前文說到，胤禛與年羹堯有主屬之義、郎舅之親，本應是毋庸置疑的“自己人”，但實際上，二人的關係從建立之初就陰影重重，只是在胤禛即位的一瞬間，達成了天衣無縫的默契，並對整個朝局的穩定起到至關重要的作用。可以想見，對於年羹堯關鍵時刻的忠誠和幹練，即位之初的胤禛還是產生了一種發自內心的感激。那段時間的胤禛高度緊張又十分孤立，對年羹堯，他唯有完全信任這一種選擇。畢竟，對胤禛這樣一個以“孤臣”自詡的藩王來說，在朝的當事公卿，能讓他叫得出名字、說得上履歷的都不多，還有些親故情分、能大致瞭解的，更是屈指可數。
因此，在進入雍正朝的最初幾個月，年羹堯的地位飛速提升，先後以佐理軍務有功等原因，在雍正元年二月，加二等阿達哈哈番世職（此為滿文，漢名為“輕車都尉”，是世爵世職中的第六等，用於封授有功的異姓大臣，子孫可襲封三次）；一個月以後，又加太保銜；沒過幾天，再封三等公。短時間內，從官僚階級上升為貴族階級，而且是“爵列上公”的大貴族，身份發生質的變化。
清代異姓功臣世爵世職表
除年羹堯本人外，年氏一家在雍正初年都得到特殊的待遇。雍正帝即位當月，就起用賦閒多年的年羹堯長兄年希堯署理廣東巡撫，這可是個一等一的大肥缺。在清代，素有“仕途通，放廣東”的民謠，廣東巡撫的灰色收入，在全國所有巡撫中排位第一。雍正元年正月，雍正帝將皇家的錢袋子——蘇州織造兼蘇州滸墅關監督李煦革職，把這個差事交給了年羹堯的妹夫胡鳳翬，而在此之前，胡鳳翬只是個被革了職的七品知縣。二月，雍正帝以皇太后的名義冊封后妃，除了冊立原來的雍親王嫡妃那拉氏為皇后外，又冊封年羹堯的小妹年氏為貴妃，至於雍王府其他生育了子女的側妃、侍妾，則封為妃或嬪，與年氏拉開差距。除此之外，連年過八旬、已經退休近二十年的年羹堯之父年遐齡也沒被浩蕩皇恩落下，在元年二月獲加尚書虛銜。
年氏一家原本旗下寒門，靠三代人的科舉之路逐步成為高級官僚，又因為年羹堯的卓越才幹，獲得貴族階層的青眼，開始與旗人貴族甚至皇室聯姻。而到了雍正初年，為了將年羹堯從先帝舊臣強行轉化為新朝新貴，雍正帝下足了本錢，終於讓年氏家族在幾個月內烈火烹油、鮮花著錦，變成當時的一等豪門。
除了酬答年羹堯在輔助即位時的功勞，並希望他成為真正的心腹股肱外，還有一個更現實的問題擺在雍正帝面前，讓他必須迅速提升年羹堯的地位。那就是，在康熙皇帝去世、十四阿哥胤禵回京奔喪之際，青海的蒙古和碩特部首領羅卜藏丹津蠢蠢欲動，有發動武裝叛亂，強行割據青海、控制西藏之意。
蒙古和碩特部在明朝末年遷居青藏地區，其最高首領叫作“顧實汗”。康熙年間，青海的和碩特部歸附清廷，並在清廷對準噶爾部的戰爭中充當友軍。所以康熙皇帝一直對他們採取安撫籠絡策略，崇封顧實汗的嫡系子孫為親王，其餘部族首領也各有爵位，甚至還將一位地位很高的宗室郡主遠嫁給和碩特部的阿拉善郡王。
康熙末年胤禵率領清軍入藏後，為抑制蒙古人在藏區的勢力，清廷不再恢復顧實汗子孫在西藏的主宰地位，而改以藏人治藏，這引起了青海和碩特部，特別是其當時的最高領袖、親王羅卜藏丹津的不滿。另外，這次戰爭過後，清廷以和碩特部引導清軍入藏有功為名，加封羅卜藏丹津的侄子、親清派的貴族察罕丹津為親王，與羅卜藏丹津平起平坐，大有分而治之的意思。這讓原本獨霸青海的羅卜藏丹津更為惱怒，產生了聯合準噶爾部、反叛割據的念頭。
對於羅卜藏丹津的這一動向，經營蒙藏地區多年的年羹堯早有察覺，並隨時向北京遞送消息。因此，對於青藏地區近期仍然難免一戰的局面，雍正帝是有心理準備的。而一旦開戰，他當然不能將爭儲落敗的十四弟放虎歸山，再派回西北領兵。那麼，由誰來主持西北局面，才能確保自己即位之後首戰告捷呢？想來想去，恐怕還是年羹堯最為可靠。
本來，當時有兩個人可以作為繼任大將軍的後備人選，年羹堯只能排在第二位，排在第一位的是西安將軍、貝子延信。延信是肅親王豪格一系的宗室子弟，可巧，其兄延壽，正是年羹堯的前任門主。延信是康熙末年的一員驍將，康熙五十八年，他作為北路軍主將，率軍從青海入藏。北路軍不但行軍路線上的自然環境極為惡劣，且遇到準噶爾部主力軍的激烈抵抗，歷經百般艱辛，終於進入拉薩，與從雲南、四川入藏的岳鍾琪等部會師。為此，康熙皇帝盛讚延信“經自古未辟之道，煙瘴惡溪，人跡罕見，身臨絕域，殲夷丑類，勇略可嘉”，封為輔國公；雍正即位以後，又晉封貝子。相對於延信的親蹈險境、身先士卒，年羹堯在入藏戰爭中，更多時間是處在二線位置，負責調動軍需、輔佐胤禵。所以論及戰功，延信當在年羹堯之上。
另外，清朝初年，凡重要戰爭，一向有以皇子、宗室王公領兵的傳統，就算宗室中沒有大將之才，也多由宗室掛名主帥，起監督作用。雍正將胤禵召回北京奔喪的同時，也遵循了這個傳統，將撫遠大將軍印交給身為宗室的延信護理，而以年羹堯協理。所以，一旦青海有變，無論從身份還是經驗、能力的角度考慮，延信均堪勝任。相反，讓年羹堯這個文官出身的漢軍旗人做些輔助工作、搞搞軍需後勤，還算可行，真讓他領大將軍印、獨立統率八旗勁旅和蒙藏各部，這是宗室貴胄、滿蒙大臣們很難放心的。
對於這一點，雍正帝心裡很是明白，但是這個大將軍的位置，他並不願意交給延信。他後來解釋說是由於“延信辦理一二事不當，且延信為人敦厚遲鈍，心意難周，恐誤事機，故令年羹堯掌大將軍印”。事實上，更重要的原因是，延信與胤祀、胤禵等人的關係不錯，與胤禛本人則毫無關係。其實也不僅是延信，整個宗室集團，都是如此。那麼與延信相比，年羹堯畢竟是貴妃之兄，還是要更可信任一些的。於是，他極力提高年羹堯及其家族的地位，給人形成一種“就算他不是宗室、也不是正牌外戚（皇后的親族才能算是真正的外戚，可以推恩封為公爵），但已經享受了和外戚相當的待遇，決不會因為是‘漢’軍旗，而背叛朝廷”的印象。與此同時，雍正帝將延信晉封貝勒，以安穩其心，使其與“搶”了大將軍位子的年羹堯能夠和睦相處。
到雍正元年五月，青海的形勢已經非常嚴峻，雍正帝明確下旨：
青海台吉，兄弟不睦，倘邊境有事，大將軍延信駐紮甘州，相隔遙遠，朕特將一切事務，俱降旨交年羹堯辦理，若有調遣軍兵、動用糧餉之處，著防邊辦餉大臣，及川、陝、雲南督撫提鎮等，俱照年羹堯辦理，邊疆事務，斷不可貽誤，並傳諭大將軍延信知之。
這就意味著，雖然此時大將軍印還在延信手中，但實際的兵權已經被雍正帝轉移給了年羹堯。另外，年羹堯本職是川陝總督，轄四川、陝西、甘肅三省，三省境內文武官員聽其調遣，原在情理之中。而在這道上諭內，雍正帝又命包括雲貴總督在內的雲南文武官員也聽命於年羹堯，這無異於將從西北到西南的半壁江山都臨時交付與他。時任雲貴總督的高其倬與年羹堯本來地位相當，且亦是納蘭性德女婿，與年羹堯有連襟之親，而年羹堯受命辦理四省軍務之後，對高其倬頤指氣使，行文直呼其名，待若下屬，這也成了他後來的一條罪狀。
同月內，雍正帝又以延信駐紮甘州、指揮不便為名，免去了他西安將軍的職務，改命年羹堯繼配夫人的叔叔，毫無軍事經驗的宗室普照署理西安將軍，等於將西安八旗駐防軍的指揮權也交給了年羹堯。
雍正元年八月，立意反清的羅卜藏丹津脅迫青海各台吉會盟，強制眾人放棄清朝封授的爵號，恢復舊日稱號，並引兵攻擊那些不肯參加會盟的王公。雍正帝得到報告後，一邊命年羹堯等人派兵接應被羅卜藏丹津襲擊的親清派王公，一邊命令在西寧的侍郎常壽赴羅卜藏丹津軍中宣諭，令其罷兵。而羅卜藏丹津叛心已定，不容分說，就將常壽拘禁起來，然後率兵急攻西寧及其周邊地區。十月，雍正帝正式任命年羹堯為撫遠大將軍，率軍赴西寧救援，與羅卜藏丹津開戰。
至此，年羹堯總攬四省軍務，成為清代歷史上第四位漢軍旗的“大將軍”，而前面三位：孔有德、吳三桂、尚之信，都是清初的藩王。至於下場嘛，孔有德兵敗自殺，後兩位被平了三藩。
由大將軍年羹堯主持的、平定青海和碩特首領羅卜藏丹津叛亂的戰爭，持續的時間並不長，只有五六個月，但戰爭過程卻十分艱苦。特別是年羹堯初抵西寧之時，西寧周邊地區已被羅卜藏丹津的軍隊佔領，附近的藏傳佛教寺院，如塔爾寺、郭隆寺等，亦多舉僧眾、佃農參與叛亂，喇嘛們披甲執械、攻城搶掠，無所不至。其時，年羹堯調來的西安、察哈爾滿洲兵，四川、陝西綠營，以及合土司部落兵尚未趕到西寧會合，年羹堯只率隨身親兵，與西寧本城少量兵將堅守孤城，“晝則綜核軍務，夜則分班守城”，連續十一夜沒有睡覺。這樣的情勢行諸文字、遞到北京，讓本來就情緒特別豐富、用詞十分誇張的雍正皇帝在奏折上連批幾個“好心疼”“阿彌陀佛”，慨然許其好漢子、鐵丈夫，真社稷之臣、泰山之重！殷切惶恐之情，雖手足至親未可及也。
隨著各路兵馬陸續趕到，西寧的局勢逐漸好轉，清軍開始轉守為攻，對西寧周邊地區的和碩特叛軍，特別是藏傳佛教寺廟進行清剿。如雍正元年正月，年羹堯命奮威將軍岳鍾琪等率軍五千人，清剿西寧東北部的大寺——郭隆寺。郭隆寺（今佑寧寺）是青海名剎，時稱“湟北諸寺院之母”，康熙年間香火鼎盛時，內有武僧萬餘人，且地勢險峻，易守難攻。郭隆寺僧人向來與羅卜藏丹津交好，亦隨其反叛，不時向清軍進攻。岳鍾琪等人奉年羹堯之命，出其不意攻入寺中，先施放槍炮，後放火燒其房屋山寨，使寺中喇嘛折損大半，其逃出者躲進周邊的山洞，又被清軍圍住洞口，點燃草木熏死。隨後，岳鍾琪以郭隆寺廟宇甚大、恐復為賊巢為由，將郭隆寺一把火燒了個乾淨。
藏傳佛教，向來是清政府統治者扶綏蒙藏地區、構建意識形態共識的重要工具，因此對於黃教寺院和僧眾，也多持尊重、保護態度，輕易不肯與之構釁對立。換句話說，如果此役的主帥換作胤禵、延信這樣的宗室或是滿人貴族，對於郭隆寺等寺廟和內中寺僧的態度，可能就要寬容、保守得多，至少不會放火燒燬全寺、趕盡殺絕。而由於民族和文化認同的隔膜，年、岳等人就完全從軍事角度考慮，辣手頻出，無所顧忌。至於雍正皇帝，在年羹堯向他奏報戰果時，一面用“甚在理”“實可嘉”“大喜暢快”等喜形於色的詞彙表達自己作為他們堅強後盾的態度，一面心裡也在咚咚打鼓，深知年、岳此舉有悖於清政府的基本國策，容易引起蒙古各部的普遍不滿。是以在將年羹堯誇成一朵花的同時，也鄭重提醒他：“惟殺喇嘛、毀廟、消除蒙古人之念存於心中，應匡正則匡正之。”而對於雍正帝的擔憂和告誡，年羹堯自始至終也沒有放在心裡，霹靂手段一如既往，表現出他在政治上很不成熟的一面，也使其在滿蒙上層樹敵甚眾，是招禍之一端。
清軍在解決了西寧周邊的叛軍後，開始專一對付羅卜藏丹津的主力部隊。年羹堯先已調遣部隊，一面在四川的理塘、巴塘、黃勝關等地設卡，截斷叛軍入藏之路；一面屯兵於吐魯番及噶斯泊，以防羅卜藏丹津西竄伊犁，與準噶爾部溝通。年羹堯本來打算在雍正二年開春後，籌集大軍，與羅卜藏丹津主力決戰，但他的手下大將岳鍾琪年輕氣盛，是個霍去病式的人物，立功心切，尤喜乘敵不備，千里奔襲。岳鍾琪建議年羹堯，要在春草未生之際，由他帶領五千精兵，分三路突襲羅卜藏丹津大營。年羹堯聽從了岳鍾琪的建議，在雍正二年二月，向羅卜藏丹津發起攻擊，在青海湖哈喇河畔，大敗羅卜藏丹津主力。羅卜藏丹津敗走柴達木沙漠，岳鍾琪等人一路追擊，擒獲其生母及親信部將多人。據說羅卜藏丹津是換上了女人的打扮才僥倖逃脫，只帶著百餘從人，遠奔伊犁準噶爾部。
這次戰役，清軍只用了十五天，就深入沙漠，以很小的損失，將羅卜藏丹津的數萬兵馬擊潰。清朝官書稱讚其“成功之速，為史冊所未有”。