聖誕節至新年期間，教皇病情沒有好轉。因為病得不輕，聖誕節那天他發燒躺在床上，在臥房裡舉行彌撒。不久之後的聖史蒂芬節，由於高燒不退，天氣更壞，他連到不遠處的波隆納大教堂都不行。因而，當他的侄子佛朗切斯科·馬裡亞率領教皇部隊在雪地上吃力向米蘭多拉進發時，他仍臥病在床。
佛朗切斯科·馬裡亞吃了大敗仗，讓他的伯父大失所望。他是龐大的羅維雷家族裡尤利烏斯特意栽培的少數族人之一，烏爾比諾公爵圭多巴爾多·達·蒙特費爾特羅死後，尤利烏斯指派他繼任其職，後來又提拔他出任羅馬教廷總司令。比起殘暴嗜殺的前任總司令切薩雷·波吉亞，佛朗切斯科·馬裡亞的軍事作為沒那麼強勢。拉斐爾將他畫進《雅典學園》，把他畫成畢達哥拉斯旁邊之人。畫中的他年輕、靦腆，幾乎可以說是帶著脂粉味，身穿寬鬆白袍，金髮及肩，望之不似軍人。尤利烏斯挑上他，大概看重他的忠心耿耿，而非看上他有什麼領導統御之才。
教皇知道另一位指揮官，曼圖亞侯爵佛朗切斯科·貢薩加，更不能倚仗。即使在順境之中，貢薩加的帶兵才能都叫人打問號。他曾以所謂的梅毒發作（其實他真有此病）為借口，逃避上戰場。如今，他的效忠面臨兩難。他的女兒嫁給佛朗切斯科·馬裡亞，使他歸入教皇的陣營，但他本人娶了阿方索·德·埃斯特的姊妹，意味著他若效忠教皇，就得攻打自己的舅子。教皇也因此對貢薩加起了疑心，為表態效忠，他不得不在夏天送自己十歲的兒子費德裡科到羅馬當人質。
日子一天天過去，前線部隊依然未攻打米蘭多拉。眾指揮官的遲疑不前令教皇越來越火大。一月二日，他終於耐不住性子，不顧有病在身和惡劣天氣，毅然起身，準備開拔。他打算冒著結冰的道路，親赴約五十公里外的米蘭多拉，包括把他的病床運到前線。「看看我的睪丸（膽識）是不是和法國國王一樣大！」他低聲說道。[1]
到了一月，西斯廷禮拜堂的繪飾工程已停頓了四個多月。但工作室內並未停工，因為九月時米開朗琪羅收到米奇一封信，信中提到特裡紐利和札凱蒂正忙著為該工程畫素描。但米開朗琪羅卻惱火於未能利用這個寶貴機會作畫。教皇和眾樞機主教不在羅馬，意味著不會有彌撒打斷他在禮拜堂的工作，正是絕佳的作畫時機。教皇禮拜堂每年約舉行三十次彌撒，這時候，米開朗琪羅和其助手均不得登上腳手架。彌撒儀式不僅要拖上數小時，德格拉西督導的事前準備也會佔去不少時間。
十年後，米開朗琪羅憤憤回憶道，「拱頂快要完成時，教皇回波隆納，我於是去了那裡兩次，索討該給我的錢，但徒勞無功，浪費時間，直到他回羅馬才拿到錢」。[2]米開朗琪羅說他去波隆納兩趟「徒勞無功」，這話誇大不實，因為聖誕節後的幾個星期後，他就拿到了所要求的五百杜卡特，並將其中近一半寄回佛羅倫薩老家。不過，拱頂後半部的繪飾工程直到教皇回來舉行拱頂前半揭幕式後才得以開始，卻是實情。
這段漫長的停工至少讓米開朗琪羅和其助手稍喘口氣，暫時擺脫腳手架上累人的工作，也讓米開朗琪羅有機會畫好更多的素描和草圖。一五一一年頭幾個月，他就專心做這件事，其中有一幅極詳盡的素描，以紅粉筆畫在只有7.5英吋×10.5英吋的小紙上，一名裸身男子斜倚著身子，左臂伸出，支在彎曲的左膝蓋上，形成如今聞名全球的姿勢。米開朗琪羅為著名的《創造亞當》所畫的亞當素描，只有這幅流傳至今。[3]奎爾查在波隆納聖佩特羅尼奧教堂大門上，也製作了《創造亞當》浮雕，米開朗琪羅這幅亞當素描可能就受了該浮雕作品裡的亞當像啟發。他最近去了兩趟波隆納，其中一趟他可能抽空再去研究了該作品。奎爾查的亞當裸身斜躺在斜坡地上，伸出手欲碰觸穿著厚重袍服的上帝。但米開朗琪羅筆下亞當的姿勢，其實受吉貝爾蒂的影響更甚於奎爾查的影響，因為佛羅倫薩洗禮堂天堂門上的亞當伸出左臂，左腳彎曲，正是米開朗琪羅素描亞當的範本。
米開朗琪羅這幅細膩的素描，沿襲他個人某個伊紐多像的風格，而賦予吉貝爾蒂青銅浮雕裡較僵硬的亞當以慵懶而肉感的美感。這幅人像無疑是根據人體模特兒畫成。決定採用吉貝爾蒂青銅浮雕裡的亞當姿勢後，他想必請人體模特兒擺出同樣的姿勢，然後仔細描畫出軀幹、四肢、肌肉。亞當像的模特兒說不定和他許多伊紐多像所用的模特兒是同一人。由於正值隆冬，米開朗琪羅大概未遵照達·芬奇只在較暖和天氣用人體模特兒的建議。
亞當素描的細膩意味著這很可能是製成草圖前最後完成的素描。而它的面積之小當然表示轉繪到頂棚上時得放大七八倍。但不管是這幅素描，還是為這頂棚所畫的其他素描，都沒有留下方格的痕跡，因而米開朗琪羅到底如何放大素描仍是個謎。[4]或許在完成這幅紅粉筆素描之後、製成《創造亞當》的草圖之前，米開朗琪羅還畫了一個用來格放的素描；或者米開朗琪羅畫了兩幅同樣的紅粉筆素描，而在其中一幅上面畫了放大用的格子，另一幅則留下作為紀念，保留本來的面貌。
不管實情為何，《創造亞當》的草圖想必在一五一一年頭幾個月就已完成，卻等了很長一段時間才被允許轉描到禮拜堂拱頂上。
「這是可載入全球史冊的大事，」重病在床的尤利烏斯奮然起身的幾星期後，吃驚的威尼斯使節利波馬諾從米蘭多拉發出急報，急報上如此寫道，「有病在身的教皇，在一月份，冒著這麼大的雪、這麼冷的天氣，竟親身來到軍營。史家將對此大書特書！」[5]
這或許真是歷史壯舉，但遠征米蘭多拉一開始卻出師不利。眾樞機主教和使節仍覺得教皇的計劃不妥，勸他三思，但教皇置若罔聞。編年史家圭恰爾迪尼後來寫道，「別人勸他以羅馬教皇如此尊貴之位，親自帶兵攻打基督徒城鎮，實在有失身份，但尤利烏斯不為所動」。[6]於是，在冷冽空氣中、號角伴奏下，尤利烏斯於一月六日開拔，往波隆納進發。開拔之時，尤利烏斯無視教皇身份的莊嚴，高聲喊著粗鄙的言語，粗鄙到教利波馬諾根本不想將其寫下來。教皇還開始叫喊「米蘭多拉，米蘭多拉！」惹得眾人樂不可支。
阿方索·德·埃斯特以逸待勞。教皇一行人剛經過聖菲利斯，距米蘭多拉只有幾英里之處，即遭阿方索部隊伏擊。借助法國一個火炮師傅巧心製作的炮橇，阿方索部隊的火炮在厚雪裡移動迅捷。尤利烏斯趕緊後撤，移入聖菲利斯的強固城堡裡。阿方索的炮兵部隊緊追不捨，為免被擒，尤利烏斯顧不得教皇身份，趕忙爬下御輿，幫忙拉起城堡的開合橋。法國某編年史家記道：「這是明智的做法，因為只要等上念完一遍主禱文那麼長的時間，他大概就性命不保。」[7]
但阿方索部隊未乘勝追擊，他們一撤兵，教皇再度上路。前行不久，他在米蘭多拉城牆外數百碼處的農場停住，決定在屋內過夜，眾樞機主教則在馬廄搶棲身之處。經過短暫的好天氣，冬天再度發威。河川結冰，平原上寒風呼號，雪下得更大，佛朗切斯科·馬裡亞因此無心戰鬥，瑟縮在被風吹得辟啪作響的帳篷裡，與屬下打牌消磨，一心想躲著他伯父。但教皇豈是等閒之輩。大冷天裡光著頭，只穿著教皇袍，騎馬來到營地，邊破口大罵邊叫士兵擺好火炮。「他顯然復原了不少，」利波馬諾寫道，「他有著巨人般的力氣」。[8]
圍攻米蘭多拉始於一月十七日。在這前一天，教皇站在農舍外面時，差點遭火繩槍子彈擊中。但他不因此而退縮，反倒更逼近戰場，徵收了牆腳附近的聖朱斯提納修道院的廚房，在炮手將火炮瞄準敵人的防禦工事時，坐鎮該處指揮。這些武器有部分系布拉曼特設計，甚至攻城梯、弩炮也是。這位建築師放下了羅馬的數項工程，除了念但丁著作給教皇聽，還忙於發明對圍城戰「最管用的精巧玩意」。[9]
炮擊第一天，教皇再度與死神擦身而過。一枚炮彈砸入廚房，傷了他兩名僕人。他感謝聖母瑪利亞讓這發炮彈射偏，並保留這炮彈作為紀念。落在聖朱斯提納修道院的炮火越來越多，威尼斯人開始懷疑尤利烏斯部隊裡，是否有人向米蘭多拉城內的炮手洩露了他所在的位置，想借猛烈炮擊將他擊退。但尤利烏斯宣佈，他寧可被擊中頭部，也不願後退半步。「他更恨法國人了。」利波馬諾說道。[10]
米蘭多拉禁不住炮火轟擊，受圍三天後就投降。教皇大樂，急於想踏進這座攻下的城鎮，但守軍在城門後堆起的大土丘一時難以移走，他於是坐在吊籃裡，由人拉上城牆。旗開得勝，教皇頒令士兵可以自由劫掠作為賞賜，而米蘭多拉伯爵夫人佛朗切絲卡·皮科則旋即遭流放。然而，教皇並不因此次得勝而滿足。「費拉拉！」他很快又開始叫道，「費拉拉！費拉拉！」[11]
教皇不在羅馬期間，署名室的繪飾工程也有所延宕，這或許是讓米開朗琪羅感到些許安慰的事。[12]但拉斐爾不像米開朗琪羅那樣追著教皇跑，而是趁機接了其他委制案，展現了他創新求變的本事。其中一件委制案是索多瑪贊助者暨錫耶納銀行家阿戈斯提諾·齊吉（Agostino Chigi），委託他設計一些托盤。這位藍眼紅髮的齊吉家族成員，名列意大利首富行列，除了托盤，還有更大的案子打算委託給拉斐爾。一五○九年左右，他已開始在台伯河岸為自己興建豪宅，即法內西納別墅。這座由佩魯齊（Baldessare Peruzzi）設計的豪宅，建成之後將擁有數座花木扶疏的庭園、數個拱頂房間、一座供戲劇演出的舞台、一道俯瞰河水的涼廊。[13]羅馬最出色的濕壁畫，有些也將坐落於此。為繪飾該別墅的牆面和頂棚，齊吉僱用了索多瑪和曾受教於喬爾喬涅（Giorgione）的威尼斯年輕畫家塞巴斯蒂亞諾·德·皮翁博（Sebastiano del Piombo）。決心只僱用一流藝術家的齊吉，也找來拉斐爾繪飾該別墅一樓寬敞客廳的某面牆。一五一一年，拉斐爾開始為這項繪飾工程做準備，最後完成濕壁畫《海洋女神迦拉忒亞之凱旋》（ The Triumph of Galatea）。畫中有人身魚尾海神和丘比特各數名，還有一名美麗的海洋女神駕馭一對海豚，行走在海上。[14]
但拉斐爾並未停下他在梵蒂岡的工作。完成《雅典學園》後，他轉而去繪飾有窗可俯瞰觀景庭園的那面牆，也就是放置尤利烏斯詩集的書架後面的那面牆。這幅濕壁畫現今被稱為《帕納塞斯山》（Parnassus）。《聖禮的爭辯》描繪著名神學家，《雅典學園》描繪傑出哲學家，《帕納塞斯山》則以二十八位古今詩人，在帕納塞斯山圍在阿波羅身邊為特色。詩人中有荷馬、奧維德、普羅佩提烏斯、薩福、但丁、彼特拉克、薄伽丘，全都戴著桂冠，且以馬丁·路德看不順眼的豐富手勢在交談。
拉斐爾所畫詩人有在世者，也有已作古者，而這些人像，據瓦薩裡記述，全根據真人繪成。阿里奧斯托是他所採用的諸多名人模特兒之一，拉斐爾是在他遭威脅要被丟入台伯河而在一五一○年夏逃離羅馬之前，素描了他的人像。[15]阿里奧斯托則在《瘋狂奧蘭多》裡，將拉斐爾刻畫為「烏爾比諾的驕傲」，稱他是當代最偉大的畫家之一，作為回報。[16]
相較於《聖禮的爭辯》和《雅典學園》裡幾乎清一色的男性群像，《帕納塞斯山》放進了一些女性，包括來自萊斯博斯島的古希臘偉大女詩人薩福。拉斐爾常以女人為模特兒，這點和米開朗琪羅不同。羅馬謠傳他曾要求羅馬最美麗的五名女子在他面前裸身擺姿，好讓他從每位美女身上各挑出最美麗的部位（某人的鼻子、另一人的眼睛或臀部等），以創造出一幅完美女人像（這則軼事讓人想起西塞羅筆下一則關於古希臘畫家宙克西斯的故事）。不過，據說拉斐爾畫薩福時，需要的只是羅馬一名美女的面貌，因為傳說他筆下的這位偉大女詩人是受他在無騎者之馬廣場的鄰居、著名交際花因佩莉雅的啟發而畫成。因此，當米開朗琪羅正奔波於意大利結冰的道路上，以向教皇索討報酬時，拉斐爾似乎正在台伯河邊的阿戈斯提諾·齊吉宅第裡，過著舒適而又有羅馬最美女子相伴的好日子。
拿下米蘭多拉後，教皇並未向費拉拉發動攻勢。他一如往常地希望親自帶兵攻打，但由於法軍增援部隊不斷沿波河河岸集結，他擔心若敗北可能被俘。因此，二月七日，他坐著牛拉的雪橇穿過深積雪的大地，回到波隆納。不久，波隆納也籠罩在法軍威脅之下，一個星期後，他又搭雪橇東行八十公里，到亞得裡亞海岸的拉文納。在這裡他待了七個星期，籌劃攻打費拉拉的事宜，閒暇時則以看槳帆船迎著強風在沿岸海面上下奔馳為樂。三月時拉文納發生小地震，眾人都認為這是凶兆，但尤利烏斯的鬥志絲毫不減。數場豪雨導致水塘外溢，河堤決口，但也未澆熄尤利烏斯的雄心。
少了教皇坐鎮督軍，對費拉拉的攻勢很快就像洩了氣的皮球。四月的第一個星期，尤利烏斯回波隆納，親自掌理軍務。在這裡，他接見了神聖羅馬帝國馬克西米利安皇帝的使節。該使節敦促他與法國言和，討伐威尼斯，而非反其道而行，結果無功而返。另一個調解努力也是同樣下場。尤利烏斯女兒費莉斯提議將她年幼的女兒與阿方索·德·埃斯特年幼的兒子聯姻，試圖借此讓父親與公爵和好。尤利烏斯回絕她的提議，將她送回丈夫身邊，要她乖乖學她的針線活。[17]
五月到來，天氣轉好。法軍再度兵圍波隆納，尤利烏斯再度遁逃拉文納。佛朗切斯科·馬裡亞和他的部隊也無心戀戰，倉皇狼狽而逃，火炮和行李全來不及搬走而成為法軍戰利品。不久波隆納不戰而降，本蒂沃裡家族回來重掌政權，結束了將近五年的逃亡生涯。令人驚訝的是，教皇得知大敗，卻未如平常一樣勃然大怒，反倒語氣平和地告訴眾樞機主教，這次敗戰他的侄子要負全責，且佛朗切斯科·馬裡亞將以死相抵。
佛朗切斯科·馬裡亞卻認為該負責者不是他，而是樞機主教阿利多西。一五○八年獲教皇任命為駐波隆納使節後，阿利多西作威作福，跋扈不仁，把自己搞得和在羅馬一樣不得民心，人民因而渴望本蒂沃裡家族回來。波隆納易手後，阿利多西易容逃出城門，怕波隆納人民更甚於怕法軍。
樞機主教阿利多西和佛朗切斯科·馬裡亞奉召前往拉文納，當面向教皇說個清楚。兩人於五月二十八日比尤利烏斯晚五天抵達。碰巧的是，兩人在聖維塔列路狹路相逢，阿利多西騎著馬，佛朗切斯科·馬裡亞徒步。樞機主教笑笑向這位年輕人打招呼，佛朗切斯科·馬裡亞的回應則沒這麼友善。「叛徒，你終於現身了？」他不客氣地說道，「接下你的報應！」隨即從皮帶抽出短劍，刺向阿利多西，阿利多西中劍落馬，一小時後一命嗚呼。死前說：「我這是自作自受。」[18]
阿利多西死於非命的消息傳出，許多地方大肆慶祝以示歡迎。德格拉西甚至感謝上帝奪走這位樞機主教的性命。「上帝啊！」他在日記裡高興地寫道，「你的判決何其公正，你讓這位虛偽的叛徒得到應有的報應，我們何其感激你。」[19]只有教皇哀痛這位摯友的死，「悲痛至極，放聲大叫，慟哭失聲」。[20]他無心再事征伐，下令班師回朝。
但更嚴重的問題赫然降臨。回羅馬途中，傷心的教皇在裡米尼某教堂門口發現了一份文件，文件上寫著路易十二和神聖羅馬帝國皇帝提議召開教會全體會議。這種公會議非比尋常，參加者包括所有樞機主教、主教和教會裡的其他高級教士，是制定新政策、修改既有政策的重大會議。這種會議很少召開，但只要召開，常負有重大目標，而且影響非常深遠，有時甚至把現任教皇拉下來。一四一四年召開的康士坦茨公會議，就是較晚近的例子之一。這場為期四年的會議罷黜了偽教皇若望二十三世，選出新教皇馬丁五世，結束了「教會大分裂」。路易十二宣稱他所提議的公會議，目的在於矯正教會內的弊病，為發動十字軍東征土耳其人做準備，但明眼人都知道真正的目的是剷除尤利烏斯，另立一位敵對教皇。如果說康士坦茨公會議結束了「大分裂」，那麼這場預定九月一日召開的新公會議，則可能讓教會再度陷入分裂。
波隆納失守，樞機主教阿利多西死後，教皇身邊的顧問沒人敢告知尤利烏斯這個消息。因此，看到教堂門口張貼的開會通知時，他無比震驚。對波隆納的世俗威權才剛失去不久，他突然又面臨著宗教威權也可能遭剝奪的險境。
六月二十六日，一行人穿過平民門進入羅馬時，個個心情低落。教皇在平民聖母瑪利亞教堂前停下，入內舉行彌撒，將托聖母之福而未落在他身上的炮彈吊掛在祭壇上方的銀鏈上。接著，一行人頂著烈日，左彎右拐，前往聖彼得大教堂。「我們辛苦而徒勞的遠征就此告終。」德格拉西歎息道。[21]為驅逐法國人而踏上征途的教皇，終於回到暌違整整十個月的羅馬。穿著全套法衣走在科爾索街上時，他仍留著白色長胡，而且看起來他短期內不會刮掉。
[1] 引自蕭《尤利烏斯二世》，第269頁。
[2] 《米開朗琪羅書信集》，第一卷，第148頁。
[3] 大英博物館現藏有一幅粉筆素描，多年來曾被視為亞當頭部習作，但如今經鑒定是米開朗琪羅為皮翁博（Sebastiano del Piombo）的《拉撒路復活》（Raising of Lazarus）所畫的諸多素描之一。參見戈爾沙伊德（Ludwig Goldscheider）《米開朗琪羅：素描》（Michelangelo：Drawings，London：Phaidon Press，1951），第34頁。
[4] 關於該問題，參見赫斯特（Michael Hirst）《西斯廷禮拜堂素描觀察》（「Observations on Drawings for the Sistine Ceiling」），收錄於德維奇與默斐合編的《西斯廷禮拜堂：值得稱頌的修復》，第8～9頁。
[5] 引自蕭《尤利烏斯二世》，第270頁。
[6] 圭恰爾迪尼（Francesco Guicciardini）《意大利史》英譯本（The History of Italy，London：Collier-Macmillan，1969），第212頁，編譯者Sidney Alexander。圭恰爾迪尼這段不以為然的記述寫於一五三○年代。
[7] 引自克拉茨科《羅馬與文藝復興》，第229頁。
[8] 引自帕斯托爾《教皇史》，第六卷，第341頁。
[9] 瓦薩裡：《畫家、雕塑家、建築師列傳》，第二卷，第664頁。布拉曼特可能熟悉達·芬奇的許多武器設計構想，例如蒸汽驅動火炮、開爆式炮彈、機關鎗、速射十字弓。
[10] 引自帕斯托爾《教皇史》，第六卷，第341頁。
[11] 蕭：《尤利烏斯二世》，第271頁。
[12] 古爾德（Cecil Gould）指出，若說「教皇不在羅馬的十個月期間，署名室的繪飾工程處於停擺狀態」，也是合理的推斷（《拉斐爾諸室的創作年代順序》，第176頁）。工程不一定完全「停擺」，但光從拉斐爾接下其他委制案來看，幾乎可以確定放慢了進度。
[13] 1580年，該別墅被「大樞機主教」亞列山德羅·法內塞（Alessandro Farnese）買下，自此得名法內西納別墅。該別墅的建築設計有人認為出自拉斐爾之手，例如，參見奧佩的《拉斐爾》，第61頁。但接受此說法的學者不多，因為別墅可能早在1506年就動工興建，而拉斐爾這時尚未在羅馬活動。
[14] 拉斐爾究竟何時畫了《海洋女神伽拉忒亞之凱旋》，學界看法分歧頗大。從早自1511年，到晚至1514年，各種說法都有。但這件委制案似乎出現於1511年，即尤利烏斯不在羅馬而署名室繪飾工程即將完工之際。齊吉似乎趁著尤利烏斯不在，才敢放膽找拉斐爾作畫。