高肇殺了元愉、元勰後不久，被加封為車騎大將軍，繼而又升任司徒，位登三司（也就是所謂太尉、司徒、司空「三公」）。小人如此得勢，足可看出，北魏的衰亡已經不可避免。
清河王元懌是個明白人，他曾經在一次宴席上，乘著酒勁，挖苦高肇說：「天子的兄弟能有幾個，按你的殺法，差不多要翦除乾淨了！過去王莽憑著國舅的地位，篡了漢室江山；如今看閣下的樣子，恐怕最終也會製造禍端吧。」
元懌還勸宣武帝要防微杜漸，不可以放鬆警惕，並提出北魏是「明君失之於上，奸臣竊之於下」，禍亂的根源，便在於此。宣武帝聽了不以為然，笑笑作罷，依舊袒護高肇。
宣武帝手中掌握的是個處於大變革時期的帝國。孝文帝時代留下來的一項項制度，都有待於進一步的貫徹與執行。孝文帝處理政事，極認真，也極負責。史載他「百官大小，無不留心，務於周洽」。他的治世哲學是：「凡為人君，患於不均，不能推誠御物。苟能均誠，胡越之人亦可親如兄弟。」身為執政者，如果不能夠平等誠懇地以統一的標準對待不同的人、不同的事，又豈能讓天下人平等誠懇地做事，又豈能將改革措施一如既往地推行？
宣武帝恰恰不能做到這些。他最擅長的，是佛教的義理。他喜歡在內宮召集天下名僧，親自講經論道（北魏中後期的皇帝，佛學的修養都不低，而以宣武帝為最甚）。大道理誇誇其談地說了一堆，他本人並不能領悟多少。對於傳承自前朝的政策與制度，他非但不能像父親那樣平等誠懇地執行，還大打折扣，很多東西到他手中就變了味。
比方說「俸祿制」，其本意是杜絕貪腐，改良官吏隊伍。孝文帝處理貪官是絕不手軟的，尤其對於皇親貴族貪財恣縱，不是發配就是處死。宣武帝呢，則純粹隨心所欲，感情好了，根本不予處理。被殺身死的元禧、元詳、元愉，一個比一個貪，倒台的原因，卻不是因為執法嚴格，而完全是政治鬥爭的結果。打壓他們的高肇，一面舉著打擊貪污的招牌，一面下手比誰都狠：元禧被誅後，他家的所有財物珍寶奴婢田宅，全部被高家霸佔。宣武帝樂得做個順水人情，對舅舅的行為睜一隻眼，閉一隻眼。其他的貴族，像廣平王元懷這樣的，也是一個勁地貪，只要皇帝信任，就不用擔心任何懲罰。
姑息違法亂紀行為的結果，北魏的社會再也看不見孝文時代嚴謹的風氣，洛陽城奢靡安逸的生活培養了一批不思進取的社會蛀蟲，甚至出現了賣官鬻爵的現象。《魏書》認為宣武帝的水準相當於西漢的元帝、成帝和東漢的安帝、順帝。以我看來，這是給了面子。宣武帝統治的十七年，比無所作為，更加糟糕。
宣武帝並非不想有所作為，他曾經對前來求和的柔然使者說：「你們蠕蠕先祖社侖乃我大魏的叛臣，之所以暫時不來攻打你們，只不過現在江南未平，所以讓你們多活幾天。想和我國通和，是不可能的。如若你們稱藩修禮，那麼我國自會優待於你。」
由此可見，宣武帝的目標是天下，他的抱負是要統一南北，廓清宇內。但他既不能像孝文帝那樣親臨前線，指揮作戰，也缺乏必要的戰略眼光，白白浪費了孝文帝留給他的大好局勢。
鍾離之戰前，他兩次拒絕邢巒的正確建議，放棄在西線奪取益州，將大兵集結在東線，損兵折將之餘，還逼得益州刺史王足投了南梁。鍾離之戰後，他並沒有吸取教訓，繼續以東線為攻擊重點，尋機報仇雪恨。沒料想，舊恨未消，又添新仇。
郢州司馬彭珍於永平元年（公元508年）叛逃，帶領梁兵攻打郢州治所義陽。懸瓠將領白早生也殺了豫州刺史司馬悅，向南梁的司州刺史馬仙玭求援。宣武帝派元英、邢巒南下征討，沒費什麼工夫就奪回了叛降的各城，馬仙玭也被元英擊退。信誓旦旦的元英一路緊追馬仙玭，欲報鍾離之恥，聽說韋叡的援軍就在前方，便不再追趕。
（看起來元英是患上了「恐韋症」，即便有面對面報仇的機會也不敢貿然行動；同時也說明北魏軍隊的凝聚力和戰鬥力不像過去那麼讓人放心了。此戰結束後過了一年（永平三年，公元510年），元英抱著終身的遺憾病故，「戰神」韋虎也從此定格為北魏剋星）
永平四年（公元511年），形勢反轉。南梁的朐山（今江蘇連雲港西南）發生內亂，守將劉晰被民眾所殺，首領王萬壽向北魏徐州刺史盧昶求援。盧昶派郯城和琅琊的守將張天惠和傅文驥前往救援，打敗了南梁的守兵，佔領了朐山。這時宣武帝又犯了戰略方向的錯誤，他聽從盧昶的上表請求，派出多支軍隊，累計十萬多兵士，力圖守住朐山。
朐山地處海濱，與青冀兩州的治所郁洲（今江蘇連雲港）隔海相望（南梁的時候，郁洲是海中的一個小島，不與大陸相連），是南梁北上進兵的前沿陣地，不容有失。而這個小鎮對於北魏的意義則沒有那麼大，它並不位於北魏南下的主幹線上，離南梁其他的戰略要地也不近，一時花大力氣守住了，也不可能以此為據點，向南推進。守朐山，根本是賠錢的買賣，性價比太低。
這一觀點，是御史中尉游肇等人所認同的，宣武帝卻想不到。統領大軍的盧昶，是北方名門之後，與高允同時代的盧玄之子，讀書好，學問大，指揮作戰一竅不通。他的大軍沒有辦法進入朐山參加防禦，也不能對攻城的馬仙玭構成威脅，甚至連糧草都無法運入城。
十二月，守朐山的傅文驥彈盡糧絕，向馬仙玭獻城投降。之前沒有一點表示的盧昶見朐山丟了，騎上馬就跑，十萬魏軍跟著潰散。淮北普降大雪，從朐山到郯城的路上，遍地都是凍死的、凍壞手腳的北魏士兵，加上馬仙玭所率梁軍乘勢砍殺和俘虜的，魏軍損失八成以上。
朐山失利是鍾離之後北魏軍事上最大的慘敗，兩大失敗都發生在宣武帝時期，令他戴上了「外戰外行」的帽子，並不是偶然的（如果說高肇專權是北魏衰敗的內部標誌，那麼鍾離、朐山的慘敗則可以說是北魏衰敗的外部標誌）。
南方的梁武帝受到勝利的鼓舞，三年後（梁天監十三年，北魏延昌三年，公元514年）在降將王足的慫恿下，開始在淮水下游的浮山（今安徽五河一帶）修築攔淮大堰，想要水灌壽陽，除掉這個心頭之患。雖說中國古代水利一向在世界上名列前茅，梁武帝還是太異想天開了，完全超出了當時的技術條件。浮山堰工程上馬後，經過近兩年耗人、耗力、耗錢、耗時的「艱苦奮鬥」，終於建成，總長九里，高二十丈（相當於三十多米，是當時全世界最高的壩，可那年頭也沒有吉尼斯世界紀錄可以申報呀），一時間令壽陽守軍頗為緊張。然而就在建成當年的秋天，洪水氾濫，大堰坍塌，壽陽城沒淹沒，反倒將下游數百里的村落衝入海中。梁武帝施計不成，險些自費武功，只好暫時放棄北進的計劃。
北魏延昌三年（公元514年），彷彿如夢初醒的宣武帝終於覺得先攻西線更有把握。他命高肇為大將軍、平蜀大都督，率領步騎兵十五萬攻打益州。大軍出動兩個月後，延昌四年的正月，宣武帝病故，享年三十三歲，與其父孝文帝壽命相同，作為卻相差甚遠。他生前的最後一次用兵，也就作罷。此後，北魏再沒有力量發動大規模征討南方的戰爭，直至滅亡。南北兩國勉強恢復了短期的和平。
出征在外的高肇接到徵召，聽說皇帝駕崩，如喪考妣（這也難免，沒有宣武帝，又豈能有他高肇的今天？）。
他不敢怠慢，日夜兼程地趕回洛陽，上殿哭喪。朝中的官員們恨不得剔其骨、食其肉。高陽王元雍與宮中的領軍於忠早就商量好，在西面側廊設下埋伏，等高肇聲淚俱下地哭完靈，來到側廊休息，武士們一擁而上，把他亂棒打死。
不得好死的高肇倒台前，宣武帝的太子元詡已經即位，是為北魏肅宗孝明帝。元詡只有六歲，在他的背後，北魏政壇成為爭奪權力的角鬥場，拓跋珪開創的北魏帝國，只剩苟延殘喘的份了。