戰爭，是每個渴望和平的人都不希望看到的，但有時候只有通過戰爭才能平定叛亂，獲取和平。硝煙四起，撥開硝煙才能看見和平的曙光。
車臣非法武裝勢力的卑劣之處，就在於他們不單單在正面戰場與俄羅斯對壘，還以恐怖襲擊為手段來達到目的。
從1999年8月31日開始，車臣非法武裝勢力在俄羅斯多個城市內發動恐怖襲擊，截至9月16日，這些恐怖襲擊共造成300人死亡，成百上千的普通群眾受傷。恐怖分子如此猖獗，身為總理的普京雷霆大怒，「是該讓他們嘗到惡果了！」這是普京的心聲。
普京很快將他的心聲轉變為行動，在俄羅斯實行了嚴厲地打擊恐怖分子的行動。
從9月16日到9月18日，僅僅3天的時間裡，2200多名逃犯被警方逮捕，繳獲武器兩千多件，沒收非法藏匿的炸藥達300公斤，破壞了774個引爆裝置。直到10月2日，俄軍累計發現了515噸炸藥，繳獲槍支7000件，偵破涉嫌恐怖活動的案件達17萬個，在很大程度上保護了俄羅斯人民的人身財產安全。
普京知道，僅僅在俄羅斯國內嚴打是沒有辦法根除恐怖事件的，要想斬草除根，只有靠武力去解決。大規模地軍事反恐行動正式開展，普京擔任這次反恐行動的總指揮。在這場反恐行動中，俄羅斯投入的兵力共計15萬左右，除了出動空軍、陸軍之外，俄羅斯特種部隊、空降部隊、宇航部隊都參與了這次反恐行動，由此可見普京對徹底剷除車臣非法武裝勢力的決心有多大。
從俄羅斯在第一次車臣戰爭中不盡人意的表現上吸取教訓，普京這次制定了全新的戰術，決不能重蹈覆轍。借鑒了北約空襲南聯盟的經驗，普京這次決定先讓空軍轟炸，同時讓炮兵在一旁協助炮擊，在解決大部分障礙之後，再由俄羅斯精良的陸軍掃除殘餘分子。
1999年9月19日，俄羅斯空軍出動，普京下令不得放過任何一個可疑目標，一切可疑目標都要對其轟炸。在這次空襲中，20輛車臣汽車被摧毀，5個根據點、4座營房都被炸毀，共消滅140名敵軍。這僅僅是一個開始，接下來的幾天，普京下令全面轟炸車臣的首府——格羅茲尼。
普京的做法得到了很多政府官員的認同，俄羅斯空軍總司令科爾努科夫表示，只要車臣的非法武裝勢力不清除乾淨，俄軍的空襲就不會停止，俄羅斯國防部長謝爾拜耶夫也稱，我們的主要目標就是殲滅劫匪！
這次，普京是下定決心要平復車臣的戰亂。
1999年10月1日，在俄羅斯裝甲部隊的猛烈進攻下，俄軍兵分三路，從斯塔夫羅波爾、達吉斯坦、印古什三面夾擊，攻入車臣境內。俄羅斯的軍事實力在世界上屬先進水平，即便車臣有兩萬多名訓練有素的士兵，且都配備了非常精良的武器，但在擁有世界先進裝備的俄軍面前，他們的反抗顯得十分羸弱，更何況這次俄軍是鐵了心要平定叛亂。
有了堅定的信念，俄軍的進攻便非常迅猛，車臣的武裝分子竟沒有絲毫還手之力。很快，他們在與俄軍的正面較量當中慘敗，開始向車臣腹地撤退。
突破了車臣的防線之後，俄軍士氣大振，在短短的幾天時間裡就控制了車臣1/3的土地，解放了近30多個居民點。
1999年10月7日，在俄羅斯政府的支持下，車臣議會組建了國務委員會，它的成立標誌著車臣武裝分子完全失去了合法性。同時，也標誌著普京反恐行動的第一階段順利結束。
同年10月16日，第二階段的反恐行動正式展開。
第二階段的主要任務，是全面封鎖非法武裝聚集地。越戰越勇的俄軍一鼓作氣，於21日渡過了捷列克河，向車臣腹地進軍。11月初，俄軍向格羅茲尼的車臣非法武裝司令部發射了導彈，導彈擊中了馬斯哈多夫、巴薩耶夫的住宅，但當時兩人均不在家，僥倖逃過一劫。
俄軍的強大火力讓車臣的武裝分子難以招架，他們已經多次向俄羅斯政府表示，希望雙方能夠停火和談。對於車臣武裝分子提出的和談條件，普京自然也願意答應，但他同時提出了一個附加條件，那就是將巴薩耶夫為首的恐怖分子交給俄羅斯政府處置，並要求車臣停止一切分裂活動。結果雙方沒談攏，車臣拒絕了普京的要求，既然他們選擇拒絕，普京自然繼續發動進攻。
10月末，俄軍包圍了車臣的第二大城市吉傑爾梅斯。當時，駐守在吉傑爾梅斯的是亞馬達耶夫。儘管亞馬達耶夫也是車臣非法武裝分子的議員，但他對車臣總統馬斯哈多夫的某些做法十分不滿。瞭解到這一細節，俄軍認為與亞馬達耶夫可能有和談的機會。
恐怖分子十分狡猾，事先捕捉到了亞馬達耶夫的「叛變」意向，為了守住車臣的第二大城市，馬斯哈多夫立即派人去勸說亞馬達耶夫，甚至還威脅他，要麼選擇投降，要麼代替俄軍炸毀吉傑爾梅斯。
這樣的威脅要是放在以前，或許還有效果，但在當時兵臨城下的緊急情況之下，比起馬斯哈多夫的口頭威脅，眼前俄軍的飛機大炮才是最有效的恐嚇手段。最終，亞馬達耶夫選擇用和平的手段來解決俄羅斯與車臣的關係。由於亞馬達耶夫的倒戈，普京不費一兵一卒就佔領了車臣的第二大城市。
佔領吉傑爾梅斯，可以說是俄軍在這次戰爭中取得的一大重要戰果，但普京並未因現在階段的喜人成果沾沾自喜，他決定趁熱打鐵，乘勝追擊。他的這一方略很快奏效。
11月20日，車臣馬爾坦區的居民向俄軍投降，該地區政府以及長老們還表示，願意自行組織民兵部隊幫助俄軍攻打車臣的非法武裝部隊。是時，俄軍已經逼近車臣首府格羅茲尼了。
11月23日，俄軍在離格羅茲尼郊區兩公里處接到了車臣非法武裝部隊發來的和談請求，但普京斷然拒絕。
和談的結果早已知道，俄方停止戰火的唯一條件，是對方交出巴薩耶夫等恐怖分子，而車臣非法武裝部隊肯定不同意，他們表面上是來求和談的，可實際上是在為自己爭取時間。普京一眼就看出了他們的緩兵之計，稱在擊潰車臣非法武裝部隊之前，他們發來的任何協商請求都一律拒絕。接著，俄軍繼續用飛機向車臣非法武裝部隊藏匿的居民點進行轟炸。
1999年12月3日，反恐行動進入第三階段。
俄軍司令謝爾蓋耶夫對記者說，預計在1～3個月內便會結束戰爭。12月4日，俄軍已經包圍了格羅茲尼，解放格羅茲尼只是時間的問題。12月6日，俄羅斯空軍再次盤旋於格羅茲尼的上空，但這一次俄羅斯空軍並沒有投放炸彈，而是散發了宣傳單。傳單上說，如果在12月11之前，城內的居民若沒有通過「五一村」這條安全通道離開格羅茲尼，就會被當做「恐怖分子」，將在之後予以懲治。
這是普京下的最後通牒，他已經準備好了，只等待發動最後一擊的時機。
1999年，對普京而言是特殊的一年，在這一年的最後一天，他由政府總理變為俄羅斯的代總統。當所有人都沉浸在千禧年的喜悅中時，還有更重要的事情等著普京去做。
奮鬥在戰鬥一線的士兵們，還在車臣與敵人僵持，不能回家與家人團聚，這個時候也是士氣最為低落的時候。普京知道，如今自己已是代總統，必須要為此做些什麼。
2000年1月1日，身在前線的士兵們聽到了一條讓他們振奮的消息——代總統普京將帶著妻子飛赴車臣前西岸慰問所有英勇參戰的戰士們。
普京結束這次慰問時，俄軍攻破了韋傑諾附近的制高點，車臣東南部的戰略要地也被俄軍佔領，這也讓車臣非法武裝部隊的領導人慌亂了陣腳。
2000年年初，正是普京為競選俄羅斯總統緊張地籌備時期，即便如此，他也沒有放鬆對車臣的軍事行動。
1月18日，天微亮，俄軍終於發動了最後的攻擊。俄軍在最後時刻選擇三面夾擊，在警察以及車臣民兵的協助下，俄軍順利地攻入格羅茲尼市的中心廣場。當然，輕鬆攻進格羅茲尼並不意味著車臣非法武裝會放棄最後的抵抗。對地形十分熟悉的車臣叛軍在一開始還處於優勢地位，他們事先早就已經埋好了地雷，這場決戰勢必異常慘烈。
在最後的戰鬥中，車臣的叛軍死傷無數，但俄軍同樣傷亡慘重。俄軍少將馬洛弗耶夫在這次戰鬥當中不幸犧牲了。當普京得知這一噩耗後，立即向馬洛弗耶夫的家中打了電話以示慰問。
1月19日，俄軍再次派出了飛機對格羅茲尼的市中心發起了猛攻，在炮兵的協助攻擊下，俄軍前進中的阻礙基本掃除，俄軍順勢攻入格羅茲尼市中心。非法武裝分子憤然反抗，兩軍展開了殊死搏鬥。
1月20日，俄軍第三次攻入市中心，但這一次俄軍卻出現了重大失誤。當時冰天雪地，四處白茫茫一片，而俄軍卻身著綠色軍裝，在白色雪地中顯得格外明顯，這無疑成了車臣叛軍的醒目目標。這一天，俄軍損失慘重。
為了盡快結束戰爭，普京批准特種部隊參與這次戰爭。2000年1月21日，特種部隊趕到了格羅茲尼，馬上投入戰鬥。隨著特種部隊的加入，俄軍的戰鬥力立即得到提高，而進入了2月份以來，好消息便不斷從前線傳來，可謂頻頻報捷。
在2月1日、2月2日的戰鬥中，車臣前總統杜達耶夫的侄子等4名車臣叛軍的「戰地司令」被俄軍擊斃，巴薩耶夫在躲避俄軍攻擊時，不小心踩到了車臣叛軍自己埋的地雷，右腳被炸斷，頭部及手部都受到了重創。
車臣叛軍們接連失去「主心骨」，早就成為一盤散沙，加之俄軍乘勝追擊，更是潰不成軍。2月4日，俄軍終於攻佔車臣的首府格羅茲尼，該市中心及車臣政府大樓上都插上了俄羅斯國旗。隨風飄揚的國旗向世人宣告了這次車臣戰爭的終結。自此，車臣的叛軍們徹底失去了自己的地盤，車臣戰事進入清剿階段。
2001年1月22日，普京命令俄軍全面撤出車臣，俄軍的工作也從殲滅非法武裝更改為反恐怖行動。七八千人的內務部以及1.5萬人組成的第42師編成了一個旅，長期駐守車臣，維護當地的和平。
第二次車臣戰爭持續了一年多的時間，大量兵力消耗在這次戰鬥中，儘管俄軍付出的代價是慘痛的，但還是完成了自己的預定目標，這才是最重要的。
車臣戰爭的勝利，無疑讓普京成為俄羅斯人民心目中的英雄，他在車臣戰爭當中所表現的強硬形象，也讓俄羅斯人民產生了這樣一個想法：普京，將是給俄羅斯帶來安定與富強的福星。
車臣人民也十分感謝普京平定了當地的戰亂。2014年10月7日，在普京62歲生日當天，車臣首府格羅茲尼的人民組成俄羅斯國旗圖案，以此來慶祝這位帶給他們安定生活的總統的生日。
普京在車臣戰爭中的表現可圈可點，從制定的政策到如何安置無辜民眾，可謂面面俱到。這樣的普京，一如俄羅斯民眾所言——他的確是俄羅斯的福星。