曹魏和孫吳那邊都挺忙，這種局面對蜀漢來說無疑是有利的。
作為先帝駕崩前指定的托孤大臣，諸葛亮承擔起治國理政的大任，後主繼位後他就在成都建立了丞相府，以此治理蜀漢。
關於諸葛亮開府的時間史書強調是在劉禪繼位後，劉備駕崩前諸葛亮已經當了整整兩年的蜀漢丞相，怎麼現在才開府呢？難道劉備在世時諸葛亮沒有自己的丞相府嗎？
按照漢代制度三公以上均可開府，地位低於三公的官員經過特別批准也可開府，一般會加“儀比三司”這樣的話，丞相開府當然沒問題，曹操生前掌控大權靠的主要是他的丞相府。但是可以開不等於一定開，開府與不開府取決於需要，劉備在世時蜀漢一切大事都由劉備親自決策，諸葛亮只是執行者，所以開不開府關係並不大。而且，劉備是在倉促間稱帝的，稱帝后又馬上伐吳，有些事恐怕還顧不上來。
劉備東征期間諸葛亮留守後方，如果沒有開府的話，他如何處理後方的日常事務呢？
劉備任命諸葛亮為丞相時還給了他一個“兼職”——錄尚書事，也就是負責處理朝廷日常事務，張飛死後又讓他兼任了司隸校尉，這兩項職務應該才是諸葛亮最重要的工作。劉備東征期間有太子監國，朝政方面諸葛亮要隨時向太子匯報，司隸校尉作為行政官雖然沒有實際意義，但它還有監察百官的職責，劉備不在期間諸葛亮可以憑此監察蜀漢百官。
所以當時倒也沒有必要組建一個丞相府，或者說即使有一個丞相府，也只是為諸葛亮履行職責服務的一個小的工作班子，絕不是蜀漢政權的核心。現在情況不同了，諸葛亮要組建一個完整的、規模龐大的丞相府，這個丞相府將成為蜀漢的權力中心。
處理完這些事，又經過一年多時間的準備，諸葛亮決定著手解決那件緊迫的事，向南中用兵。
對蜀漢來說當時最大的敵人不是曹魏，更不是孫吳，而是南中。南中之亂已經持續相當長的時間了，且有越來越嚴重的趨勢，如果不果斷出手，局面將更無法收拾。按照曹丕制定的戰略，孫吳是當前曹魏的主攻目標，這為蜀漢創造了一個難得的“戰略機遇期”，如果不趁此機會解決南中問題，將來無論曹魏打來還是孫吳發起了進攻，就再也沒有能力去平亂了。
後主建興三年（225）春天，諸葛亮提出了南征的想法，並決定親自率兵前往。丞相府長史王連當時患了重病，聽說丞相要親征，他認為有些不妥。
王連抱病來見諸葛亮，向他建議道：“南中是不毛之地，疫癘之鄉，不應當由丞相親自討伐，作這樣的冒險之舉。”王連不反對南征，反對的是諸葛亮親征，諸葛亮目前是蜀漢的主心骨，如果長期不在成都的話，蜀漢能不能保持安定存在變數，所以不宜親往。王連的話還有一層意思，那就是南中的情況很複雜，打勝了還好說，如果打敗了或者雖未敗卻無功而返，諸葛亮的個人威望都將受到極大的挫傷。
對諸葛亮來說這當然是一個巨大的挑戰和風險，儘管他在政治、外交上的才幹已有目共睹，但在軍事方面的能力還不為人所知，當初他曾指揮過三路大軍入蜀，然而那還算不上一次真正意義上的大規模戰役。現在諸葛亮在蜀漢的地位無人能比，如果只站在個人的角度看，他似乎並沒有必要冒險去指揮一場戰役來提高自己的聲望。
諸葛亮可以派一名將領去征討南中，比如趙雲就是合適的人選，當年他率兵平復荊州的江南各郡，成績很不錯。但是，南中之戰事關重大，必須傾蜀漢的全力去打贏這一仗，自己去無疑取勝的把握更大，所以不能因為避免讓自己冒險而讓整個國家去冒險。
諸葛亮感謝王連的好意，但仍決定親自南征。大軍出發前王連病故了，對諸葛亮來說這是一大損失。此次南征他要離開成都一段時間，後方不僅要保持安定，還要向前方提供強有力的保障和支持，丞相府長史這個角色很重要，諸葛亮選拔了任步兵校尉的向朗接替王連。
在諸葛亮身邊的幾位重要助手中，論資歷和能力似乎張裔、楊洪、蔣琬都比向朗更合適。向朗早年師從司馬徽，跟諸葛亮有同窗之誼，但諸葛亮選他來當丞相府的長史看中的倒不是這個，張裔等人固然更合適，但他們現在都另有重任。
張裔以俘虜的身份在孫吳待了一段時間，回來後被任命為丞相府參軍，這是一個閒差，諸葛亮卻沒讓他閒著，而讓他管理丞相府的日常事務，同時兼管益州人事工作。張裔現在身兼軍政兩端，既瞭解諸葛亮的想法，又熟悉益州本地情況，起著別人無法替代的作用，此時不宜調動。
諸葛亮開府治事後又把楊洪調回蜀郡當太守，這個職務極為重要，掌管著成都的安危，地方一旦出現什麼情況還得靠楊洪來穩定局面，也不宜變動。蔣琬的能力深為諸葛亮所欣賞，但不久前他的職務又有了新變動，諸葛亮把他從尚書檯調到丞相府，由尚書郎升任丞相東曹掾，負責人事工作，此時也不宜再動。
諸葛亮著意培養的人還有楊儀、費禕、董允、馬謖、鄧芝等幾位，在這幾個人裡楊儀似乎比向朗更合適一些，但他被劉備親自貶降過，現在掛著一個弘農郡太守的空銜，孫權對楊儀也有過負面評價，這些影響到諸葛亮對他的安排，諸葛亮讓楊儀以丞相府參軍的身份隨自己一起行動。
後主建興三年（225）春天，劉禪詔准諸葛亮率眾南征。
劉禪賜給諸葛亮金
鉞一具，曲蓋一副，前後羽葆鼓吹各一部，虎賁60人，這些都屬皇帝專用。曲蓋、羽葆屬於出行的車輛儀帳，虎賁是皇家警衛，而金鉞不僅好看，而且象徵皇帝的授權，比假節、持節級別更高，持此如皇帝本人親臨，可以任意誅殺大臣而不用必事先請示。
蜀漢的文武百官一直把諸葛亮送到成都郊外，大家回去了，還有一個人沒走，他一直跟著諸葛亮前行。此人顯然有話要說，但他特別能沉住氣，走了數十里一直沒吭聲。
最後是諸葛亮倒忍不住了，對此人說：“咱們在一塊共事多年，希望你能多提些良謀妙策。”見丞相催問，此人才慢慢說道：“南中依仗險遠，長期以來不服我朝，即使現在把它攻破，後面還會繼續反叛。將來明公如果傾國家之力去對付強賊曹魏，他們知道我們後方空虛，叛亂會來得更快。如果把他們全部殺了以絕後患，那又不符合仁義，而且這也不是倉促間可以做到的事。用兵之道，攻心為上、攻城為下，心戰為上、兵戰為下，希望明公能讓他們心服！”
天下之事莫神於兵，莫巧於戰，所以《孫子兵法》說“攻心為上，攻城為下”。心戰勝於力戰，但也難於力戰，力戰勝於一時，心戰勝於長久。南中地處邊陲，地域廣大，長期以來都是南中各族的天下，在戰場上打敗他們或許容易，但要把這裡牢牢守住就十分困難。此次南征如果一味用武，難免會殺戮過重，與南中各族的積怨不僅解不了，而且會越積越深，到那時即使軍事上取得了成功，也難以保證南中的長治久安。所以，對此人提出的“心戰”構想，諸葛亮十分贊成。
提出這個建議的人是丞相府參軍馬謖，作為馬良的弟弟，馬謖一直深得諸葛亮的器重，諸葛亮認為他很有才幹，對問題有獨到見解，所以丞相府組建後就把他調到了身邊，平時遇到問題就徵詢他的意見。諸葛亮與馬謖經常在一起交談，有時從白天一直談到深夜。
馬謖此次沒有隨征，但他一直在思考南中之戰，他看到了此戰的關鍵點，所以想向丞相稟明，或許因為還沒有考慮成熟，因而沒有馬上說出來。他的建議啟發了諸葛亮，諸葛亮在行軍路上起草頒布了一份軍令，作為此次南征的指導文件，這份《南中教》的命令只保留下來一句話：“用兵之道，攻心為上，攻城為下；心戰為上，兵戰為下。”前半句出自《孫子兵法》，後半句是馬謖建議的原話。“心戰”的提出進一步發展了《孫子兵法》的“攻心”思想，也正好契合了眼前的這一仗。
後主建興三年（225）夏天，諸葛亮率軍來到瀘水。
瀘水即今天的金沙江，在它與岷江匯合處有一個地方叫僰道，即今四川省宜賓市，蜀漢大軍進駐僰道附近，再往前就是叛軍控制的南中了。提到諸葛亮征南中一般會想到孟獲，以為孟獲就是諸葛亮此次南征的唯一對手，其實當時的叛軍有很多，孟獲甚至算不上最重要的一支。
南中是個非常大的地理概念，包括今雲南、貴州兩省的全部以及四川省的西南部、廣西壯族自治區的一小部，秦時蜀地只設了益州郡，漢初增設了犍為郡，漢武帝又分設了牂牁郡、越巂郡、益州郡、朱提郡，漢明帝時增設了永昌郡。
當時這幾個郡都有叛軍，較為集中的地區有三路：
第一路是所謂的“夷王”高定元，他據守在越巂郡，郡治邛都，即今四川省西昌市，他的這個“夷王”是自封的，但他的實力也最大，越巂郡在南中的西北部，北與蜀郡相接，對成都的威脅最大。
第二路是漢昌郡太守雍闓，他的這個太守是孫權任命的，但漢昌郡有呂凱等人死守，他未能進入漢昌郡，而是佔據著益州郡，該郡位於南中的中部，郡治在滇池，即今雲南省晉寧縣，與雍闓合盟的還有益州郡的夷人首領孟獲。
第三路是原牂牁郡太守朱褒，他是劉備任命的郡太守，但也參與了叛亂，牂牁郡在南中的東部，今貴州省省會貴陽即在該郡，當時的郡治是且蘭，在貴州省黃平縣一帶，這裡是朱褒的大本營。
總的來說，叛軍從西到東可以分為越巂郡、益州郡、牂牁郡這三路，主要有高定元、雍闓、孟獲、朱褒四支人馬，總兵力實在難以統計，他們佔據要塞，依托原始山林，易守難攻。
在南中未叛亂前劉備設有庲降都督一職對其進行管理，蜀漢的都督一職權力很大，是劉備稱帝后設立的新職務。益州刺史部作為東漢13個州之一，最早時下面設12個郡國。蜀漢立國前後隨著機構的不斷調整，郡國的數目大為增加，最多時達到了27個。在這種情況下，除益州刺史部外蜀漢還先後設置了庲降都督、江州都督、漢中都督等鎮守邊境的行政機構，從級別上說與益州相同，下面分別管轄著數目不等的郡國。漢中都督管轄漢中郡以及後來設置的武都郡，江州都督是李嚴鎮守永安後設置的，下面管轄著巴郡以及後來設置的黔安郡、涪陵郡等；庲降都督下面所管理的郡較多，南中地區各郡都在它管轄範圍內。
第一任庲降都督鄧方已經去世了，李恢是第二任庲降都督，由劉備親自任命，劉備還命他兼任交州刺史，當然只是遙領，此時交州已成為孫吳的地盤，李恢平時駐紮在平夷縣，即今貴州省畢節市，他也被叛軍圍困，這段時間一直艱難地在南中一帶堅持著，直到諸葛亮率大軍到來。
諸葛亮對此次南征做了大量的準備工作，根據史書記載，整個南征大軍有10萬人左右，除去其他地方的守備軍，這已經是蜀漢能臨時徵調的全部機動部隊了。
針對叛軍的分佈情況，諸葛亮在僰道附近也把大軍分為三路：第一路由丞相府門下督馬忠率領向西進軍，直取牂牁郡的且蘭，討伐朱褒，是為東路軍；第二路由庲降都督李恢率領由朱提郡向南直取益州郡，討伐雍闓、孟獲，諸葛亮任命原犍為郡太守王士為益州郡太守，協助李恢行動，是為中路軍；第三路由安上沿瀘水南下討伐越巂郡的高定元，這一路叛軍實力最強，所以諸葛亮親自率領，同時任命一個叫龔祿的人為越巂郡太守一同行動，是為西路軍。