明清時期是中國封建社會的後期。統治階級提倡孔孟正統的程朱理學，同時利用佛、道兩教的思想，在一部分士大夫和知識分於中有的棄士為醫，有的轉儒從醫，又有很多醫家非常重視實踐，勇於創新，先後出現了很多著名養生學家，進一步豐富和完善了中醫養生學的內容，並使養生學得到更大範圍的發展。在這一時期，中醫養生保健專著的撰輯和出版是養生學史的鼎盛時期。從明代到新中國建立前夕的580多年中所出版和刊行的養生類著作比明清以前2200多年間所發行的總量還要多，其發展之迅速和傳播之廣泛，在歷史上是空前的。另外，從十四世紀末至十九世紀上半葉期間，由於中外交通的發展，中外醫學交流活動亦日益頻繁，有養生專著被譯成外文出版發行，西方醫藥學傳到中國的也空前增多，這對世界醫學和我國的醫學和養生學的發展，都有一定促進作用。
一、養生重「命門」和治形寶精說
至明代，隨著命門學說的發展，產生了以趙獻可、張景岳為代表的溫補派，他們反對濫用寒涼藥物主張用溫補藥物峻補命門。如趙獻可認為命門真火乃人身之寶，並說：「吾有一譬焉，譬之元霄鰲山之走馬燈，拜者、舞者、飛者、走者，無一不具，其中間惟是一火耳。火旺則動速，火微則動緩，火熄則寂然不動，而拜者、舞者、飛者、走者，軀殼未嘗不存也」（《醫貫·內經十二官論》）。此主張養生及治病，均以保養真火為要。
張景岳提出「陽強則壽，陽衰則夭」（《景岳全書·傳忠錄》）的論點，指出：「欲知所以生死者，須察乎陽，親陽者，察其衰與不衰；欲知所以存亡者，須察乎陰，察陰者，察其壞與不壞，此保生之本法也」。其重視命門，在理論上較趙獻可全面。張氏認為陽氣陰精之根本皆在命門，「命門主乎兩腎，而兩腎皆屬於命門。故命門者為水火之府，為陰陽之宅，為精氣之海，為死生之竇，若命門虧損，則五臟六府皆失所恃，而陰陽病變無所不至」，「即如陰勝於下者，原非陰盛，以命門之火衰也；陽勝於標者，原非陽盛，以命門水虧也。水虧其源，則陰虛之病疊出；火衰其本，則陽虛之證迭生」（《類經附翼·求證錄》），故他特別注重用甘溫固本法預防疾病。這對當時那種濫用寒涼，敗胃傷陽，致成時弊的情況下，是有重要意義的。與此同時，張景岳還辨證地闡述了形與神，形與生命的關係，明確提出養生之要在於治形寶精的主張。張氏所論之形，實指精血而言。他認為形賴精血為養，養精血即所以養形。明確提出：「善養生者，必寶其精」（《類經·攝生類》），指出了節欲保精的重要性。另外，張氏又鮮明地提出了「中年修理」以求振興的卓越見解。中年時期是人體由盛而衰的轉折時期，這種強調中年調養，求復振興的思想，對於防止早衰，預防老年病，具有積極的意義。
二、綜合調養發展了養生方法
明清時期的養生家對於養生理論的認識，都有了進一步的深化。儘管在精氣神的保養上各有側重，但都強調全面綜合調理，尤其重視調理方法的研究和闡述。
（一）調養五臟法
李中梓在總結前人經驗的基礎上編著《壽世青編》一書，在調神、飲食、保精等方面提出了養心說、養肝說、養脾說、養肺說、養腎說、為五臟調養的完善做出了一定貢獻。高濂的《遵生八箋》從氣功角度提出了養心坐功法、養肝坐功法、養脾坐功祛、養肺坐功法、養腎坐功法，又對心神調養、四時調攝、起居安樂、飲饌服食及藥物保健等方面做了詳細論述，極大豐富了調養五臟學說。明末醫家汪綺石著《理虛元鑒》，對虛勞病機的闡發、論治的大法，預防的措施都自成體系，主張肺脾腎三髒俱重。他說：「治虛有三本，肺、脾、腎是也。肺為五臟之天，脾為百骸之母，腎為性命之根，治肺治脾治腎，治虛之道畢矣」。尤其是對虛勞的項防，提出了六節、七防、四護、三候、二守、三禁的原則，對抗老保健有很大意義。
（二）藥餌、飲食保健法
明代開始，藥餌學說的發展進入了鼎盛時期，萬密齋、龔廷賢、李時珍、李梃等醫家，繼承了前人的成就，在理論上和方藥的運用原則和方法上，都有闡發和提高，對醫餌養生形成比較完整的體系做出了貢獻。萬密齋的《養生四要》指出：「無陽則陰無以長，無陰則陽無以化，陰陽互用，如五色成文而不亂，五味相濟而得和也。凡養生卻邪之劑，必熱無偏熱，寒無偏寒；溫無聚溫，溫多成熱，涼無聚涼，涼多成寒。陰則奇之，陽則偶之，得其中和，此制方之大旨也」。這個中和平衡既濟的制方原則，對老年的藥餌養生有直接指導意義。萬氏認為這種保健方法，要從中年開始，未老先防，保健重點在於調補脾腎。同時，還提出了老年用藥禁忌。
龔廷賢在《壽世保元》中主張老年保健用藥應「溫而不熱，清而下寒，久服則坎離既濟，陰陽協合，火不炎而神自清，水不滋而精自固，平補之聖藥也」。又對老年的藥餌攝生強調了兩個原則：一是調補脾胃；二是提倡與血肉有情之品，補益氣血，填精樸髓，以健身抗老，延年益壽。他首推鹿茸、鹿角，配合人參、地黃、枸杞、二冬、黃柏等制方。
《本草綱目》對於藥餌和食養的論述也極為豐富。提供了有關飲食藥物養生的豐富資料，書中還收集了很多食療方法。李時珍推崇東垣脾胃之說，主張老年人應培補元氣，調理脾胃，升發清陽，多用溫補之劑，以延年益壽。
李梃認為藥餌保健，用藥宜平和、中和、溫和，補虛在於扶培、緩補、調補，反對溫熱峻補和濫施汗、吐、下等法。李氏又在《醫學入門》中指出了藥餌養生中食補、峻補、唯補的偏弊，強調了「量體選藥」的重要原則。
曹庭棟針對老人脾胃虛弱的特點，重視以粥養胃益壽，在《老老恆言》中編製藥粥配方百餘首，以「備老年之頤養」，可謂集食養保健粥之大成。
（三）綜合調理法
明清時期的養生保健專書很多，多是強調綜合調理，且要簡要易行。冷謙撰著的《修齡要旨》是一部內容豐富的氣功與養生保健專書，詳細論述了四時起居調攝、四季卻病、延年長生、八段錦導引法、導引卻病法等，書中多以歌訣形式介紹養生要點及具體方法，易於領會實行。萬密齋的《養生四要》，提出了「寡慾、慎動、法時、卻病」諸養生原則，對於違反這些原則而產生的疾病，皆列有藥物救治方法。清代吳師機撰《理瀹駢文》，這是一部物理治療專書。吳氏提倡膏、藥外貼等理療法，如引嚏、坐藥、藥浴等。他認為外治之理同內治之理，可以收到與內服湯丸相同的效果。還認為養生保健不能單純依賴藥餌，如果注意調節生活起居，陶冶性情，對健康則更有益處。吳氏在外治保健方面為養生開闢了一條新的門徑。
三、防病保健強調動靜結合
雖然在先秦時期就已初步提出了動靜結合的養生方法，但動靜結合的養生理論和方法，則在明清時期才進一步明確提出來。李梃在《醫學入門》中指出：「精神極欲靜，氣血極欲動」。提出靜養精神，動養形體的辨證關係。方開《摩腹運氣圖考》（又名《延年九轉法》）指出：「天地本乎陰陽，陰陽主乎動靜，人身一陰陽也，陰陽一動靜也。動靜合宜，氣血和暢，百病不生，乃得盡其天年」。人身之陰需要靜，人身之陽需要動，從而提出了靜以養陰，動以養陽的主張。人體要保持「陰平陽秘」的健康狀態，就必須動靜適宜，切忌過動過靜，否則就會造成陰陽偏頗，導致疾病。
清代養生家曹庭棟雖認為「養靜為攝生首務」，但他卻很重視動以養生的重要作用。如在《老老恆言·導引》指出：「導引一法甚多，如八段錦、華佗五禽戲、婆羅門十二法、天竺按摩訣之類，不過宣暢氣血，展舒筋骸，有益無損」，並創「臥功、坐功、立功三項」，以供老年鍛練之用。又如《老老恆言》載有散步專論，對散步的作用和要求等作了較為全面的論述。例如，閒暇「散步所以養神」、睡前「繞室行千步，始就枕」，「是以動求靜」，有助於睡眠，強調了動靜結合的重要性。
四、動形養生提倡導引武術健身
歷代養生家都十分重視運動養生，導引、氣功、按摩共同成為動形養生的三大支柱。對於導引之木，歷史悠久，源遠流長。馬王堆的漢墓出土的《導引圖》，就繪有40餘種導引姿態的圖像，內容十分豐富。以後歷代都有不同的發展，到了宋代，在動作和方法上有了很大改進，如太極拳、八段錦等。明代以後，由於武術的發展和《道藏》的成書，又推動了導引術的進步和發展，在《遵生八箋》載有八種導引，除在國內廣為流傳外，並於1895年譯成英文發行於國外。如明代正德年間羅洪先所撰《仙傳四十九方》，載錄華佗「五禽圖」最為詳盡，並指出：「凡人身體不安，作此禽獸之戲，汗出，疾即愈矣」，說明了導引保健的重要作用。清·乾隆時代，沈金鰲於《雜病源流犀燭》一書中，卷首列有「運動規法」，包括導引、氣功和按摩等，這些方法多摘自明代曹士珩所撰《保生秘要》一書。可見，導引保件具有很高的實用價值。
在明清時期，經過很多養生家、醫家及眾人的辛勤工作，提煉更新，使導引養生更加系統、科學，導引的形式更加豐富。例如，靜功和動功與武術的結合，又促進了太極拳的發展，使其以獨特的風格流傳於國內外，深受人們喜愛，在養生保健中發揮了積極的作用。清·鴉片戰爭之後，衛國保家和練功健身的思想興起，專論氣功、導引、武術之著作也隨之增多，其中比較突出的如敬慎山房主彩繪二十四幅《導引圖》，將氣功、導引、按摩熔為一爐，用於養心練精、補虛、防治疾病和強身益壽，有較高的實用價值。由於導引、氣功、拳術熔為一體，使其有理、有法、有方，自成體系，便於練習，的確起到了「內煉精氣神，外練筋骨皮」的保健延年之效。在此時期，由於武術流派的空前發展，不論道、佛寺院，還是山寨水鄉，都有練功習武的時尚，使武術健身得到了很大範圍的普及，發揮了良好的健身禦敵的作用。這種獨特的健身防身術至今仍受廣大群眾的喜愛。
五、重視頤養老年人
自從唐代孫思邈提出「養老大例」之後，研究養生保健的對象郁非常重視老年人，尤其是在明清時期更為普及。
頤養對像重視老人還表現在：明清的養生專著大都聯繫到老年人的養生和長壽問題。而且還有不少養老專著，如《安老懷幼書》、《老老恆言》等，曹庭棟根據自己的長壽經驗，參閱了三百多家的養生著作，針對老人的特點，進行了全面的論述，具體而實用，繼承和發揚了中醫養生學，為中醫老年醫學做出了重要貢獻。龔廷賢《壽世保元》和龔居中的《萬壽丹書》，亦有發揮之處。」
此外，明清時期的養生專著還有袁黃的《攝生三要》、胡文煥的《壽養從書》、河濱丈人《攝生要義》、息齋居士《攝生要語》、陳繼儒《食色紳言》及《男女紳言》、馮曦《頤養詮要》、汪*《壽人經》、汪潘磨《內功圖說》、尤乘《壽世青編》、黃克楣《壽身小補》等，均對養生保健做出了一定貢獻。
明、清初期，中醫養生專著大量發行出版，促進了養生學的深入和普及，在養生理論上豐富了明以前的養生學內容，提出了溫補腎陽、治形寶精、調養五勝、動靜結合等養生法則。同時，全面的發展了養生方法，使其具體實用。提倡導引保健、武術健身，使老年養生保健又得到深入發展。總之，在這一時期，使中醫養生學發展成為既有理論，又有實踐的較為正統的、科學的、完整的專門學說。