然而，世界還經歷了一場比政治和工業革命更深刻、更重大的變革。在飽受幾百年的壓迫和迫害之後，科學家們終於獲得了自由。現在，他們試圖發現統治宇宙的基本規律
埃及人、巴比倫人、迦勒底人、希臘人、羅馬人，他們都曾對早期科學的模糊觀念及科學研究作出過自己的貢獻。可4世紀的大遷徙摧毀了環地中海地區的古典世界，當時的基督教排斥人類的肉體，它們更加看重人類的靈魂，把科學看作是人類妄自尊大的表現形式。因為教會認為它試圖窺探屬於全能上帝領域內的神聖事務，因此科學與《聖經》宣告的7種死罪是緊密聯繫的。
雖然力量有限，但文藝復興在有限的程度上打破了中世紀的偏見。然而，在16世紀早期，宗教改革運動取代了文藝復興，它對「新文明」的思想充滿了敵意。科學家們如果膽敢逾越《聖經》所劃下的狹隘界線，他們將再度面臨極刑的威脅。
我們的世界到處都是偉大將軍的塑像，他們躍馬揚鞭，率領歡呼的士兵取得光榮的勝利。偶爾，也矗立著一些沉靜而不起眼的大理石碑，默默宣示著某位科學家在此找到了自己的長眠之所。1000年以後，我們對待這兩者的態度可能會截然不同。那一代幸福的孩子們將懂得尊重科學家驚人的勇氣和難以想像的獻身精神。他們是抽像知識領域的先驅和拓荒者，這些知識讓我們現代世界的存在成為可能。
這些科學先驅中的許多人飽受貧困、歧視和侮辱。他們住在破舊的閣樓上，死於陰暗的地牢裡。他們不敢把自己的名字印在著作的封面上，甚至不敢在自己的國家公開自己的研究結果，而是將手稿偷運到阿姆斯特丹或哈勒姆的某家地下印刷所秘密出版。新教教會和天主教會對他們都極端仇視，無數的布道者以他們為矛頭，鼓動教區的人們用暴力去對付這些「異端分子」。
他們偶爾也能在這裡或那裡找到一個避難所。在最具寬容精神的荷蘭，雖然政府對科學研究不屑一顧，但他們不願去干涉別人的思想自由。於是，荷蘭成了自由思想者的一個小型庇護所，法國、英國、德國的哲學家、數學家及物理學家們紛紛來到這裡，享受到短暫的休息，呼吸一下自由的空氣。
在此前的某個章節裡，我曾經告訴過你們13世紀教會曾禁止當時世界上最偉大的天才羅傑·培根發表科學著作，他被迫輟筆多年，否則教會當局就會找他的麻煩。500年以後，偉大的哲學《百科全書》的編寫者們也長期處於法國憲兵不斷的監視之下。又過去了半個世紀，由於公開對《聖經》中所描述的創世故事提出質疑和有力反駁，達爾文在每個教堂的講道壇上都被譴責為人類的公敵。
伽利略
甚至到今天，對那些冒險進入未知科學領域的人們的迫害仍未完全結束。就在我寫這些東西的時候，布萊恩先生正在對群眾大力宣講「達爾文主義的威脅」，並告誡聽眾們去反對這位偉大的英國生物學家的謬論。
不過，所有這些統統是細枝末節。該做的工作還是無一例外地被科學家完成了。並且，科學發現與發明創造最終成了全人類的福祉，儘管這些高瞻遠矚的科學家曾是人們心目中不切實際的理想主義者。
在17世紀，科學家們依然喜歡研究遙遠的宇宙，開始著手研究地球和太陽系的關係。即便如此，教會仍然反對這種不正當的好奇心。第一個證明太陽是宇宙中心的哥白尼直到臨死前才敢發表他的著作。伽利略的一生大部分時間生活在教會的監視之下，但他堅持不懈地運用自己的小望遠鏡觀察星空，為伊薩克·牛頓提供了大量的實際觀察數據。這位英國數學家日後發現了所有物體下落時的有趣規律，也就是後來有名的萬有引力定律，伽利略的數據提供了巨大的幫助。
哲學家
這一定律的發現至少在一段時期內減弱了人們對天體的興趣，他們開始轉而研究我們居住的地球。17世紀後半葉，安東尼·范·利文霍克發明了便於操作的顯微鏡（一個奇特笨重的小東西），這方便人們研究導致人類患上多種疾病的「微」生物，同時為「細菌學」奠定了堅實的基礎。多虧有這門科學，在19世紀的最後40年裡，人們陸續發現多種引起疾病的微生物，從而挽救了許多的患者。顯微鏡還使得地理學家能夠仔細研究不同的岩石和從地層深處挖掘出來的生物化石（史前動植物的遺體）。這些研究證明，地球遠比《創世紀》中所描述的要古老得多。1830年，查理·萊爾爵士發表了他的《地質學原理》，否認了《聖經》講述的創世紀的故事，還詳細描述了地球發展演化的進程。
與此同時，拉普拉斯（法國天文學家、數學家）正在研究一種有關宇宙形成的新理論，這種理論把地球說成是形成行星系的浩瀚的星雲海洋中的一朵小浪花。此外，還有邦森與基希霍夫在透過分光鏡觀測我們的好鄰居太陽的化學構成，而首先發現太陽黑子的人是伽利略。
同時，在與天主教和新教教會進行過一場艱苦卓絕的鬥爭後，解剖學家與生理學家最終獲得了許可，可以解剖屍體。他們終於能夠以對於我們的身體器官及特性的正確知識來取代中世紀江湖醫生的胡亂猜測了。
自人類第一次遙望星空，思索為什麼星星會在天上出現，幾十萬年的時間已經過去了。然而在不到一代人的時間裡（從1810年到1840年），科學的各個領域所取得的進步超過了此前的幾十萬年。對於那些在舊式教育下長大的人們來說，這一定是一個非常可悲的時代。我們可以理解他們為什麼忌恨拉馬克和達爾文等人。雖然這二人並未明確宣告，人類是「猴子的後裔」（這曾是對我們的祖輩進行人身攻擊的最好、最有力和武器），可他們確實暗示了驕傲的人類是由長長的一系列祖先進化而來，其家族的源頭可以追溯到我們行星的最早的生物——水母。
19世紀的富有的中產階級建立起自己充滿尊嚴的世界。他們欣然使用著煤氣、電燈，接受偉大科學發現所帶來的全部實用成果。可那些純粹的研究者，那些致力於「科學理論」（沒有這些理論，就沒有任何進步）的人們仍然得不到信任。直到今天，他們的貢獻才最終被承認。如今，那些過去將財富用於修建教堂的富人們開始修建大型實驗室。在這些寂靜的戰場裡面，一些沉默寡言的人們正在與人類隱蔽的敵人進行著殊死搏鬥。這些人的精英為未來的人們能享受到更幸福健康的生活，奉獻出了自己的一切甚至生命。
這個世界上的很多的疾病在我們祖先看來是不可避免的「上帝的行為」，而實際上，這些僅僅是由於我們自身的無知與疏忽。今天的每一個兒童都知道，只要注意喝清潔的飲水，就能避免患傷寒症，但是醫生們是在經過長期的努力之後，才使得人們相信這一簡單事實。對口腔內的微生物的研究，使我們有可能預防蛀牙。如果必須拔掉一顆壞牙不可，我們也會滿不在乎地深吸一口長氣，然後高高興興去找牙醫了。1846年，美國報紙報道了利用「乙醚」進行無痛手術的消息以後，歐洲的很多人都不相信。在他們看來，人逃避應該承受的疼痛，此舉近乎對上帝意志的公然違背。此後又經過了很長時間，在外科手術中使用乙醚和氯仿才被普遍接受。
可追求進步的戰役還是勝利了。偏見之牆上的裂縫越來越大。隨著時間的流逝，古代的愚昧之石終於坍塌，急於追求新生活的人們勇往直前。可突然之間，他們發現自己面前又橫亙著一道新的障礙。在舊時代的廢墟中，另一座反動堡壘矗立了起來。為摧毀這最後一道防線，無數人獻出了寶貴的生命。