井上馨走馬上任的第一要務就是確立貨幣本位，這正是金融高邊疆的最重要的基石。可見井上馨的眼光相當了得，一眼就看出了財政金融問題的要害。
他面臨的現實困境就是貨幣混亂。自德川幕府以來，日本的貨幣就在不斷貶值，貨幣本位極不穩定。到1869年，日本市場上共有11種金幣流通，占金屬貨幣流通量的54%，7種銀幣占42%，另外還有6種銅錢，各自藩鎮還發行了五花八門的紙幣，簡直就是一個貨幣的春秋戰國時代。【6】當時，主管日本財政的大久保利通，乃至整個新政府的主要頭腦們，基本都沒有現代國家的財政金融知識。一開始，大夥兒都認為應該實行銀本位，本來銀子在日本就是主要流通貨幣。因此政府在1868年2月，宣佈白銀為主要流通貨幣，在通商口岸接受墨西哥銀元為支付手段。但此時遠在美國考察銀行制度的伊籐博文發來信件，認為應該採用金本位：「奧地利、荷蘭和其他一些仍在實行銀本位的國家，可能是由於轉換舊貨幣體制的難度太大。如果他們能夠重新選擇貨幣本位的話，毫無疑問，他們都會選擇金本位。所以對於日本來說，明智的選擇是跟隨西方的主流傾向。如果日本建立金本位，白銀仍然可以作為輔幣進行補充。」【7】大家本來對這個問題就稀里糊塗，既然伊籐博文正在美國考察銀行業，勢必代表著西方最新的思想，因此大夥兒很容易就統一了金本位的思想。同時進行了「廢兩改元」，以後的日本貨幣被稱為日元。這比中國早了70多年。
明治新政府成立當年，就立刻派伊籐博文到美國考察銀行體系，可見日本對金融問題的高度敏感，遠非大清帝國所能比擬。其實，伊籐博文也並不精通金融事務，他只是在美國實地瞭解了一些當地銀行業的基本框架，根本來不及消化和吸收。他力主模仿美國的國家銀行體繫在日本進行複製，結果是轟轟烈烈的國家銀行運動所創造出的153家銀行，到19世紀末全部改制為普通商業銀行或私人銀行。
但就金本位而言，伊籐博文的確判斷力不俗。日本在不經意之間，站到了大英帝國的一邊，屬於站對了立場。不過由於日本當時黃金稀缺，白銀仍是主要流通貨幣，真正實現金本位被推遲到1897年。當大清甲午戰敗的2.3億兩白銀賠款，從英格蘭銀行以英鎊的形式，付給了日本橫濱正金銀行的倫敦分行，在扣除53%的英國戰爭借款和軍火購買之後，剩餘的錢分別購買了英國國債和陸續換成黃金，分批運回日本，成為金本位建立的家底。
井上馨要推行財政金融新政，手上又沒錢，自然要和日本最大的金主三井家族打交道，雙方關係很快打得火熱。由於三井為新政府的建立立下了汗馬功勞，論功行賞也要大大褒獎，更何況以後要求三井的地方多了，於是井上馨將經理國庫的肥差交給了三井。不過為了以示公平，三井還要與另外兩家老錢莊分享這塊大蛋糕。
1871年，日本國家造幣廠開始鑄新幣時，三井馬上又得到了政府特許代理人的美差，負責將全國流通的所有舊幣回收，然後推廣新貨幣。
井上馨畢竟留過洋見過世面，他強烈建議三井家族將傳統落伍的錢莊票號，轉變為歐美現代銀行。當三井反應過來銀行可以發行自己的鈔票時，立刻明白了中間的巨大利益。以75%的儲備金來發行鈔票，多發的部分不就是空手套白狼嗎？三井終於悟出了銀行信用貨幣可以放大的秘密。這樣的好事豈能放過，三井立刻向政府申請150萬～200萬日元鈔票的發行權，而且要具備國家法幣的效力。三井夢想著成為「日本的英格蘭銀行」！
1871年7月，三井遞上開辦銀行的牌照申請。這是日本有史以來第一個銀行牌照申請。8月，財政部的批文就下來了，其中還包括井上馨提交內閣批准的時間，效率奇高。更妙的是，政府在美國已經印好的鈔票將立刻轉交三井，由三井直接發行，連印刷都省了。
三井正在狂喜之中，不好的消息卻傳來了。由於伊籐博文的建議，政府突然改變了主意，要學美國建立國家銀行體系。所謂國家銀行並非官辦銀行，而是具有發鈔權力的股份制銀行。但是，三井偏好家族能完全控制的私人銀行體制，對和別人合作沒有太大興趣。井上馨為了補償三井，將680萬日元的財政券和250萬殖民券的發行生意，交由三井來做。這兩種政府券都是號稱可兌換金幣的鈔票，但由於日本根本沒有這麼多的黃金而無法兌現。三井雖然也賺了不少，但仍然對能夠發鈔票的銀行這一巨大的誘惑朝思暮想。【8】在井上馨反覆做工作的情況下，三井不情願地同意與兩家老錢莊合資，建立了第一國立銀行，主要負責經理國庫。這可是筆巨大的買賣，所有國家財政收入都要經過它的手，相當於得到了一筆天文數字的資金沉澱，放貸也好，投資也罷，三井的資金實力變得超級雄厚。美中不足的是，這麼大的好處居然要和別人分享。
消滅對手的機會終於來到了。
日本財政部「突然」意識到，國家的錢都存放在股份制的第一國立銀行不一定靠譜，準備搞一次突擊檢查，看看這三家主要股東是不是有足夠的資本。由於井上馨的通風報信，三井提前做好了資金準備，而另外兩家則立刻露出了馬腳。由於無法拿出足夠的現金，被政府強制關了門。
在井上馨的幫助下，三井終於獨霸了第一國立銀行的國庫經理大權。
難怪在日本政壇上，井上馨的外號就是「三井的大掌櫃」。