馮蘅出嫁時不過十七歲，夫妻恩愛，轉眼過了三年。三年來，行遍五湖，良辰美景無一錯過，年少心願得償。島上眾弟子漸已成材，在江湖上都闖下了一些威名，桃花島自是無人膽敢小覷。
這一日馮蘅與黃藥師對坐試劍亭內，馮蘅望這蒼茫大海呆呆出神，心中思忖：「三年來我們歡好如初，我不會武功，而天下豪客談起東邪黃藥師的傳奇已不能不提我。藥師如此心滿意足，而我知道，我生平從未如此辛勞地去追隨過一個人。他如此精靈古怪，放誕博雅，我須得用盡了心思，讓他時常歡然驚歎，猶如在一片蘅蕪香氣中和我欣喜相逢。三年如夢，終於我看過了年少渴望的種種奇觀，經歷過年少時難以想像的種種奇遇，小心周旋，毫無過失。我的諸般才能和天賦，發掘出來，連我自己也驚訝我居然能應付這些波譎雲詭，藥師得意，旁人讚歎，而我卻開始感到疲倦了。」
馮蘅抬頭看看黃藥師，見他注視著遠方出神，於是垂下頭繼續沉思，忽而想到那天走在江邊，日落時一川暝靄，芳草斜暉，天際懸著半規涼月，驀然發現那些平常生活離我是那麼遙遠，自己曾如此不經意的度過自己的年少歲月，不經意地放棄了輕而易舉的生活，幾年來去品嚐各種各樣的人生，而到頭來，卻開始悵惘。人之生也有涯，而知也無涯，以有涯逐無涯，怠矣。我真的倦怠了。或許我比當年的倚門望海的自己多了些見識，但面對未來，我開始害怕力不從心。藥師是如此精力旺盛，他是我年少時認定的知遇之情，莫逆之交，我對他仍然傾心，依舊鍾情，但是我累了。幸而，我懷孕了。日後，他若想漫遊天下，我也可伴著這個孩子寧靜地生活，在桃花島上守望他的歸帆。
黃藥師忽而察覺馮蘅半晌不言不語，過來伸手摟過嬌妻，探問道：「你在想什麼？」
馮蘅暗歎了一聲，心道難道你真的不明白？舉頭望望天空，不覺間四野陰沉，烏雲蓋地。
就是這時，武眠風慌慌張張跑來，道：「陳師弟和梅師妹一早就不見了，我和曲、陸、馮三位師弟在桃花島找尋半日，卻是找他們不著。海邊小船卻是不見了一艘！」
黃藥師一驚，吼道：「他二人膽敢私自離島！簡直活得不耐煩了。」
馮蘅平日留意二人舉止，此時心中道猜出了八九分，勸道：「大哥有所不知，陳玄風和梅超風相互傾心已久。那日他二人私會曾被我撞見，十分尷尬害怕。想他二人怕黃大哥知道受罰，因此私奔出島。」
黃藥師怒道：「我未必不准他們相好，他們怎敢這樣做？那陳玄風要是撞見歐陽峰可怎麼辦？」想到陳玄風可能找歐陽峰復仇，不禁聯想到《九陰真經》，心中凜然而懼，急闖入內室翻找，那馮蘅默寫的下冊真經卻是不見了！
陳玄風愛慕梅若華不假，自己對報仇一事耿耿於懷，他知道修煉真經上的功夫便可天下無敵，於是偷盜了黃藥師的真經，又花言巧語勸說梅若華跟自己私奔，梅若華害怕師父懲罰，受刑必極盡慘酷，夜裡跟著陳玄風叛逃出島。二人乘小船偷渡到了東面的橫島，再輾轉逃到浙江寧波。二人在荒山中修習「九陰白骨爪」時，湊巧給柯辟邪、柯鎮惡兄弟撞上了。梅超風拜師前在雷峰寺吃過他兄弟苦頭，今日仇人見面，分外眼紅。那柯氏兄弟自師父慧才被黃藥師打死後，四處雲遊學藝，倒是棄惡從善，學得正道大義，頗具俠骨風範，不想今日與梅超風荒山偶遇。梅超風陰慘慘笑道：「我師父在江湖上號稱『東邪』，你柯氏何等樣人敢叫辟邪？當真是不要命了！」四人動起手來，梅超風一人打死飛天神龍柯辟邪，打瞎飛天蝙蝠柯鎮惡。
他夫妻二人秘修陰毒武功，在江湖橫行無忌，為非作歹，卻連累了自己同門師兄弟。那日黃藥師氣得渾身發抖，震怒之下，將武眠風、曲靈風、陸乘風、馮默風腳筋挑斷，一一逐出師門。
馮蘅悄悄命啞奴為四名弟子準備舟楫，親送四人出島。馮蘅安慰道：「藥師一時氣惱，處罰得重了，希望你們不要掛懷，待你師父氣消了，我再勸說他重新把你們收入門牆。」四弟子痛苦流涕，武眠風對桃花島感情最深，想到不知何日能夠重返桃花島，哭得甚是傷心。馮默風年幼，只是哭著不說話。
曲靈風泣道：「我們做弟子的，對師父不忠已是大錯，我們不怪師父責罰。他日我們見到陳師兄、梅師姐，一定勸他們到桃花島負荊請罪。」
陸乘風遠不及曲靈風口氣隨和，恨恨道：「那兩個沒心肝的東西連累了我們，我陸乘風一定將他二人捕來問罪！」
馮蘅見這師兄二人心事各異，心下頗覺無奈，暗自神傷了一回。
馮默風傷勢最輕，忍痛盪舟，駕著小船駛離桃花島。曲靈風倚在船舷上，呆望著灰暗的天空，歎道：「師父的本事才學可謂天下無雙，做弟子的十分敬仰。但我現在還想不通，師父的為人到底是成功還是失敗。」
武眠風、陸乘風疼痛鑽心，面露苦楚，根本沒注意他在說什麼，馮默風倒還清醒，輕「啊」了一聲，似在徵詢，卻又全然不解其中深意，繼續轉頭擺渡。
曲靈風心潮起伏，想了很多，很古的接輿髡首，桑扈裸行，到不事合作特立獨行偃仰嘯歌的竹林七賢，乃至屈原、陶淵明……這些人內心深處與師父都是一脈相通的，「世人睥睨我自笑」。這些人也許脾氣古怪，偏激狂放，灑脫狷介，究其根本無外內心深處睥睨世俗，無外是個看破紅塵的時代的清醒者。他們的內心是苦悶孤獨的，這種叛逆者多半要面對有心作為，無力回天的無奈。曲靈風想著想著，不禁又是一聲喟歎，喃喃道：「我覺得師父永遠與世無爭地，應該像陶潛、七賢那樣在山水中慢慢死去，或者象屈原那樣絕望自殺死去。這種人注定不會顯貴，甚至注定要清瘦。以師父的技智，倘若積極入世，不知要造福多少百姓，可他偏偏不去改變這個他看不慣的世界……」
連日來，無論馮蘅如何婉轉逢迎，也見不到黃藥師的笑顏。馮蘅想不到一冊經書將事情鬧到這步田地，也是無比難過，含淚苦勸，黃藥師哪裡聽得進去？明知眾弟子已離桃花島而去，黃藥師依舊把眾弟子大罵了數日。
馮蘅見丈夫連日來始終悶悶不樂，若無其事地說道：「藥師，我再把《九陰真經》默寫給你吧！」
黃藥師聽到妻子這般承諾，心頭一喜，眼中霎時映出光芒，緊緊握住馮蘅的纖手。
馮蘅頓覺一陣寒意襲上脊背，而面目仍然習慣的微笑著，好讓丈夫心平氣和。
黃藥師微覺異樣，旋即知她實為安慰自己，不免擔心道：「你已有孕八月，不宜勞累。何況那經書在阿蘅腦中也忘記得差不多了吧。」
馮蘅道：「再等些時日，恐怕忘得更多。就讓阿蘅再試試吧。」於是又鋪開紙張，提筆寫字。她對經文的含義本來毫不明白，當日一時硬記，默了下來，到如今卻已事隔三年，怎麼還記得起？馮蘅愛極了丈夫，不忍拂了他意，冥思苦想，晝夜不息，她不能讓丈夫失望，不敢讓丈夫失望，害怕讓丈夫失望。
馮蘅連日來默默不響，用心寫書，苦苦思索了幾天幾晚，最終只寫下了七八千字，卻都是前後不能連貫。
馮蘅放下紙筆，慢慢研著墨，直如研著自己的生命，硯中倒映著一張蒼白的臉，發覺自己竟然如此倉促的老去，如此倉促的耗盡了生命。
一陣眩暈襲來……
馮蘅閉上眼睛，竟然覺得些許輕鬆。從今以後，我又能歸於寧靜而長久的棲居，我的心力已盡……心思又回到那個空靈的境界，這個聰慧而蓬勃的男子耗盡我的生命，跟著他疾雷震山，飄風過海是我心甘情願，我能報答他的，也無非是這短短的三年！這是我瞬息零落的剎那芳華。我終究累了，我想睡去，一暝不覺。我不再努力去記誦那茫然的經文，為著他的心願，我竟然也死在這我並不知曉的武林秘籍之上！年少時自己曾不屑於尋常巷陌的夫妻之情，一心一意念著白首如新的神仙眷侶。直到今日我方信了這高山流水終不如柴米油鹽耗得長久。我也曾以為我能相伴藥師數年便可心滿意足，可今日鬆了手將離去，卻陡然羨慕起那兒女燈前的尋常夫妻。可是藥師，他肯和我做得這般尋常夫妻麼？這是我自己擇的夫婿，自己擇的命運。上天讓我償了心願，也收走了代價，只是我從前並不知道代價會如此高昂。我不在意自己的生死，可是我沒有預見，我因此竟無法撫養我的孩子。
劇痛襲來，馮蘅努力換了一種對胎兒有利的姿勢，忽而聞到窗外那株剛剛開放的木芙蓉的香味，和初秋清晨涼爽的風露拂進窗柃，心中一片安寧。
黃藥師聽到馮蘅呼喚，大步進來，萬沒料到馮蘅心智耗竭，竟而流產，待她生下了一個女嬰，她自己可也到了油盡燈枯之境。黃藥師深責自己不太知道婦科的禁忌，不該太相信妻子，一時只顧歎息不知如何是好。任憑黃藥師智計絕世，醫書高超，卻無計可施，終至藥石無靈，眼看救不了愛妻的性命。
黃藥師見馮蘅氣息越來越弱，眼看救治不活，不由悔恨不已。彌留之際，馮蘅拉住黃藥師的手，問道：「咱們的孩子好嗎？」
黃藥師忽見她神智清明，問自己話，顯然迴光返照，滿眼都是淚水，於是輕聲應道：「是個女孩兒，長得像你。」
馮蘅大感安慰，道：「還沒給女兒起名字吧？」
黃藥師道：「阿蘅最會起名，還是阿蘅來取吧。」
馮蘅道：「我在芙蓉軒裡聞著木芙蓉的花香生下她，就叫蓉兒吧。」
黃藥師喜道：「好好，就叫黃蓉。」
馮蘅又道：「我沒有能為你辦好最後一件事，對不起。我要讓你多多保重，自尋快樂度過餘生……」
黃藥師喉頭哽咽，再也說不上話來。
「當女兒長大成人，一定不要嫁給一個太聰明的男子。她會一身安康，享盡天年。」馮蘅一字一頓道，「阿蘅活不成了，最是放不下你們父女兩個……」
話未說完，雙目一閉，兩行淚水滴了下來……
黃藥師痛不欲聲，衝到屋外，直把頭往樹上撞，桃花舞落，天昏地暗，何似人間！
二十多年後，黃蓉嫁與笨俠郭靖，在桃花島芙蓉軒生下一女，想起父親講述當日之事，深念為母之苦，便將女兒起名芙兒。
數日來，黃藥師形如枯木，兀自在馮蘅靈前呆坐，饒他足智多謀，千算萬算，卻算不出馮蘅累死這一步，忍看愛妻慘死，萬念俱灰，心智頗為失常。當初華山之上，馮蘅將自己藥昏讓王重陽獨得經書，實是高瞻遠矚、先見之明。岳門三煞得經慘死，王重陽得經立死，今日馮蘅得經亦死。難怪當初黃裳前輩將經書緊鎖廬山簡寂觀，斥為邪魔，實是一番苦心。如果自己當初不貪心，馮蘅未必就死，桃花島也不至如此敗落，思想起來，悔恨不已。
這日間，忽聽老頑童在屋外大呼小叫：「黃老邪，你出來，快把老頑童的真經還我！不然我把桃花島掀個底朝天！」黃藥師立時勃然大怒，心中所想，俱是這周伯通若不把經書帶到島上來，阿蘅不能累死，心頭十分惱恨。
周伯通並不知黃藥師新近喪妻，施施然走進來，指責道：「江湖盛傳說桃花島門下黑風雙煞得了《九陰真經》，練就了幾種經中所載的精妙武功，到處為非作歹。」
黃藥師知騙他不過，惡道：「伯通，黃藥師素來說一是一。我說過絕不向你的經書瞟上一眼，我幾時瞧過了？桃花島的《九陰真經》，是內人筆錄的，可不是你的經書。」
周伯通早已經打聽清楚才來找黃藥師算帳，不想今日黃藥師依舊強辭奪理，大發脾氣，叫道：「我老頑童要找嫂夫人出來評評理。」
黃藥師一臉苦笑，道：「你不見這裡供著內子的靈位？」
周伯通進來就見他悶悶不樂，一聽此言，不由「啊」了一聲，自己也萬沒想到馮蘅二十歲就短命死去，抬頭見供桌上果然放著「桃花島女主馮氏靈位」，白花白幡，淒慘肅穆，於是點了三支香，在她靈位前恭敬行了三個禮。黃藥師肅立一旁恭敬還禮。
周伯通把香插好，跪在地下蒲團之上，捻起幾張黃紙，在長明燈上點燃了，輕放入面前盆中。古來死者為大，周伯通這點倒不犯渾。
只聽黃藥師在一旁冷笑道：「老頑童，你也不必假惺惺了，若不是你炫誇甚麼狗屁真經，阿蘅也不會離我而去！」說著滿臉怒容的盯著周伯通，忽而眼中流下淚來，過了半晌，才把馮蘅的死因說與他聽。
周伯通知他喜怒無常，性子難以琢磨，又見他愛妻逝世，心智失常，總是胡言亂語，怒氣漸消，也不願再跟他計較什麼，笑笑道：「你是習武之人，把夫妻之情瞧得這麼重，也不怕人笑話？」
黃藥師黯然道：「我這位夫人與眾不同。」
周伯通道：「你死了夫人，正好專心練功，若是換了我啊，那正是求之不得！老婆死得越早越好。恭喜，恭喜！」
黃藥師跳了起來，雙眼一翻，道：「你說什麼話！」
周伯通依舊笑道：「我想到甚麼就說甚麼，有甚麼說不得的？黃老邪你做人也真正失敗，你可以逼著江湖上的人參加你的婚典，事實上卻沒有幾個真心的朋友；如今你老婆死掉了，前來弔孝的不是我老頑童一個麼？」
黃老邪怒不可遏，發掌向周伯通劈去，正是「落英神劍掌」的厲害招數，二人就此動上了手。
周伯通終究武功不濟，黃藥師毫不留情面，轉眼把周伯通打得重傷嘔血。
周伯通從沒見他如此憤怒暴虐過，心下大駭，轉身就逃。跑了數里，看見前面有個山洞，想也不想便鑽了進去。那洞口正是昔日死火齋，大魔頭馮致虛曾在裡面石壁上刻下偽「雙手互搏」，害得岳見龍瘋魔，黃藥師心裡深恨之，早把死火齋炸了。房屋坍塌，尚有部分地洞露在外面。
黃藥師對這道路再熟悉不過，知道老頑童畢竟躲在裡面，於是追到洞裡將他暴打一頓，還打斷了周伯通的兩條腿，叫道：「老頑童，你快把《九陰真經》的上卷拿出來，我要火化了祭奠阿蘅！讓阿蘅在地下知道，她苦思不得的經書到底寫的什麼。」
周伯通嘴裡不服，叫道：「只要你一用強搶奪，我就把經書毀了。」
黃藥師哈哈笑道：「我不信制服不了你！量你也逃不出桃花島，我總有法子叫你離開這洞！」說著轉身離去。
周伯通卻不服輸，笑道：「那咱們就試試！」
黃藥師以後數日間更是日日來逼，暗中卻也派啞僕送給他飯食吃。周伯通知他理虧，心志彌堅，把經書藏在洞內，自己坐在洞口守住，始終不與黃藥師《九陰真經》，二人一耗就是一個多月光景。
這一個月間，黃藥師曾經親赴雁蕩山至一真人處找尋起死回生回生之方。至一真人是自己昔年鐵衣教部下蕭洞玄、杜夢乾的師父。黃藥師與他敘了一段舊，將自己心愛的一枝方竹杖送與至一真人求他救馮蘅活命。方竹杖產於巴蜀，是他自己婚典之時，段智興送的賀禮，十分珍貴。至一真人微笑著答允，即轉入後廳。
黃藥師在觀中左等又等，始終不見他跟自己到桃花島救人，闖進去一看，豈知那至一真人已將方竹刮成渾圓，正塗紅漆。黃藥師暗想，送他金魚，難免湯鑊，至一道長醫名雖盛，實無起死回生之能。
惱恨之餘，萬念俱焚，黃藥師殺死至一，返回桃花島，只用二十幾日便指揮手下啞僕打造出一艘大船。
原來他見愛妻身死，痛苦萬狀，了無生趣，一意便要以死相殉。他自知武功深湛，上吊服毒，一時都不得便死，死了之後，屍身又不免受島上啞僕糟蹋，於是打造了這艘花船，以殉全家共同出海赴死之念。