太守獻黃金。當時麒麟、白雉、醴泉、嘉禾，隨地都有出現。
十二年(69)春正月，益州界外夷哀牢王率領全部族歸附內地，於是設置永昌郡，免去益州西部都尉。夏四月，派將作謁者王吳修理汴渠，從滎陽到達千乘海口。五月初四，賞賜天下男子爵位，每人二級，三老、孝悌、力田每人三級；流民無戶歸首的每人一級；鰥、寡、孤、獨、患絕症、窮而無家不能活下去的每人發粟三斛。詔令說：「從前曾子、閔子侍奉父母，都竭盡全力孝養；孔子葬子，有棺無槨。辦喪事貴在表達哀思，禮儀表現在入土為安和儉樸上。目前百姓送終的做法，都比闊氣講排場。結果生者無一石米之儲存，所有的財力都用在喪葬上。伏日、臘日無糟糠之食，而把豬羊用於一奠之喪祭。歷代的積蓄，一個早晨浪費掉，子孫饑寒，命運就這樣斷送，這難道是祖先的心願嗎？還有車馬服飾，盡情講究奢華。田地荒蕪，游手好閒的人成堆。各級政府官員應申明各種法規禁令，適用於今天的，向郡國宣佈執行。」秋七月二十四日，司空伏恭免職。乙未，任大司農牟融為司空。冬十月，司隸校尉王康下獄死。這年，天下安定，人無徭役，收成很好，百姓富足，粟米每斛僅三十錢，牛羊遍野。
十三年(70)春二月，明帝耕於藉田。禮畢，賜觀者酒食。三月，河南尹薛昭下獄死。夏四月，汴渠修理完畢。初四，明帝到滎陽，巡視河渠。初八，詔令說「：自汴渠決壞，六十餘年，加以近年以來，雨水不時，汴水東流侵蝕，一天天嚴重，原來的水門，都處在河中，渺茫橫溢，望不到邊際，極目滔滔不知怎樣治理。現兗、豫居民，多遭水患，都說縣官不預先急居民之急，只令百姓服其他勞役。又有的以為黃河流入汴水，幽州、冀州得利，所以說左堤強則右堤傷，左右都強則下方傷，應當隨水勢所流，使居民住於高地，公家可以節省攔截堵塞水流的費用，老百姓也沒有陷溺的憂患。議論不同，南北矛盾，我拿不定主意，久而未決。現已築堤理渠，斷水立門，黃河汴水分流，恢復舊道，陶丘以北，平壤土阜，慢慢形成，因而備薦嘉玉潔牲，禮祀黃河神祇。東過洛水入黃河之處，讚歎禹帝的功績。現在山林、川澤、丘陵、墳衍，原隰五土各得其宜，恢復了土性。接近水渠的下田，交給貧民，不要讓強豪獨霸其利，希望能繼承世宗的遺風，媲美塞瓠子決河的偉業。」於是就渡過黃河，登太行山，行進到上黨。二十五日，明帝回到洛陽。冬十月壬辰日，日蝕。三公免冠自我檢討錯誤。明帝命令說「：你們官員不要自己彈劾自己。災異屢見，過咎在我，我憂恐不安，不知怎麼辦才好。難道是官員們反映情況，多所忌諱隱瞞，使我耳目閉塞，使得下面的事情不能暢達嗎？從前衛靈公無道，幸有忠臣匡輔才得以守住他的尊位，現在怎麼樣才能和穆陰陽，消去災禍呢？刺史、太守要詳察刑案，理清冤案，慰問撫恤鰥、寡、孤、獨者，勉力做好本職工作啊。」十一月，楚王劉英謀反，廢去王位，撤銷封國，遷移到涇縣，株連而死以及被流放的有數千人。這年，齊王劉石去世。
十四年(71)春三月初三，司徒虞延免職，自殺。夏四月十六日，任巨鹿太守南陽人邢穆為司徒。前楚王劉英自殺。夏五月，封故廣陵王劉荊子劉元壽為廣陵侯。開始建壽陵。
十五年(72)春二月初四，明帝東巡視察。初五，到偃師。詔令亡命之徒從斬刑以下可以贖罪：死罪縑四十匹，刖腳至髡鉗城旦舂十匹，完城旦至司寇五匹；犯罪未發覺，詔書到日自首的半入贖。徵召沛王劉輔在睢陽相會。行進到彭城。二十七日，明帝耕於下邳。三月，徵召琅笽王劉京在良成相會，徵召東平王劉蒼在陽都相會，又徵召廣陵侯及其三弟在魯相會。
祭祀東海恭王陵。還京時，到孔子宅，祭祀孔子及七十二弟子。親到講堂，叫皇太子、諸王述說經義。又到東平。辛卯，行進到大梁，至定陶，祭祀定陶恭王陵。夏四月庚子，明帝回到洛陽。改信都為樂成國，臨淮為下邳國。封皇子劉恭為巨鹿王，劉黨為樂成王，劉衍為下邳王，劉暢為汝南王，劉日丙為常山王，劉長為濟陰王。賞賜天下男子爵位，每人三級；郎、從官視事二十歲以上帛百匹，十歲以上二十匹，十歲以下十匹，官府吏五匹，書佐、小史三匹。命令天下可以聚會暢飲五日。乙巳日，大赦天下，謀反大逆及其他不應寬宥的，一律赦免。冬，車騎校獵上林苑。十二月，派奉車都尉竇固、駙馬都尉耿秉屯兵涼州。
十六年(73)春二月，派太僕祭肜出高闕、奉車都尉竇固出酒泉、駙馬都尉耿秉出居延、騎都尉來苗出平城，討伐北匈奴、竇固在天山打敗呼衍王，留兵駐防伊吾盧城。耿秉、來苗、祭肜都沒有戰功而返。夏五月，淮陽王劉延謀反，被發覺。二十五日，司徒邢穆、駙馬都尉韓光因事下獄而死，株連被殺的很多。三十日，日蝕。六月初八。大司農西河王劉敏任為司徒。秋七月，淮陽王劉延徙封為阜陵王。九月丁卯日，詔令郡國中都官死罪系囚減死罪一等，不要笞打，送到軍營，屯墾朔方、敦煌；妻子兒女一道跟隨，同胞兄弟想一同去的，隨他們的意願；女子已嫁人為妻，不要同往，謀反大逆無道，不適用這道詔令。這年，北匈奴入寇雲中，雲中太守廉范將他打敗。
十七年(74)春正月，甘陵下降及時雨。北海王劉睦去世。二月乙巳日，司徒王敏去世。三月二十九日，任汝南太守鮑昱為司徒。這年，連連下降及時雨，樹長連理枝，芝草生殿前，五色神雀翔集京師。西南夷哀牢、澹耳、僬僥、..木、白、動黏諸種族，前後慕義進貢；西域諸國派兒子入朝侍奉。夏五月初五，公卿百官以帝威德懷遠，祥物顯應，於是齊集朝堂，捧著酒杯祝壽。明帝命令說：「天生神物，以應王者；遠人愛慕教化，實在是由於朝廷有德。我空虛薄德，怎能享受這種美譽？只有高祖、光武德高望重，光照四海，沒有話說。我們虔城地舉起酒杯，太常擇吉日策告宗廟。賞賜天下男子爵位，每人二級，三老、孝悌、力田每人三級，流人無戶籍想歸首的每人一級；鰥、寡、孤、獨、患絕症、窮得不能活下去的，每人發斛三粟；郎、從官視事十年以上的，帛十匹。中二千石、二千石至黃綬，貶職出錢贖罪的，從去年以來一律退還所有贖金。」秋八月十五日，命令武威、張掖、酒泉、敦煌及張掖屬國，在押囚犯刖右腳以下還可以當兵的，一律不治他們的罪，送入軍營。冬十一月，派奉車都尉竇固、駙馬都尉耿秉、騎都尉劉張出敦煌崑崙塞，在蒲類海上擊敗白山胡虜，進入車師。始設西域都護、戊己校尉。這年，改天水為漢陽郡。
十八年(75)春三月丁亥，詔令說：「令天下亡命之徒，自斬首以下贖罪：死罪縑三十匹，刖右腳至髡鉗城旦舂十匹，完城旦至司寇五匹；吏人犯罪未發覺，詔書下達自首的，半入贖。」夏四月十一日，詔令說：「自入春以來，時雨不降，去年種的麥子干壞了，秋收的作物下不了種，政事有偏差，我只有憂愁恐懼。賞賜天下男子爵位，每人二級，以及流民無戶籍想歸首的每人一級；鰥、寡、孤、獨、患絕症、窮得不能活下去的，每人發粟三斛。平反冤錯假案，放輕罪系囚。二千石分別禱告五嶽四瀆。郡界有名山大川能興雲致雨的，長吏各自潔器齋戒，祈禱，希望蒙降及時雨，滋生萬物。」六月十二日，彗星出現於太微星宮。焉耆、龜茲攻西域都護陳睦，陳睦全軍覆滅。北匈奴及車師後王圍戊己校尉耿恭。秋八月初六，帝於東宮前殿逝世，年四十八。遺詔令不起寢廟，藏神主牌位於光烈皇后更衣別室。明帝初作壽陵時，曾命令只要能散水就行了，石槨寬一丈二尺，長二丈五尺，不要起墳。萬年之後，掃地而祭，禛水脯鄉就行了。過百日，只要四時祭奠，設吏卒數人供給灑掃，勿開修道。敢有所興作的，以擅議宗廟法論罪。帝遵行建武年代的制度，沒有敢違抗的。外戚之家，不得封侯參政。
光武女館陶公主，為兒子求郎的官位，明帝沒有答應，卻賜錢千萬。對群臣說：「郎官上應天上星宿，宰轄百里，如果人選不當，老百姓就要遭殃，因此不能准許。」所以明帝時期官員稱職，民安其業，遠近心悅誠服，戶籍人口增加很多。史家評論說：明帝善於刑事訴訟，法令分明，日晏坐朝，枉屈不明的問題都能得到處理。內外沒有僥倖徇私的心情，在上也沒有驕矜炫耀的神氣。斷案合情合理，案件據稱僅及前代十分之二。所以後來稱頌事情辦得好的，沒有不推崇建武永平之政的。而鍾離意、宋均一夥人，常常因明帝褊察明慧而不滿，這難道是弘人之度不曾寬容嗎？