羅馬逐漸步入炎夏之時，拉斐爾看來仍將繼續保持優勢。米開朗琪羅和助手們回拱頂中軸，畫更難且面積更大的《諾亞醉酒》（The Drunkenness of Noah）（頂棚上九幅《創世紀》故事畫中最東面的一幅）後，先前畫首批拱肩與弦月壁上基督列祖像的利落與自信，也隨之消失。這幅畫位於禮拜堂大門上方壁面，共用了三十一個喬納塔，五六個禮拜完成，繪製時間比《大洪水》還長。
這位教皇當然不是有耐心之人。據瓦薩裡的記述，建觀景庭院時，尤利烏斯急得希望它「不用蓋就立刻從土裡冒出來」，[1]負責督造的布拉曼特為此壓力甚大，連夜將建材運到工地，就著火把的光亮卸下。西斯廷禮拜堂的濕壁畫，尤利烏斯同樣急於完成，而米開朗琪羅進度緩慢，無疑令他不滿。米開朗琪羅繪飾這面拱頂時，不斷因教皇不耐地催促而惱火，偶爾還挨教皇的怒聲斥責，兩人關係因此每況愈下。孔迪維記錄了這樣一個例子。他寫道，「有一天教皇問米開朗琪羅什麼時候可以完成禮拜堂繪飾，教皇的催促妨礙到他的工作，他於是答道，『我能的時候』。教皇聽了大為光火，回道，『你是不是要我把你從腳手架上丟下去』」。[2]
還有一次，據瓦薩裡記述，教皇對米開朗琪羅的進度遲緩和回應放肆非常惱怒，用棍子痛打了他一頓。米開朗琪羅希望回佛羅倫薩過節，但尤利烏斯以他進展太慢，厲聲駁回他的請求。「很好啊！但請問你什麼時候可以完成禮拜堂工程？」「我會盡快完成，陛下。」米開朗琪羅答道。尤利烏斯聽了，拿起棍子就打米開朗琪羅。「盡快完成！盡快完成！你是什麼意思？我很快就會有辦法要你完成。」
這段故事最後以教皇致歉收場。教皇要米開朗琪羅相信，打他是「出於好意，是關愛的印記」。教皇還很聰明地給了這位藝術家五百杜卡特，「以免他有什麼意外之舉」。[3]
五百杜卡特的賞賜可能是瓦薩裡捏造的，因為尤利烏斯向來很小氣。但棒打一事至少有幾分真實。廷臣、僕人不合他意，常會挨到類似的「關愛的印記」，或者遭他推倒、拳打。[4]但教皇心情好時，靠近他也不一定就沒事。收到前方傳來捷報或其他好消息時，尤利烏斯會猛力拍打下屬肩膀，因而有人說要靠近他得先穿上盔甲。
尤利烏斯令米開朗琪羅惱火之處，不僅在於強迫他回答何時可完工，還在於教皇想親臨現場看他作畫。米開朗琪羅堅持不讓自己的作品曝光，因此這一特權他特別不想答應。署名室的氣氛則全然相反，尤利烏斯愛什麼時候來看就什麼時候來看，絲毫不受限制。拉斐爾繪飾的房間與教皇寢室只隔了兩間房間（不到二十碼），作為這面濕壁畫主題的催生者之一，教皇想必花了很多時間在這間房間，查看拉斐爾的工作進度並提供建議。
在西斯廷禮拜堂，教皇甭想受到同樣的優遇。據瓦薩裡記述，尤利烏斯對米開朗琪羅的隱秘作風非常惱火，有一晚就賄賂助手們讓他溜進禮拜堂一睹工程進度。米開朗琪羅早就懷疑教皇可能喬裝打扮，混上腳手架偷看。因此，這一次，聽到風聲之後，他就躲在腳手架上，一看到有人侵入，就拿起木板往那人頭上砸。尤利烏斯破口大罵，憤憤逃離現場，米開朗琪羅不由擔心教皇震怒之後會怎麼對付他。擔心性命不保的他，於是從窗戶爬出，逃回佛羅倫薩避風頭，等教皇那著名的脾氣消下來。[5]
這故事很可能有所誇大，甚至根本就是瓦薩裡杜撰出來的。不過，不管如何可疑，終究是因為米開朗琪羅和贊助者之間已無好感，給了他人大做文章的機會。主要問題似乎在於米開朗琪羅和尤利烏斯兩人的脾氣實在相近。「他的急躁和脾氣惹火每個跟他在一起的人，但他叫人生起的是害怕而不是恨，因為他的所作所為全從大處著眼，絕非出於卑鄙的自私心。」[6]被尤利烏斯折磨得身心俱疲的威尼斯大使如此形容他，而這段話用在米開朗琪羅身上大概也很貼切。尤利烏斯最常被人形容的個性就是「恐怖」。但尤利烏斯本人也用這個字眼來形容米開朗琪羅。在羅馬，敢昂然面對他的人不多，而米開朗琪羅正是其中之一。
讓米開朗琪羅及其團隊備感吃力的《諾亞醉酒》，取材自《創世紀》第九章第二十至二十七節。這段插曲描述諾亞在大洪水退去後種了一園葡萄，然後過度沉溺於自己的勞動成果。「他喝了園中的酒便醉了，在帳篷裡赤著身子」，聖經上這樣記載。諾亞赤身裸體、不省人事地倒在地上，兒子含碰巧進來，看到父親失態的模樣，就到外邊叫兩名哥哥，還嘲笑這老人家。閃和雅弗對喝醉的大家長較為尊敬，拿件衣服倒退著走進帳篷，替父親蓋上，同時背著臉，以免看見父親的醜態，保住父親的尊嚴。諾亞酒醒後，得知小兒子曾嘲笑他，於是不留情面地詛咒含的兒子迦南。迦南日後不僅成為埃及人的祖先，還是索多瑪、蛾摩拉城居民的先祖。
老父任由三個兒子擺佈，還遭到其中一個兒子的無情嘲笑，這番情景和一五○九年春米開朗琪羅家中的情況十分相似。那時候米開朗琪羅寫了封信給魯多維科，「至敬的父親，從你上一封信，我知道家中情形，也知道喬凡西莫內多麼可惡。那一晚讀你的信，我收到這十年來最壞的消息」。[7]
家庭問題再一次干擾了米開朗琪羅工作，而且問題又是出自那不受教的喬凡西莫內。自喬凡西莫內來羅馬、生病，然後回羊毛店而讓米開朗琪羅感覺如釋重負以來，已過了將近一年。米開朗琪羅仍希望博納羅托和喬凡西莫內好好做羊毛生意，前提是兩人肯學乖，且用心學這門生意。但實際情形仍讓米開朗琪羅大為失望。魯多維科來信告知他們兩人不學好後，他怒不可遏地回信給父親，「我知道他們的所作所為讓人大失所望，喬凡西莫內尤其糟糕，由此，我知道幫他根本是白費力氣」。
喬凡西莫內到底犯了哪些錯，惹得米開朗琪羅在信中又氣又憎，如今仍不詳。這錯絕對比他在家裡無所事事混日子還嚴重。他似乎偷了父親魯多維科的錢或東西，然後事跡敗露時還打了父親，或至少恐嚇說要打父親。不管是哪種錯，人在羅馬的米開朗琪羅一接到消息，就怒不可遏。「如果可以的話，接到信的那一天，我會騎上馬趕過去，然後這時候，問題應該都已解決，」他要父親放心道，「雖然沒辦法這麼做，但我會寫信好好教訓他。」
而這真不是一封普通的信。他痛罵喬凡西莫內，「你是個畜生，而我也要用畜生的方式來對待你」。他的反應就如過去家裡出了問題時一樣，揚言要回佛羅倫薩，親自擺平問題。「如果再讓我聽到你惹出一丁點兒麻煩，我會快馬奔回佛羅倫薩，當面教訓你犯了什麼錯……你別以為過了就算了。我如果真的回到家裡，我會讓你哭得一把鼻涕一把眼淚，讓你知道自己是多麼放肆無禮。」[8]
信的最後，米開朗琪羅語帶哀怨地痛罵了弟弟一番，而老挨他罵的喬凡西莫內，想必早已習慣他的這種口氣。米開朗琪羅寫道：「二十年來，我走遍意大利各地，生活淒慘。我受過各種羞辱，吃過各種苦，被各種工作折磨得不成人形，冒過的生命危險數不勝數，一切只為了幫助家裡。如今，就在我讓家裡開始有些改善的時候，你卻偏偏要搞破壞，一個小時之內把我這麼多年來歷盡這麼多艱辛掙來的成果毀掉。」
喬凡西莫內的惡行迫使米開朗琪羅重新評估他為家人的規劃。他不想再幫這個年輕人開店立業，反倒信誓旦旦地對父親說：「這混蛋不想有出息就讓他去吧！」他談到要拿走羊毛店的錢，轉給當軍人的弟西吉斯蒙多。接著，他要將塞提尼亞諾那塊農地和佛羅倫薩三棟相接的房子租出去，租金則用來幫魯多維科和一名僕人找個理想的房子住。他向父親保證，「等拿到我要給你的東西，你就可以過得像上流人士一樣」。至於他那些給趕出祖田和房子的兄弟，則只能自食其力。他甚至提到要把魯多維科接來羅馬同住，但後來又突然打消這念頭。「季節不對，因為這裡的夏天你挨不了多久」，他這麼說，再度提及羅馬不適人居的氣候。
屋漏偏逢連夜雨，米開朗琪羅在六月病倒，原因大概是過於勞累，加上羅馬有害的空氣。病情最後非常嚴重，以致佛羅倫薩那邊不久就接到消息說這位大藝術家已撒手人寰。為此，他不得不寫信要父親放心，說他已死的消息完全是不實的謠言。他告訴魯多維科，「這件事不值得掛懷，因為我還活著」。[9]但他也告訴父親，他的情況並不好。「我在這裡過得不如意，不是很寬裕，工作繁重，卻沒人來幫我處理，且沒錢。」
米開朗琪羅的第二幅巨幅濕壁畫，和《大洪水》一樣算不上很出色。他應已看過奎爾查在聖佩特羅尼奧教堂門廊的浮雕版《諾亞醉酒》，但他筆下的作品卻比較類似於另一件他同樣熟悉的作品，即吉貝爾蒂在佛羅倫薩天堂門上同主題的青銅浮雕。從米開朗琪羅從吉貝爾蒂作品汲取靈感來看，他仍大體上從雕塑而非平面構圖的角度來思考，只注意勾勒個別人物，而忽略了人物在畫面上的位置或人物間的互動。因此，《諾亞醉酒》裡的四個人物，缺乏《聖禮的爭辯》裡人物的優雅與生動。後一作品裡雖有數十位人物，但拉斐爾以生動的姿勢、流暢的頭手動作，使他們均活靈活現；與之相對，《諾亞醉酒》裡的四人僵硬而凝滯，如某評論家所說的，是群「石人」。[10]
說到群像構圖的栩栩如生，功力最高者當屬達·芬奇。他的《最後的晚餐》通過意味鮮明的動作，例如扭曲的臉龐、皺眉、聳肩、手勢、內斂的自信表情，展現出喚起所謂的「靈魂熱情」的過人天賦。因為這些動作，人物活靈活現，整幅壁畫有了整體性和強烈的戲劇性，而拉斐爾在署名室裡也精湛捕捉了到這些特質。
吉貝爾蒂和奎爾查呈現的諾亞三兒子，均穿著飄飛的袍服，但在米開朗琪羅筆下，他們卻和父親一樣赤身裸體。從故事的寓意來看，這種安排不免叫人吃驚。視裸身為羞的主題，使《諾亞醉酒》放在西斯廷禮拜堂大門上方，雖顯奇怪卻不失當。在這之前沒有哪幅濕壁畫有這麼多的肉體呈現，更別提在如此重要的禮拜堂的拱頂上呈現。裸像雖在十五世紀期間光榮重返歐洲藝壇，但即使在米開朗琪羅創作生涯的巔峰之際，仍是頗受爭議的藝術題材。如果說對古希臘羅馬人而言，裸像是性靈美的象徵，那麼在基督教傳統裡，裸像幾乎只限於在地獄裡受折磨的裸身罪人。例如喬托在帕多瓦的斯科洛維尼禮拜堂《最後的審判》（The Last Judgement）裡的裸像，與古希臘羅馬藝術裡高貴而理想化的人體大相逕庭。這幅繪於一三○五至一三一一年的濕壁畫，描繪了一群赤身裸體的人，承受中世紀人所能想像得到的某些最可怕的折磨。
直到十五世紀開頭幾十年（即挖掘、搜集上古藝術品的時代），多納泰羅等佛羅倫薩藝術家重拾古典時代的審美典範，裸像才重獲青睞。即使如此，裸像欣賞並非毫無限制。「大家應時時謹守禮法，心存正念，」阿爾貝蒂在其為畫家所寫的手冊《論繪畫》（一四三○年代問世）裡如此呼籲，「人體上猥褻的部位，以及看了叫人難堪的所有部位，應以布或葉或手遮住。」[11]米開朗琪羅雕塑大理石像《大衛》時，忽略了這項要求，導致委制該雕像的大教堂工程局堅持加上二十八片無花果葉構成的華飾，以遮住私處。[12]
米開朗琪羅當學徒時，對著裸體模特兒作畫已是畫室最看重的練習之一。有志投身畫壇者，剛開始先對著雕像、濕壁畫畫草樣，接著晉陞為素描真人模特兒，也就是輪流擺姿勢，包括裸身的和穿衣的姿勢，給同門師兄弟畫素描，最後再對著模特兒上色作畫、塑像。例如達·芬奇曾勸畫家「要以自己作品裡已定案的姿勢，要人擺出同樣的穿衣或裸身姿勢」。他還相當體貼地建議道，只在暖和的夏季幾個月才用裸體模特兒。[13]
米開朗琪羅繪飾西斯廷頂棚時，當然雇了裸體模特兒。即使畫中有穿衣的人物，也是根據裸體模特兒畫成素描。阿爾貝蒂提倡這一做法，呼籲藝術家「畫裸像……再替它蓋上衣服」。[14]當時人認為只有通過這種方法，才能描繪出逼真入微的人物形體和動作。米開朗琪羅以在吉蘭達約門下學得的方法設計袍服。拿一塊長布浸入濕灰泥裡，然後放在支撐物上折成褶狀。支撐物若非工作台，就是專為此用途而制的模型。灰泥干後，衣褶隨之凝固定型，藝術家就可拿來作為繪製衣紋和起皺袍服的模型。[15]在吉蘭達約門下，對著這些衣紋模型畫素描是學習課程之一，素描成果隨後彙集成冊，作為吉蘭達約作畫時現成的圖樣範本。[16]米開朗琪羅可能圖省事，以這其中的一本圖樣模板為依據，畫了一些衣服，但根據他工作室自製的灰泥模型畫成的衣袍，無疑也不少。
弦月壁上的某幅基督祖先像可以說明米開朗琪羅的做法。畫中是個金髮女子，左腳抬高，左手拿著鏡子支在左大腿上，若有所思地望著鏡子。濕壁畫中這位年輕女子雖身穿綠色、橙色衣服，但在素描裡明顯一絲不掛，且光是大略瞄一下這張素描，也可看出畫中人一點兒也不像女人，反倒是個腹部微凸、臀部下垂的老男人。拉斐爾以女人作模特兒，毫無顧忌，米開朗琪羅則不一樣，不管畫中人物是男是女，模特兒清一色用男性。
就算米開朗琪羅注意到達·芬奇暖和天氣的建議，當他的模特兒想必有時還是得吃苦。頂棚上某些人物的姿勢扭曲得很不自然，要模特兒擺出這樣的姿勢，即使是體態柔軟至極者，大概也撐不久。這些叫人駭異的姿勢如何擺出來、如何固定不動，以及擺出這些姿勢的模特兒到底是誰，仍是米開朗琪羅工作習性上叫人費解的謎團之一。據說為了研究男人身體結構，他曾走訪羅馬的澡堂（stufe）。[17]這些地下水療場被辟成一間間蒸汽浴室，原是為治療風濕病、梅毒之類的疾病而興起，但不久就成為妓女與尋歡客的流連之地。米開朗琪羅是否為了尋找模特兒和靈感而走訪澡堂，我們不得而知，但從他找老人作為弦月壁上這位基督女祖先的模特兒，以及頂棚上無數人物的肥胖身軀來看，顯然他不只是拿年輕弟子當模特兒。
米開朗琪羅時代的藝術家，還有另一種方法研究人體，即解剖屍體。藝術家之所以會感興趣於肌腱、肌肉這些枝微末節，阿爾貝蒂的提倡是原因之一。他認為「畫活生生的人物時，先描出骨頭……接著添上肌腱、肌肉，最後替骨頭、肌肉覆上肉和皮，會很有幫助」。[18]要掌握肉和皮如何包覆骨頭、肌肉，藝術家就不能只是粗淺地瞭解人體如何組成。因此，達·芬奇主張解剖是藝術家必要的基本訓練之一。他寫道，畫家若不瞭解身體結構，畫出來的裸像不是像「裝滿乾果的袋子」，就是像「一捆蘿蔔」。[19]第一位解剖屍體的藝術家，似乎是一四三○年左右出生，熱衷刻畫裸像的佛羅倫薩雕塑家安東尼奧·德爾·波拉約洛（Antonio del Pollaiuolo）。另一位熱衷解剖的藝術家是西紐雷利，傳說曾夜訪墓地尋找人體器官。
這類駭人聽聞的活動，或許是一則有關米開朗琪羅的謠言會在羅馬傳開的原因之一。傳說他準備雕刻垂死基督像時，為研究垂死者的肌肉而將模特兒刺死。這種變態的藝術追求，讓人想起約翰內斯·勃拉姆斯（Johannes Brahms）也曾遭受的惡意中傷。謠傳這位作曲家曾勒死貓兒，以便將它們垂死的叫聲編入交響樂裡。話說回來，據說模特兒遇害被人發現後，米開朗琪羅逃到羅馬東南方三十二公里處帕列斯特裡納的卡普拉尼卡村避風頭。這則軼事無疑是杜撰的，[20]但也隱隱透露出米開朗琪羅這位喜怒無常、孤僻、追求完美而挑剔成性的藝術家，在羅馬人心目中是怎樣的一個人。
米開朗琪羅當然研究過屍體的肌肉，但不是死於他刀下的屍體。年輕時在佛羅倫薩，聖斯皮裡托修道院院長畢奇耶裡尼撥了醫院裡的一間房間供他使用，他在這裡解剖過數具院長給他的屍體。米開朗琪羅這令人毛骨悚然的研究，得到孔迪維的讚揚。孔迪維敘述道，有次院長帶他去看一具摩爾人的屍體，那是個「非常俊俏的年輕男子」躺在解剖台上。然後，米開朗琪羅就像個醫生一樣拿起手術刀，開始描述起「許多罕有聽聞、深奧或許是從未有人知道的東西」。[21]
孔迪維的記述有時誇大不實，但這一段無此問題，因為米開朗琪羅的確是個傑出的解剖學家。今日的表面解剖學中有約六百則指稱骨骼、腱、肌肉的術語。但據某項估計，米開朗琪羅的繪畫、雕塑刻畫了至少八百個不同的生理結構。[22]有人因此指控他捏造或歪曲人體結構。事實上，他的作品精確刻畫了人體幽微難明的結構，以致五百年後，仍有些結構是醫學解剖學所不知而必須予以命名的。少數地方他的確篡改了人體本有的結構，例如《大衛》的右手，他正確呈現了約十五處骨頭和肌肉，卻刻意拉長了小指展肌（abductor digiti minimi）的邊緣，只為稍稍放大拿著用來打死哥利亞的石頭的那隻手。[23]
在西斯廷禮拜堂工作時，米開朗琪羅已暫時停止解剖屍體。據孔迪維所述，他是不得不然，「因為長期摸碰死屍大大壞了他的胃口，讓他吃不進也喝不下任何東西」。[24]但在聖斯皮裡托修道院噁心的研究，這時派上了用場，他對人體輪廓與結構無人能及的瞭解，開始在西斯廷禮拜堂拱頂上展現。
[1] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第一卷，第663頁。
[2] 孔迪維：《米開朗琪羅傳》，第58頁。
[3] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第二卷，第675頁。
[4] 參見蕭：《尤利烏斯二世》，第171頁。
[5] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第二卷，第662～663頁。
[6] 引自帕斯托爾：《教皇史》，第六卷，第214頁。
[7] 《米開朗琪羅書信集》：第一卷，第50頁。
[8] 《米開朗琪羅書信集》：第一卷，第52頁。
[9] 《米開朗琪羅書信集》：第一卷，第49頁。
[10] 德·托爾內：《米開朗琪羅》，第二卷，第25頁。
[11] 阿爾貝蒂：《論繪畫》英譯本（On Painting，London：Penguin，1991），第76頁，譯者Cecil Grayson，編者Martin Kemp。阿爾貝蒂於1436年將此作品由拉丁文譯為意大利文。
[12] 五百年後，米開朗琪羅的裸像作品仍引來爭議。一九九五年，以色列王國建都耶路撒冷三千週年，耶城當局拒絕了佛羅倫薩致贈《大衛》複製像的好意，理由是該像一絲不掛。後來該城領袖勉強接受，但接受前該像已被套上內褲遮住私處。
[13] 達·芬奇：《繪畫論》，第一卷，第67頁，第106～107頁。
[14] 阿爾貝蒂：《論繪畫》，第72頁。
[15] 這項技巧為達·芬奇師父維洛吉奧所創，後來為吉蘭達約所運用。參見卡多岡（Jean K. Cadogan）所撰《再議吉蘭達約素描的某些方面》（「Reconsidering Some Aspects of Ghirlandaio』s Drawings」），《藝術期刊》（Art Bulletin），第65期，1983年，第282～283頁。
[16] 參見艾姆斯-劉易斯（Francis Ames-Lewis）所撰《吉蘭達約工作室與吉蘭達約早期當學徒時的衣紋「圖樣」-素描》（「Drapery 「Pattern」-Drawings in Ghirlandaio』s Workshop and Ghirlandaio』s Early Apprenticeship」），《藝術期刊》（Art Bulletin），第63期，1981年，第49～61頁。
[17] 勞訥（Lynne Lawner）著作《交際花列傳：文藝復興時期肖像》（Lives of the Courtesans：Portraits of the Renaissance，New York：Rizzoli，1986），第8～9頁。
[18] 阿爾貝蒂：《論繪畫》，第72頁。
[19] 達·芬奇：《繪畫論》，第129頁。
[20] 沒有確鑿證據可以證明這件事為真實的，因為有助於撥開疑雲的文獻，即慈愛聖吉洛拉莫團（在各刑事案裡擔任公證人的宗教團體）的記錄，不是遭部分或全部毀壞，就是失竊。如今，卡普拉尼卡村傳說，米開朗琪羅在抹大拉聖母瑪利亞教堂留下了繪畫、雕刻各一件作品。但卡普拉尼卡有米開朗琪羅的作品這件事，當然不能作為他殺人的證據。