科舉前期，考試文章允許自由發揮，並沒有固定要求。這就使得評判考生文章的優劣難度很大。考生的觀點、體例、行文習慣不同，考官們的標準也不同，總達不成人人滿意的結果。總的來說，文辭華麗、行文流暢又有家學積澱的文章比較受歡迎。這種百家爭鳴、沒有統一標準的局面到明太祖朱元璋時期得到了逆轉。朱元璋是從社會最底層打拼上來的草根皇帝，講究實用且帶有較濃厚的平等思想。據說他主持科舉考試和聽取大臣匯報的時候，總覺得儒生出身的大臣們寫的文章華而不實、言之無物，堆砌的文辭和接連的典故讓他抓不住重點。於是朱元璋萌發了統一文章體例格式的念頭。也有說法是之前的科舉考試有利於權貴富裕人家的子弟出頭（他們往往熟悉政治話語、家學基礎良好），而不利於文筆樸素、不事雕琢的貧寒人家子弟，朱元璋從平等的角度出發，規定了大家必須寫同樣規格、同樣內容的文章，盡可能地去除家庭基礎對考生的影響。朱元璋規定的標準文章就是「八股文」。
八股文有很多硬性要求。比如，文章的題目只能出自四書五經，選取其中的句子或者段落為題。考生們也必須根據四書五經的精神作答。朱元璋原來想冒認南宋理學大師朱熹為祖先（他自己的祖先拿不出手），大臣們趕緊勸諫說朱熹的年代離得太近了，不適宜當王朝的祖先。認祖不行，朱元璋就捧出朱熹對四書五經的解釋來，作為全國讀書人學習和考試的教科書。朱熹那些並不成熟或者零散的隻言片語，搖身一變成了金科玉律。舉子們只能運用朱熹之說，聯繫題義闡述道理。文章的格式也被限制得很死。全文分幾個部分，每個部分怎麼寫、用什麼句式，哪一句話亮出觀點，哪一句話是引用都有規定。文章的主要部分分為起股、中股、後股、束股四個段落，每個段落要各寫兩段，因此得名八股文。這八個段落的句法、字數都是有限制的，每一股的內容必須要有一正一反、一虛一實、一淺一深的對比。如此一來，考官的工作量大為降低，一眼就把卷子看得清清楚楚。但如此千篇一律的應試文章能反映出考生的真才實學嗎？
朱元璋的出發點是好的，但他高度規範的文章要求遇到現實趨利的中國人就變了樣。八股文很快墮落為死板、保守的牢籠。讀書人聚精會神地研究八股文的格式、句法，將四書五經和朱熹文章從頭背到尾，什麼秦歌漢賦、什麼唐詩宋詞都拋之腦後，更毋論民心國情了。每次考試結束，高中者的文章便被收集彙編起來出版售賣。讀書人奉之如寶，逐字逐句研究。因為四書五經中可出試題的句落有限，有錢人更是在考試前聘請八股高手押題、寫文章，然後給子弟們開「輔導班」、「加強班」，專門背誦這些押題文章應考，竟然屢屢有得手考中的。
清朝名人王士禛說過一則沉重的笑話：有個後輩書生在讀《史記》，本鄉一位前輩進士過來問他：「你在讀什麼書？」書生說：「《史記》。」進士問：「誰寫的？」書生回答：「司馬遷。」「司馬遷是哪年的進士啊？」「司馬遷是西漢太史令，沒有功名。」進士不悅，說：「原來沒有功名啊。那我拿他的書來看看。」他拿過《史記》翻了幾頁，扔在一旁說：「此書與科舉無益，看它做什麼？」由此可想而知，八股取士選擇的大多是死背少數幾本書，只會寫八股文的書獃子。明清筆記留下了許多又呆又木、生活了無情趣、更無動手辦事能力的八股高手的形象。朱元璋爭取平等和提拔實幹人才的本意算是徹底落空了。
徐大椿的《道情》對八股高手有形象的描述：「讀書人，最不濟。讀時文，爛如泥。國家本為求才計，誰知道變作了欺人技。三句承題，兩句破題，擺尾搖頭，便道是聖門高弟。可知道『三通』、『四史』，是何等文章？漢祖、唐宗，是哪一朝皇帝？案頭放高頭講章，店裡買新科利器。讀得來肩背高低，口角噓唏，甘蔗渣兒嚼了又嚼，有何滋味！辜負光陰，白白昏迷一世。就教騙得富貴，也算是百姓朝廷的晦氣！」顧炎武曾憤慨地說：「八股盛而《六經》微，十八房興而二十一史廢。」「愚以為八股之害，甚於焚書。」焚書坑儒活埋的只有數百人，而八股取士禁錮的是數百年讀書人的智商和精神。
發展到最後，連皇帝本人也看不下去了。光緒皇帝有一次親閱進士考卷，發現大多數考卷雷同，毫無用處，不禁感歎說：「以這種方式錄用人才，也難怪學非所用。」（《清稗類鈔》）
除了八股文外，還有其他技術性規定與擇才而用的本意背道而馳。比如清朝中期後規定科舉文章的字數以七百字為限，不能超過；又比如科舉考試閱卷的時候偏愛卷面整潔、筆跡工整的卷子，帶動讀書人花大力氣去練習楷書和行文佈局。清朝中期後歷屆高中者無不寫一手工整規矩的楷書。尤其不應該的是，道光朝後對文字筆畫吹毛求疵，一豎沒寫直、彎鉤沒提好等細枝末節都能成為落榜的理由。至此，考試淪落為書法遊戲，與考生的思想見解無關了。
除了技術性規定外，權力因素逐漸攻佔科舉的方方面面，埋葬公正公平原則。
科舉興起，權力因素在理論上被排除在外，但在實踐中始終虎視眈眈，一有機會就滲透進來。考慮到科舉關係國家權力要交給何人掌握，關係到王朝的長治久安，歷朝歷代都將科舉制度視為天下政務的「根本」，領導重視、制度嚴密、獎懲鮮明。犯案者奪名、殺頭、抄家、全家罰作奴僕。可犯案者依舊前赴後繼。科場舞弊卻治而不絕，從未斷過。
明清科舉徹底被權力因素所攻陷。《清稗類鈔》向我們展示了清朝科舉的實際情況：每科五六月間，是確定正副考官、同考官的時候。北京城和各省省城就炸開了鍋，有權有勢者開始預作準備，或晉謁、或賄賂已經或可能成為考官的官員。考生入場的時候，正副考官自己中意要錄取的門生親友、監考官員暗中答應錄取的考生，再加上達官貴人們塞條子打招呼要求錄取的考生，如麻如粟，佔去了大部分的名額。考官們與其是在閱卷，不如說是在權衡各方關係。關係戶很多，錄取名額有限，考官們必須反覆推敲，比真正按照真才實學來評定高下更加辛苦。他們先按照打招呼的人的官爵高低來錄取囑托的關係戶，如果官爵一樣高，那就先錄取陞官潛力大、黨羽多的人囑托的關係戶；其次是按照賄賂的多少來錄取關係戶，如果考生給的錢一樣多，那就兼顧一下名聲的高低、答卷的優劣。最後的錄取名單，寫上那些必須錄取的考生之後就沒有幾個名額了，再挑選幾個有真才實學的孤寒考生，列名其上，以塞人口。順天府的科舉，因為地處京師，弊端最深。順天府科舉的正副考官和同考官們，一般是京城裡的高官顯貴，不用皇帝公佈名單人們也能猜個八九不離十。有能力者早早的就有針對性地做這些人的工作，「輦金載寶，輻輳都下」，「按圖而索」，「萬不失一」。
科舉的第三個大問題是助長了讀書人的利祿之心，只知有舉業功名，不知有天下和百姓，只知有官爵品級，不知有人格和善惡，進而連累全社會瀰漫著濃郁的官本位思想。功名惡化為評判人生價值的唯一標準，腐蝕了社會的道德良知。一部《儒林外史》彙集了許多活生生的例子，書中滿是觸目驚心的話：「有操守的，到底要從甲科出身。」「如果有學問，為什麼不中了去？」「只是有本事進了學，中了舉人、進士，即刻榮宗耀祖……人生世上，除了這件事，就沒有第二件可以出頭。」
先秦時代的讀書人就有很功利的利祿思想，將學問和能力作為追求富貴的工具，所謂「學成文武藝，貨與帝王家」。有這樣的想法，無可厚非，只要它沒有充斥於整個腦袋，沒有成為言行的主流就行。政府也很早就用高官厚祿來吸引士人。只是，科舉制強化了這種做法，放大了讀書人的利祿之心。它把科舉入仕捧為官場正途，視其他途徑都是異途，給予有功名的讀書人極大的實利和虛名，讓社會錯誤地在「榮華富貴」、「科舉功名」和「讀書應試」三者之間畫上等號。宋朝的皇帝宋真宗趙恆就是宣傳這一思想的急先鋒。他寫了一首流傳甚廣、宣傳效果很不錯的《勸讀詩》：「富家不用買良田，書中自有千鍾粟。安居不用架高樓，書中自有黃金屋。娶妻莫恨無良媒，書中有女顏如玉。出門莫恨無人隨，書中車馬多於簇。男兒欲遂平生志，六經勤向窗前讀。」有了皇帝的提倡，有了金錢車馬、良田美眷的現實誘惑，讀書人一頭扎進「學而優則仕」的追求中去。
清代暢銷書《儒林外史》第十三回通過一個讀書人之口講述了對科舉事業（舉業）的態度：「『舉業』二字，是從古及今，人人必要做的。就如孔子生在春秋時候，那時用『言揚行舉』做官，故孔子只講得個『言寡尤，行寡悔，祿在其中』；這便是孔子的舉業。到漢朝，用賢良方正開科，所以公孫弘、董仲舒舉賢良方正；這便是漢人的舉業。到唐朝，用詩賦取士；他們若講孔孟的話，就沒有官做了；所以唐人都會做幾句詩；這便是唐人的舉業。到宋朝，又好了，都用的是些理學的人做官，所以程朱就講理學；這便是宋人的舉業。到本朝（明朝），用文章取士，這是極好的法則。就是夫子（孔夫子）在而今，也要念文章，做舉業，斷不講那『言寡尤，行寡悔』的話。何也？就日日講究『言寡尤，行寡悔』，哪個給你官做？孔子的道，也就不行了。」這位讀書人把整個讀書人和官場的關係都用「舉業」二字串起來，什麼選拔標準在他看來都是「舉業」，讀書人要不斷適應變化的標準只為求得一官半職，彷彿做官就是讀書人的使命。話雖然直白，倒也坦誠，把明清社會的逐利之心、讀書人的求祿之舉暴露無遺。
幾百年來，科舉制度飽受詬病。但探本究源，科舉的立意和出發點是無可指摘的。科舉的三宗罪（程序誤人、權力舞弊和助推官本位思潮）並非由它的內核必然衍生而來，絕非是它的本意。
在中國的環境中，又有哪項制度能擺脫這些問題呢？任何制度都不能保證後生的技術規定不會脫離制度內核；權力始終是飄蕩在任何制度頭上的一道陰影。而官本位思潮早於科舉而生，科舉助長錯誤思潮的確不應該，可它和其他制度一樣，也是這股思潮的受害者。對官位的追逐、權力網絡氾濫和人情世故是中國歷史發展的頑疾，病因肯定不是科舉制。相反，如果科舉能夠擺脫這些濡染，真正貫徹開放、公平、公正的理念，量才而用，那必能吸納天下賢才，讓寒士開顏、世家子弟奮發。它畢竟是古代中國人經過幾千年的挑選，試驗了多種選才制度後設計出來的成果。在看到科舉流弊的同時，我們也應該發現它提高了社會流動性，選拔出來不少有真才實學的人物。許多人才並沒有被科舉的問題打倒，而是走出科舉的羈絆，在這套制度中獲得了實現價值的平台。