——保王黨軍隊全面潰敗（1645~1646）
在後來幾次商議中，軍官們曾對蒙特利爾作出一些許諾。蒙特利爾告訴國王，這是危險的選擇，若仍有別處可以安身，最好還是先往別處躲藏；若不能找著別的藏身之地，蘇格蘭軍中暫時也是安全的。
納西比戰役
埃塞克斯與曼徹斯特一辭職，費爾法克斯就離開倫敦（4月3日），在溫澤建立大本營，著手建成一支屬於自己的新軍。有人預料這種行動必會招致激烈反對。自我否定的法令不僅送到埃塞克斯與曼徹斯特那裡，也送到克倫威爾那裡。果然，有幾個地方發生兵變，尤其是在裡丁的軍隊，那裡有埃塞克斯五個團的步兵；還有哈特福德郡，由達爾比爾上校統率著埃塞克斯的八個騎兵營。斯基龐升為新軍少將，他一到任，就靠粗暴但有效的雄辯本領，把裡丁的兵變安撫下來。達爾比爾的軍隊卻沒能這麼容易平息下來，倫敦甚至傳聞說這些叛兵就要加入國王的軍隊。最後還是埃塞克斯出面相勸，達爾比爾才終於服從，前往大本營。克倫威爾雖然極力保證過他的軍隊不會叛變，竟然也叛變了，他們宣告不肯在其他將軍名下服役，只有克倫威爾才有力量使他們回到崗位。克倫威爾一聽見他的軍隊嘩變，就立刻說要在自己辭職之前替議會出最後一次力。4月20日，組織工作差不多完成了。組織新軍其實並不困難，只是倫敦有一些已經遣散的軍官們鬧得比較久，他們或要求照發欠餉，或去那裡觀察事態變化。
阿克斯布裡奇議和不成之後，儘管從蘇格蘭傳來很好的消息，查理卻覺得有些不安。他雖然不急於講和，但讓主和派在威斯敏斯特佔優勢對他有利。該黨的失敗，使他恐慌了一陣子。他決定派他的王儲查理（威爾士親王）以大元帥名義進入西方諸郡，這樣既可以激發這幾郡的忠君之心，又可以將王室可能面臨的危險分散。海德與卡佩爾勳爵、科爾佩珀勳爵奉命陪王儲前往，以王儲的名義指揮一切。3月4日，王儲與他的謀臣們向國王告別，此後他們就再也沒有見過國王。一個月後，當牛津得知重新組織議會軍隊遇到許多障礙，又聽說幾個赫赫有名的將軍被免職，還發生過兵變，保王黨又覺得有把握了。他們嘲笑說這群傻子把有名望有本領的將軍們驅逐了，反而把和士兵們一樣的無名之輩抬舉起來，做他們的統領。保王黨們天天唱歌，說笑話，用一語雙關的字眼譏諷議會。國王雖然是一個很嚴肅的人，卻允許自己被這種毫無根據的理論說服。況且他心裡還有許多秘密希望，這是由種種陰謀所帶來的，這些陰謀連他最親密的心腹也不知道。
4月底，費爾法克斯宣佈在幾天之中就要開戰。克倫威爾前往溫澤，據他自己說是去送上辭呈。費爾法克斯一見他走進屋來，就說道：「我剛接到兩王國委員會的命令，讓你立刻帶領若干騎兵前往牛津與伍斯特之間的大路，攔阻魯珀特親王同國王之間的聯繫。」當天晚上克倫威爾就出發了，在五天之內的三次遭遇戰中打敗保王黨軍隊，攻克布列欽湯（4月24日），新軍中別的隊伍還不曾行動。國王大聲喊道：「誰把這個克倫威爾送給我，無論是死是活，我都要！」當時倫敦都在為克倫威爾還沒送上辭職書而感到高興。
不到一個禮拜，議會就打定主意，不讓克倫威爾辭職。4月30日，戰爭已經開始了。國王離開牛津，與魯珀特親王會師，向北方進軍，或解切斯特之圍，或同蘇格蘭軍打仗。他若得手，就有可能隨意威脅東方或南方。這時費爾法克斯正在向西進軍，要救那個被王儲所緊緊包圍的重要市鎮——湯頓。5月5日，費爾法克斯奉調回去，當時只有克倫威爾的軍隊能夠注視國王的動向。5月10日，議會明令克倫威爾繼續統領軍隊四十天。這時，威廉·布裡爾頓爵士、托馬斯·米德爾頓爵士和約翰·普賴斯爵士（三位爵士都是立過戰功的將官），也接到同樣的委派，也許是不願意讓克倫威爾獨享例外的待遇。
費爾法克斯趕快回師，倫敦的人心多少鎮定下來了，不像往常那樣恐慌。國王繼續向北進軍，現在沒有太多保王軍守護牛津，牛津是王國中部的戰略要地，議會相信那裡有他們信得過的朋友。5月17日，費爾法克斯奉命圍攻牛津[ 圍城從5月22日開始。
]。他若攻克這個地方，那將是一場重要勝利；就算久圍不下，他也能夠從這裡出發，向國王想攻打的任何地方進軍，而不會有敵軍攔阻。克倫威爾和他在牛津城外會師。
不料他們剛會面，倫敦又驚恐起來，每天都有不利的消息從北方傳來。蘇格蘭軍隊不但不肯迎頭痛擊國王，反而向邊界後退。有人說是因為那裡需要抵抗蒙特羅斯日益增長的勢力，所以不能不退；也有人說蘇格蘭軍隊不高興，因為議會不願受制於長老會和異邦的人。無論出於什麼原因，國王佔了他們退兵的便宜，處於較具優勢的地位，只要走近切斯特的城下就能解它的圍。這個地方是他與愛爾蘭往來通信的中點，一旦這裡解圍，他就可以領兵向東方幾處聯盟的郡進軍，而這裡過去一直是議會的屏障。無論冒什麼危險，議會都要保全這幾處地方，使自己不受侵犯。只有克倫威爾能夠辦到這一點，因為他在這一帶擁有巨大影響。於是他奉命直接向劍橋進軍，負責聯盟各郡的防衛。
後來由於更緊迫的危險發生，不能不調克倫威爾回來。他出發一個星期後就有消息說，6月1日查理猛攻奪取了以富裕聞名的萊斯特；費爾法克斯最近才解圍的湯頓，又被敵軍圍困了。議會得到消息後，一下子驚慌失措起來，長老會派卻得意揚揚，指責改組軍隊的後果。對此，唯一的答覆不過是市政會於6月6日遞一個呈文給上議院，把所有過錯推在蘇格蘭人身上，怪他們按兵不動；歸咎於招募新軍的遲緩；也歸咎於議會離戰場那麼遠，卻仍企圖遙控軍事。呈文要求給將軍以便宜行事的大權，要求更堅決地威懾蘇格蘭人，還要求把兵權交還給克倫威爾。6月5日，費爾法克斯奉命解牛津之圍，前去搜尋國王，不惜一切進行戰鬥。他在出發之前，先呈請議會，要求派克倫威爾來協助，他說統率騎兵非此人不可。貴族院遲遲不肯答覆，下議院卻批准得很快。6月11日，費爾法克斯立刻通知克倫威爾，全體隊伍加速進軍；6月12日，有幾隊議會的騎兵（前哨偵察隊）在北安普頓以西的地方，出其不意地與國王的一支隊伍遭遇。
國王完全沒有料到議會軍隊會到這裡來，他得到牛津被圍的消息，只好放棄對北方及東方諸郡的征討，回來解大本營的圍。但是他的自信並沒有動搖，況且蒙特羅斯又打了一場勝仗，這使他更加振奮。6月9日，他曾寫信給王后說道：「自從反叛開始以來，我們的局勢從來沒有像現在這樣好。」因此他從容不迫地行軍，在路上看見賞心悅目的地方就停留下來，連著打了幾天獵，而且任憑他的保王黨們同自己一樣自由自在。他一聽說議會軍快到了，就撤回到萊斯特，集中他的隊伍，在那裡等待從威爾士或西方諸郡開來的隊伍。6月13日，晚膳的時候，他仍然自信滿滿，根本沒有想到發動戰役的問題。突然有人來報，幾隊議會騎兵正在襲擾他的殿後部隊。克倫威爾來到議會軍中，已經有幾個鐘頭了。國王立刻開作戰會議。快到半夜時，雖有幾個軍官反對，苦勸等候援軍，魯珀特親王卻不聽，授意大家立刻回師，向敵軍進攻。
翌日清晨，兩軍在北安普頓西北的納西比相遇。破曉時分，國王的軍隊列陣於稍高的地方，處於優勢地位。偵察議會軍情的哨兵去了兩個鐘頭才回來，報告說沒有看見敵軍。魯珀特親王不耐煩，自己帶了幾營騎兵去前哨觀察。他才走了一英里半，敵軍的前鋒就出現了，大隊人馬面向保王軍湧來。親王在慌亂之中，誤認為敵軍正在退卻，他就衝向前，打發人去請國王趕快來同他會師，以免敵軍逃掉。快到10點鐘時，後面的保王軍趕到了，因為前進得太迅猛，行列有點亂。魯珀特統領騎兵右翼，立刻衝擊議會軍的左翼，左翼由艾爾頓指揮（他在不久以後成為克倫威爾的女婿）；幾乎同時，居右翼地位的克倫威爾騎兵，正攻打國王的左翼，這是由北方幾郡的騎兵所構成，歸馬默杜克·蘭代爾爵士指揮；緊接在後面居中的兩隊步兵，一隊由費爾法克斯與斯基龐率領，一隊是國王親自統帥，兩軍立刻交鋒。戰爭爆發以來，還從沒有過這樣迅速變為全面苦戰的場面，兩軍幾乎勢均力敵。保王黨軍隊陶醉在無根據的自信之中，在陣前高呼「瑪麗王后」；議會軍則帶著堅定的信仰，一面進軍，一面高唱「上帝和我們在一起！」魯珀特同過去一樣，開戰時總是先取得勝利。艾爾頓的馬隊在一陣酣戰之後被擊破，艾爾頓肩上受傷，大腿也被刺傷，並落入保王黨手中。魯珀特又犯起老毛病，追到敵人的輜重後，他想要擄掠財物，就竭力攻擊那個據點，不料輜重有炮隊保護，反而失去許多時間。克倫威爾就能控制自己和部下，衝入蘭代爾的馬隊以後，留下兩個將官以阻止敵軍的集中，又趕快返回戰場，兩方的步兵正在那裡交戰。這場戰鬥打得更凶。國王親自衝向議會軍，剛開始議會軍大亂，斯基龐受了重傷，費爾法克斯力勸他退出戰場，他卻堅持不肯，繼續命令後備隊向前挺進。有人一刀把費爾法克斯的頭盔打掉，他的衛隊長查爾斯·多伊利看見了，願意獻出自己的頭盔，費爾法克斯卻說道：「沒有頭盔也沒有什麼。」他隨即指著一隊屢攻不退的保王黨步兵說道：「你向他們進攻過麼？」「我攻過兩次，但沒能攻退他們。」「好吧，你攻前面，我攻後面，我們在中間會師。」最終他們果然在潰散的行列中間會師。當克倫威爾帶著他的馬隊勝利歸來時，也正是保王軍向各方節節敗退的時候。查理看到這種情況就要拚命，自己率領唯一一支留作後備軍的衛隊，攻打這個新敵人。號令已經發出，隊伍開始行動，突然蘇格蘭伯爵卡內沃斯騎馬從國王身邊跑過，抓住他的馬韁，粗聲說道：「難道你想死嗎？」說完便將他拉向右轉，離國王最近的保王黨軍隊也莫名其妙地跟著向右轉，別的軍隊也跟著轉。不一會兒工夫，全隊都背向敵人了。保王黨軍開始不過是詫異，後來變作恐懼，潰散在平原上，有的逃走，有的攔阻逃走。查理在一群軍官中喊道：「站住！站住！」但沒有效果，潰散無人能夠攔阻。後來還是魯珀特帶著他的馬隊回到戰場上，才止住潰散。查理軍刀在手，兩眼冒火，滿臉全是絕望神色，向前衝過兩次，很激烈地喊道：「諸位！我們再衝一陣，就可以反敗為勝啦！」但是沒有一人跟著他，步兵向各方分散，拚命逃跑，也有已經被俘的。國王只好帶著約兩千騎兵，向萊斯特跑去，他的槍炮、軍火、輜重、一百多面軍旗、他自己的大旗、五千士兵，還有內閣全數文件，全落到議會手裡。
這次勝利超過了最大膽的希望。費爾法克斯用安靜而平淡的語氣，把勝利報告議會，既不牽涉到政治，又不作任何建議。克倫威爾也寫了信給下議院，他的報捷書最後幾句話說道：「這次勝仗，全是上帝之功，無人能與他分功。將軍堅貞而忠誠地替你們出力，我所能夠給他的最好表彰就是我敢說他完全歸功於上帝，這才是誠實和成功之路。先生，忠實的人們（他指那些狂熱虔敬的獨立派）這次很忠心地為你們出了力，他們是可信賴的，我以上帝名義求你們不要使他們灰心喪志。我願這次戰事可以使所有人產生感謝與謙抑之心。一個人既為國家自由而拚命，也為他的良心自由而信賴上帝，我希望你們也為他所奮鬥的自由而信賴上帝。」
他不過是一名下屬軍官，議會的公僕，卻用這樣的腔調告誡人和獎勵人，有些人就覺得受到了衝撞。但現在正是萬眾騰歡之時，他們的不悅完全起不到作用。當克倫威爾的信到達倫敦那一天（6月16日），貴族們自己投票議決命令克倫威爾再統領軍隊三個月。
保王黨在西面戰場的全線失利
6月20日，上議院議決，應該利用這次大捷向國王提出合理的議和條件；7月28日，蘇格蘭委員們表示同樣的看法。但是下議院議員們卻置之不答，反而要求全體市民到市政廳，準備宣讀從國王行李中找出的文件，特別是國王給王后的信，市民們聽了就可以斷定對於和議談判可以寄托多少信任。7月3日，當眾宣讀這些文件，得到令人大吃一驚的效果。人們這才清楚，國王從來就無意講和，無論他答應什麼，都不會真的履行，實際上他只想憑武力解決問題，其目的仍是為了獨攬大權。儘管他信誓旦旦地宣言過一千次，但實際上仍在和大陸的帝王們談條件，請求各國派兵進入英格蘭對他進行支援。每個市民，在親眼看過這些文件之後，都相信它們確實是國王的筆跡；在市政廳開過會之後，議會公佈了這些文件。
於是人人大怒，主和派不敢出聲了，國王的信用已經掃地。一旦揭穿有人試圖欺騙人民，那麼他的任何解釋和借口都不能再為人民所接受。現在人人都在談論戰爭，徵兵正在加快進行，收稅也很順利，變賣罪犯的田產，全部軍隊都領到軍餉，所有重要市鎮都供給充足軍火。6月20日，費爾法克斯看見無逃軍可追，只好繼續前進，要在西方諸郡內取得勝利；7月2日，蘇格蘭人終於應允前進深入王國內地。
西方諸郡本來是保王黨起事所倚靠的後盾，可局勢現在全改變了。並不是說公共輿論對議會更有好感，而是人心更背離國王。雖然那裡還有國王幾隊人馬，而且幾乎全部市鎮都是他的，但現在負責作戰的將領不再是人民所愛戴的、眾望所歸的那些人，例如哈特福德侯爵、比維爾·格林韋爾爵士、霍普頓勳爵、特裡范寧和斯蘭寧等等。他們都是國王的不謀私利的朋友，其中有幾個已死，其他的人則滿懷憎厭，或被宮廷的陰謀詭計所離間，或成為國王懦弱的犧牲品。現在取代他們的是兩個陰謀家——戈林勳爵和理查德·格林韋爾爵士。他們依附保王黨，並不是出於什麼原則或熱愛，不過是因為以保王黨的名義打仗有機會滿足他們的私慾。戈林有勇氣，為部下所愛戴，可惜他太過魯莽，說話太過驕慢，況且他的忠誠也靠不住。他最初背叛過國王，隨後又背叛了議會，好像無論什麼時候他都在進行新的反叛。格林韋爾爵士不像戈林那樣違法亂紀，對國內貴族有較大的影響，但為人嚴厲而貪得無厭。他終日為軍隊籌集軍餉，卻不曾招募什麼軍隊，或者籌劃到軍隊的出徵費用，甚至連出征的姿態也沒有做出來。此時的軍隊已不是挺身而出保衛其感情和利益的一個集團。從前的將軍們或許輕浮，然而還是真誠的；或許有些放肆，但還是忠實的。現在的軍隊則不過是烏合之眾，對保王黨的主張毫也不關心，日夜胡作非為，人民無法忍受，國家已經被他們的橫徵暴斂所毀。王儲，或者說王儲的謀臣們，不得已只能任用這種人。他們不是費盡力氣去滿足這些人，就是拚命約束這些人，但兩者都毫無效果。他們有時拚命保護良民以求不受軍人之害，有時又拚命勸人民來參軍以替代這些不良之輩。
人民已不再響應他們的號召，不久還會走得更遠一些。萬千農民聚集起來，自稱為「棒民」（clubmen），武裝自己，足跡遍佈全國。他們沒有黨派之見，也不曾宣佈擁護議會，只想保護自己的鄉村和土地，使它們不受任何人蹂躪。在上一年裡，伍斯特郡和多塞特郡也曾聚集過許多人，他們是被魯珀特親王的暴行所激怒而出來保護地方的。1645年3月間，「棒民」在西方幾郡變成一支永久的、正式的、有組織的軍隊，甚至由幾個鄉紳所統領。其中有些人曾在國王的軍隊中效力，常常擔任保護人民生命和財產的任務，以維持秩序和治安。他們同保王黨及議會雙方的隊伍和駐防軍訂立約定，答應供給他們軍糧，條件是要求他們不許亂搶。這些「棒民」有時還在雙方之間作和事佬，防止相互開火。他們的旗上有一聯詩說道：
「你們若搶走我們的牛羊，
我們就一定跟你們干仗。」
只要保王黨在西方佔優勢，這些「棒民」就團結起來抵抗他們，好像比較傾向於同議會軍聯合。現在若是有人不肯加入他們來剿滅保王黨的話，他們就放火燒屋威嚇這些人。6月2日，六千「棒民」在韋爾斯遞上一份請願書給王儲威爾士親王，訴說戈林的種種不是，王儲命他們解散，他們仍不肯散。7月初，費爾法克斯以西方征服者的身份到來，保王黨受到威嚇，不敢再蹂躪地方。「棒民」立刻掉轉臉來，反對費爾法克斯和他的士兵。但是費爾法克斯手下有一支好軍隊，糧餉充足，軍人既能踴躍聽命，又能恪守紀律。費爾法克斯用溫和手段對待「棒民」，同他們訂立條件，親自參加他們的集會，一面努力備戰，一面答應他們和平。幾天之後，果然結束了戰鬥。7月10日，戈林在索默塞特郡的蘭格波特被敵人突然襲擊，一場大敗，任憑殘餘隊伍自由向各方分散。理查德·格林維爾爵士把元帥的任命書送還王儲，並倨傲地埋怨說，他是被迫自掏腰包打仗的。費爾法克斯到達三星期後，最近才在英格蘭西部自居為主人的保王黨們幾乎全部待在幾處市鎮裡閉關自守，費爾法克斯不久就要圍攻這幾處地方了。
當時所有人都在互相詢問：國王在哪裡，在做什麼？自納西比慘敗以後，國王一直在逃，從這個市鎮逃到那個市鎮，幾乎是馬不停蹄，有時向北奔，有時向西走，目標是要同蒙特羅斯或戈林會合，逃跑方向則根據他的害怕和計劃而改變。他到了赫爾福德就決定要去威爾士，於是派遣魯珀特親王前往布里斯托爾，自己前往拉格蘭堡，這是伍斯特侯爵府邸所在地。他是天主教派的首領，又是英格蘭首富。侯爵三年來一直極力支持國王，他曾借貸過十萬鎊給國王，又自己花錢招募兩團士兵歸他的兒子赫伯特勳爵和格蘭摩根伯爵統領。侯爵雖然年老多病，但仍自己指揮著堡內的一隊強大守兵。他以盛大禮儀迎接國王，召集附近地方的貴族，用宮廷禮節招待他，使逃亡中的國王覺得可以略事喘息，好像他的地位已經恢復似的。有兩個多星期之久，國王忘記了自己的不幸與危險，還有自己的王國，一味享受他久別的君主地位。
在西方吃敗仗的消息，終於讓他從憂患全無的幻夢中驚醒過來。6月28日，蘇格蘭人已從北方攻取卡萊爾，正在向南推進，打算圍攻赫爾福德。他從拉格蘭出發去援救戈林，不料還沒到達塞文河畔，新軍的糟糕情形，軍官們的不和，還有千百種始料未及的困難，令他灰心，就回轉到威爾士。正當他不知道該做什麼的時候，他接到一封信，是魯珀特親王請裡奇蒙公爵轉交國王的。親王認為大勢已去，請他議和，無論什麼條件都要承認。查理一看見他的體面即將喪失，立刻恢復了精神，這是在他的人身安全處於危險中時也未曾有過的。他嚴肅而莊重地拒絕了外甥的提議，決定為自己的宗教、王位和朋友們奮戰到底。為了鼓舞灰心的臣下，他立刻離開威爾士，走過蘇格蘭軍隊駐紮的哈爾福德城下，居然沒有被敵軍看見。他趕快走過希羅普郡、斯塔福德郡、德比郡、諾丁漢郡，平安到達約克郡，號召北方所有忠誠的保王黨一起到蒙特羅斯軍中，他同他們一樣忠誠，而且仍然打著勝仗。
保王黨服從君命，紛紛趕來。三天之內就有將近三千人願為國王出力，可在二十四小時內立刻應召出發。他們現在只等蒙特羅斯的一封信，以便瞭解是在蘇格蘭還是在英格蘭同他會師。他們忽然得到消息，大衛·萊斯利帶領蘇格蘭騎兵解了赫爾福德之圍，現在已經到了羅瑟勒姆，離唐卡斯特不過十英里，正在到處尋找國王。納西比之敗，給保王黨的信心帶來巨大打擊，現在他們的自信已無法抵禦眼前的危險。許多人從唐卡斯特走了，卻無人補缺。即使最勇敢的人，也怕同蒙特羅斯會師為時已晚，他們現在唯一注意的，只是國王的個人安全。查理帶一千五百騎兵離開了，毫無阻攔地在王國中部穿過，路上還打敗過幾支議會部隊，於8月29日回到牛津。現在國王手中只有寥寥可數的士兵，他不知該如何是好。
兩天後，國王得到報告，蒙特羅斯最近在蘇格蘭大勝，已經南下進入低地。8月15日，在古羅馬遺址不遠處，一個名叫基爾塞斯的地方，大敗貝利所統領的盟約派軍隊。這是蒙特羅斯生平第七次也是最光榮的一次勝利。敵軍完全潰散了，附近城邑，如博斯威爾、格拉斯哥甚至愛丁堡，無不大開城門，迎接勝利者。蘇格蘭議會所監禁的保王黨人全部釋放，許多首鼠兩端的人爭先恐後地表示效忠國王。議會領袖們向四方逃走，有往英格蘭的，也有往愛爾蘭的，最後就是匆匆調回圍攻赫爾福特的蘇格蘭騎兵以保衛本國。
查理得到這個振奮的消息後，又重新恢復勇氣。8月31日，他從牛津出發，向前抗擊蘇格蘭軍，至少也要逼它撤出赫爾福德。當他路過拉格蘭的時候，聽說費爾法克斯剛剛開始包圍布列斯托爾。這是國王在西方最重要的城邑，不過這個地方很堅固，而且魯珀特親王答應用最好的駐防軍堅守至少四個月，國王就不怎麼擔心了。當他離赫爾福德還有一天路程時，就聽說蘇格蘭人已經匆匆向北方退走。有人力勸他追趕蘇格蘭人，說他們已經心慌意亂，既疲勞又沒有秩序，所經之地的人民對他們也沒有好感，因此只要頻頻出擊，就能徹底擊垮他們。但查理近日太過勞累，他的體力已難以勝任，他說他必須回救布列斯托爾。於是又回到風景迷人的拉格蘭堡，等待從西方調回來的軍隊，同時在這裡和伍斯特侯爵討論他們兩人正在籌謀的重大秘密計劃。
他一到這個地方，就得到了最出乎意料的消息，魯珀特親王幾乎沒有抵抗就棄布列斯托爾而去（9月11日），而親王並不缺乏堅固堡壘，也不缺少人馬軍糧。查理被嚇呆了，這是他西方戰局的完全毀滅。他寫信給親王，表達自己的痛心和失望，責備親王未能遵守諾言，堅守城池。
同日，他寫信給牛津（親王已退到牛津），命大臣們收回親王的任命狀，觀察他的行動，並免去威廉·萊格上校（親王的密友）的牛津守將之職。倘若發生什麼激變，就拘捕上校，連親王也可拘捕。信後還有附筆說道：「你們告訴我的兒子，我寧願聽說他死了，也不願聽到棄城不守那樣的怯懦行為。」
國王現在只剩一個辦法，就是與蒙特羅斯會師。布列斯托爾既已失陷，那麼他唯一的希望就是愛爾蘭的救兵，但他們只能在切斯特登岸。他在赫爾福德度過了極其絕望的一個星期方才出發，越過威爾士群山，只有這條路，才能避開一支專門觀察國王行動的議會軍。現在還有大約五千人跟隨著他，是威爾士步兵和北方的騎兵。9月24日，他已能望見切斯特了，但議會軍在龍湯荒地趕上了國王的後衛。統領馬默杜克·蘭代爾爵士竭力猛攻，逼使國王的隊伍紛亂後退；圍城的瓊斯上校統領一支隊伍，忽然出現在保王黨軍的後面。國王夾在兩支敵軍中間，眼見他最好的軍官在身邊陣亡，最後只好逃走，完全絕望地回到威爾士。他好像被一個不可逾越的障礙再次阻擋，永遠不能與蒙特羅斯會師了。
其實，在最近十天裡，蒙特羅斯同國王一樣，也在東奔西逃，到處尋覓棲身之地和流散的戰士。9月13日，萊斯利在離邊境不遠的埃特裡克森林中的菲利普豪襲擊了他，那時他的兵力已單薄不堪，無力自衛。無論他怎樣力圖挽回頹勢，手下的高地人仍然紛紛棄他回鄉，以便保住他們擄來的財富。一些貴族或因為妒忌他的戰功，或害怕和他一起失敗，紛紛帶著部下離開。他的軍官們很忠誠地為他出力，他的士兵們很熱心地替他打仗，但他卻未能真心對待他的下屬。況且他的力量只是以勝仗作為基礎，審慎的人日益增多，他們把他看作一顆稍縱即逝的流星。一次敗仗就足夠使他的全部勝利煙消雲散，一夕之間，蘇格蘭的征服者變成一個無恥的歹徒。
查理聽說蒙特羅斯失敗，他放眼四望，心驚膽破，完全不知道希望在何方。現在他連謀臣也寥寥無幾了，最聰明的如卡佩爾勳爵、科爾佩珀、海德等人，已被派去輔助王儲，他的身邊只剩迪格比勳爵一個人。此人還像過去一樣富有冒險精神和自信心，不斷想出導致失敗的計劃。儘管他的熱心出於至誠，但他最注意的還是保持自己的勢力。有一次，國王想退到安格爾西過冬，這是威爾士海邊的一個島，與愛爾蘭靠近，易於堅守。不過大家反對國王棄國而去，都傾向於駐在伍斯特，可是迪格比大大不願意。據說親王棄守布列斯托爾之後，激起國王憤怒並嚴責他這個外甥的就是迪格比。迪格比知道魯珀特積憤未消，肯定會要求面見國王，剖白自己，以報前仇。現在鎮守伍斯特的就是魯珀特的兄弟莫裡斯王子，若是國王駐留伍斯特，魯珀特就更容易得償所願了。在國王可以選擇退居的眾多地方中，唯有紐瓦克最不利於魯珀特，因為他在這裡最難見到國王，哪知國王偏偏決定前往紐瓦克，左右的人都感到十分詫異。
魯珀特親王不久就得到這個消息，他不顧國王的禁令，立刻前往紐瓦克求見國王。查理仍說不願接見他，但是迪格比勳爵仍不放心。這時突然流傳一個消息，說蒙特羅斯反敗為勝，打敗萊斯利，現正在邊界上。國王不再打聽虛實，就同迪格比率領兩千騎兵，第三次嘗試同蒙特羅斯會師。不久他就知道他弄錯了，他們進軍兩天後得知，蒙特羅斯手下並沒有一兵一卒，目前仍在高地上漂泊。國王無奈，只好計劃回紐瓦克，但迪格比打定主意不回該地，以免見到魯珀特，他就勸說國王由自己送援兵去給蒙特羅斯。後來，迪格比帶領一千五百騎兵（幾乎是國王手中全部殘餘軍隊），連日往北行進；查理回到紐瓦克，身邊只剩下三四百騎兵，這就是他的全部人馬，他的寢宮管理者約翰·阿什伯納姆就是他的內閣。
查理一到，就聽說魯珀特在離此九英里的貝爾沃堡，和他兄弟莫裡斯在一起，還有一百二十個軍官作護衛。查理打發人去告訴魯珀特，若沒有他的命令，不許再前進一步，但親王不予理會，許多紐瓦克的駐防軍官及守將理查德·威利斯也前去迎接親王。他到達後沒有通報，就和他的部下直接覲見國王，說道：「陛下，我來報告布利斯托爾失陷情形，要洗刷我所受到的誹謗。」查理十分生氣，又不知怎樣才好，幾乎不搭理他。晚膳的時候，親王的護衛退出，王族們坐下進餐，國王與莫裡斯交談，對魯珀特卻一言不發。翌日，國王允許召集軍事會議，討論一陣之後，發出聲明說親王既非無勇，也非不忠。可無論親王怎樣請求，君主也不肯多說除這兩點以外的其他話了。
這無法使親王和他的部下滿意，他們在紐瓦克逗留，盡情地發洩怒氣。國王設法禁止駐防軍隊人數過多，守城軍只有兩千名，而將、校級軍官卻有二十四名之多，僅是給他們的供應就吸收了本郡的全部獻款。附近地方的鄉紳們，即使最忠於國王的，也痛恨守將威利斯。查理決定將他免職，又想顧及他的面子，便給他安排一個護騎上校的差事。威利斯不肯，聯合兩個親王、傑勒德勳爵以及守城軍的二十個軍官逼問國王。國王大發雷霆，大聲威嚇道：「你走開，不要再走近我。」他們便都匆匆走出去，回到守將家裡，吹號上馬，二百名保王黨騎兵就此離開該鎮。
全體駐防兵，全體居民，趕快對國王表示他們的忠誠和尊敬。到了晚上，一些不滿分子派人來要護照，並求國王不要把他們這種舉動當成反叛。國王說道：「我今天暫且不用這個名稱，但這種舉動看起來確實很像反叛。至於護照，他們要多少就給多少。」正在他心中很不安的時候，又聽說迪格比勳爵帶兵前往蘇格蘭的途中，在捨伯思被一支議會軍打敗（1645年10月中旬）。保王黨軍全散了，沒人知道迪格比往哪裡去了，北方的希望已徹底破滅。紐瓦克現在也不安全了。波因茨的軍隊正開過來，陸續佔據附近的地方，逐漸包圍紐瓦克，國王能否突圍都成為問題。11月3日晚上11點鐘，幾個團的殘餘保王黨軍隊，約四五百人，聚集在市場上；國王出來，指揮著一個騎兵營，從紐瓦克出發，走向回牛津的大路。查理已經剃了鬍子，在他所走的路上原駐有兩小支保王黨守軍，已經得知他的計劃。他日夜行軍，艱難躲過敵軍，11月6日，終於又回到牛津。他以為自己得到解救，因為這裡有他的內閣，他的宮廷，可以用他平常的方式生活，且稍事休息了。
不久，他又開始悶悶不樂了。當他飄遊無定，從這一郡往那一郡，從這個市鎮到那個市鎮的時候，費爾法克斯和克倫威爾已經在西方相繼獲得勝利。不到五個月的時間，他們攻克了布裡奇沃特（7月23日）、巴思（7月29日）、捨伯恩（8月15日）、德維柴斯（9月23日）、溫切斯特（9月28日）、貝辛豪斯（10月14日）、梯弗頓（10月19日）、蒙默思（10月22日）等十五處重要地方。對願意商談的駐軍，他們給予體面的投降條件；遇到不肯遷就的，他們就立刻予以猛擊。有一段時間，「棒民」讓他們不怎麼放心，克倫威爾和他們商量解散，後來卻發現不得不攻打他們。他對他們發動突然而猛烈的進攻，隨機應變，剛柔並濟。8月23日，議會接受克倫威爾的意見，宣佈所有這樣的結合為叛逆，拘捕了其中幾個領袖。軍隊的嚴謹紀律，重新使人民安心，「棒民」不久就不見了。當查理再回牛津的時候，西方保王黨的地位瀕於絕望，11月7日，他寫信給王儲，命他準備渡海前往大陸。
議會軍隊攻克牛津
國王自己並沒有任何計劃，他不知該如何是好。他有時非常痛苦，有時想要尋求休息，以便忘掉自己已完全無能為力的感覺。他請內閣替他想個權宜之計，一件有望取得好效果的辦法。現在別無他法，內閣提議送一封信給議會，要求發出通行護照以便四個人前去商談條件，國王照辦了。
議會此時比過去任何時候都不想講和。一批議員離開議會投效國王之後，剛剛有一百三十名議員進入議會補缺。獨立派急於利用戰場上的勝利，加強在威斯敏斯特的勢力。進行新選舉的時候，他們使出各種手段，一個接一個地任命，而且暴力與奸詐並用。費爾法克斯、勒德洛、艾爾頓、布萊克、西德尼、赫欽森和弗利特伍德等獨立派人士如今都進入議會了。不過，各處的選舉結果也不盡相同。有許多郡所選的人，雖然反對宮廷卻並非宗派主義者，他們是法律、秩序及和平之友。但他們都沒有經驗，彼此之間也沒有聯絡，更沒有領袖。這些議員不太引人注意，也沒有多大影響。補足缺額的第一個效果，就是授予獨立派人士更大的權利，使他們行事更為大膽。從此以後，議會所定的法令更加嚴峻。有人斷定，若國王的委員們駐在倫敦，會製造許多煽動人民的陰謀，於是決定不招待更多的委員，不再談判條件，由議會把他們的諸多建議作成議案，請國王採用或拒絕，就當他仍在白廳一樣按部就班地進行。王儲表示願意在國王與人民之間進行調停，費爾法克斯轉達王儲的信息給議會，他說：「我認為，我們有責任延續這位年輕調解人的希望。」結果他連一封回信也沒得到。克倫威爾統領軍隊的期限快到了，於是再次要求延期四個月，卻不說出什麼理由。之前曾有一條法令規定，在保王黨的財產充公以後，仍可以撥給五分之一贍養其妻子，現在取消了這條法令。在軍營裡，打仗的時候風氣也發生了很大變化。凡在英格蘭俘獲武裝的愛爾蘭人，殺無赦。就是在英吉利人之間，也不再像從前那樣相互容忍、相互禮敬了。最初打仗的時候，儘管彼此兵戎相見，但兩黨人民的教養風俗大致相同，其愛好和平也相同。現在的議會隊伍裡，幾乎只有費爾法克斯仍然保持這種優美的人道主義。他身邊的軍官和士兵們更像一群勇敢善戰的暴發戶，舉止粗野，心腸狠毒，性格猛烈，他們只想打仗，一心把保王黨當作仇敵，要加以消滅。保王黨方面則因為被這樣粗俗的仇敵所挫敗，實在不甘心，只好用越來越帶侮辱色彩的挖苦詞、俏皮話和歌曲來報復，聊以自慰。因此仗打得很厲害，而且有時極其殘忍。議會與蘇格蘭人誤會甚深，一直都抑制著不曾發作，現在也毫無節制地爆發了。蘇格蘭人抱怨說，議會沒有支付他們軍餉；議會訴說，同盟的軍隊為什麼要到處亂搶亂奪，就像敵軍的行為一樣。總之，無論在什麼地方都是越鬧越凶，仇恨越積越深，措施越發殘酷、堅決，不再有達成和平的機會。
國王求和的試探被議會拒絕，談判和約的人也得不到通行證。國王又兩次打發人來求和，仍然沒有效果。議會告訴國王，他的大臣們從前在倫敦所製造的陰謀使議會不能讓他們回來（12月26日）。查理願意親自來威斯敏斯特同議會磋商和約（12月30日），蘇格蘭人也支持這個想法，但議會仍和過去一樣，不讓國王前來議和（1月13日）。1月15日，查理再度要求談和，但他並不指望能夠成功，只是想在主和的人們心中貶低議會信用。但是，國王的仇敵們鄭重宣佈找到了國王玩弄兩面手法的證據。他同愛爾蘭不僅簽署停戰條款，還訂立了同盟條約，格萊摩根伯爵將指揮一萬名愛爾蘭叛軍在切斯特登陸；這種不光彩幫助的代價，就是完全承認天主教徒在愛爾蘭的一切特權。1645年10月17日，斯萊戈城下打過一場小仗，駐圖姆的大主教原是一個叛黨領袖，在戰役中偶然被殺，在他的馬車裡找著一份和約，還有與和約有關的幾封信。兩王國委員會收藏這份文件已有三個月，在這緊要關口送給議會，議會立刻命令予以公佈。
國王完全手足無措了，這的確是事實，而且議會還不知道其中的全部情形呢。查理自己親自談的這些條件，已經快兩年了，他的身邊竟然無人知曉，連他在愛爾蘭的副手奧蒙德侯爵也不知道詳細情形。只有伍斯特侯爵的長子、最近才受封的格萊摩根伯爵知道全部機密，他不停奔走於英格蘭和愛爾蘭之間，傳遞國王與愛爾蘭教皇的重要信件，又秘密與愛爾蘭人談判條件。國王曾親手簽署一件公文，授權他可以放手給予愛爾蘭人任何條件，只要可以取得有效幫助。這就是國王久住拉格蘭堡的原因，也是國王在逆境中猶猶豫豫表示出的神秘希望。
他們幾乎同時在牛津和都柏林聽說倫敦已經知道這個條約。奧蒙德立刻明白，這對國王的奮鬥事業將是多麼嚴重的打擊。1646年1月4日，他立刻命人拘捕格萊摩根，責備他越權給叛黨以超出法律範圍的利益，陷國王於極為不利的境地。格萊摩根始終忠於國王，一言不發，不曾交出有「查理」簽字的秘密指示。1月21日，國王趕快向議會和都柏林的政事會聲明，否認他曾授權格萊摩根，他說格萊摩根只是奉命募兵，協助愛爾蘭總督工作，別無其他任務。但是，這種弄虛作偽已成為一種古老而無用的習慣，沒有人再相信他。幾天後（2月1日），格萊摩根被釋放，又繼續與愛爾蘭軍隊談判到英格蘭的事宜。議會投票議決，說國王自我辯護的理由不充足，同時克倫威爾繼續統領軍隊。查理發現，他只能再次在戰爭中求生存，好像他還有能力繼續打下去似的。
現在他手中只剩下兩支人馬：一支在康沃爾，由霍普頓勳爵統領；一支在威爾士邊界，由阿斯特利勳爵統率。
1月中旬，威爾士親王勸霍普頓勳爵重新統領西方的殘餘軍隊，他雖不大願意，但仍表示忠於王儲，於是統領七八千人的部隊。不久，他就被部下的士兵所鄙視，正如他憎恨士兵們的橫行不法一樣。費爾法克斯此時仍在忙於征服西部各地，不久就來攻打他們。2月16日，霍普頓在康沃爾邊界的托林頓地方打了一個敗仗，雖然不算多麼慘烈的血戰，卻是一場不小的災難。當他從這個市鎮退到那個市鎮時，曾嘗試招募新兵，卻沒有效果。費爾法克斯向他這邊進軍，越逼越緊。霍普頓帶著一小隊至今仍忠於他的人馬，不久就被逼到地角。他在特魯羅聽說本地人因為厭戰，正在籌劃逮捕王儲獻給議會，以結束戰爭。王儲已到了不能不走的時候，於是帶著他的謀臣們登舟，退到仍在英格蘭領土內的錫利島，從那裡還可以看見海岸。霍普頓放下心來，本想再打一場，但他的部下們大嚷大叫，要求投降。費爾法克斯給出體面的條件，他的軍官們一再逼迫，他只好說道：「既是這樣，你們只管商量投降，卻不要代我談判。」他與卡佩爾勳爵都沒有參與投降事宜。簽完條款之後，軍隊就解散了，這些貴族們登舟，到錫利島和王儲會合。國王現在在西方只有少數幾處無足輕重的守軍了。
阿斯特利勳爵所遭遇的命運同樣不佳。他率領三千人在伍斯特，國王命他帶兵來牛津，自己領著一千五百騎前去迎他。他想召集足夠的人馬，等候愛爾蘭援兵，現在他仍然期待著那支援兵。不料在他們會師以前（3月22日），阿斯特利已被威廉·布裡爾頓爵士和摩根上校統領的一支議會軍追上，保王黨大敗，陣亡及被俘的有一千八百人，其餘全數潰散了。阿斯特利在拚命抵抗之後，仍然落入敵人手中。
事實上，查理剩下的唯一希望就是仇敵們發生內訌。他趕緊嘗試挑動他們。在拚命聯絡幾個長老會領袖的同時，他早已同獨立派有密信往來，尤其是對哈里·文，不但表現出異常的熱心，而且陰謀不斷。國務大臣尼古拉斯曾寫信與哈里·文，求他設法使國王到倫敦來，親自同議會談判條件。哈里·文是怎樣答覆這封信的，無人知道，但阿斯特利失敗之後，國王又親自寫信給他，讓他幫助自己回到倫敦；同時又寫信給議會，表示願意遣散他的全部隊伍，打開他的駐防軍所在地方的城門，而他則仍舊回到白廳居住（3月23日）。
議會得到這個建議，又聽說國王或許不等回信就會自己來倫敦，就十分驚慌。大家都知道一旦國王回到白廳，本城鬧事作亂的對象就不再是國王了。人們一致打定主意，不能再任由國王擺佈。於是下令，國王若來倫敦，不許人們前去迎接，不許人們走近他；管理民團的委員會奉命阻止任何公共集會，拘捕所有與國王同來的人，並防止人民成群結隊去見國王；凡是天主教徒、保王黨、免職的軍官、受雇替人打仗的士兵、反對過議會的人，一律奉命在三天之內離開倫敦（3月31日到4月3日）。最後就是成立一個軍事法庭，凡是直接或間接與國王有往來的，凡是沒有護照而從國王的軍營或市鎮前來的，凡是收留或隱藏議會反對者的，凡是有意放走俘虜的，殺無赦。自從有議會法令以來，還從來沒有施行過這樣嚴酷的措施。
哈里·文沒有回復國王的信，即使答覆，也沒有效果。
當時費爾法克斯的部隊正全力前進，準備圍攻牛津，雷恩斯巴勒上校及其他兩團人馬已駐紮在牛津附近的地方。國王同雷恩斯巴勒談判條件，只要上校承諾立刻領他到議會，他就把自己交給他。雷恩斯巴勒拒絕了這樣的條件。再等幾天，封鎖就能夠完成，無論圍困多長時間，結果都是萬無一失的。國王一定會落在他的仇敵們手中，成為戰俘。
只有一處可以藏身的地方了，就是蘇格蘭人的軍營。最近兩個月裡，法蘭西公使蒙特利爾先生已經在努力替他尋找最後的避難所。公使最初被駐在倫敦的蘇格蘭委員們拒絕；他也去過愛丁堡，知道蘇格蘭議會不會答應；最後他同圍攻紐瓦克的幾個軍隊長官談話，他們傾向於同意。他就認為自己有充足的理由，可以用法蘭西國王的名義，向查理作出允諾（4月1日），說蘇格蘭人願將他作為他們的法定國王招待，願保護他和他的親族免受危險，甚至還願竭力同他合作，奠定和平。但是，蘇格蘭軍官們的猶豫（他們雖願意救護國王，卻不願同議會衝突），不久就使蒙特利爾明白自己太過相信蘇格蘭人了，他趕快打發人去牛津，說明他的錯誤。不過時間緊迫，查理已經顧不了許多了，王后也力勸他信任蘇格蘭軍隊。在後來幾次商議中，軍官們曾對蒙特利爾作出一些許諾。蒙特利爾告訴國王，這是危險的選擇，若仍有別處可以安身，最好還是先往別處躲藏；若不能找著別的藏身之地，蘇格蘭軍中暫時也是安全的。
無論如何，查理不能再等在這個地方了，費爾法克斯已經到達紐伯裡，三天之內就可以完全包圍牛津。4月27日半夜，國王只帶阿什伯納姆和赫德森博士出逃，博士熟悉路徑，國王騎馬，扮作阿什伯納姆的僕人，背著三人的行李，離開牛津。因為要給所有的監視人造成假象，三人同時分別從不同的門出城。國王走在通往倫敦的大路上，到哈羅山時，望見了自己的都城。他站在那裡思考著，自己是否應該突然出現在倫敦市，重回白廳，那裡的人心最近對他頗有好感，比較趨向於他。但是此人最不善於在千鈞一髮時作出大膽的決定，這是因為他的心神不夠鎮定，特別是害怕因此損害國王的尊榮。猶豫幾個小時後，他從倫敦方向掉過頭來，往北前進，走得很慢，好像還沒有打定主意似的。國王轉向東方幾郡，從這個市鎮到那個市鎮，從這個堡壘到那個堡壘，不斷改變裝束，到處打聽蒙特羅斯伯爵的消息，他仍然很想到他那裡去。但這件事未免太過麻煩，又使他很不耐煩。最終，蒙特利爾替他在蘇格蘭軍營中找到一個雖然不太舒服卻還算安全的棲身之所。查理最後打定主意，一半是出於自己的選擇，一半也因為實在疲勞不堪。5月5日，在他離開牛津後的第九天，蒙特利爾帶領他進入克爾罕姆，這是蘇格蘭人的大本營。
利文伯爵和他的軍官們看見國王，就裝出十分驚詫的神色，立刻把國王到達的消息告訴議會的委員們，又發出緊急文書告訴愛丁堡和倫敦。軍官們和士兵們對國王深表敬意；但是到了晚上，在向他表示崇敬的借口之下，在他門口安置了牢固的警衛。因此，當查理想摸清自己所處的地位，試圖頒發當晚的口令時，利文伯爵說道：「請陛下原諒，我是這裡年資最高的軍人，陛下還是讓我執行那個責任吧！」